世界連覇を成し遂げたタカオは今、『ベイ ブレード教室』の先生として少年たちと共に バトルを楽しんでいた。その時、自分を日本 一と言い、タカオに突然勝負を挑んできた少 年がいた。彼の名は皇大地（すめらぎ だい ち）。タカオはその挑発に乗って勝負を受け てしまう。一方その頃、昼食中のマックスは 大転寺会長がＴＶで発表するのを偶然見てい た。その内容に驚くマックスはタカオたちに 知らせるべく家を飛び出すのだった。 タカオのドラグーンと大地のガイアドラグ ーンは、スタジアムから屋外へ勝負の場を移 していた。結果、大苦戦を強いられるタカオ だが、レイたちの後押しを受け一発逆転勝利 を決めて見せる！ そこへマックスが……。
大地に続いてタカオへ挑戦状を突き付ける疾風のジン。だが、大地も勝負を諦めず、何と３人のバトルロイヤルへ。止めようとレイも割って入り、収拾がつかない状況のところへニュースを持ってやって来るマックス！ 「第三回世界大会開催決定！」それはタッグ で世界戦に参加するというものだった。大地は相変わらず勝負を持ちかけてくるが、タカオの心はもう世界戦へと向き、意気揚揚とトレーニングに備えるのだった。 だがレイとマックスは違った。そう、彼ら はそれぞれ故郷から代表として出場すること にしたのだ。タカオと戦って世界一を勝ち取るために。その決意に対し、タカオはもはや止める言葉を持たなかった……。
朝も早くから大地の「勝負！」に追い回さ れるタカオ。キョウジュの誘いでプールに行 くが、ここでも大地のおかげで一騒ぎに。そ んな大地の戦い方を見て、キョウジュはこれ までになかった可能性を大地に見出そうとし ていた。一方、タカオとの勝負を望むジンも また挑戦状を送り付けるが、手違いでレイの 手に渡ってしまう。タカオと戦うならオレを 先に倒せ、とジンとの勝負へと向かうレイ。 しかしジンは予想以上の強敵だった！ 忍者のような技でレイとドライガーを翻弄 するジンは、レイの持つ弱点を指摘する。動 揺するレイだが、それでも自らを叱咤して逆 転にかける。勝負の行方は…？ 一方、マッ クスも母ジュディの下へ戻ったのだが……。
カイの前に姿を見せるジン。挑発とも取れるその行動の意図は……？一方キョウジュ も今回はブレーダーとして参加すべくベイの 開発に余念がない。メンバーの抜けたＢＢＡチームの今後に頭を悩ませるタカオだが、そ れを知ると負けじと改めて特訓を始めるのだ った。その頃、故郷に戻ったレイは中国・白虎チームの面々と再会を果たす。新ベイ・ド ライガーガトリングと共に、世界の舞台でタ カオと戦うために、改めて修行するために！ アメリカチームと合流したマックスだが、早くも利己的な新メンバーのリックと衝突していた。そして日本。時間ぎりぎりで予選会 場に姿を見せるカイ。だが、いつもとは様子が違う。その心にある想いとは……？
いよいよ始まった予選大会。Ａブロックに はタカオとキョウジュ。Ｂブロックにはカイ と大地がエントリーしていた。状況を見守る 大転寺会長とジン。予想通りタカオは順調に 勝ち上がっていく。そしてキョウジュもまた 予想外の健闘で１つ１つ勝利を重ねていた。 それもＢＢＡチームに対する責任感と、タ カオにブレーダーとして認めて欲しいという 想いがあればこそ。だが、慣れないシュート の連続でキョウジュの腕は限界に……。 更には対戦相手の笑顔三太郎の策略によっ て遂に敗北するキョウジュ。卑怯なやり口に 怒るタカオは勝負で勝って仇を取ると約束す るのだった。そして、キョウジュのアドバイ スを受け、タカオは必殺の一撃を放つ！！
タカオの勝利に沸くＡブロックへ姿を現す 疾風のジン。そして「ベイはブレーダーの気 持ち次第で強くも弱くもなる」と言い残し、 去って行く。やがて始まる大会Ｂブロック決 勝。順当に勝ち上がってきたカイに対するは 大地！ タカオは大地が勝ったら罰ゲームな だけにカイの応援に必死だ。ちなみに勝負の 舞台は回転するジャングルスタジアム。野生 児の大地には絶好の場所だった。状況を見極 めようとするカイに大地がアタックする！ 「世界一は一人」…その想いがあるカイは ここで勝ってタカオと世界を目指すかどうか 悩む。しかし、座して負けることはできなか った。わずか一撃の逆転勝利……ここに日本 代表が決定した。そしてもう一波乱も……。
世界戦に向けて各地でも試合が進む中、アメリカ地区予選もいよいよ決勝を迎えてい た。Aブロックはマックスｖｓエミリー。そしてBブロックはマイケルｖｓリック。アメリカPPBチームの意地でそれぞれの相手に挑むエミリーとマイケルだった。 またロシアではユーリがネオボーグとして勝ち上がり、強豪が揃うのを見てタカオは否応にも闘志を燃え上がらせる。そしてキョウジュもヒトシの指導の元、特訓を受けていた。 そんな中、まだ迷いを振り切れないカイ。 その想いは、中国で代表に勝ちあがったレイ の姿を見て更に強くなっていく。自分の目指 すものは何なのか、と。そこへ流れるニュース。それは新たな強豪の出現を告げていた！
日本代表となったタカオたちは、新チーム ＢＢＡレボリューションとして大会に向けて 合宿に入った。だが、何とカイが代表を辞退 したことが監督のヒトシから告げられる。驚 くタカオ。しかし落ち込んでいる暇はない。 世界戦ではマックスやレイが待っているのだ から。気を取り直したタカオは、新たなパー トナーを大地に決め、特訓に入るのだった。 しかし闇雲に山の中へ飛び込んだおかげで、 道に迷ってサバイバルをする羽目に……。 だが、ここでタカオも認めた大地の野生児 パワーが炸裂し、状況を乗り切っていく。そ して突発的な山火事というトラブルの中で、 二人は初めてコンビネーションを成功させる のだった。一方、その頃カイは……。
大会会場のあるアメリカについたタカオた ち。飛行機の苦手な大地も足が地に付いてよ うやく一安心だ。しかし、油断した所で何と タカオも大地もベイを盗まれてしまった！ 二人は必死に探し回るが、慣れぬ外国では思 うようにならず、ささいなことで仲違いして しまうことに。互いに言い過ぎたとタカオも 大地も判ってはいるのだが……。その時、タ カオの耳に聞きなれたベイの音が！？ 音を 追って行くと、そこはダウンタウンだった。 そこではアメリカ代表のリックが、ベイを 使った賭け勝負をしていた。盗んだ相手が勝 負に負けたため、このままではベイを奪われ てしまう。タカオも大地も、自分のベイを取 り返すため、ここ一番の勝負に挑む！！
ついに始まった世界大会。集まった精鋭の６チームが一同に揃う。だが、タカオの視線 はロシアのネオボーグに移籍したカイに釘付 けだった。開会式が終わるや否やカイの元へ駆け寄り真意を問い質すタカオ。だが、カイ の態度は冷たく、逆にタカオはおさまらない 怒りに身を焦がすのだった。 そして第一試合、バイフーズとＢＢＡレボリューション戦が始まった。先鋒はタカオとライ。しかしレイが出てこないと知り、タカオは叫んだ！！「二人まとめて掛かって来い！」その叫びで何と変則のダブルマッチが組まれる事に。しかし連携するバイフーズの前に、バラバラのＢＢＡは何とまさかの敗北！？ 果たしてタカオは立ち直れるのだろうか……。
カイの一件と敗戦のショックでタカオは荒れていた。しかしその原因が自分にあると認められず大地とケンカ別れをして外に飛び出してしまう。その間にも進む大会の中、ネオボーグは２連勝の貫録勝ち。そしてアメリカでの最後の試合ＰＰＢオールスターズｖｓバルテズソルダが幕を開けた。第１試合はリックｖｓクロード。だが、リックの力技がスタジアムを破壊した際にクロードが負傷。監督のバルデスが棄権させることに……。 結果、観客の不評を買うＰＰＢ。それはバルテズの目論見でもあった。一方飛び出したタカオは兄ヒトシと向き合う。どうしても自分の非を認められないタカオに勝負で応えるヒトシ。果たしてタカオに光明は見えるか？
ユーロチームを破り代表となったバルテズソルダ。そこには不明瞭な点も多い。が、練習場へ入った取材からは爽やかな一面が見えるのみだった。バルテズがクロードたちメンバーに、操り人形であることを要求していることは隠されたまま……。そして次のバイフーズとの試合に望むバルテズソルダ。第１試合をレイに取られながらも第２試合でライに逆転で勝利し、勝負は第３試合にもつれ込む。バルテズの狙いとは一体……？ それは仕組まれた逆転劇。不利な条件から優勢な相手に勝つことで観客を味方につけ、チームの価値を上げる。レイはまんまと策にはまり敗北することに。その頃、タカオは次の試合から外されたと告げられていた。
対ネオボーグ戦から外され、怒るタカオ。困惑するキョウジュ。だがヒトシは決定を翻さなかった。再び控え室を飛び出したタカオは、そこで一人の老人タオと出会う。タオはバイフーズの監督にしてレイたちの師匠だったのだが、なぜかその買い物に付き合わされる事に。その間にも試合は進み、ＰＰＢオールスターズはブーイングを受けながらも快勝。そしてBBAレボリューションｖｓネオボーグ戦が始まったが、タカオがいないと知ったカイは何と自ら場外に！？ そして出番の来たキョウジュだが、緊張と不安でユーリ相手に大苦戦を強いられる。だが、タカオのことを馬鹿にされた時、ブレーダー魂に火が付いた！ 大切な親友タカオのためにも負けるわけにはいかないのだ！！
気迫を込めてユーリのウルボーグに向かって行くキョウジュのアインシュタイン。予想外の反撃に焦れるユーリ。後ろにはカイがいる。無様な真似は見せられないのだ。そして遂に必殺のノーヴァエ・ローグが炸裂、奮闘空しく砕けるアインシュタイン。だが、キョウジュはほんの一瞬の勝利の鍵を見逃さず、試合後すぐさま大地のガイアドラグーンのパーツを交換した。そして大地に勝利へのアドバイスを送る。耐えて一瞬に賭けるのだと！ ウルボーグの猛攻を必死でかわす大地のガイアドラグーン。焦れたユーリは勝負に出るが、そこにチャンスを見出したキョウジュが指示を飛ばし、大地が応える！ ヒトシが目指すチームの形は正にこういう関係だったのだ。
レイの足を引っ張らないよう夜毎練習に励むライ。しかし度を越えた練習は体調を悪化させていく。そんな時、バイフーズは散歩に出た先でベイを使ったジャグラーの曲芸に出会う。一糸乱れぬ息の合った動きはＦサングレのラウルとジュリアだが、ライはそれに気づかず「所詮は曲芸」と一言。誇りを傷つけられた２人は、レイ＆ライに勝負を挑む！だがタッグマッチの連携では敵わず、ライは為す術なく敗北し、その場に倒れてしまう。 そこまでの無理をするライが悩みを打ち明けてくれないことにレイも悩んでいた。本当のチームメイトとなるには超えなければならない壁。そんな中でＦサングレとの試合に臨むバイフーズ。果たして勝敗は……？
新ベイ、ドラシエル・グラビティを手に次の試合に臨むマックス。対戦相手は強敵ネオボーグだ。バルテズソルダ戦以来、悪役扱いのＰＰＢオールスターズ。しかしカイは、客のブーイングを一喝して制した！ そして試合開始……カイの激しい攻撃と、それを受け流し反撃するマックス。戦いは正に一進一退だったが、遂に決着が訪れる。 紙一重の差で敗れたマックス。リックはその戦いに感じた不満をユーリに叩き付け完勝。そして決着はカイｖｓリックでつけることに。攻撃型同士で、パワーに分があるリックにカイはどう立ち向かうのか……？
バルテズソルダに破れ、ユーロ地区代表の座を奪われたラルフ。彼はバルテズの卑劣な手段をタカオたちに伝えた。だがタカオはそれを訴えず、真っ向勝負を決める。そしてバルテズソルダ戦。第一試合はマチルダｖｓ大地。だがここでもバルテズは罠を張っていた。ガイアドラグーンの強烈な攻撃は、マチルダのピアースヘッジホッグを粉砕し、その破片で逆に大ダメージを負ってしまったのだ！そのやり口に更なる怒りを燃やすタカオ！！ ミハエルとの試合でもバルテズはスタジアムに仕掛けた罠でタカオのドラグーンを追い 込む。だが、タカオとドラグーンは怒りと気合でこれを跳ね返し見事勝利を掴んだ。その 様子を憎しみを込めて見ているバルテズ…。
バルテズの作戦に従わなかったミハエルは次の対ネオボーグ戦から外されてしまった。だが、彼はタカオとの戦いで掴み取った思いをメンバーたちに伝える。その思いは届くのか……？ 試合前のベイチェックが終わり、またも仕掛けを施したベイをアーロンとクロードに渡すバルテズ。そして試合は始まる。第一試合はアーロンｖｓユーリ。最近不調のユーリは一撃必殺を狙い、時を待つ。そこへ仕掛けるよう指示を飛ばすバルテズだが、何とアーロンは違反ベイを使わずユーリに勝負を挑んだ！ ミハエルの思いは伝わっていたのだ。そしてクロードに代わりカイと戦うミハエル。彼の正々堂々の戦いは、敗北してなお観客に拍手をもって受け入れられた！
未だに連携の取れないマックスとリックのＰＰＢオールスターズ。リックはマックスの戦い方を認められず、とうとう一人出て行ってしまった。一方、バイフーズのマオが夕食の買い物から戻ろうとしていた時、裏路地でベイの音が。そこには野試合をしているリックの姿があった。勝つことに執着するリックに、楽しいからベイをするのだというマオ。この出会いはリックを変えるきっかけになるのだろうか？そして試合が始まる。 ここでマックスは同時バトルを申し込むという賭けに出た。この先の戦いにはチームワークが欠かせない。だが、戦いは予想外にもバトルロイヤルへ発展してしまった。生き残った者が勝者……それは果たして誰だ！？
カイやレイ、マックスの熱い戦いに触発されて次の試合に闘志を燃やすタカオ。しかしそこには罠が潜んでいた。試合前日の練習で大地と絶妙な連携を見せるタカオ。その姿にキョウジュもヒロミも、タカオの身に何が起きているか気づくことはできなかった。「チャンピオン」……その肩書きがタカオの実力をじわじわと締め上げていく。それはＦサン グレとの同時バトルで明らかになってしまった。ドラグーンの回転が上がらない！？ 力みからいつものシュートができず、遅れを取り戻そうと焦る。その悪循環はＦサングレのジュリアとラウルにチャンスを与えてしまった。力を発揮できず崩れ落ちるドラグーン……ＢＢＡ痛恨の２敗目である。
チャンピオンという称号に縛られ、その重圧で思うように戦えないタカオ。そんな中でテレビ局の密着取材が始まる。取材にはしゃぎまくる大地を他所に、タカオのスランプは増すばかりで、練習試合でさえキョウジュに遅れを取る始末だった。監督のヒトシはタカオがその壁を自分の力で越えてくれると信じ、見守るのみ。一方、マックスやレイ、カイもまた、タカオの状態を心配していた。全力の木ノ宮タカオと戦いたいと思えばこそ、袂を別ったのだから……。 そして、ここでも起爆剤になったのは大地だった。何気ない言動と、戦う姿勢。それはチャンピオンでなく１人のブレーダーとしての姿をタカオに思い出させる。その時タカオは壁を越え、ドラグーンもまた爆転する！ 。
決勝戦進出への最後の戦いが始まろうとしていた。既に進出が決定しているネオボーグを除けば何と５チームが横並びしているだけにどのチームも負けられない。そんな中、第一試合Ｆサングレｖｓバルテズソルダが始まる。ここでFサングレは得意のタッグではなくシングルで試合に臨んだ。 意外性に周囲は驚くが、これはラウルの強い意向あってのことだ。姉のジュリアに頼らず戦いたい。しかし自分に自信の持てないラウルは一人でも華麗に対戦相手のミハイルを下したジュリアの姿を見て、逆に力み実力を出せない。だが、ジュリアの一喝が転機をもたらした。観客の声援がラウルのＦペガサスに力を与え、彼はついに壁を越えた！
カイとレイ。タカオと戦うには互いに譲れない試合が始まる。ユーリとライの先鋒対決はユーリが勝利し、追い詰められるバイフーズ。レイはこれまでの修行を省みてライたちの思いと共に戦うことを心に決めていた。対峙する両雄。力のドランザー、そして技のドライガーが死力を尽くしてぶつかりあう。瞬く間に消耗していくカイとレイ。そして必殺技の応酬！ 力尽きて倒れ付すレイ。 だがドライガーはまだ止まっていなかった！！ライたちの必死の声援を受けて再び立ち上がったレイに、カイは秘密の特訓成果をもって応じる。持てる最大の力で再びぶつかったその先には……回り続けるドランザーの姿があった。 勝者、火渡カイ！！
レイとカイの激しい戦いの余韻も冷めぬうちに、タカオとマックスの勝負が近づいていた。意気上がるタカオ。そして遂に勝負の幕が上がる。まずは大地ｖｓリックのパワー対決！ 憎まれ口を叩きながらもこれまでに負かしたブレーダーの思いを背負って戦うリック。世界一を目指す大地。２人のパワーの衝突がスタジアムを大きく揺るがす！ リックの意地と決意に押される大地。だがタカオを倒すまでは負けないと自分に誓った大地は、気合を振り絞ってこれを打ち破る！その姿を見てタカオは大地を改めてライバルとして見つめなおすのだった……。
対峙する両雄、タカオｖｓマックス。仲間でありライバルでもある２人の対決が遂に始まる。攻撃型のドラグーンと防御型のドラシエルはその性格ゆえに戦い方はシンプルだ。攻めきれるか、防ぎきるか……だがマックスはセオリーを破り自ら仕掛けた。ドラグーンの攻撃力が少しずつ奪われていくことに気付いたタカオはエンジンギアを発動。必殺技で勝負に出る！マックスもまたエンジンギアでこれに対抗。何と防ぎきった！？ 驚くタカオ。だがマックスは油断せず、鉄壁の防御でタカオを追い詰めていく。しかしタカオはタカオだった。ピンチに笑い、これに立ち向かう。最後はドラシエルの力を利用して再び必殺技を放つ。勝負の行方は！
決勝戦会場の日本へと戻ったタカオたち。しかし勝ち残った３チームで試合をどう組むかが決まらず、選手たちはしばしの休息を取ることに。大地と共に道場へ帰るタカオ。じっちゃんは勝利に向けてやる気満々のタカオに成長の跡を感じる。一方調子の上がるＦサングレのジュリアとラウルも、古巣のサーカス興行を訪問し、旧交を温めていた。そして遂に試合形式が決まる。ＢＢＡレボリューションｖｓＦサングレの勝者がネオボーグと決勝を戦うことに！ ここでＢＢＡレボリューションはＦサングレに再びタッグバトルを挑んだ。以前と違って今のタカオたちに奢りはなく、傷ついたドラグーンもキョウジュの手によって生まれ変わっている。強敵との勝負にタカオと大地は燃えていた！！
ＢＢＡレボリューションｖｓＦサングレの火蓋が遂に切って落とされた。先手はＢＢＡ。ドラグーンＧＴのパワー、そしてタカオと大地の連携がＦサングレの意表を突く！ 驚き、焦ったジュリアは頭に血を上らせ逆にピンチに陥るが、ラウルがこれを見事にカバーして凌ぎ、逆襲に転じる。タッグ戦の経験値に優るＦサングレはここから徐々に盛り返し、試合は一進一退の攻防を経てジュリアたちに有利に傾き始めた。果たしてタカオたちに勝機はあるのか？ 長時間にわたる試合で疲労しきった４人。しかし同時に彼らは極限状況の中で充実感を 感じ楽しんでいた。そんな中でタカオは遂に勝機を見出す。サングレの戦法を参考に放つ大地との合体技がＢＢＡレボリューションに勝利を呼ぶ！！
Ｆサングレとの戦いに勝利を収めたＢＢＡレボリューションは次なる試合に向けて意気も上がっていた。が、対するネオボーグは全くの無傷。ヒトシはタカオたちを休ませ、キョウジュとヒロミはベイの修理・調整に全力を尽くす。一方、決勝前のイベント、エキシビジョンマッチではレイやマックスがやはりタカオたちのために少しでも時間を稼ごうとしていた。そしていよいよ時は来た。決勝戦は大地ｖｓユーリで幕を開ける！ ドラグーンの修理に必要な時間を稼ぐため大地は持久戦に持ち込むが、ユーリはここぞと攻め立てる。だが作戦は成功し、傷つきながらも大地は最後の勝負をかける！ 互いの必殺技が炸裂したその結果は……引き分け！
激しい戦いの末、力尽き果てた大地とユーリに大転寺会長は正式に引き分けの裁定を下し、第２試合の勝負で優勝を決すると発表する。そこへ現れる傷だらけのカイ。その手には新たなドランザーが。ハンデを嫌ったカイはチームメイトのセルゲイたちと今まで訓練をしていたのだ！その意気を感じ燃えるタカオ。大転寺会長はここでとっておきの場を用意する。アリーナ全体を使った広大な関が原スタジアムで、今決勝戦が幕を開ける！ これまでの戦いで得た経験を生かして戦うタカオに対して、己自身の力のみを信じて戦うカイ。それはタカオに勝つために、カイが選んだスタイルだった。その生き様を賭けて２つのベイが火花を散らす。 勝負の行方は？
> ドラグーンとドランザー。タカオとカイの想いを乗せたベイのぶつかり合いは何とスタジアムさえも破壊する。倒れ伏す二人。ここで大転寺会長はこれ以上の危険を憂慮し、両者優勝にしようとする。が、それを遮ったのはカイの叫びだった。そしてタカオも決着を付けることに異存はなく、マックスやレイもまたそれを支持していた。そして観客全てが見守る中、最後の一撃が放たれる！駆け抜 ける２つのベイが激突する！！ タカオとカイの想いが、見ている皆の胸を熱くさせ、皆の歓声が勝負を後押しする。そして激突の末、最後の最後でわずかに勝ったのはドラグーンだった！ そして熱気冷めぬまま大会はＢＢＡ優勝で幕を閉じる……。
世界大会に優勝したタカオたち。しかし雑誌などで取り上げられるのはタカオばかりで大地は面白くない。このままパートナーで終わるつもりのない大地は書置きをすると一人修行の旅に出た！ とは言え、計画もなければうまく行くはずもなく、ヒロミに捕まったりキョウジュに引っ張られたり、猫にアンパンを奪われたりと散々。ならばと目についたトラックの荷台にこっそり乗り込む大地。果たしてその行き先はどこに……？ 止まったトラックから降りた大地はそこで買い物帰りマックスたちと出会う。事情を察して大地を食事に誘うマックスだが、些細なことでベイバトルする羽目に！そこで大地は自分より強い相手がいることを実感する。
ある朝、その事件は突然ニュースで知らされた。何と大転寺会長が辞職し、ＢＢＡは新たにプロリーグを立ち上げるための組織へと生まれ変わるというのだ。驚いたタカオはヒロミ、キョウジュと共にＢＢＡ本部へと向かう。しかし、本部は改修中で近づくこともできない。そして進展のないまま数日が過ぎたある日、タカオたちは偶然にも大転寺会長を公園で発見する！ 事情を聞くと、世界大会中に周到な根回しをしてＢＢＡを乗っ取った者がおり、近日中に発表会を行うらしい。タカオたちは事情を確認しようと会場に乗り込むが、そこに現れたのは何とアイドルのミンミンだった……。
かつてロシア代表としてボーグ軍団を率いて聖獣兵器による世界征服を目論んだ男、ヴォルコフ。ＢＢＡを乗っ取りＢＥＧＡを立ち上げたのはこの男だった。 しかしヴォルコフは、警戒するタカオたちに事情説明も兼ねて施設内を案内する。そこに抑圧されたブレーダーの姿はなく、訓練する皆が生き生きとしていた。ヴォルコフは過去の敗北を期に改心し、世界中のの子供たちのために組織とプロリーグを立ち上げたのだと言うのだった それを信じられないタカオはヴォルコフに詰め寄るが、ブレーダーの一人モーゼスに止められる。そしてＢＥＧＡのブレーダーとして誇りを持つモーゼスはヴォルコフを侮辱するタカオに真っ向勝負を挑んできた！
中国は白虎族の村。そこでは不思議な現象が起きていた。マオやライ、キキ、ガオウたちの前にふわりと姿を現し、そして消えた少年。鳥のように空を舞う彼は？ 一方、タカオたちは以前とはがらりと変わったヴォルコフについて困惑していた。新聞などでは既にタカオがＢＥＧＡに参戦する記事が踊っているが……。 そして翌日の白虎族の村。練習中のバイフーズの前に再び謎の少年が舞い降りる。ミステル、それが彼の名前だった。彼に対する印象は皆それぞれ違ったが、レイは彼の行動や周囲の状況からある推測を導き出す。そう、彼もまたブレーダーだったのだ。ライとレイは、彼の真意と実力を見定めるべくベイバトルを挑む！
果たしてBEGAに参加するべきか否か、ヴォルコフを信じていいのか悩むタカオ。それは以前のヴォルコフを知る者に共通する悩みでもあった。一方、ネオボーグのユーリたちは再び現れ、怒りに燃えてＢＥＧＡを叩き潰すべく動き出す。かつてヴォルコフに兵士として操られた彼らにとってＢＥＧＡは到底認められるものではなかったのだ。そのユーリたちと偶然出会ったタカオは、彼らの問いに心の内 に引っ掛かる物を感じるのだった。 遂にＢＥＧＡへ乗り込むユーリたち。ヴォルコフの弁明も怒りに燃える彼らに通じる訳はなく、ＢＥＧＡのブレーダーとのバトルで決着をつけることに。だが、先鋒を下したユーリたちの前にガーランドが立ちはだかる！
ＢＥＧＡのブレーダーの１人であるガーランドとユーリの戦いはヴォルコフの周到な手配により瞬時に世間に広まり、公開試合となってしまった。ユーリはならばと全力でバトルに挑むが、ガーランドはその攻撃をことごとく見切り、ユーリの必殺技でさえ押さえ込んでしまう。しかし観客へのアピール が足りないと判断したヴォルコフは、息も絶え絶えのユーリを完全決着のデスマッチへと追い込む。 健闘空しく倒れたユーリに駆け寄ったタカオは、ヴォルコフの狙いを知った。やはりヴォルコフは変わっていなかったのだ。 怒りのタカオはＢＥＧＡに決別する！！
ＢＥＧＡに挑戦を突き付けたタカオに対し、ヴォルコフは５対５のチーム戦で決着を付けようと申し出た。タカオは当然受けて立つ構えだが、カイが敵に回った今、メンバーは４人しかいない。そしてＢＥＧＡが打ち出したプロを目指すブレーダーに向けたＩＤ登録サービスによりベイのパーツを揃えるのも困難な状況に。更には何とヒトシがＢＥＧＡのコーチに就任したというニュースが！！思わぬ苦境に荒れるタカオ。 一方、世界大会でタカオと全力の勝負が出来なかったレイはにその想いをぶつけた。友としてライバルとして、迷いを払うための真剣勝負がここに始まる。それは駆けつけた仲間たちをも引き込むほどの熱いバトルだった！
ヴォルコフがＢＥＧＡの秘密兵器と呼ぶ少年、ブルックリン。ヒトシは彼のコーチに付くことになった。 一方、タカオたちはベイを極限まで酷使したために、キョウジュによる新たなベイの開発を待つ状態だった。しかしパーツが足りず思うようには進まない。その間にもＢＥＧＡのメンバーは各々訓練を進めていく。そんな中でガーランドはカイとの手合わせを行う。双方譲らぬ激しい衝突は練習用スタジアムを崩壊させる程だった。 そのガーランドをして天才と評させるのがブルックリンだ。ブルックリンにヒトシはタカオの必殺技を解析し伝授するが、何とブルックリンはそれ独自にアレンジして凄まじい威力を引き出して見せる。
ＢＥＧＡのＩＤ登録作戦によりパーツを入手できないタカオたちは、新ベイの開発に行き詰っていた。そこへ現れる世界大会で戦ったライバルたち。彼らもまたＢＥＧＡのやり方に反発し、共に戦うべく来日したのだ。アメリカからはエミリーたちが、パーツの素材を持ってきたためキョウジュは喜色満面で作業を再開する。そしてタカオは新ベイの完成に備え、仲間たちと共に特訓を行うべく、山中の合宿所へ向かうのだった！ 対抗戦メンバーは５人。しかし集まった皆もまたその枠を狙って火花を散らし、互いに切磋琢磨していく。そして遂に完成する新ベイ。だがそれは予想外の潜在能力を秘め、タカオでさえ扱いきれぬ代物だった……。
あまりの扱い難さに新ベイをまともに回すこともままならないタカオたち。一方、ヴォルコフは情報をうまく操作してマスコミにアピールすることでタカオたちを悪役に仕立て挙げ、タカオたちとの5対5バトルを「ジャスティス5」と命名する。そんな事とは露知らぬタカオたちは尚も苦戦中。だが思い通りにならないベイが暴走を始め、タカオと大地は山の中を追いかけ回す羽目になってしまう。 マックスとレイも壁に突き当たるが、それを救ったのはリックやマオだった。仲間たちの言葉や思いやりは彼らを初心に還らせていた。 山中を駆け巡っていたタカオたちもまた無心に楽しんでいた最初の頃を思い出す。理屈ではなく楽しむために・・・。そしてベイはその想いに応えるのだった！
まだ完全ではないが、ヘヴィメタルシステムの扱いを習得しつつあるタカオたち。だが今度の対ＢＥＧＡ戦の登録選手は５名でまだメンバーが足りていない。だが、そこへリックやマイケルが名乗りを上げる。 一方、ＢＥＧＡでは代表選手決定戦が大々的に行われることになった。
激しくブルックリンに仕掛けるカイ。しかしブルックリンはそれをことごとく避け、カイを追い詰めていく。持って生まれた天性の才能はカイのこれまでの努力を容易く上回るのか……奮戦空しく倒れるカイ。唖然とするタカオたち。だがＢＥＧＡの代表が決まった以上、タカオたちも最後の選手を決めない訳にはいかない。自分を、と手を挙げるリックたち。だが、タカオはもう少しだけ待ってくれと頼む。その胸にある思いとは……。 遂に対決の時、試合会場に出たタカオたち５人。何と５人目は覆面のミスターＸ！ヴォルコフは笑って見過ごすが本当の５人目は間に合うのか？ そして第一試合、大地ｖｓミンミンの戦いが幕を開ける！
いよいよ始まった『ジャスティス５』。ミンミンのアイドル然とした所が気に食わない大地は始めから全力で攻め立てる！ が何とミンミンはそれを真っ向から受け止めた。驚くタカオたち。思わずミンミンを応援して怒られるキョウジュ。試合は何とテンションを上げていくミンミンへと傾いていく。彼女は歌うことで自分の能力を最大に引き出すのだ！ だが、ミンミンの実力を認めた大地は、自分もまた雄叫びと共に最後の力を振り絞る！閃光に包まれるスタジアム。そして回転を止めるガイアドラグーン。しかし大地に悔いはなく、タカオたちも決意を新たにする。
ジャスティス５第二試合はレイｖｓモーゼス。妹モニカの手術が行われるのと同じ日に試合とあってモーゼスのテンションは最高に高まっている。一方のレイも精神を集中し、準備万端。そして戦いが始まる！パワー全開で突進するモーゼスに対し、レイは動きを見切ってカウンターを仕掛けていく。これが見事に決まって流れは徐々にレイに傾く。しかし、モニカのためにも負けられないモーゼスはこの逆境を気合と意地で挽回する！！ 流れは完全に拮抗し、もはや互いの思いと意地の対決になりつつあった。そして最後の必殺技がぶつかりあい、再び会場が光に包まれる！未だ回り続ける２つのベイ。しかしレイのドライガーはスタジアムアウトに！
善戦しつつも２連敗で後がなくなったタカオたちＧレボリューションズ。次はマックスの番だが……防御を主体とするマックスに対し変幻自在の攻撃を持つミステルが有利というのが概ねの予想だ。当然面白くないマックスに、リックはこれまでやってきた自分とベイのあり方を問う。そして試合開始！マックスはいつもとは違う出だしで周囲を驚かせるが、最適な位置取りと、見切りでミステルの攻撃をことごとく弾いて見せる！！ 得意の変幻自在な攻撃を全て防がれたミステルはさすがに攻め疲れを見せるが、マックスもまた限界を迎え、最後の勝負に出る。結果は、何と両者スタジアムアウトで引き分けに！勝負は次へと持ち越されることに。
ＢＥＧＡとの勝負は５戦中で既に２敗１引き分けとなり、後がなくなったタカオたちＧレボリューションズ。タカオは河原でレイやマックス、大地を相手に特訓を続けていた。まだ決まらぬ５人目の選手。実はタカオは自分が２回とも戦い抜く覚悟でいたのだ。一方その頃、カイは手に入れた新ベイ・ドランザーＭＳを手に練習を開始していた。しかし今度のベイはそう簡単には扱えず、思うままにならない。その時、そこに現れた人物とは？ 通りがかったロメロはカイの練習に割って入り、そしてカイが新ベイを扱うために必要なことを気付かせるよう振る舞う。カイもそれに応え、ドランザーを操って見せる。迷いはもうない。そしてカイの行く先は……。
遂に始まる第４試合。余裕のブルックリンはガーランドに試合を任せて、自分は一休みという状態だ。しかし決意の表情で現れたタカオは、改めて第４試合の選手を呼び出す。そこに現れたカイは、ブルックリンを逆指名し勝負を挑む。驚きとブーイングに包まれる会場だが、ＢＥＧＡはこれに応じた。そして試合開始！ 以前の戦いと同じようにカイの攻めを軽くあしらうブルックリン。しかしカイはひたすらに攻め続ける。その狙いとは？ ブルックリンの力の本質を見定めていたカイは、自分の怒りや悲しみだけでなく全ての感情を込めてドランザーに力を注ぎ込む。そして遂には命すらも掛けて、ブルックリンの牙城を突き崩そうとするのだった……。
生まれ持った才能ゆえに努力することなく全てにおいて頂点を極めるブルックリン。彼の力とはまさにブラックホールのようなものだった。だが、カイは己の全てを掛けて神をも超える領域に挑戦する。ゼウスベイから放たれる黒い雷に打たれ、何度となく吹き飛ばされてボロボロになっていくドランザー。しかしその回転は弱まりこそすれ止まらない。その姿、見たことのない状況にブルックリンは初めて恐怖を覚え、取り乱すことに。 そしてカイはベイへの愛、そして魂を込めて最後の攻撃を仕掛けた！会場を揺るがす衝撃が走り、遂にカイはリベンジを果たす。そしてタカオに後を託し、また再戦を誓うカイ。だが彼の力は既に尽き果てていた……。
ＢＥＧＡ最後の戦士ガーランド。スポーツの世界をことごとく制覇する彼らの一族、ツェットバルト家には勝つための家訓がある。家の名誉のため戦うというガーランド。一方のタカオはこの勝負を、強い相手と戦えることを純粋に喜んでいた。いつものタカオだ！そして遂に最後の試合が幕を開けた。先手はタカオからだ。対するガーランドは家訓を呟きながらこれに応じ、更には逆襲していく。その正確さに追い込まれていくタカオ！ しかしタカオはガーランドを自分の領域に引き込んだ。戦うのは家訓じゃない、自分達自身なのだ！２人の戦いは白熱し、その顔には笑顔が浮かぶ。これこそが本来のベイバトル。そして遂にタカオは勝利を掴む！！
波乱を呼んだジャスティス５は２勝２敗の１引き分けという互角に終わり、決着の第６試合を行うことに。ＢＥＧＡはブルックリンを選手に選び、再び戦わせようとするが、精神的に追い詰められた彼はベイを手に取ることさえできなかった。一方、ヴォルコフはタカオの力を削ぐ為モーゼスとミンミンを刺客として送り込む。共に今の立場をヴォルコフに与えられた２人は逆らえず、タカオのドラグーンを狙うのだが……。 しかしブレーダーの誇りを知ったモーゼスはやはり闇討ちはできないと断念。タカオと和解するのだった。その頃、最悪の形で復活を遂げたブルックリンは、その狂気に彩られた力を振るう。果たしてタカオの運命は！？
長い戦いに遂に終止符が打たれるその日がやってきた。ＢＢＡレボリューションからはタカオが、ＢＥＧＡからはブルックリンがスタジアムに立った。だが現れたブルックリンの余りの変わりようにタカオも会場の皆も驚きを隠せない。ガーランドの助言は正しかったのだ。そして遂に戦いの火蓋が切られた！先手はタカオだ。ドラグーンの連続攻撃がブルックリンのゼウスを攻め立てる。だが、ゼウスはその攻撃を受け止め押し返していく！ 本気になった天才の力は凄まじく、何度となく吹き飛ばされ叩きつけられるタカオとドラグーン。そこにあるのはブルックリンの冷たい心の闇……。だがタカオはベイを愛する心でそれを打ち払うべく立ち上がる！！
天才ゆえに孤独だったブルックリンは真正面からぶつかってくるタカオに対して拒絶反応を見せ、それは強烈な攻撃となってタカオに襲い掛かり、その余波は観客たちにさえ及んでいた。それでもマックスやレイたちはタカオを信じてその場を離れない。彼らの想いこそが倒れそうになるタカオの背中を支えていたのだ。驚くブルックリンにタカオはそのベイ魂の全てをぶつける！ そして輝く光の中でドラグーンも新たな姿へと進化した！！ 闇は吹き飛ばされ、後にはブレーダー２人の純粋なぶつかり合いが残る。それは観客達の心をしっかり掴んでいた。そして、ここにヴォルコフの野望は潰え、再びベイブレードは子供たちの手に戻っていくのだった……。
（Ｃ）青木たかお・ＢＢ３プロジェクト・テレビ東京
