ベイブレード世界大会を制したＢＢＡチームは解散し、マックスはアメリカ、レイは中国へ渡った。カイだけは行方が判らない。そしてタカオは平穏…でもなくじっちゃんの稽古から逃げ出す毎日を送っていた。世界一に なろうと、ベイブレードへの情熱が冷めることはなかったからだ。相変わらず悪乗りする所を心配するキョウジュをよそに絶好調のタカオ。何しろその日は、町内大会の優勝者とバトルする予定が入っているのだ…。 その大会決勝…勝負は圧倒的な力の差を見せたミスターＸを名乗る謎の少年の勝ちに終わった。そして、その非情なまでの闘い方はタカオのドラグーンさえ弾き飛ばす！ 恐るべき実力を秘めた少年…彼の正体は一体？
謎の少年の操るベイの前にタカオは為す術なく敗れた。タカオとキョウジュはその敗因を探るが、肝心のデータがきちんと取れておらずどうにも進まない。一方アメリカのマックス、そして中国のレイの前にも謎の挑戦者が現れる。気軽に挑戦を受け、タカオと同様に不思議な輝きを放つベイの前に敗れ去るマックスとレイ。その知らせとデータを受け取ったキョウジュは、別の角度から謎の輝きの正体を再び調査し始めるのだった。 その頃、タカオはクラスの女子たちに居残り掃除を迫られ、逃亡中だった。しかし、逃げ回った末辿り着いた公園で、再び謎の少年と出会う事に。今度こそとドラグーンを構えるタカオに果たして勝機はあるのか…？
タカオが謎の少年オズマと公園で対峙していた頃、キョウジュは何とか謎のベイの正体の掴もうとしていた。急ぎタカオの元へ向か い、それを伝えるキョウジュ。何とオズマのベイは、目に見えない聖獣の力を使っていたというのだ。改めて闘志を燃やすタカオは渾 身の力でドラグーンをシュート！ そして見えないオズマの聖獣に応じて青龍を呼び出そうとするのだが……。その時、公園の一角で 試合を撮影する黒服たち。彼らは一体…？ 黒服たちはギデオンという男の指示でタカオたちのデータを集めていた。その狙いは聖獣にあるらしい。そのデータを得るた めに、彼らはその魔の手をキョウジュへと向けられようとしていた…。
キョウジュは、突然現れた謎の男たちに、居合わせたヒロミと共に捕まってしまった。車で連れ去られる二人を追いかけようとするタカオだが、間に合わず失敗。そこで鳴り響いた公衆電話は、タカオに「二人を助けたければ指示に従え」と告げる。無茶な要求に応えて町中を走り回ったタカオは、やがて海の上の老朽船へと辿り着いた！ そこで捕われのキョウジュたちに再会するが、透明な壁に阻まれてしまう。そこへ響く黒幕の声…！？ 黒幕のギデオンは人質を盾に、ベイでの勝負をタカオに持ちかけた。その狙いは聖獣である青龍の捕獲。だが、大苦戦の末タカオは青龍と共にその罠を突破することに成功。見事にキョウジュたちを救い出すのだった…。
聖獣を狙う２つの敵がいる。キョウジュはタカオにそう自分の予想を語った。そして連絡の取れないマックス、レイ…そしてカイの身を案じる二人。その頃、行方の知れなかったカイは、ベイを操ることをやめ学校の寄宿舎に入っていた。だが、彼の元にも謎の刺客ドゥンガの手が伸びる。しかしカイはドランザーを封印しており、戦おうとしない。カイを慕う少年ユウヤは、そんな彼に苛立ち、代わりに挑戦を受けようとするのだが……。 案の定ユウヤにドランザーは操れず、ドゥンガに為す術なく敗れた。遂に立ち上がるカイ。激しいベイのぶつかり合いは引き分けに終わるが、カイは新たな強敵の出現に再び闘争心が燃え上がるのを感じるのだった。
ある目的のため聖獣を捕獲しようとしているギデオン。その本拠地はギデオン・チャンバーと呼ばれ、様々な研究やブレーダーの養成が行われていた。そこで開発された特殊アイテム「マグトラム」を携えた次なる刺客、スネーキーが動き出す。一方その頃、タカオはオズマに借りを返すべく、徹夜の張り紙作りに一 生懸命。だが、翌日キョウジュたちと共に張り紙を配ろうとする所へ、スネーキーの邪魔 が入った。その挑戦を受けるタカオだが…。 マグトラムの効果は、青龍を磁力の檻に封じるほど強力で、タカオは大苦戦を強いられる。しかし、そこへ現れたカイの一言がタカオの闘志に火を付け、力を取り戻した青龍の一撃で逆転勝利を収めるのだった。
タカオとスネーキーのバトルからデータを得たギデオンは、世界チャンピオンであるＢＢＡチーム４人の聖獣を欲していた。一方キョウジュはマグトラムのデータをアメリカへ送り、マックスの母ジュディに解析を依頼する。今はタカオもカイも、自分たちを取り巻く相手の情報を求めていた。そんな時ヒロミはＢＢＡの大転寺会長に会えば、と案を出す。しかし、その頃ＢＢＡでは……？ なんとギデオンは新たな刺客ダリルをチーム・サイキックとしてＢＢＡチームに挑戦させようとしていたのだ！ 偶然そこへ来る形になったタカオたちはその挑戦を受け、遂にＢＢＡチームは復活へと動き始める！！
マックスとレイが来日し、タカオたちＢＢＡチームはさっそくチーム・サイキックとの勝負に向けて強化合宿に入った。その目玉はマグトラムのデータを元にジュディが開発した「ＭＧコア」。しかしパワーアップはしたがタカオたちは元よりカイすらベイを操りきれない有様になってしまう。見かねたヒロミが基礎からの訓練メニューを作るもタカオと ケンカ別れする羽目に。それでも自分なりにトレーニングを続けるＢＢＡチームだが…。 自分の手足のように操るまでに至らず焦りを隠せないタカオ。その時カイはヒロミのメニューに目を付けた。意地を捨てて基礎からの再出発を図ったタカオたちは、ヒロミとも和解し、ＭＧコアを遂にマスターする！
決戦の会場へ向かうべくバスに乗り込んだＢＢＡチーム。だが、そこには睡眠ガスの罠が待っていた！ 目覚めたタカオたちは発信機付きのブレスレットを付けられ、見知らぬ廃墟に放り出されてしまう。ギデオンの仕組んだ罠に反発し、脱出しようとするタカオたち。それでも勝負を強要するギデオン。一度はタカオがその挑発に乗りそうになるのを止 めたものの、遂にマックスが捕まりベイスタジアムでの勝負を余儀なくされてしまった！ マックスｖｓカメレアン。姿を隠せる刺客を相手にマックスは大苦戦し、玄武の聖獣もスタジアムの仕掛けに捕獲されそうになる。しかし、ＭＧコアを得た玄武は罠をも引き千切って見事な逆転勝利を収めるのだった！
南海の孤島に放り出されたＢＢＡチーム。タカオは脱出を試みる途中で足にケガをしてしまった。しかし諦める訳にもいかず、勝負を受けて突破するか、灯台から助けを呼ぶかの二組に分かれて行動する事に。勝負を受けるべく森の中に入っていくレイ、マックス、タカオ。しかし油断した所を突かれ、あっという間に地の底まで連れて行かれてしまう。 そこは闇のスタジアム。待っていたのは次なる刺客、暗闇の帝王を名乗るバットだった！ 勝負はレイｖｓバット。卑怯にも暗闇を利用し、更には捕獲装置で白虎を捕らえようとするバット。しかし音を捉えたレイの渾身の一撃でドライガーは勝利する。一方、灯台に向かうカイたちの前にもブレーダーが現れていた！
灯台を目の前にするカイたち。しかしそこにはベイスタジアムと刺客のフィーゲルが待っていた。避けられぬと見て挑戦を受けるカイ。キョウジュも援護とばかり聖獣捕獲装置の妨害を試みる。罠を警戒するカイを、全力を出せぬと見て攻めるフィーゲル。徐々に押されるドランザー。しかしキョウジュが装置の無力化に成功し、カイは一気に逆転勝利を決める！ その頃、島の奥に進んだタカオたちにも最後の勝負が迫ってきていた…。 再び現れたダリルに立ち向かうタカオ。白虎も玄武も傷ついている今、自分が戦うしかない！ 足の痛みを堪え、仲間の声援を受けて吼える青龍とタカオ。そして大苦戦の末、ドラグーンがダリランザーを弾き飛ばす！！
無人島から大転寺会長に助けられたＢＢＡチームだが、タカオは足のケガで入院中だった。そして１週間後…見舞いに現れた大転寺会長に、タカオは改めて見えない聖獣を操るオズマたちを捜すことを頼み込む。一方、無人島で敗れたギデオンたちも、新たな計画…これまでのデータを基にデジタル聖獣を造り出す…を始めようとしていた。そしてオズマもまた仲間と合流するのだが……ドゥンガがカイと決着を付けようと先走ってしまう！ 挑戦状を叩きつけ、川原で対峙するカイとドゥンガ。勝負はやがて見えない聖獣と朱雀のぶつかり合いに！ だが、朱雀のデータを取ろうとするチーム・サイキックの横槍で勝負は中断されてしまうのだった…。
朱雀のデータを取って逃げ出したサイキックの車に張り付いた少年ユスフは、まんまとアジトへの潜入に成功し、デジタル聖獣の存在を突き止める。それを知ったオズマは、タカオたちの聖獣を成長させるべく行動を開始 した……果たして彼らの真の目的は？ そしてカイとドゥンガの戦いを見て触発されたタカオたちは、オズマ捜索を大転寺会長に任せ、訓練に励んでいた。そこへマックスのファンという女の子が訪ねてくるが…。 その正体は何とアメリカでマックスを負かした少女マリアムだった。リベンジを果たすべく勝負を挑むマックス。しかし玄武が優勢になりかけた所でユスフが乱入し、更にレイが参戦。タッグバトルになってしまう！？
マリアムとユスフの連携攻撃の前に敗れたマックスとレイ。だが、そこへ追いついてきたタカオがオズマに再戦を申し込む！ ドラグーンｖｓフラッシュレオパルド。仲間たちが見守る中、因縁の戦いが始まった。オズマの挑発に乗らず自分のペースで戦うタカオだが、聖獣の力ではまだオズマが優勢。しかしタカオの負けん気が青龍に力を与え、見事ドラグーンは逆転勝利する！ それを見たオズマは何故か悔しさも見せずに去るのだった。 その間にもギデオンの野望は形となりつつあった。遂にデジタル聖獣の試作型が完成したのだ。町内ベイブレード大会で猛威を奮った上、更に暴走するデジタル聖獣。その有様の一部始終をタカオたちは目撃するが…。
デジタル聖獣の存在を知り、タカオたちの聖獣を成長させようと仕向けるオズマたち。しかし、真の目的は四聖獣を手に入れることにあった。ただ、オズマだけは何か考えがあるようだが…。一方、タカオたちは聖獣を奪われないためのトレーニング中。そんな中、「聖獣が見たい」と言い出すヒロミ。しかし聖獣は簡単に見えるものでもない。挙句タカオたちの訓練の邪魔をしてしまい、ガッカリする始末。そこへ再びオズマたちが現れた！ ここぞとばかりユスフにリベンジを挑むレイ。しかし白虎は見えない聖獣の前に大苦戦し、追い詰められてしまう。その時ヒロミが叫んだ。「上よ！」見えない聖獣が一瞬姿を現し、レイはその隙を突いて逆転勝利する！
暴走を引き起こしたデジタル聖獣。しかしそれは改良され、遂に完成した。その使い手を捜すようギデオンは命を下す。一方、タカオがカイの新ベイ『ドランザーボルケーノ』と手合わせをしている所に割り込むベイが。それはカイの後輩ユウヤだった。カイを目指し、ブレーダー養成校に通う彼は弟子入りを志願する。ユウヤのためを思い、それを断るカイ。しかし諦めきれないユウヤは、チームサイキックの誘惑に乗ってしまうことに…。 デジタル聖獣を与えられたユウヤはカイに挑戦するが、そこへドゥンガが乱入する。戦いの中でパワーを増すデジタル聖獣だが、それはブレーダーの身心を蝕み、遂にはユウヤを再起不能に追い込んでしまうのだった。
完成したデジタル聖獣が自己進化することを知ったギデオンは、今度こそベイを操れるブレーダーを捜すよう命令する。が、デジタル聖獣の力を見たタカオたちは訓練にも身が入らず、いらぬ一言から遂にはケンカ別れしかけるが、ヒロミが機転を利かせて実行したバーベキューパーティで事なきを得るのだった。その頃、日本に降り立つ少年少女４人の姿があった。かなり腕利きのブレーダーらしいが、彼らの正体とは一体…？ そしてその４人は偶然か必然か、タカオたちと出会うことになる。ブレーダーの性(サガ）か、手合わせを通じて意気投合するタカオとケイン。しかし彼らはまだ知らなかった。これから互いに聖獣を賭けて争うことになるのを。
ギデオンのアジト…そこではケインたち４人組の１人、ジムがサイバードラシエルのベイをテストしていた。過酷な攻撃の中で自己進化するデジタル聖獣。ジムは辛うじてその力を制御するが、代償として力に魅入られてしまう。そしてチーム・サイキックは正面からＢＢＡチームに勝負を申し込むのだった。そこで対戦相手がケインだと知ったタカオは、それが納得できず、真実を確かめようと勢いでサイキックのアジトに潜り込む！？ タカオたちがアジトに潜入した頃、力に溺れたジムはケインに反発し、止めようとするゴウキのベイをも破壊してしまう。その様子を目撃したタカオは叫ぶ「お前は騙されているんだ！」。そしてケインは……。
デジタル聖獣の破壊力を目の当たりにして悪夢にうなされるタカオは、今のままでは勝てないと考え特訓を始め、キョウジュにもドラグーンの強化を頼み込む。が、レイにはそのなりふり構わぬ様子が、今までの自分を否定してるように見え、反発してしまう。そして同じくサリマもデジタル聖獣に疑問を抱いていた。ふらりと出掛けた先で偶然出会ったレイとサリマは、いっそ試合中止させようと約束し、行動を始める。しかし…。 サリマは、実力でデジタル聖獣を扱いこなしてみせるというケインの覚悟を知り、試合の中止を思いとどまる。一方のレイもカイの決意を聞き、悩みぬいた末に改めて自分らしく戦い抜くことを誓うのだった。
タカオがキョウジュに頼んだ改造ドラグーン…その姿は以前よりも攻撃的で、本来ベイブレードに定められたルールから外れたものだった。マックス、レイ、そしてカイもそれを良しとせずタカオを諭すが平常心を失ったタカオは聞き入れない。だが確かにドラグーンはタカオの心と同じにバランスを失っていた。そんな時、うまくベイを操れず途方に暮れるタカオの前にオズマが現れ、勝負を挑んできた！ 改造ドラグーンの真価が今！？ しかし勝負はタカオの一方的な敗北に終わった。現れぬ青龍を疑問に思うタカオにオズマは言う「いつものお前に戻れ！」と。仲間を信じ、ベイを信じる心。タカオはそれを思い出しドラグーンを元通りにするのだった。
ついにサイキックとの試合の日を迎えたＢＢＡチーム。タカオたちはこれまでの戦いを思い起こし、闘志を燃やす。一方でサイキックは舞台であるバトルタワーの準備に余念がなかった。そしてギデオンは聖獣を奪うべく、試合前からタカオたちに容赦のない妨害を仕掛ける。キリの無い妨害に苦戦するタカオたちだが、援護に現れたオズマたち４人組のおかげで試合場へ辿り着いた。そして第一試合の組み合わせは……マックスｖｓジム！！ しかし強化されたサイバードラシエルは予想以上に手強く、マックスは段々と追い詰められるが、それでもタカオたちの声援に応えて戦い続ける。そして遂には逆転し、サイバードラシエルを弾き飛ばすのだが…！？
逆転したはずのマックスだったが、サイキックは恐るべき反則で逆襲を仕掛けてくる。何と試合場自体がデジタル聖獣を修復するシステムになっていたのだ！ いくらダメージを与えても瞬く間に回復してしまう聖獣サイバードラシエルに対し、玄武は傷つく一方だった。タカオたちは何とか助太刀しようとするが、壁に阻まれてそれもかなわない。マックスは最後の一撃をサイバードラシエルごと修復装置にぶつけ、勝負を決めようとするが…。 先に力尽きたのは玄武だった。それを知ったドゥンガはそれを責める。しかしタカオたちはこの戦いを教訓として必ず玄武を取り戻すとマックスに約束するのだった。そして次の試合場に移ったＢＢＡチームの相手は…？
次なる相手はサリマ！ だがレイは、彼女がデジタル聖獣に捕われていることを見て取り愕然とする。そして迷いの残るレイはサイバードライガーを攻め切れず、逆にピンチに陥ってしまう。そこへ掛かる仲間たちの声。玄武を奪われたマックスの悔しさが、レイを後押しし、勝負は仕切りなおしに！ 正々堂々と戦うことでサリマの目を覚まそうとするレイ。やがてサリマもサイキックの作った罠を拒み、全力でぶつかり合うことを選ぶのだった。 激しく衝突するドライガーとサイバードライガー。それはサリマをデジタル聖獣の呪縛から少しずつ解き放っていく。そして最後の一撃の後…サイバードライガーは爆発して消え去ってしまった。レイと白虎の勝利だ！
勝負を１勝１敗とし、勢い付くＢＢＡチーム。第３試合はカイｖｓゴウキ！ その頃オズマたちは奪われた玄武の居場所をようやく探り当てたが、ドゥンガの先走りで奪回に失敗してしまう。試合の方は、カイが予想外の健闘でゴウキのサイバードランザーを追い込んでいた。しかしゴウキに焦りはない。それを怪しむキョウジュ。その理由はすぐに明らかになった。何とドラシエルの戦闘データがサイバードランザーに入力されていたのだ！ 異なる戦闘パターンに加え、ゴウキの姿がユウヤが重なり全力を出せずピンチに陥るカイ。しかしカイは、自分自身との戦いを仲間の声と共に乗り越えた！ 力を振り絞りドランザーがサイバードランザーと激突する！！
カイの勝利を受けて遂にタカオはケインと対峙した。だが、ケインは以前とは違いデジタル聖獣の呪縛を受けていた。更にギデオンは試合場を高圧電流のオリに囲んでしまう。それはタカオに対する罠であり、更にケインのサイバードラグーンを強化する仕掛けだった！ 高圧電流を吸い込みドラグーンを攻め立てるケイン。しかし電流のしびれに耐え、諦めずに立ち向かう青龍とタカオの姿が、ケインの心に以前の闘志を思い出させた！ 自分を取り戻したケインは、タカオと正々堂々の実力勝負を望み、激しくぶつかっていく。その闘志は聖獣たちにも影響を与え、遂にはサイバードラグーンが凄まじい勢いで成長を始めてしまう。果たして勝負の行方は？
サイバードラグーンは周囲の電流を取り込んで成長を始めてしまった！ ケインもそれを止めるどころか制御すらままならない状態だ。奮戦するタカオと青龍だが、サイバードラグーンは徐々にタワーすら取り込み、更に強大になっていく。その力に再び操られるケイン。際限なくパワーアップする相手に、キョウジュはこのままではタカオ自身が危険だとバトル中止を呼びかけ、傷だらけの青龍の姿にさすがのタカオも諦めかけるのだが…。 青龍は自ら戦いの続行を選び、諦めるなと体を張ってタカオを激励する！ 更に駆けつけたサリマを平然と傷つけるケインを見て、タカオの闘志は頂点に達した。だが、かつてない強敵を前に勝機は見えるのだろうか？
タカオの闘志に応えた青龍は、再び力を取り戻しサイバードラグーンに立ち向かう。しかし、際限なく成長を続けていくサイバードラグーンは倒れるどころか遂にはケインの体が耐えられないほどにまで強大になりつつあった。激痛に苦しむケインだが、支配された意識はそれでも戦い続けることを選ぶ。それを救う方法はやはりタカオが勝つしかない！疲れはもう限界。それでもタカオは青龍と心を合わせ、最後の力を振り絞る。その時！？ ２つの心が生んだ黄金の輝きがドラグーンに宿り、その怒りの一撃が遂にサイバードラグーンを打ち破る！ それに呼応して爆発し崩れ落ちるバトルタワー。タカオたちはようやくナイトメアの野望を阻止したのだ…。
ナイトメアの野望を阻止したタカオたちは今、アメリカ行きの飛行機の中にいた。マックスの母ジュディが、傷ついたベイの修理とバカンスも兼ねて招待してくれたのだ。やがてジュディと再会した一行は、とある研究所へ案内される。そこにはメキシコの砂漠で発見された謎の石版…聖獣を呼び出せるらしい…の調査が進められていた。驚くタカオたち、そして興奮するキョウジュ。だが、国際的 な盗賊団が石版を狙っているというのだ…。 その矢先、何と研究所内部からの手引きで石版が盗まれてしまう。警察もてこずる中、自転車で飛び出したタカオが犯人に迫る。マックスも追いつくが、そこで見た犯人の顔、それはマックスの旧友アランだった！？
友人であるアランが盗賊団に荷担していたことを知り落ち込むマックス。しかし万が一に賭けて、約束した地元大会へと向かう。新しいベイを手に現れるアラン。それは盗賊団ボスの金髪女性が彼に渡した、石版の一部を組み込んだベイだった。昨夜のことを問うマックスに、自分に勝てたら全てを話すと約束するアラン。それを見て警察の介入を止めるジュディ。そしてアランのインパルスとマックスのドラシエル・バイパーが激突する！ １本目を辛うじて引き分けとし、自分の迷いとも戦い続けるマックス。しかし大切な友人のためにも負けられないと、必殺のバイパーウォールで勝利をもぎ取った！ しかし、石版の行方は…そして盗賊団の目的は…？
アメリカで奪われた石版の行方を追って急ぎ日本へと戻ってきたタカオたち。出迎えた大転寺会長は、かつて自分も不思議なエネルギーを発する石版の研究に携わっていた経験を語った。そしてザガートという人物により石版が奪われたことも。その後カイやレイは石版の捜索に加わり、タカオは完成したドラグーンＶ２のテストとしてキョウジュと練習試合を行う。が、新たなドラグーンは予想以上に扱いにくいベイとなっていた……。 １人河原で特訓に入るタカオだが、そこへ青龍を奪うべくオズマたち４人組が現れた！まだドラグーンに慣れていないタカオに、オズマのフラッシュレオパルドが襲い掛かる。果たして青龍は奪われてしまうのだろうか？
盗まれた石版と、唯一の手掛かりになりそうなザガートの行方は全く判らないままだった。しかしその間にもザガートは石版を解析して生み出したベイを、配下のブレーダー・フォクシーに与えて聖獣を奪う刺客としていた。そんな中、タカオは先日のオズマ戦で出会った少年ゼオと再会する。意気投合し、タカオにベイの教えを請うゼオ。だがタカオはそれを断る。ベイは自分で学んでこそ楽しみがある。それを知って欲しかったのだ…。 その頃、フォクシーがキョウジュたちを襲撃する。戦いに応じるレイだが、石版の力か聖獣を出してくるフォクシーに苦戦を強いられる。勝負はレイの逆転勝利に終わるが、その様子を観察していたオズマたちは…。
キョウジュの分析から、フォクシーの出した聖獣が奪われた石版の力によるものと判明し、驚くタカオたち。オズマたちも含め、青龍たち四聖獣を狙ってくる連中に怒りを覚えるタカオは、キョウジュに特訓メニューの制作を頼み込み、進んでそれを実行しようとする。だが、カイはそれがタカオの焦りと、未だ知れぬ敵の姿への恐れだと見抜いていた。そんな時、練習試合でタカオに惨敗しながらも特訓に励むゼオの姿をみたタカオは…。 勝つまで諦めず、全力を尽くす。必死なゼオの姿にタカオは自分の焦りを自覚し、改めて初心を取り戻すのだった。だが、一方でオズマたちがザガートに遅れまいと四聖獣を奪い取るべく総力戦を挑もうとしていた…。
ようやく石版の文字を解読し、聖獣を石版に封じる者の存在を知ったタカオたち。その時、ユスフが現れタカオたちを挑発する。再びＢＢＡチームと対峙したオズマは、自分たちの役割、聖獣の力を私利私欲のため悪用されないようにすることを語って聞かせる。しかしタカオたちに納得できる話ではない。焦ったドゥンガはついに行動に移り、レイがこれに応戦する！ だが新ボルテックエイプの圧倒的パワーがドライガーを弾き飛ばす！ 聖獣勝負でも逆転はかなわず、遂に白虎はオズマたちに石版へと封印されてしまった。落ち込むレイ。レイにとって白虎は今やなくてはならない存在だった。果たしてタカオたちは白虎を取り戻すことはできるのか…？
オズマに先手を打たれ焦るドクターＫは、ザガートに無断でクモ型聖獣を石版から呼び出し刺客を放った。一方、白虎奪回に燃えるタカオとマックスの練習を見ていたゼオは、そこに聖獣の姿を見る。驚き、強くなれるならと聖獣を欲しがるゼオ。しかしカイはゼオに「聖獣を持つ資格がない」と突き放すのだった。聖獣の存在に悩むゼオ。そんな時、彼はタカオが刺客に襲われる場面に出くわす。廃墟と化した洋館を舞台にバトルが始まる！ 敵のクモの糸に苦戦を強いられつつも、青龍と共に全力で戦い勝利するタカオ。その姿にゼオは自分の勘違いを悟る。後日、聖獣が戦いの道具でないと謝るゼオを、カイたちは初めて仲間と認め、暖かく迎えるのだった。
人ドランザーで練習中のカイが突然風に襲われた。狙ったように周囲の物まで切り刻んでいく風に警戒するカイ。タカオやマックスもまた同じように狙われ、ゼオは自分のベイ・ゼロニクスを破壊されてしまった。全てはドクターＫの刺客、カマイタチの聖獣の仕業だ。しかし目に見えない相手にタカオたちは迂闊に動けない。ならばと、レイが名乗りを上げるが、カイはそれを止める。そう、カ イは自ら戦いに出ることを決めていたのだ。 それを刺客がそれを見逃すはずもなく、ドランザーｖｓシザースイングの戦いが始まった。激しい風に傷つきながらも正体を見切って一気に勝負を決めるカイ。だがドランザーは見るも無残な姿になってしまった…。
白虎を奪ったドゥンガに挑発され、玄武を狙って動き出すセント・シールズのマリアム。しかし、ドクターKもまた新たな刺客をマックスへ差し向けていた。そんなこととは知らぬマックスを襲う石版聖獣のベイ！ マリアムもまたその様子を見つめる中、罠の張られた廃ビルへ誘い込まれてしまうマックス。そこは人工的に石版聖獣を強化する仕掛けがされていた。徐々にピンチに陥る玄武。その時マリアムが乱入し、石版聖獣に立ち向かう！ 無理な強化に苦しむ聖獣を倒し、ビットチップに戻すマリアム。しかし戦いの余波で廃ビルが崩れ二人は閉じ込められてしまう。脱出の最中、マックスはマリアムに聖獣の封印を賭けた戦いをやめるよう説得するが……。
四聖獣を封印するべく、セント・シールズは遂に全面対決を仕掛けた。これを受けて立つタカオたちＢＢＡチーム。レイもドライガーのパワーアップを果たし、８人のブレーダーが早朝の遊園地で向かい合う！ 最初の勝負はマックスｖｓマリアム。互いに譲らない攻防の中、マックスはマリアムのベイの動きを良く見て勝負を掛けるも、残念ながら引き分けに終わってしまう。ブレーダーとしての姿勢を貫くマックスに戸惑うマリアム……。 そして次の勝負、再び互いに譲らない攻防が繰り広げられる。ぶつかり合う互いの強い思いと意地。だが、自分だけでなくレイのためにも戦ったマックスが遂に激戦を制する。それを冷たい瞳で見ていたオズマは……。
次なる勝負はカイｖｓドゥンガ。互いの因縁に決着をつけるべく、ドランザーとボルテックエイプが激しくぶつかり合う。だが、状況不利と見るやユスフのバニシングムートが乱入！ 応戦するも押し込まれるカイを見たレイはドライガーＶ２をシュートした。聖獣のいないドライガーでは十分に戦えない。しかしそれでもレイはカイと共に戦う。そんな中、天候は悪化し、更には戦いの余波で起きた火災に４人は巻き込まれてしまった。 封印のため捨て身でくる二人にカイは追い込まれ、しかも飛び散る火花が更なる危険を爆発を呼び込もうとしていた。レイは皆と聖獣を護るべく我が身を省みず、ドライガーを放つ。その想いが白虎に届いた時……！
ＢＢＡチームとセント・シールズの勝負にも最後の時が来た。タカオｖｓオズマ。自分の使命のため引けないオズマと、青龍と共に自分のバトルを貫こうとするタカオ。その二人がぶつかり合う！ フラッシュレオパルドの猛攻、そして負けじとこれを弾き返す青龍。一進一退。これまでにも増して激しい戦いが繰り広げられていく。その中でオズマはフラッシュレオパルドの更なる力を引き出し、タカオと青龍を倒しに掛かった！ 対する青龍は例えベイが砕けようともタカオと共に戦うことを決める。アタックリングさえボロボロになり満身創痍な状態のベイで、自分の信じるもののため最後の勝負に出る二人。その果てにあったもの。それは……。
オズマたちセントシールズとの戦いを終えても、トレーニングに余念のないたタカオたち。そこへ久しぶりにゼオがやってきた。昨年に続いてワールドチャンピオンシップが開催され、自分もエントリーすることを知らせにきたのだ。新たな戦いを楽しみにするタカオたち。だが、そこへ乱入者が現れた。ドクターＫの刺客、デニーと石版聖獣クラーケンだ。これに応じたのはドライガーＶ２を手にしたレイ。そしてバトルが始まる！ 地の利と、卑怯な手で白虎を追い詰めるデニー。見かねて割って入るも善戦むなしく力尽きるゼオの姿に、レイは怒りに燃えて逆転勝利をおさめる。タカオたちはゼオの勇気を認め、ＢＢＡの一員に迎えるのだった。
いよいよ始まったワールドチャンピオンシップ。タカオたちは予選を戦うゼオを応援に来ていた。ゼオもまたその応援に応えて予選を勝ち抜き、タカオたちと純粋に勝負することを楽しく語り合う。だが、それは悲劇の始まりでもあった。ザガートは独断で動き続けたドクターＫを斬り捨て、自ら四聖獣を奪うべく動き出す。聖獣を狙う理由、それは彼の息子のためだったのだ。 偶然、父親ザカートとドクターＫの会話を聞き、タカオの敵が父であると知ったゼオ。彼は1人で悩み、苦しみ抜いた末、最強の石版聖獣ケルベロスを持ってタカオたちに挑戦状を叩きつけるのだった……。
ケルベロスのベイを手にトレーニングを積むゼオ。しかし最強と言うだけあって、その力は半端ではなかった。しかし苦しみながらもゼオは立ち向かっていく。一方、大会に参加するタカオたちもパートナーを決めるのに苦労していた。ヒロミの占いも絡んで一騒ぎした後、結局タカオとマックス、レイとカイでコンビを組む事に。だが、大会会場でトレーニング中のカイの元に、非合法のパーツハンター、キングとクイーンが現れる！ ドランザーのアタックリングに目を付け、問答無用で襲い掛かるキング。聖獣まで繰り出し、更にクイーンと二人掛かりで迫る相手に互角以上に戦い、これを退けるカイ。しかしドランザーもまた破壊されてしまった！？
キングとの戦いでドランザーを失ったカイのため、キョウジュは新たにドランザーＶ２を開発する。新ベイを手に借りを返すべく闘志を燃やすカイ。だが、キングたちの元にはドクターＫの魔の手が伸びていた。聖獣を奪うために二人を利用するつもりなのだ。一度はそれをつっぱねるキングだが……。そしていよいよ大会予選。タカオたちと再会したケインとジムがＢブロックを勝ち抜いた時、助けを呼ぶ少年の声がカイの耳に届く！ パーツハントを行うキングたちの所へ駆けつけるカイたち。そしてカイｖｓキングのリベンジバトルが始まる。聖獣をも繰り出した激しいぶつかりあい。だが、その余波で崖が崩れたため、勝負はつかぬままに……。
何とザカートは自ら大転寺会長へゼオとガルダを大会に出すよう提示してきた。その場を訪れたタカオたちは、そこで初めてゼオがザカートの息子であると知りショックを受ける。一方、ドクターＫは聖獣奪取のためキングとクイーンのトレーニングに余念がない。そしてゼオも圧倒的な強さで予選を制していた。この大会を軸に三者三様の思惑がぶつかろうとしている……。果たして勝者は？ 決勝大会の組み合わせ発表の席。そこにセント・シールズも出場者として現れる。だが発表が終わった所でキングが暴れ始め、会場は大変なことに。彼にとって目的は聖獣のみであり、既に前哨戦は始まっていたのだ。
いよいよ大会決勝の組み合わせが決まり、周囲が盛り上がる中、タカオはゼオになぜ聖獣を狙うのかを問う。しかしゼオは、きっぱりと「聖獣を守りたいなら戦え」とだけ答えるのだった。肩を落とすタカオを見て、オズマは挑発をかけるが、それも効果がないと判ると密かにあることを決心する。そして第一戦…ゼオ＆ガルダｖｓオズマ＆ドゥンガが始まった。 石版聖獣に対し、闘志を燃やすドゥンガは、ガルダを積極的に攻める。攻撃をかわされ激情にかられたドゥンガはガルダに返り討ちにあってしまう。オズマもまた全力でゼオを阻止にかかるが、ゼオとケルベロスの力はそれさえも跳ね除けた。勝利を誇示するゼオに、タカオは……。
第一戦でのゼオの戦いぶりに様々な思いを巡らせるタカオ。しかしカイの忠告がその迷いを断ち切る。その頃、タカオたちの対戦相手であるケインとジムはトレーニングに励んでいたが、あろうことかキングとクイーンに襲撃され、パーツを奪われベイまでも破壊されてしまった。それを知り、怒り心頭のタカオ。結局ケインたちは棄権し、次の試合キング＆クイーンｖｓマリアム＆ユスフが始まった。 だがキングはこの試合でも……。無理やり乱入し２ｖｓ２の試合に持ち込んだのだ。ユスフも聖獣でマリアムを援護するが、次第に分断されマリアムが倒される。そしてユスフも健闘空しく……。タカオたちはその実力を認めつつも怒りに燃える！
南アメリカ代表ペアを見事下して駒を進めるカイとレイ。だが、話題は次のキング＆クイーン戦にあった。そこへ現れるジュディ。マックスは母との再会、そして新型ドラシエルのプレゼントに大喜びだ。
準決勝第二戦、カイ＆レイｖｓゼオ＆ゴルドの幕が上がろうとしていた。まずはレイｖｓゴルド。得意のスピードで攻め込むレイ。だが、これまでの戦いを研究していたゴルドはこれを完全に見切っていた。
朱雀をゼオに奪われたカイ。そしてゼオは高らかに言い放つ。仲間など役に立たない、自分のために闘うからこそ僕は強いのだと。その言葉に苛立ち、迷うタカオ。
決勝戦の組み合わせ順はタカオｖｓゴルド、そしてゼオｖｓマックスとなった。始まる第一戦。これまでにない回転力でドラグーンを放つタカオだが…。
放ったベイとケルベロスの力に耐え切れず壊れていくゼオの体。何と彼はザガートが死んだ息子に似せて作ったロボットだった。ザガートは四聖獣の力で彼を人間に生まれ変わらせようとしていたのだ。
