松本に住む高校生・仰木高耶の身辺では怪現象が頻発していた。それは、親友・成田譲の奇妙な言動をはじめ、白昼、人間が突如蒼い炎に包まれるのを目撃したりと、日常では起こり得ない現象ばかりだった。更に、怪現象が現れるのと時を同じくして、高耶の前に直江と名乗る男が現れた。直江は、川中島が見渡せる場所に高耶を連れて行き、にわかには信じられない様な自分と高耶の正体と、課せられた使命を彼に語る。

“400年にも渡り宿体を換え生き続けてきた---“という信じ難い話をすぐに受け入れられるはずもなく、反発する高耶だが、直江は突如現れた骸骨武者を目の前で事もなげに調伏し“闇戦国”が現実に起きているという事実を突きつける。そして高耶自身も、上杉景虎としての記憶を失ってはいるものの、親友・成田譲の身体へ主君・武田信玄の魂を憑依させ、ゆくゆくは換生の際の宿体にと目論む武田方との戦いに否応無しに巻き込まれてゆく。

信玄の怨霊に憑坐にされた譲を救出する為に松本城に向かう高耶の前に武田方の骸骨武者たちが立ちはだかる。しかし、４００年間の永き間、宿体を換え生き続けてきた、上杉景虎の換生者であるという自分の正体と、怨将を浄化し冥界に送りつける未知の〈力〉を受け入れる事のできない高耶は苦戦を強いられる。あくまでも『自分は景虎ではない』と言い張る高耶に直江は挑発的な言葉で覚醒を促す。そして高耶の目の前に現れた譲は．．．

平穏な日々が戻ってきたのも束の間、高耶は再び奇妙な現象に遭遇する。高耶の親友を名乗る千秋修平という男に全く心当たりがないのだ。しかし、譲や紗織をはじめ、他のクラスメイトまでもが千秋を何の不思議もなく受け入れていた。不審感を募らせる高耶の前に冥界上杉軍の一員・柿崎晴家の換生者で現在は女子大生の門脇綾子と、直江が再び現れる。彼女は上杉随一の霊査能力を持ち“闇戦国”がらみの霊査の為に直江が呼びよせたのだ。

“クラスメイト”千秋修平の存在に相変わらず不信感を抱く高耶。直江は城北高校全体が奇妙な空気に包まれているのを感じ、高耶に気をつける様、忠告する。やがて、校内の各所で幽霊が目撃されたという噂が広まってゆくが、それは単なる幽霊騒ぎではなく、裏で“闇戦国”に関わる何者かが霊をあやつり引き起こした事件だった。徐々に活性化する幽霊事件の中、生徒たちにも直接被害が及ぶ事態が起こり、高耶は疑いの目を千秋に向ける。

益々過激になる幽霊騒ぎを鎮めるため、直江と綾子は城北高校へと向かう。時を同じくして高耶も”自分なりの決着を着ける”ために現場に赴くが、上杉に反発するあまり直江たちに素直になれない。やがて、何者かに操られ怨恨の念を増大させた霊たちの激しい攻撃が彼らに襲いかかるが、元々は善良な霊を調伏できず苦戦を強いられる。更に30年前の織田との激戦と同じ“吸力結界”が彼らの〈力〉を封じ絶体絶命の窮地に陥れられてしまう。

依然、自ら封印した景虎の記憶は戻らないものの、織田からの仕掛けにより期せずして、高耶は〈調伏力〉を取り戻した。しかし、それは織田方に景虎の存在を知らしめる結果となってしまった。数日後、かつての上杉の城へ鎮魂の為に直江と共に訪れた高耶は、自分の過去にまつわる壮絶な夢を見る。それをきっかけに、絶対的な信頼を寄せていた直江から、400年間に渡る2人の歪んだ主従関係と確執を吐露する衝撃的な告白をされる。

信頼していた直江が自分に対して抱いていた、感情に傷ついた高耶は、自らのコントロールを失い、＜力＞を暴走させてしまう。一般人に被害を与えかねない危険な行為を見かねた千秋は高耶を激しく非難する。やり場のない感情をぶつけることも叶わず、高耶は1人新宿の雑踏の中をさまよっていた。直江を『裏切り者』だと思いこもうとする反面、守られ脆くなった自分に高耶はとまどう。

新宿の街で倒れていた高耶は、見知らぬ男に助けられる。全く面識の無い筈のその男に高耶は奇妙な懐かしさを感じ、やり場の無い想いを激白する。一方、日光で起きた異変の調査の為、直江は“橘義明”として依頼主の浅岡麻衣子と共に現場にいた。交通事故で意識不明の麻衣子の弟・慎也が麻衣子の夢の中に現れ、助けを求めてきたというのだ。“赤い獣を殺してくれ…”と。更に華厳の滝に霊的な異常を感じた直江はそこで意外な人物と再会する。

景虎の実兄、北条氏照によって北条方に拉致された高耶を救出する為、直江は箱根に向かう。そこには“つつが鏡”に魂を封じ込まれ、もぬけの殻となった高耶の“肉体”が横たわっていた。『箱根の神力によって生かされているこの身体は“あと2～3日で肉体としての死”を迎えるが、弟・三郎景虎の魂が無事ならそれで良い』と言い放つ氏照と直江は激しく対立する。高耶としての17年間の人生は、三郎景虎としての400年の“生”にも劣らない、換えがたいものなのだと…

“六道界の脅威”と恐れられる成田譲の強大なる力を利用する為、北条家の長兄・氏政は日光で大がかりな儀式を執り行うべく、譲を屋敷に監禁する。そこでは織田方の森蘭丸が譲の力を覚醒させるべく、呪法を施していた。一方、依然として魂を“ツツガ鏡”に封じ込められたままの景虎は、あらゆる鏡を媒体に夜叉衆に命を下す。日光に向かった千秋は譲を救出するため、氏政の屋敷に潜入するが、そこには魂を食らう伝説の獣“ツツガ”が待ちかまえていた。

上杉を捨て北条家に寝返える意志を表明した直江は、信頼を得るため“仰木高耶の肉体を殺害せよ”との条件を氏照から突きつけられる。氏照が見届ける中、直江は清められ神力で守護された高耶の身体を穢し生命活動を停止させた。高耶を芦ノ湖で水葬に付したいとの願いを許された直江は、遺骸を抱いて船で湖上へ向かう。しかし、見張りの憑依霊を調伏し、ある行動に出ようとした直江の前に北条家に仕える忍び“風魔一族の頭”風魔小太郎が立ちはだかる。

日光では木縛(こばく)された霊魂をエネルギーとする、恐るべきパワーを秘めた「火合(かごう)の法」が北条氏政らによって執り行われようとしていた。千秋は、ツツガ鏡から解き放たれた高耶の指示により、「火合の法」を阻止する唯一の方法、「太元帥法」の呪詛の中心となる拠り所“覇者の頭骨”を手に入れるべく日光山に潜入していた。高耶は直江への複雑な感情を秘めながらも、上杉の総大将・上杉景虎として強大な(力)とカリスマ性を目覚めさせてゆく。