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月額料金 | 無料期間 | 見放題作品数 | ダウンロード | 同時再生可能端末数 | ポイント付与 |
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ある日の夜、宇宙から飛来した物体が地球に落下し、落下点近くの海岸をさまよっていたひとりの少女が保護された。それから17年後、地球軌道上に“機械帝国ガルファ”の前線基地“螺旋城”が出現する。螺旋城からは“機獣”と呼ばれる巨大ロボットが発進し、地球各地の都市が機獣に襲われる。ちょうどその頃、星見町へと引っ越してきた少年・草薙北斗は、これから通うことになる小学校で出雲銀河という少年と出会っていた。そこへ機獣オービトンが星見町にも侵攻し、2人は家に戻ろうと急ぐ。その途中、親とはぐれた女の子とであった2人は運動場へと逃げ込むが、オービトンに追われて絶体絶命。そのとき、地面から巨大ロボット“電童”が現われ、2人をそのコクピットへと迎え入れる。わけがわからず混乱する2人だったが、ベガという仮面をつけた女性から通信でアドバイスを受け、なんとか電童を動かせるようになる。そのままオービトンから逃げようとする2人だが、オービトンを倒さなければ町を守れないと説得され、勇気を出して戦うことに。ベガからギアコマンダーの使い方を教わった2人は、“疾風三連撃”で星見町を襲ったオービトンを撃破。さらに世界中から集まってきたオービトンをSP技の“閃光雷刃撃”で全滅させるのだった。
オービトンとの戦いで電池が切れた電童は、格納庫に収用される。電童から降りた銀河と北斗がエレベーターで地上に出ると、そこはなんと星見町にあるアミューズメントパーク。その地下には、対ガルファ用地球防衛組織“ギア”の本部がひそかに建設されていた。吉良国の案内でギア本部に向かった2人は、渋谷長官をはじめとするギアの人々から協力を依頼される。機械帝国ガルファは全宇宙の人類抹殺をもくろんでおり、地球を守るためには電童の力をもっとも発揮できる2人の力がぜひとも必要だというのだ。前向きに引き受けようとする銀河と、自分には無理だとためらう北斗。そんなとき、地球に潜入した3機将のチップたちが、電子の聖獣“データウェポン”を捕獲するため、2体の機獣を星見町に呼び寄せる。さっそく出撃しようとする銀河。町の人々を守るため北斗も電童に乗ることを決断するが、銀河と息が合わず電童の動きはチグハグなものに。操縦に手間取るうちに機獣がTV局を破壊し、TV局のコンピュータに潜んでいたデータウェポン“ユニコーンドリル”が実体化する。電童の武器にもなるデータウェポンを、ガルファに渡すわけにはいかない。機獣を倒しユニコーンドリルを捕まえようとする電童だが、機獣の爆発で崩れたビルの瓦礫が町の人々に向けて落下。北斗は人々を守ろうと電童を動かすが、その隙にユニコーンドリルは逃げてしまう。
電童のパイロットとなった銀河と北斗は、バトルスーツや通信機の支給を受ける。だが、パイロットになったことは身内にも秘密にしなければならず、出動の言い訳をするのもひと苦労。授業中に「ユニコーンドリル発見」の連絡を受けた2人は、仮病を使って学校を抜け出し、電童で出動する。一方、やはりユニコーンドリルを発見した3チップスも機獣パラボーンを呼び寄せ、電童とパラボーンの戦いとなる。パラボーンのビーム攻撃をいタービンで弾き返し、パラボーンを倒す電童。だが、外宇宙から電童と同タイプの巨大ロボット“騎士凰牙”が飛来し、圧倒的な戦闘力で電童に襲いかかる。さらに凰牙のパイロット“アルテア”はユニコーンドリルを自分のギアコマンダーにセーブしようとするが、間一髪のところでベガが阻止。ユニコーンドリルはマイクロウェーブに乗って、月方面へと逃げ去る。ベガは銀河と北斗に凰牙から逃げるよう指示するが、強気の銀河はあくまで戦うことを主張し、SP技の“閃光雷刃撃”で凰牙に立ち向かおうとする。だが、この技も凰牙には通用せず、エネルギー切れとなった電童は凰牙に捕獲され、螺旋城へと連れ去られてしまうのだった。
電童ごと螺旋城に連行された銀河と北斗は、檻の中に閉じ込められる。捕まった責任をお互いになすりつけ、いがみ合う2人。だが、やがて脱出のために力を合わせ、檻から逃げ出すことに成功する。一方、電童にひそかに乗り込み螺旋城へと潜入したベガは、アルテアの声をマネてガルファ素体に電池交換を命じ、脱出の準備を整える。逃げ出した北斗と銀河は、ガルファ素体に追われながらも電童のところにたどり着くが、あと一歩のところでアルテアが立ちはだかり絶体絶命のピンチ。そこにベガが助けに現われ、その隙に2人は電童へと乗り込む。その間にもつづく、ベガとアルテアの激しい攻防。ガルファ素体がアルテアの名を呼んだのを聞いてベガは動揺し、アルテアに仮面を割られてしまう。だが、仮面の外れたベガの素顔を見てアルテアは苦しみ出し、その隙にベガは電童とともに螺旋城を脱出する。電童を逃がすまいと追いすがる、無数のガルファ素体と騎士凰牙。電童は窮地に追い込まれるが、そのとき実体化したユニコーンドリルが電童の前に現われ、北斗がファイルセーブに成功する。ユニコーンの力を得た電童は、ファイナルアタックでガルファ素体を全滅させ、地球への帰還を果たすのだった。
ユニコーンを得た電童のパワーは、最高で80倍にも達していた。さらにデータウェポンには、電童の封印されし能力を解く作用もあるのだという。同時にそれは、もしもアルテアがデータウェポンをセーブすれば、凰牙が恐るべき力を持つことをも意味していた。やがて第三エネルギー基地にデータウェポン“バイパーウィップ”が現われ、電童と3体の機獣との間で争奪戦が始まる。いきなりユニコーンをインストールして機獣を撃破し、勢いに乗る銀河と北斗。しかしベガは、ユニコーンの力に頼った2人の戦いぶりに危機感を覚える。そのとき、バイパーウィップを狙って凰牙が現われ、銀河と北斗はファイナルアタックで凰牙を倒そうとする。だが、凰牙はこれをあっさりとかわし、電童は電池切れに。動けなくなった電童を尻目に、アルテアはバイパーウィップをセーブしようとギアコマンダーをかざす。銀河と北斗もギアコマンダーをかざすが、なによりも“自信”を求めるバイパーウィップはアルテアと契約することを選び、彼のギアコマンダーにセーブされる。アルテアはバイパーウィップを凰牙にインストールし、電童に向けてファイナルアタックを放つが、ベガの攻撃で狙いが外れて撤退。危うく難を逃れた電童だが、銀河は戦う自信を失ってしまうのだった。
凰牙に完敗したことで銀河は自信を喪失し、ギアコマンダーを机にしまい込んでしまう。拳法の稽古にも身が入らず、ふぬけた様子の銀河を見て母親のみどりは「気持ちの負けが本当の負け」だと叱咤する。一方、ショッピングセンターにデータウェポン“レオサークル”がいるのを発見した3チップスは、捕獲のため機獣を呼び寄せる。電童に出撃命令が下るが、凰牙に対する恐怖心を拭いきれない銀河は出撃を拒否。だが、機獣が向かったショッピングセンターにみどりと妹の乙女がいると聞いて、しまい込んだギアコマンダーを取り出し、電童に乗り込む。ショッピングセンターに到着した電童は機獣ファイタスとの戦闘を開始するが、逃げ遅れた人々を守りながらの苦しい戦いとなる。さらに、レオサークルをセーブすべく凰牙も現われ、電童にファイナルアタックを放とうとする。もしも電童がファイナルアタックを避ければ、逃げ遅れた人々が危ない。しかも、その中には銀河の家族もいるのだ。意を決した銀河は正面からファイナルアタックを迎え撃つ構えをとり、電童と凰牙のファイナルアタックが同時に放たれる。その結果、電童は機獣の破壊と凰牙の撃退に成功。レオサークルはどこかに去ってしまったが、銀河は戦う自信を取り戻すのだった。
電童で出撃することが増え、銀河と北斗は授業やその他の用事から抜け出すことが多くなる。そんなある日、北斗の父親・圭介がサッカーのチケットを手に入れ、親子で観戦に行くことになった。だが、試合当日に機獣が現われ、電童で出撃している間に試合が終わってしまう。ガッカリする圭介を見て、家族にまでウソをつくことに心苦しさを感じる北斗。その苦しい胸の内を知るベガは北斗をいわたりつつも、電童の秘密は守らなければならないと諭す。一方、同じ悩みを持つはずの銀河は「ウソをつくのもしょうがない」と割り切っているようで、あまり悩んでいる様子もない。そんな彼の机には、とても母親には見せられない0点の答案用紙が山のように隠されているのだった。後日、圭介が新たに3枚のチケットを用意しあらためて観戦に行くことになるが、データウェポン“ブルホーン”を狙って機獣が港に出現。こんどこそ観戦に行くんだと決着を急ぐ北斗だが、機獣の攻撃から港を守るために苦戦を強いられる。だが、燃えさかる港の炎に興奮したブルホーンが機獣に突撃し、その機に乗じて電童は機獣を撃破。試合に間に合った北斗は家族と観戦を楽しむ一方、銀河は0点の答案が見つかり母親にこってり絞られるのだった。
学校のウサギ小屋当番を忘れた銀河と北斗は、見知らぬ少女に叱られる。その少女は、銀河と北斗のクラスに転校してきたエリスという少女だった。ちょうどその日は、ガルファ襲来を想定した避難訓練が行われる日で、エリスも交えて訓練が始まる。ところが、学校のシステムにレオサークルが侵入した影響で学校中の窓とシャッターが閉まり、銀河、北斗、エリスの3人が校舎に閉じ込められてしまう。しかも、レオサークルを捕獲しようと機獣が学校に現われ、凰牙も螺旋城から発進。電童で出撃しようにも銀河と北斗は外に出られず、そもそもエリスが見ている前では電童を呼ぶこともできない。だが、エリスが学校のシステムに侵入して窓のロックを解除し、3人は校舎から脱出する。銀河と北斗は電童を呼び寄せるが、電童にとっては生徒たちを守りながらの不利な戦い。それを見透かした凰牙はファイナルアタックを放つが、なんとレオサークルが実体化して電童のピンチを救う。レオサークルの助けもあって電童は機獣の撃破と凰牙の撃退に成功し、銀河はレオサークルのセーブに成功する。銀河たちが意気揚々とギア本部に引き上げると、そこにはなぜかエリスの姿が。なんと彼女は、データウェポン研究のためにやって来たギアの研究員だったのだ。
電童はレオサークルのテストも兼ねて、地球に向かう巨大な隕石を破壊する。レオサークルの威力は絶大で隕石は砕け散るが、その破片にはガルファの機士が潜んでいた。一方、エリスはデータウェポンの追跡プログラムを完成させるため、銀河と北斗からギアコマンダーを借りる。ギアコマンダー貸している間は2人もギア本部に詰めていなければならず、せっかくの日曜までエリスの研究で潰されることに。エリスに不満を抱く2人だったが、彼女も電童のために頑張っているのだという井上に言われて気を取り直す。そんなとき、地球に降り注いだ隕石の破片から機士ウィルスが出現。電童に出撃命令が下るが、エリスのミスでユニコーンとレオがギアコマンダーから逃げてしまう。そうとも知らずに電童で出撃した銀河と北斗は、機獣より段違いに強い機士ウィルスを相手に、データウェポンなしで戦うことを余儀なくされる。戦いの様子を見ていたアルテアは、電童がデータウェポンを出さないことを不審に思い、世界各地に落下した機士たちを電童の元へと向かわせる。凰牙と6体の機士に囲まれ、電童は絶体絶命のピンチ。ベガは電童に三日月島に着陸するよう指示し、防衛軍機が攻撃を掛けた隙にダミーの電童を打ち上げる。機士たちはダミーを追い、電童はどうにか難を逃れるのだった。
自分のミスでデータウェポンを逃がしたことに、エリスは責任を感じていた。そんな中、電童が出てこなければ世界の主要都市を攻撃すると、アルテアからの挑戦状が届く。だが、データウェポンなしに機士や凰牙と戦っても、電童に勝ち目はない。エリスはデータウェポンを引き寄せるエサとなる物質を必死に探し求め、それがメテオのエネルギー源“メテオ・キューブ”であることを突き止める。ただちにデータウェポン捕獲作戦が練られ、電童はメテオキューブを持ってアルテアに指定されたポイントに向かう。捕獲作戦開始まで時間を稼ぎながら、機士たちと戦う電童。アルテアは電童がデータウェポンを失ったことに気付き、ファイナルアタックで電童を倒そうとするが、一瞬早く捕獲作戦が開始される。電童が放り投げたメテオ・キューブに引き寄せられ、世界中から6体のデータウェポンが集まり、銀河と北斗はレオとユニコーンを取り戻す。さらに、北斗はドラゴンフレアを、銀河はガトリングボアのセーブに成功し、2人は一気に4体のデータウェポンと契約する。だが、アルテアもブルホーンのセーブに成功し、そのまま電童に向けてファイナルアタックを放つ。電童は直撃こそ避けたものの海に墜落し、銀河が負傷してしまうのだった。
ギアの探査妨害で電童を見失ったアルテアは、いったん螺旋城へと引き上げる。負傷した銀河はギア本部で治療を受け、北斗とエリスは機士や凰牙を倒す方法を考える。機士や凰牙を倒すにはファイナルアタックを使うしかないが、いちどファイナルアタックを放つと電童のエネルギーは尽きてしまうのが問題だった。有効な手だてが見つからないまま時が過ぎ、螺旋城から再出撃したアルテアは機士たちに星見町を襲わせる。策もないまま電童を出すわけにもいかず、ただ耐えるしかないギア本部。そんな中、ベガは自分の手で兄アルテアを倒そうと、ひとりギア本部を抜け出して一騎打ちを挑む。一方、北斗たちも機士を一網打尽にする方法を思いつき、渋谷長官は電童の出撃を許可する。電童は機士たちを電童の発進チューブに誘い込み、一列になったところをユニコーンのファイナルアタックで撃破。だが、ベガと一騎打ちを繰り広げていたアルテアの凰牙はチューブに入らず、機士1体も残ってしまう。もはや戦うだけのエネルギーはなく、窮地に追い込まれる電童。そのとき、吉良国がギア・イギリスで開発されていた電童電池換装機“セルファイター”で救援に駆けつけ、電童は空中電池交換に成功。電童はファイナルアタックを連発しで凰牙を倒そうとするが、謎の飛行物体“アルデバラン”が凰牙を回収し、何処かへと運び去っていった。
アルデバランに回収されたアルテアは、ガルファ本星に運ばれていた。カプセルに閉じ込められ記憶操作を受けるアルテア。そこに、アルテアを兄と呼ぶ少年スバルと、スバルの後見人ゼロが現われる。スバルはガルファ皇帝のことも父と呼び、自分もアルテアの手伝いがしたいと申し出るのだった。その頃、銀河、北斗、エリスの3人は、これまでの戦いやデータウェポンとの出会いについて振り返っていた。エリスの考察によれば、データウェポンを6体全部揃えることで、電童や凰牙は真の力を発揮するらしい。そのために、今後ガルファが銀河や北斗を狙って来るであろうことを予見する。一方、ギア本部では対ガルファ用決戦兵器、地底戦車“ペルシダー”と、戦闘艦“ファイティングアース”の開発が急ピッチで進められていた。また、ベガと渋谷長官はデータウェポンにまつわる古い言い伝えについて語り合い、ガルファにデータウェポンを渡すわけにはいかないと決意を新たにする。新たな戦いへの準備が進む中、エリスは7体目のデータウェポンがいる可能性に気付くが、そのとき螺旋城から新たな機獣が地球に向けて発進。短い平和の時は終わり、電童は再び戦いの渦中へと飛び込んでいく。
電童はファイナルアタックで重機獣スピアを撃破する。そのようすを撮影しようと、報道マンを乗せたヘリコプターが接近するが、その報道マンはなんと銀河の父・源一だった。腕利きの報道マンである源一はフランスに渡っていたのだが、電童のスクープをものにせんと日本に帰ってきたのだった。源一の能力を誰よりも知る銀河は、このままでは自分たちの秘密がバレてしまうと戦々恐々。銀河の恐れていたとおり源一は電童の基地を探りはじめ、あと1回発進があれば場所を特定できるところまで絞り込む。一方、電童を倒すよりもそのパイロットを無力化した方がたやすいと考えた3機将は、3チップスにパイロットを捜し出すよう命じる。偶然にも源一が電童の基地を捜していることを知った3チップスは、彼に基地の場所を突き止めさせようと重機獣シザーズを星見町に呼び寄せる。銀河と北斗は電童を呼び出すが、その現場を源一に見つかり、電童に乗り込むところを撮影されてしまう。だが源一は、銀河が秘密にしているのには理由があると悟り、エリスの目の前で写真を破棄する。電童がシザーズを倒すのを見届けた源一は、電童の秘密を守ったまま新たな取材先である中国に向かう。
ガルファ機獣により発電施設の機能が停止し、地球は大規模な停電に見舞われる。停電がガルファの仕業であることを察知したギア本部は、停電を引き起こした重機獣エレキデスが潜む北極へと電童を向かわせる。一方で、人々の生活に必要な電力をハイパーデンドーデンチで供給するが、それこそはガルファの思うつぼであった。ダミー機獣相手の戦闘で電動のエネルギーを消耗させ、同時に民間への電力供与で電池を消耗させるというのがガルファの作戦だったのだ。電池を使い切った電童は退却を余儀なくされるが、何らかの手違いで電池がすべて民間への供給に回されてしまったためギア本部にも電池は1本も残っていない。ファイナルアタックを使うにはばく大な電力が必要で、エレキデスが星見町に到達するまでに電池が届くかも微妙だった。八方塞がりの状況に思われたが、北斗は日本中の人々に協力してもらい、電池を充電することを思いつく。呼びかけに応じた日本中の人々は、手持ちの電池を提供したり、人力発電をするなどして電童の起動に必要な電力を供給。人々の思いがこもった電気のおかげで電童は復活し、ファイナルアタックでエレキデスを撃破する。銀河と北斗は自分たちも人々に守られていることを実感し、これからも頑張ろうと気持ちを新たにするのだった。
銀河と北斗は大岩先生にギアコマンダーを没収されてしまう。こっそりギアコマンダーを取り戻そうとするが大岩先生に見つかってしまい、1週間も返してもらえないことに。そのまま預けて置くわけにもいかず、銀河、北斗、エリスの3人はギアコマンダーを取り戻すため、夜の学校へと忍び込む。校内には泥棒も忍び込んでいたが、エイリアス状態のユニコーンドリルを見て幽霊かなにかと思い込み、驚いた泥棒はあえなく御用となる。そのまま走り去ったユニコーンを追跡する3人。すると、たどり着いたのは大岩先生の家だった。ギアコマンダーは学校ではなく、大岩先生の家に保管されていたのだ。大岩先生の家にユニコーンドリルが消えたのを見て、そこに電童のパイロットがいると思い込んだ3チップスは、重機獣フィーラーを呼び寄せる。銀河と北斗は大岩先生を救出し電童を呼び寄せるが、データウェポンたちがフィーラーの触手に捕まってしまいファイナルアタックを撃つことができない。だが、ベガの加勢でデータウェポンは触手から逃れ、電童はファイナルアタックでフィーラーを撃破する。だがそこへ、外宇宙からやって来た新たな敵“ラゴウ”が出現。ラゴウは電童に圧倒的なスピードを見せつけると、どこかへと去っていった。
ラゴウはガルファ皇帝によって送り込まれた機獣だった。ギア本部でラゴウの解析を行った結果、電童とは決定的なスピード差があることが判明する。また、データウェポンたちのラゴウに対する反応から、両者の間にはなんらかの関係があると推測された。本部での話し合いが終わり銀河と北斗は家に帰ろうとするが、遅れてやって来たエリスとぶつかり、家庭科の授業で作ったケーキを落としてしまう。それを発端にケンカを始めた3人は、学校で会ってもひとことも口をきこうとしない。見かねたデータウェポンたちは仲直りさせようと、3人をテーマパークへ呼び出す。3人が集まったところでデータウェポンたちはエイリアス状態となって飛び出し、テーマパーク中を逃げ回る。データウェポンたちを捕まえるため3人は協力し、その結果仲直りを果たすのだった。一方、ラゴウは螺旋城から脱走して地球に向かい、それを追って重機獣スカッシャーも出撃する。迎撃のため電童が出撃すると、データウェポンたちは自分の意志で外に出たがり、銀河と北斗はデータウェポンたちを実体化させる。電童がスカッシャーを撃破する一方、データウェポンたちもラゴウの右前足を切断してこれを撃退。エリスはデータウェポンたちの激しい反応から、ラゴウが単なる機獣ではないことに気付く。
右前足を失ったラゴウは、傷を癒すためガルファ素体をむさぼり喰らう。一方、エイリアス状態で眠っていたレオサークルは、銀河の妹・乙女に見つかってしまう。乙女はレオをたいそう気に入るが、レオと電童の関係に気付いたみどりから、レオのことは誰にも言わないよう口止めされる。その翌日、レオと遊んでいた乙女は、運悪くその場面を3チップスに発見されてしまう。乙女の悲鳴を聞いて銀河と北斗が駆けつけるが、その結果2人が電童のパイロットであることを3チップスに見破られてしまう。正体を現して銀河と北斗に襲いかかる3チップス。レオサークルとベガの助けで難を逃れた2人は、雪辱のため地球にやってきたラゴウと重機獣ディフェンダーを電童で迎え撃つ。ラゴウへの激しい闘志を見せるデータウェポンたちだが、ディフェンダーが張り巡らせたバリアーが邪魔してラゴウに手が出せない。電童はファイナルアタックでディフェンダーを撃破し、ディフェンダーのバリアを解除する。だが、ラゴウは圧倒的な力でデータウェポンたちを叩き伏せ、ユニコーンドリルとレオサークルに牙を突き刺すと螺旋城に引き上げていった。
ラゴウの牙を受けたユニコーンドリルとレオサークルには、強力なコンピュータウィルスが送り込まれていた。進化を繰り返すラゴウのウィルスに通常のワクチンプログラムは通用せず、ウィルスを駆除できなければユニコーンとレオは消滅してしまう。完全なワクチンを製作するためには、ウィルスの大元であるラゴウ本体のデータがどうしても必要だった。銀河と北斗は大切な友を救うため、ラゴウの右前足が没した日本海溝の最深部へと電童で向かう。だが、電童の動きを察して重機獣ダイバーも日本海溝に向かい、電童は孤立無援の戦いを強いられる。水中を自在に泳ぎ回るダイバーに対し、深海での戦いに苦戦する電童。せっかく回収したラゴウの足もダイバーの攻撃で粉砕され、足を解析してワクチンを作ることはできなくなってしまった。怒りに燃える銀河と北斗はダイバーを撃破するが、このままではレオとユニコーンは助からない。2人はラゴウのいる月の螺旋城へと向かい、直接サンプルを得ようと決意する。2人の決意が固いのを見てベガは自分も同行することを申し出、電童とセルブースターが月に向けて発進する。
螺旋城へと迫った電童とセルブースターは、ラゴウを捕獲するための作戦を開始する。螺旋城に向けてファイナルアタックを連発し、ラゴウをおびき出そうとする電童。やがて飛び出してきたラゴウを電童は捕獲ポイントへと誘い込み、あらかじめ仕掛けておいた罠で捕まえる。電童はラゴウからサンプルを採取しようとするが、重機獣アサルトンの攻撃でラゴウが罠から脱出。電童はラゴウとの戦闘で電池切れになり、ユニコーンドリルとレオサークルもウィルスで消滅してしまう。だがそのとき、銀河と北斗の叫びに呼応して謎の光が出現し、消滅したはずのユニコーンとレオが復活する。復活した2体は電童を助けるため月へと向かい、電童のモニターには謎の少女が映し出される。ユニコーンとレオは合体して超獣王“輝刃”となり、ラゴウと互角以上の戦いを繰り広げる。一方、電童もドラゴンとボアに電池を交換して貰い戦闘に復帰。アサルトンと機獣部隊を一掃した電童はさらに輝刃をインストールし、ファイナルアタックでついにラゴウを撃破する。銀河と北斗はレオとユニコーンの復活に喜びつつ、地球へと帰還するのだった。
銀河は女性アイドルグループC-DRiVEの大ファン。彼女たちのファーストコンサートの告知を知り、C-DRiVEのホームページにアクセスしようとする銀河だが、その手の操作が苦手な銀河は北斗に協力を頼む。さらに銀河は、レオサークルを使ってC-DRiVEメンバーのひとり、ユキにメールを送る。レオをメールペットだと思ったユキは銀河とメール友達になり、銀河はC-DRiVEのコンサートのチケットを手に入れる。だが、この行為が3チップスの注意を引く結果となってしまい、C-DRiVEの元に重機獣バブルートを招き寄せてしまった。逃げるC-DRiVEを追うバブルート。銀河と北斗は電童で出撃し、バブルートの前に立ちはだかる。C-DRiVEを守るため実体化したレオを見て、ユキは銀河が電童のパイロットであることに気付くのだった。バブルートを輝刃のファイナルアタックで倒した後、銀河はユキとのメール交換のために買ったポケットボードを北斗に預ける。今回のことで責任を感じているのかと思いきや、「自分も悪いがガルファも悪い」と半ば開き直るような発言をして、北斗とエリスを呆れさせるのだった。その頃、螺旋城ではアルテアと凰牙がガルファ本星から帰還していた。
螺旋城に帰還したアルテアは、螺旋城幹部の無能ぶりを罵る。追いつめられた3機将は、みずから出撃して電童を倒そうと考える。一方、地球では吉良国と愛子がひょんなことから見合いすることになり、ギア本部はその話題で持ちきり。だが、見合いをしている最中に機将ギガウィッターが出撃し、ギガウィッターの強力なジャミングにより星見町一帯は通信不能となる。さらに、電磁波の影響でコンピュータシステムもダウンし、ギア本部は機能を喪失。その前に電童だけはどうにか射出し、銀河と北斗は電童へと乗り込む。だが、電童はギガウィッターの分離攻撃に苦戦し、ユニコーンドリルによるファイナルアタックも電磁波の影響で外れてしまった。残りのエネルギーがなくなり、窮地に追い込まれる電童。だが、見合いの場を抜け出した吉良国と愛子がセルファイターで救援に駆けつけ、コンピュータのサポートがない手動での電池交換に成功する。パワーの回復した電童は輝刃ドライブをインストールし、そのファイナルアタックで機将ギガウィッターを撃破するのだった。
北斗は母の織絵とともに、祖父・西園寺稔の屋敷を訪れる。西園寺は17年前に地球にたどり着いたベガを拾い、自分の娘として育てた人物だった。北斗はそこで、母に似た少女の写真を目にする。西園寺は織絵にアルテアと戦う覚悟を問い、北斗たちを守るよう言い渡す。明くる日、螺旋城から凰牙と機士ロム、機士ラムが地球に向けて発進する。銀河と北斗は電童で出撃し、織絵もベガとしてアルテアを迎え撃つ。凰牙と機士2体の連携攻撃に電童は苦戦し、機士の動きを封じるためレオサークルとドラゴンフレアを実体化させる。凰牙との戦いを始める電童だが、レオサークルとドラゴンフレアが機士たちのサイコウェーブに捕らわれ、アルテアにセーブされそうに。ベガの活躍でアルテアはセーブに失敗するが、今度はベガがアルテアに捕まってしまった。電童はファイナルアタックで機士を倒すが、凰牙はベガを連れて逃げ去ってしまう。戦いが終わり北斗は家に帰宅するが、そこに織絵の姿はない。誰もいない家に「母さん?」という北斗の声だけが虚しく響くのであった。
突然いなくなった織絵を心配する北斗と圭介。2人はいまだ、織絵がベガであることを知らなかったのだ。一方、宇宙戦艦アルデバランでは、連れ去られたベガと彼女の兄アルテアによる話し合いが行われる。だが、2人の故郷・アルクトス壊滅の原因について、ベガとアルテアの記憶は完全に食い違っていた。アルテアの記憶はガルファ皇帝によって操作されていたからだ。アルテアは7体目のデータウェポンが存在することを示唆し、その鍵はベガが持っていると告げる。そして、自分に協力するようベガに迫るが、ベガは当然のごとくこれを拒否し、話し合いは決裂に終わった。ベガに拒まれたアルテアはその元凶たる地球を殲滅すると宣言し、凰牙に乗って出撃する。その頃、北斗と圭介は西園寺に呼ばれてギア本部にやって来ていた。西園寺は織絵がベガであることや、17年前の出来事を2人に打ち明け、北斗はベガが母だったことを知る。やがて始まる電童と凰牙の戦い。その戦いの中で、アルテアは自分がベガの兄であることを教え、電童の存在が宇宙の平和を乱していると語る。アルテアの言葉に北斗と銀河はショックを受け、戦意を喪失。データウェポンたちは2人との契約を解除し、アルテアの手中に収まる。
6体すべてのデータウェポンをセーブし、電童の破壊を宣言するアルテア。だが「電童を破壊したら自決する」とベガに宣言され、やむなく撤退してゆく。ベガを連れ去られたことで無力感にさいなまれる北斗と銀河。だが、母みどりの励ましを受けて銀河は戦意を取り戻し、「母ちゃんを取り戻そう!」と北斗を勇気づける。ベガ救出の決意を固めた北斗と銀河は、武装を強化したフルアーマー電童に乗り込み、セルブースターとともにアルデバランへと向かう。ガルファ素体を撃破しアルデバランに迫る電童だが、アルテアの凰牙が立ちふさがり戦いに。アルテアはデータウェポンをファイルロードし、電童を攻撃させる。アルテアにセーブされたとはいえ、銀河や北斗のにとってデータウェポンは友達。そんな彼らに手を出すことはできず、電童は次第に追いつめられていく。ユニコーンドリルとレオサークルが電童にトドメを刺すかに見えたそのとき、2体は電童への攻撃を止め、みずからの意志で電童を守るのだった。一方、螺旋城から出撃した機将ギガグルメイは、誤射に見せかけてアルデバランを攻撃する。アルデバランは大破し、ベガは爆風に吹き飛ばされて気を失う。
機将ギガグルメイの攻撃で大破したアルデバランは、地球に向けて降下を始める。アルテアはベガを救うためアルデバランへと戻り、電童もガルファの攻撃を避けながらアルデバランに潜入する。ベガの姿を求めて艦内を探すアルテアと電童。ガルファ素体に捕らわれたベガを発見したアルテアは、真の記憶を取り戻してベガを助ける。やがて電童もやって来ると、アルテアはベガと彼らのデータウェポンを電童に託し、崩れ落ちる床の下へと消えていく。ベガを確保した電童は、大気圏への突入をはじめたアルデバランから脱出。だが、機将ギガグルメイも電童を追って地球にやって来る。ギガグルメイが張った電磁干渉波のため、電童は電池を交換することもデータウェポンを使用することもできなくなる。電童のピンチだったが、上空からアルテアの凰牙が現われ、ファイナルアタックで電磁干渉波を破壊。フィールドから解き放たれた電童は電池を交換し、輝刃ドライブのファイナルアタックでギガグルメイを撃破する。だが力を使い尽くしたアルテアは、ベガの目の前で倒れてしまう。
負傷したアルテアは、凰牙とデータウェポンを北斗たちに託す。一方、螺旋城はギアとデータウェポンを地球ごと破壊しようと、地球への落下コースに入った。銀河は自分が電童のパイロットであることを家族に打ち明け、みどりはやっと真実を話してくれたことを喜ぶ。無数の機獣を展開しながら、地球へと迫る螺旋城。それを迎え撃つため銀河は電童に、北斗は凰牙に乗り込み、宇宙へと飛び立つ。電童と凰牙はデータウェポンの力を借りて、機獣たちを一掃。螺旋城を守るバリアもファイナルアタックの一点集中で突破し、螺旋城内部へと侵入する。だがそのとき、螺旋城3幹部最後のひとり機将ギガアブゾルートが現われ、電童と凰牙の行く手に立ちふさがる。身体を液体化できるアブゾルートの攻撃に電童と凰牙は翻弄されるが、電童のオートプレッシャーでアブゾルートの動きを封じ、凰牙のファイナルアタックで撃破する。だが、螺旋城の落下を止めることはできず、このまま地上に激突すれば甚大な被害を及ぼしてしまう。電童と凰牙はファイナルアタックの連発で螺旋城を崩壊させ、地球の危機を救う。ついに螺旋城を撃破した電童と凰牙、それにセルブースターは、地球へと帰還するのだった。
“対螺旋城祝勝会”が草薙家で開かれ、出雲家の人々やエリスが招待される。螺旋城の消滅で地球は平和を取り戻したかに見えたが、ガルファの皇子スバルとその後見人ゼロが地球へと迫っていた。地球に接近したスバルは、機士レッドビットとブラックビットを地球に送り込み、レーダーサイトを破壊させる。銀河と北斗に出撃司令が下るが、なかなか授業を抜け出すことができない。だが、みどりの協力でなんとか学校を抜け出し、銀河は電童で、北斗は凰牙で出撃する。その間にスバルとゼロは、レーダー網に生じた死角から地球に降下し、ひとしれず潜入を果たす。一方、銀河と北斗は、目で捉えきれないほど動きの素早い2体の機士に苦戦。だが、目に頼らず音で敵の動きを掴み、2体の動きをクロックマネージャーで封じ、輝刃のファイナルアタックで撃破することに成功する。そのころ、西園寺の屋敷ではアルテアの白いギアコマンダーが盗まれるという事件が起きていた。白いギアコマンダーは、スバルの手に渡ってしまったのであった。
ガルファが螺旋城のような大規模戦力を送り込んでこなかったことに、不審を抱くギア本部の人々。ベガはガルファの狙いが7体目のデータウェポンであると推測する。一方、地球への潜入を果たしたスバルとゼロは、地球の調査を開始していた。地球に興味を持ったスバルはひとりで街へと出かけ、記憶を失った3チップスを発見する。ゼロは3チップスを処分しようとするがスバルはそれを制止し、3チップスを助けるのだった。やがて作戦行動を開始したゼロは、機士ジェルを出撃させ、自身は防衛軍の地下研究設備に侵入する。その設備には、電童に倒された6機士の残骸が保管されていた。ゼロはこの残骸を利用し、ジェルをパワーアップした機士ジャムを誕生させる。防衛軍基地を守るため電童と凰牙に出撃司令が下るが、凰牙はなかなか北斗の元にやって来ない。じつは、北斗と同時にスバルも白いギアコマンダーで凰牙のことを呼んでいたのだ。だが、凰牙は結局パイロットに北斗を選び、スバルの白いギアコマンダーは弾きとばされる。電童と凰牙は輝刃のファイナルアタックでジャムを撃破し、スバルは凰牙に拒絶されたことにショックを受ける。
小学校を偵察していたスバルは北斗と遭遇する。凰牙に拒絶されたスバルは北斗に対する不快感をあらわにするが、北斗にはスバルがなぜ怒っているのかわからない。北斗を倒せば凰牙は自分のものになると考えたスバルは、ゼロに北斗の抹殺を命じるが、ゼロは「それは皇帝陛下に止められている」と拒絶する。ギア本部では白いギアコマンダーへの対策が検討されるが、有効な手だてはみつからない。ただ、ギアコマンダーを輝かせるのはそれを持つものの思いの強さであり、自分の思いを信じることがギアを守ることに繋がるとベガは語る。一方、ゼロはガルファ皇帝の策を受けて、機士ドラッグにカナダの防衛軍基地を襲撃させる。電童と凰牙が出撃したところで別の場所を機士フリーズに襲わせ、電童はドラッグを、凰牙はフリーズの撃破に向かう。電童と凰牙を分散させるというのがゼロの狙いだった。プリズムコーティングと強酸性の溶液という特殊な能力を持つ2体の機士に電童と凰牙は苦戦するが、北斗は水中戦に持ち込むことでフリーズに勝利し、銀河もSP技の連続攻撃でドラッグを撃破する。だが、戦いを終えた北斗の前にスバルが現われ、彼と凰牙はスバルとゼロに連れ去られてしまうのだった。
北斗と凰牙が消息不明となり、ギア本部と防衛軍は大規模な捜索を展開する。北斗の無事を信じる銀河だがいても立ってもいられず、自分も電童で北斗の捜索に向かう。一方、北斗を拉致したスバルだが自身が凰牙に乗ることを望む彼は、北斗の力が必要なのか釈然としないものを感じていた。だが、ゼロはこれが皇帝の意志であるとスバルに進言する。やがて北斗が目を覚ますが、ゼロの洗脳を受けた彼は電童を敵として認識し、スバルを友だと思うようになっていた。親しげに話しかけてくる北斗の態度にスバルは戸惑う。一方、意識を回復したアルテアはスバルとゼロのことをベガに話し、一刻も早く北斗を探さないと北斗が危ないと告げる。そのとき、北斗が乗る凰牙が出現し防衛軍機がコンタクトを試みるが、凰牙は接近する防衛軍機を撃墜。驚いた銀河は電童で凰牙のところへ向かい、別人のような北斗に驚く。銀河を最大の敵とみなし、激しい攻撃をしかけてくる北斗の凰牙。銀河の手の内を知り尽くす北斗は有利に戦いを進めるが、ファイナルアタックを放とうとした瞬間、元の記憶が戻りかける。結局ゼロの洗脳が打ち勝ちファイナルアタックを放つが、銀河もファイナルアタックを繰り出してその威力を相殺。決着のつかぬまま引き上げていく凰牙に、ベガは発信器を取り付ける。
1日の休息を与えられた北斗は、スバルと一緒に休暇を楽しむ。だがスバルは、北斗がときおり自分のことを「銀河」と呼ぶことを気にかけていた。一方、ギア本部の人々は北斗が洗脳されたことにショックを受ける。中でも銀河の苦悩は深く、本当に北斗と戦わなければならないのかと思い悩む。そんな銀河にアルテアは「北斗を取り戻せるのはお前だけだ」と告げ、銀河は北斗を取り戻すために戦うことを決意する。ベガが取り付けた発信器を頼りに電童は凰牙へと迫り、それを察知したゼロは機士テイルズを向かわせる。そして始まる電童と凰牙の戦い。実力の伯仲した一進一退の戦いがつづく中、電童と凰牙のコクピットが裂け、銀河と北斗はギアを降りて素手でのケンカを始める。その隙に電童を破壊しようとテイルズが迫るが、記憶を取り戻した北斗が凰牙に乗り込みファイナルアタックを発動。テイルズを撃破して電童と銀河のピンチを救う。北斗の記憶が戻ったのを見てゼロは撤退を決め、スバルは北斗への思いに後ろ髪を引かれながらその場を後にする。
北斗は洗脳されている間のことを報告する。その中でスバルのことにも触れ、彼と本当の友達のように一緒に遊んだことを思い出す。一方、スバルは北斗が去ってしまったことに大きなショックを受けていた。凰牙と北斗を利用するのは難しいと判断したゼロは、スバルを利用して凰牙を破壊しようとする。凰牙打倒を宣言したスバルは、みずから機士レガシーを駆り、機士ジャックとともに出撃。スバルが乗るレガシーは凰牙と、ジャックは電童と戦闘を開始する一方、ゼロは防衛軍の本部に侵入する。北斗を敵と見なし襲いかかり、邪悪な人類を滅ぼすのだというスバル。だが、北斗はスバルのことを敵とは思えず、なぜ同じ人間なのに戦わねばならないのかと説得する。もはやスバルを用済みと判断したゼロは、レガシーを凰牙に組み付かせ、スバルもろとも自爆させようとする。信じていたゼロの仕打ちにぼう然とするスバル。北斗はスバルに手をさしのべ脱出するよう促すが、スバルは北斗に敵対したことを気にかけ躊躇する。だが自分を「友達」と呼ぶ北斗の言葉に背中を押され、レガシーから脱出するのだった。
天文台で新しい星が発見される。その星はガルファ本星とそれを照らす人工太陽なのだが、そのことに気付く者はいない。一方、ギア本部に収容されたスバルは体調に異常はないものの、誰とも口をきかず食事にも手をつけないような状態だった。北斗はスバルが花が好きだったことを思い出し、彼を自然公園に連れて行く。花を“育てる”という概念を知らないスバルは、人間の手で植物が育てられているのを見て戸惑う。その後、草薙家で食事をしたり、ギア本部で北斗や銀河、エリスと一緒に遊びながら、スバルは次第に人間らしさを取り戻してゆく。そんなとき、機士バイアスが星見町に襲来し、電童と凰牙が出撃する。だが、2機が出撃したところでゼロはギアの全支部を同時に破壊し、さらにはギア本部へと攻め込んできた。さらに、地下から機士ワームがギア本部へと侵入し、凰牙は本部の救援に引き返す。しかし、ゼロの侵攻によりギア本部は壊滅状態に陥り、渋谷長官は本部施設の放棄を決定。逃げ遅れたスバルを救うため、ベガとアルテアはゼロに戦いを挑む。だが、2人にもゼロを倒すことはできず、ギア本部はゼロに爆破されてしまう。
ゼロの攻撃により爆発炎上するギア本部。脱出が困難と判断したベガは、スバルを連れて地下深くに保管されている宇宙船メテオへと向かう。だが、メテオの存在を知るゼロもその真の姿をあらわにして、同じ場所へと向かっていた。一方、機士バイアスと戦う電童は、相手の素早い動きに苦戦する。凰牙もパワーのある機士ワームに苦戦するが、戦う相手を交換することで機士たちを撃破する。宇宙船メテオにたどり着いたベガは船を起動させ、本部地下からの脱出に成功。しかし、火器管制システムの故障により、ゼロから攻撃を受けても反撃することが不可能。電童と凰牙、それにデータウェポンたちが総がかりでゼロを攻撃するが、ゼロの戦闘力は圧倒的で太刀打ちすることができない。北斗やベガのピンチを救うため、スバルは自分の手で主砲の発射に向かい、ゼロに狙いを定める。ゼロとの暮らしを思い出し逡巡するスバルだったが、意を決して主砲を発射。主砲の直撃によりゼロはダメージを受け、凰牙のファイナルアタックに敗れ去る。ギア本部のメンバーはメテオに乗り込み活動を再開するが、そこに地球に接近中の星があると報告が入る。それこそは、機械帝国ガルファの本星であり、ベガやアルテアの故郷・惑星アルクトスであった。
地球に接近しつつあるガルファ本星は、惑星そのものを破壊できる砲を備えた衛星を従えていた。しかも、本星の周囲にはバリアが張り巡らされており、容易に侵入することはできない。さらに、宇宙には螺旋城クラスの要塞が一千基も稼働しており、本星が動いたとなればこれらも地球に集結するものと推測された。本星が地球に到着すればもは打つ手があろうはずもなく、地球の破滅は避けられない。たったひとつ残された希望は、ガルファが地球に到達する前にガルファ本星の中枢部を叩くことだけだった。宇宙船メテオの発進準備が進められ、銀河、北斗、エリスは発進までの時間を家族と過ごす。そして、世界中の期待を一身に受けて宇宙船メテオは発進し、まずはガルファ本星を守護する衛星の攻略に向かう。電童、凰牙、セルブースターに加えて、ベガとスバルが乗るバルハラも戦列に加わり、無数の機獣たちと戦闘を開始。あまりの敵の数になかなか衛星にたどり着くことができず、しかも倒したはずのゼロまでもが行く手に立ちはだかる。凰牙はファイナルアタックでゼロを倒すが、その直後にまたもや新たなるゼロが出現。しかも、メテオの後方に3つの螺旋城が接近し、戦局はいっそう深刻さを増すのだった。
守護衛星へと侵入したバルハラは、バリアシステムの破壊に向かう。スバルの活躍によりガルファ本星を守るバリアは消滅するが、やがてサブシステムが作動して再びバリアで覆い始める。被弾したバルハラとそれを追う凰牙はガルファ本星に降下するが、電童はゼロに阻まれ一緒に行くことができない。北斗たちが降り立ったガルファ本星の地表は、とても機械帝国の本星とは思えないほど美しい自然が広がっていた。ガルファは本来、惑星アルクトスの生態を守護する管理コンピュータだったのだ。ベガは北斗とスバルに、なぜガルファが人類を抹殺して宇宙の王になろうとしたのか、その経緯を話す。アルクトスすべてを管理してきたガルファは自我を持ち、人類を邪悪と決め付け自らすべてを支配しようとしたのだ。凰牙とバルハラは中枢部のある王宮に向かうが、そこは2体の機士ランスとメイスにより守護されていた。一方、戦局が不利と判断したアルテアは、体勢を立て直すためいったん戦域を抜けようとする。彼はメテオを木星へと降下させて3つの螺旋城を誘い込み、誘爆させてメテオと電童は敵の包囲網から脱する。だがそこで地球からの通信が入り、48時間後には無数の螺旋城が地球に到達することがしらされる。その頃、ランスとメイスを倒した北斗たちはガルファ本星に人間の子供がいるのを発見していた。
ガルファ本星で見つけた子供を追って、ベガと北斗たちはアルクトス星人の生き残りが暮らす集落にたどり着く。故郷の人々と思いがけぬ再会を果たし喜ぶベガ。だが、かつてガルファの制御を司っていた神官アルゴは、ガルファを倒すことは人間には不可能だと語る。ガルファは“七の神”の封印により守られており、封印を解くことができるのは“七の神”だけだというのだ。その“七の神”とは7体のデータウェポンのこと。いまだ7体目のデータウェポンは発見できていなかったが、だからといって諦めるわけにはいかない。北斗は銀河のところへ戻ることに決め、スバルは生き残りの人々を避難誘導するためガルファ本星に残る。その生き残りの中には、生き別れになっていたスバルの家族も含まれていた。一方、アルテアはメテオのバリアをガルファ本星のバリアと干渉させ、電童のファイナルアタックでバリアを突破する作戦を実行に移す。ゼロが行く手に立ちはだかるが、吉良国の捨て身の攻撃と電童のファイナルアタックで作戦は成功し、電童と駆けつけた凰牙は接触を果たす。その瞬間“フェニックス”が姿を現わすのだった。
フェニックスエールの導きにより、北斗は再び銀河とともに電童に乗る。フェニックスは北斗、銀河、アルテアのギアコマンダーにセーブされ、凰牙はアルテアが操縦することになる。フェニックスをインストールした電童は無限の力を手に入れるが、ゼロも機獣ベクターと合体してベクターゼロとなる。ゼロはガルファ皇帝の半身であり、ゼロとガルファ皇帝を同時に討たない限り倒すことはできなかった。そのことをフェニックスから教わった北斗と銀河はガルファ本星中枢部へと向かい、アルテアの凰牙はベクターゼロの相手をする。中枢部の封印を解除し、ついにガルファ皇帝の元にたどり着く電童。ガルファ皇帝は七つ首の龍のような姿となって電童に襲いかかる。フェニックスはすべてのデータウェポンの力を集約した“アカツキの大太刀”を電童に与え、電童はガルファ皇帝の首を切り落としてゆく。凰牙がベクターゼロを倒すのと同時に電童は最後の首を倒し、ついにガルファ皇帝を撃破。最後の戦いが終わり、北斗と銀河は仲間たちとともに、平和を取り戻したアルクトスから地球へと帰還するのであった。
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