主人公の範馬刃牙（13才）は、ケンカでは向かうところ敵なしの中学生。今日も100人相手の喧嘩に挑む。しかしリーダー格の2人をあっさり下したものの、37人目を倒したところで力尽きてしまう。翌日顔に傷を残したまま、母・朱沢江珠があてがう超一流のトレーニングを「100人相手の喧嘩にすら勝てないトレーニングなんて！」と否定する。 刃牙が求めているのは、地上最強と呼ばれる父・勇次郎に近づくこと、すなわち強い男との実践なのだ！そんな時、世界Jr.ウェルター級チャンピオン、ユリー・チャコフスキーの姿を目にする。

世界のプロボクシングにおいて全階級制覇という偉業を目指すユリー・チャコフスキーはジムにて彼のトレーナーの指示通り、トレーニングメニューをこなしていた。その光景を目にした刃牙は、スパーリングの相手になるとユリーに宣言し、ユリーは受けた。その頃とある埠頭に栗谷川を乗せた花山組の車が到着する。状況をうまく飲み込めない様子の栗谷川に花山組の幹部木崎が「組織同士の抗争ののケリは、代表同士がつけるのが最近のスタイルだ」と説明する。そこには抗争相手の矢島組と、雇われたプロボクサーで世界的に有名なトミーカービンの姿があった。そこへ花山組組長花山薫が姿をみせた…。一方、世界チャンピオンユリーの強烈なパンチを浴び、意識を失いかけた刃牙は自分の弱さを認め、更なる鍛錬の準備を始めていた…。

世界Jr.ウェルター級チャンピオン、ユリー・チャコフスキーにスパーリングで敗れた刃牙は、瞬発力・持久力・技術の全てのレベルアップをはかる為、山篭りを決意し、岐阜県の飛騨山脈へと一人向かう。そこにはケタ違いの強さを持つ魔猿・夜叉猿がいた。刃牙は父・勇次郎の旧友で山岳隊員・安藤玲一のもとを訪れ、夜叉猿の待つ夜叉岩への案内を頼む。安藤の必死の制止も全く耳を貸さず夜叉岩へ向かう刃牙。そしてついに背後に巨大な夜叉猿がその姿を現した…。

ユリーに敗けた刃牙は、自分を一から鍛えなおす為、飛騨山脈に住む伝説の魔猿・夜叉猿との戦いを決意する。だが、今の刃牙には無力すぎ、夜叉猿との始めての対決は逃げるだけの結果になってしまう。そこで初めて感じる恐怖に動揺する刃牙だが、いつまでもじっとしてはいなかった。「こんな所で止まっていられない―」飛騨山脈での3ヶ月の猛特訓の末、かつて父から教わった格闘家に必要とされる資質を目覚めさせた刃牙。再び、夜叉猿との戦いに向かう。そして超雄同士の決戦が始まる…。

飛騨山脈での修行、夜叉猿との死闘を終えて一回り大きく成長した刃牙は再び東京へと戻る。成長した刃牙を見た母・朱沢江珠は、ボクシングチャンピオン、ユリーと戦うことを望むが、飛騨山脈での出来事を乗り越えてきた刃牙にとってユリーは、求めていた最強の対戦者ではなくなっていた。そして事件が起こる。喧嘩師・花山薫がユリーに奇襲をしかけ、戦いの火蓋は切って落とされる。

朱沢江珠から刃牙との対戦依頼を受けたユリーと花山、15歳にして日本一の喧嘩師となった花山は自分が最強だと信じてユリーに襲いかかりそのすさまじい強さを示す。この事件に刃牙も動く。花山の事務所に単身乗り込み花山を本気にさせる。そして、今、最強を求める2人の壮絶な死闘が始まった。

ついに始まった刃牙と喧嘩師・花山薫との戦い。圧倒的なパワーで襲いかかる花山を前にして、刃牙は限界を超える闘志で反撃に出る。そして刃牙の攻撃が決まったその時、花山の背中から異様な刺青があらわになる。なおも攻撃を仕掛ける刃牙に対し花山は、ユリーの腕を破壊した荒技・握撃を仕掛けようと、刃牙に襲いかかる。

喧嘩師・花山薫との死闘に決着がついたその時、地上最強の生物と呼ばれる父・範馬勇次郎が現れ、壮絶な戦いを繰り広げた2人に対して、「始まったばかりだ」と告げる。地上最強の生物・勇次郎にとっては2人の壮絶な戦いもまだまだ甘いのである。はかり知れない強さを秘める父に対し刃牙の闘志には激しい炎が宿り始める。

喧嘩師・花山との激闘、父勇次郎との力の差、そして今までの対戦者とは何かしらの「絆」を感じ、勇次郎とは違う自分の想いが芽生え始めた事を母・江珠に伝える。そんな刃牙に花山から手紙が届く。―逢いたい―　急いで病院へ向かった刃牙は花山と再開し勇次郎よりも強くなる事を誓った。そんなある日、トレーニングを続ける刃牙の前に勇次郎が現れプレゼントを差し出す、その中身は…。

目指してきた父・勇次郎に夜叉猿を殺され対決を決意した刃牙は勇次郎の戦友であるストライダムのすすめで最強軍事軍団と呼ばれる5人組が訓練を行う北海道に向かう。不利な状況の中１人で戦いを挑む刃牙。だが「正々堂々の反則技、これこそが戦いでの正統派」その言葉の意味に戦場の厳しさを知る。そして今、あのオーガ・勇次郎に匹敵するとまで言われたMr.WAR・ガイアの影が忍びよる。

遂に姿をあらわしたガイア。人間の潜在能力を引き出す事のできるアドレナリンを操作して攻撃を繰り出すガイアに対して刃牙の攻撃はかすりもしない。なすがままに打たれ意識を失いかけたその時、刃牙もエンドルフィンが分泌され応戦する。一進一退の攻防の中でガイアの言った「使いたくなかった技」とは。そして、刃牙が言った「慈愛に満ちた攻撃」とは…。

東京に戻った刃牙は、北海道での出来事をストライダムに伝える。驚いたストライダムは勇次郎にその事を話すと勇次郎はある所に電話を入れる、そのある所とは…。勇次郎、刃牙、父と子という次元を超えた戦いが始まろうとする中、江珠は、一人勇次郎に会いに行くが拒まれてしまう。集中力を高める刃牙、最強の座に君臨し続ける勇次郎、行き場を無くしかけ肩を落とす江珠、父・母・子それぞれの想いは明日の戦いに向けられていた。

遂に地上最強の生物と呼ばれる父・勇次郎との運命の対決の日がきた。それを見届けるため「絆」の名の下に集まった戦士達、喧嘩師・ボクシングチャンプ・地上最強部隊。今まで刃牙と拳を交わした者達はみな心の底ではつながっていた。「負けるなよ…」みんなの想いを噛み締めながら父・勇次郎との対決の瞬間を迎える。

刃牙の先制攻撃から始まった運命の対決。エンドルフィンを自在に操り攻撃を仕掛けるが、父・勇次郎に圧倒されてしまう。そして遂に地上最強の生物が構えをとり、刃牙は目を閉じてカウンターを狙うが、それすらも勇次郎には通用しない。ひたすら殴りつけられ、絶体絶命の刃牙の目の前になんと母・江珠が飛び出し勇次郎に戦いを挑むのだが…。

ある一人の少年の13年間…。

ある日、ある場所での密会の会話の内容は数ヶ月前にリオデジャネイロに現れた男の話で持ちきりだった。その男こそ15才に成長した範馬刃牙だった。刃牙は新たな強さを身に付けるため400戦無敗の男・ディクソンに会いに行く。しかし、そこで耳にしたのはなんと「強い奴と戦いたいなら東京にいけ！」だった。はたして東京にいったい何があると言うのか？長き沈黙を破り刃牙は遂に動き出す…。

地下闘技場において無敗の王者として君臨する刃牙の次なる対戦者を探すべく地下闘技場のオーナー徳川光成が向かった先は神心会の長である「武神」愚地独歩に、神心会の秘密兵器・愚地克巳と王者・刃牙を対決させたいと告げる。そこへかつて神心会門下生最強と呼ばれた、加藤清澄が殴り込む。独歩に詰め寄る加藤に光成は「地下に遊びにこい。」と言い放った。

独歩と加藤そして大勢の選ばれた観客達が見つめる中、地下闘技場の無敗の王者・刃牙と鎬流空手・鎬昂昇の死闘は始まった。今の時代には対戦者が存在しないと言われるほど危険な、人の神経を切る鎬流空手奥義「紐切り」に刃牙は右腕の自由を奪われる。そしてついに昂昇の熱き想いをのせた鎬流の極意が炸裂。誰もが刃牙の敗北を予感させるが…。

「空手界の核弾頭」加藤清澄を筆頭に刃牙との対戦を熱望する者たちが、徳川光成邸に集結する。刃牙の次期対戦者となる者は！？そのカギを握っているのはプロレスラーだという有力な情報を手に入れた伝統空手衆数名にプロレス界の巨頭・アントニオ猪狩と加藤が襲われる。だがその時、もう一人プロレスラーが…。

地下闘技場王者である刃牙の対戦者は、なんとプロレス界ニ大巨頭の一人マウント斗羽だった。どよめく観客を背に、驚異的な強さで刃牙に襲いかかる斗羽。、しかし、攻撃ポイントを末端に絞った刃牙の怒涛の攻めに耐え切れずダウン。そして屈辱のスープレックスをくらった斗羽はついに迷いのない本気の攻撃で仕留めにかかる…。

刃牙・斗羽戦の直後に刃牙の父・勇次郎が現れ、地下闘技場の王者・刃牙を一撃で下し、さらに徳川光成に地下闘技場戦士としての登録を要求した。そんな彼の前に立ちはだかったのが虎殺しの伝説を持つ武神・愚地独歩だった。こうして地上最強の生物、範馬勇次郎と伝説の虎殺し、愚地独歩のスペシャルマッチが決定した。「無駄な犠牲は出したくない」と刃牙はこの試合を止めるべく神心会へと赴くが…。勇次郎をめぐる漢達の過去と現在が明らかになっていく…。

地上最強の生物対虎殺し、勇次郎と独歩の世紀の決戦は独歩の奇襲によって始まった。勇次郎はこの奇襲に動じること無く攻撃をしかける。互いの力が伯仲する中、勇次郎は相手に全くすきを与えず歩み寄るという琉球王朝に伝わる奥義「御殿手（うどんで）」を用い独歩に詰め寄る。その時独歩は―。独歩の技は、勇次郎の攻撃本能を封じることができるのか？

独歩が少しずつ勇次郎を圧倒し始めたその時、勇次郎の背中から異常なまでに発達したヒッティングマッスルにより形をなす【鬼の顔】が浮かびあがる！独歩が50年間休まず磨きつづけた技は、鬼と化した勇次郎の反射神経に凌駕され、勇次郎の人智を超えた必殺の一撃が独歩の動きを止めた…。

患者を利用して人体実験を行い多額の治療費を請求していた無免許医Dr.紅葉のことを聞き、遂に刃牙の怒りが爆発した。刃牙の怒涛の攻撃は紅葉を圧倒し、そのまま彼を倒すかに見えたその時、紅葉は突然立ち上がり身構えた。人体のすべてを知り尽くした紅葉は、刃牙の身体を用い破壊のレクチャーを始める。己の身体を破壊しつくされた刃牙に残された最後の技とは…。