雨降る森でムーの石版を発見したホリィとモッチー。だがワルモン・ゲルたちに石版を奪われてしまう。邪悪な魂の復活を試みるゲルたち。そのピンチにゲンキは再びモンスターファームの世界へ！

トーブルの町にやって来たゲンキたち。そこではモンスターバトルの最高峰「レジェンド杯」が行なわれていた。その優勝賞品にホリィの父を蘇えらせるヒントを得たゲンキたちは……。

ルーキー杯の行なわれるホラートの町に到着したゲンキたち。順調に大会を勝ち進み、ついにライガーの封じられた円盤石をかけた決勝戦へ。だが、その前に立ちはだかったモンスターは……。

タマの果樹園でゲンキたちはハムと再会する。だがハムはゲンキたちと行かず、果樹園に残る道を選択。ゲンキたちの旅立ちを見送るハムだったが、ゲンキたちに迫るワルモンの姿を見て、思わずあとを追いかける。

マンディー杯が開催されるマンディーの町へ向かう途中、カラコルム兄弟に出会ったゲンキたち。ゲンキたちがマンディー杯のライバルと知ったカラコルム兄は、ゲンキたちを足止めするためにムーの円盤石を隠してしまう！

マンディー杯に参加するゲンキたち。順調に勝ち進んでいくが、プライドの高いライガーはゲンキの作戦を聞こうとしない。だが、決勝で大苦戦を強いられたライガーは、ついに……！

ハムは、かつての盗賊仲間だったヴァージニアハピと再会。彼女は孤児院を営んでいた。さらに、もう１人の仲間だったトルクレンチとも出会う。孤児たちのために、トルクレンチの案内で、ワルモンの倉庫から食料を奪おうとするハムたち。だが、トルクレンチは既にワルモンに寝返っていたのだった。

ワルモンに襲われたゲンキたちは、黒い円盤石を海に落としてしまう。海底は潮の流れが激しく、生身では潜れない。取り戻すためには、財宝発掘に熱中するゴーディッシュ博士の潜水艇に乗せてもらう必要がある。ゲンキたちは、掃除、洗濯、料理など、必死に下働きをして、博士のご機嫌を取ろうとする。

いじめられっ子のガンバを助けたスエゾー。痛いし負けるとかっこ悪いから戦いは嫌い、というガンバに、スエゾーは過去の自分を見る。そのときのケンカでケガをしたスエゾーだが、仲間たちのために無理をして試合に出場。それは、ガンバに戦いの意義を教える試合でもあった。

広大な沼を越えるため、サンドラのホバータクシーに乗ったゲンキたち。ところがサンドラは、途中で料金を吊り上げる悪質運転手だった。だが、父を救うために旅をしているというホリィの言葉がサンドラの心を動かした。サンドラは、ワルモンの攻撃からホリィたちを守るため、力の限りタクシーを飛ばす！

ゲンキは、今以上に勝利を重ねるには、どんな指示だろうと自分の言う通りに戦うようにと主張。身勝手な作戦を考え始める。だが、かつて一緒に戦ったアランとのバトルでもろくも惨敗してしまう。ゲンキが見当違いの方向に頑張っていることに気づいたアランは、おまえらしさを取り戻せとアドバイスする。

好意を寄せる少女ミッシェルの病気が手術をすれば治ると知ったゴーレム。その費用を得るために、ウィナーズ杯での優勝を誓う。順調に勝ち進むゴーレムだが、決勝戦で、苦手なゲル族のモンスターを相手に大苦戦。それでもミッシェルのことを思い、最後の死力を振り絞る。果たしてゴーレムに、勝機はあるのか!?

ワルモンの仕事を続けていくことに自信をなくしたピンクジャムは、悪事をやめることを決意。しかし、堅気の仕事はなかなかうまくいかない。そんなとき、ワルモンに襲われているゲンキたちに遭遇。強敵を相手に、最初は逃げ腰になるピンクジャム。だが、必死に立ち向かうゲンキたちの姿を見ているうちに、彼の心にも火がついた！

次の試合会場に行くには海を越えなければいけないゲンキたち、ある寂れた港に着く。そこで偶然、海賊ツノマルと再会し、ツノマルの船に乗せてもらおうとするが、船はなんと何者かに奪われてしまったというのだ。そこでツノマルはボロボロの筏を用意し、ゲンキたちを強引にのせて出航するが…。

ワールドモンスターズ杯に出場するゲンキたち、登録をしようとするが、規定のモンスターがモッチー以外いないことがわかる。そんな中、ゲンキは町で偶然あのワルモン四天王・ナーガと再会する。ナーガに対し、ゲンキは積極的に一緒に試合に出ようと誘うが、ほかのメンバーは疑いを隠せない。

ゲンキたちは、いよいよレジェンド杯に挑むことになった。優勝すれば、ホリィの父が封じ込められている魔法石「ガイア」を手に入れることができる。だが、試合の相手は強敵ばかりだった。そして、「ガイア」に封印されている邪悪な魂を狙って、ワルモンたちも暗躍を開始した！

ママニャーが間違って目覚めさせてしまった最強の戦士ショーグンは、戦闘力こそ強大だが、若い女が大好きという大きな弱点を持っていた。ゲンキたちとの戦いに向かう途中、ママニャーとはぐれたショーグンは、偶然ゲンキたち一行と出会い、ホリィに一目惚れ。相手が敵だとも知らずに、求めに応じて、一行を鍛え上げるための修業を開始する。

グレイテスト４杯に出場するため、トーブルにやってきたゲンキたち。するとそこに、なんとあのライガーの弟・ギンギライガーが現れた。円盤石になっていたギンギライガーは少女・ニナに拾われて、いまは人間とともに暮らしているのだ。再会に喜ぶ兄弟だが、意外な事実が判明する…。

デュラハンが送り出した刺客・ニャーに奇襲を受けたゲンキたちだが、あっけなく撃退。しかしその最中にゴーレムが放った竜巻アタックで通り掛かりの老婆・ロゼッタをぎっくり腰にしてしまい、老婆を家まで送ることに。と、そこは小さな食堂だった。

旅をしていたゲンキたちはあのビーナスと再会した。一同は再会を喜び、一緒に夜を過ごす。ところがそこにデュラハンからの最強の刺客・メタルナーが出現。小さくなってビーナスにとりつき、心を支配してしまった。ビーナスは突然強暴になり、ゲンキたちに襲いかかる。

ママニャーがデュラハンに置手紙を残し、出ていった。その置手紙によると、度重なる失敗に反省し、自らゲンキたちの持つ黒い円盤石を奪いに行くのだと言う。一方、ゲンキたちは最後のモンスターバトルに向けて、順調に旅を続けていた。そのことを知ったママニャーたちは一案を思いつく。

いよいよレジェンド杯。森の中で特訓するモッチーの前に次の対戦相手の一人、ポリトカが現れ、「貴様ごときに私のしっぽアタックは破れない」と言う。ゲンキたちは悔しがりながらも、森を出ていくが、どうも癪にさわったスエゾー、ポリトカの屋敷に忍び込むが…。

レジェンド杯第２試合はモッチーとモストの戦いだ。モッチーは試合に向け、懸命にトレーニングを重ねる。いよいよ試合当日、控え室にいるモッチーたちの前になんと対戦相手のモストが現れる。そしてモストはモッチーに試合を棄権しないか？と持ちかけた…。

モストとの戦いに敗れたモッチーは気を取り直し、次のレジェンド杯に挑戦することを決心する。いっぽう、ママニャーとゴビはデュラハンの指示で、モストの滞在するアイアンバードに忍び込み、ガイアを盗み出そうとした。ところがモストにそれがみつかり、何故盗もうとしたのかを問いただされる…。

よみがえったホリィの父は記憶を失っていた。黒い円盤石の中にはまだ邪悪な魂が残っている。それをどうするか、迷うゲンキたち。とそこに、デュラハンたちが現れ、円盤石とガイアを奪っていった！！追いかけるゲンキたち、しかし間に合わずデュラハンたちは神殿にそれらをセットしてしまった！！