「幻妖斎とか悪いやつ、おいらがやっつけてやるよ」（青影） ある日、飛騨の山奥でサルと遊ぶ少年・小太郎は、何者かに追われていた一人の忍者を助ける。その忍者は小太郎の祖父である飛騨忍者頭領の命令で、最近怪しい活動を始めた金目教を探っていた。事情を聞いて興味を持った小太郎は、持ち前の正義感から手伝いを申し出る。祖父は小太郎に忍者「青影」としての使命と武具を託し、栄の町にある明世寺を訪ねるように命じる。旅立った青影は、道の途中である村に立ち寄る…。
「しょせん貴様の腕では赤影をくい止めることはできん」（ガマ法師） 青影はあかねと正太を連れて、栄にある明世寺までやって来た。そこには親のない子供の面倒を見る無元和尚や赤垣源之介、かえでなどがいた。青影はあかねと正太を和尚に預けると、栄の町に向かう。その頃、金目教を信じない村が次々と大ガマに襲われるという事件が起きていた。教主の幻妖斎は抵抗する村人を抹殺するよう、ガマ法師と一剣に命令を下す。一剣の娘・やまぶきは、父が無事に帰ることを祈って送り出すのだが…。
「このまま奴等をのさばらせておくわけにはいかぬ、天誅をくわえるのじゃ」（幻妖斎） 仲間であるガマ法師こそ犯人とも知らず、やまぶきは赤影を父の仇と思い込んで復讐を誓う。その復讐心を利用しようと企む幻妖斎は、南蛮船を襲うための下調べをするようやまぶきに命じる。一方、奇妙な手紙を受け取った青影は唐国屋へと向かう。ここは影たちの集合場所なのだ。店の主カラクリ富蔵は、近々出航する南蛮船が狙われているという情報を赤影たちに伝える。その船には黄金五十万両が積まれているというのだ…。
「赤影、父の仇!!」（やまぶき） 南蛮船警護の配置を知った幻妖斎は、鬼念坊とやまぶきに襲撃の仕度をさせ、客人である露丸にも仕事を依頼する。南蛮船は足が速く、強力な大砲を装備しているので襲撃は出航前と考えられる。役人たちは大勢の警護で港を固めるが、襲撃は意外にも出航後だった。金目党忍者は鬼念坊の発する霧によって南蛮船を足止めして襲撃。駆けつけた赤影も露丸に行く手を阻まれて苦戦を強いられる。この危機に現れたのは、第三の影・白影だった！
「神様ってお金かかるんですねぇ」（源之介） 幻妖斎は上州屋の娘・ゆりを誘拐し、それを神隠しだと偽って金目教に金を献上させようと企む。一方、やまぶきはガマ法師が露丸に殺されたと聞いたことから、父の死について疑念を抱くようになる。鬼面山へゆり救出へと向かった赤影は、洞くつの奥深くで倒れている娘を発見して近付くが、それは変装したやまぶきだった。赤影を父の仇と信じて戦うやまぶき。しかし幻妖斎は、彼女ごと赤影を抹殺するため、洞窟に爆薬を仕掛けていた！
「やつの剣は憎しみの妖剣、あれほどの使い手はめったにおるまい」(幻妖斎) 栄の町では織田信長配下の侍が次々に辻斬りにあっていた。露丸の仕業だ。彼はかつて信長に父母妹を皆殺しにされた香月家のたった一人の生き残り。露丸と対決した赤影は、不思議な技に刀を折られて敗北してしまう。一方の幻妖斎は、警護が手薄になった隙を突いて、信長に献上するための栄銃を奪い取ろうと企む。今、栄銃を守っているのはただ一人、柳生新陰流の使い手・柳生宗厳という男だけだ…。
「しょせん一度は捨てた命！」（やまぶき） 働き盛りの男たちが行方不明になる事件が、各地で多発していた。この事件の真相を解明すべく、変装した白影が囮となって罠を仕掛ける。一方、抜け忍となって逃亡するやまぶきは、道の途中で玄太という少年と出会う。聞けば玄太の父は、数日前から行方不明だという。やまぶきは父と二人きりで暮らしている玄太に自分の境遇を重ねて同情する。どうやら玄太の父は、金目教の隠し金山で無理やり働かされているらしいのだが…。
「飛騨の忍者、赤影参上ってか」(ニセ赤影) 但馬屋が赤影に襲われ、拉致されたらしい。栄の町の会合衆に衝撃が走るが、実はこの事件、赤影たち影の忍者と会合衆の仲を引き裂こうとする幻妖斎の罠だった。赤影は山中で但馬屋を見つけるが、それはニセ赤影に化けていたくぐつの甚内だった。油断したところを甚内に斬りつけられ、谷底へと落ちてゆく赤影。幻妖斎は本物がいなくなった機会を利用して、ニセ赤影に栄の町を荒らさせる。その頃、本物の赤影はやまぶきによって助けられていた…。
「おまえたちにはさんざん痛いめに遭わされたからな…青影には死んでもらう」(邪鬼) 信長の使者が栄の町を訪れ、会合衆に軍資金を差し出すよう恫喝をかけてきた。その使者が帰還途中、影一族を名乗る者によって殺されてしまう。怒りに任せて栄の町を焼こうとする信長に対し、明智光秀はまず犯人の影一族を始末するよう進言する。しかし今回の事件は、栄の町を支配するために影一族を抹殺しようと考えた、光秀と幻妖斎の企みだった。青影が幻妖斎配下の邪鬼に捕らえられ、これを救おうとした赤影にも危機に陥る！
「飛騨の赤影、ゆえあって信長公に会わねばならぬ」(赤影) 光秀は軍資金を要求するため、栄の町へと進軍を始める。人びとは戦になるのではと怯え、町は混乱に陥ってしまう。赤影は事態を収拾するため、信長と直接会って誤解を解こうと決意する。しかし信長の居城安土城は、多くの侍と忍者が守護する鉄壁の要塞。さすがの赤影でも、警備の目をすり抜けるのは至難の業だ。果たして赤影は、無事に信長のもとへとたどり着くことが出来るのだろうか？
「大砲の設計図がなくなっても、もっと大きな力を得たではありませんか」(赤影) 戦乱による難民を受け入れるかどうかで、会合衆の意見が真っ二つに分かれていた。その会合衆の中心人物・橘屋が手に入れた南蛮大砲の設計図を狙い、幻妖斎の手下である阿修羅三兄弟が暗躍を開始する。蔵の襲撃に失敗した三兄弟は直接橘屋を襲うが、駆けつけたやまぶきによって阻まれてしまう。そこで三兄弟は事件を難民のせいにして栄の町を混乱させ、ふたたび蔵に襲撃をかける！
「天下分け目の大いくさになっちまうぞ」（富蔵） 明世寺の境内に松千代という男の子が紛れ込んでいた。その立ち振る舞いを見るに、どうもただ者ではないらしい。実はこの松千代、信長に追放された足利将軍家の血を引いていて、旧幕府の威光を利用しようと幻妖斎が行方を探していたのだ。松千代は幻妖斎の手下の岩鉄によって発見され、金目教大本山へと連れて行かれてしまう。幻妖斎にうやうやしく持ち上げられる松千代だったが、金目教の実態に疑問を感じ、単身大本山からの脱出を試みる！
「抜け忍として一生逃げ回るつもりか」（白影） 金目教が栄の町に対し、大がかりな襲撃計画を企んでいるらしい。決行は明日。それを知った赤影は先手を打って計画を阻止するため、抜け忍となったやまぶきを説得して道案内を頼み、金目教の大本山へ向かう。一方、栄の町を守護する高岡も赤影からの情報を聞き、独自に討伐隊を組織して大本山へと向かっていた。しかしその行く手に、大自然の罠と強力な忍者軍団が立ちはだかる。先にたどり着いた赤影たちにも、恐ろしい大ワシが襲いかかる！
「幻妖斎の思惑など私にはどうでもいい、私は私の意志で赤影を倒す」(露丸) 敵の本拠地に乗り込んだ赤影たちに、多彩な技を駆使する忍者軍団が戦いを挑んでくる。中でも一番の強敵は露丸。彼は力の限りを尽くして赤影と斬り合うが、一対一の決闘に敗れると潔く自分の負けを認めて去ってゆく。そして赤影が金目教大本堂にたどり着くと、唸るような地鳴りが響き始める。驚くべきことに、金目大魔像が動き出して立ち上がろうとしている！ 乗り込んでいるのは幻妖斎。いよいよ最後の戦いが始まったのだ！
「よかろう、相手になってやる。幻魔三人衆の一人、この魔童子がな！」（魔童子） 金目教との戦いも終わり、青影は久しぶりに飛騨の山奥へと戻った。懐かしい故郷での生活も束の間、青影は影一族の頭領から、ある事件を調べるよう指令を受ける。近ごろ平家の末裔である平賀一族の村が、次々と何者かによって襲われているというのだ。青影はまだ襲われていない村へと向かうが、ふとした油断から、おてんば娘の繭姫に捕まってしまう。そこに一連の襲撃事件の犯人が姿を現す。鉄仮面の男・魔童子だ。彼の目的は平賀一族に伝わる紅秘帳にあった…。
「繭子じゃ！ お主、彼女はおるのか？」(繭姫) 紅秘帳には平清盛の隠し財宝のありかが記されているという。激しい争奪戦の末、半分は赤影の手に、残りの半分は魔童子から幻妖斎の手へと渡った。繭姫は奪われた紅秘帳を取り返すため、青影たちと行動を共にしようと決意する。里を出て明世寺で暮らすのだ。一方の幻妖斎は、幻魔三人衆の一人・闇天竺に残りの紅秘帳を手に入れるよう命じる。山暮らしの長い繭姫にとって栄の町は珍しい物だらけ。見物に熱中する姫に、闇天竺の魔の手が迫る！
「この娘がいるかぎり奴らはここへ来る。本物の紅秘帳をたずさえてな…」（闇天竺） 平四郎は繭姫の身を案じ、平賀の里を飛び出した。だが、幻魔三人衆の一人・夜叉王によって捕らえられてしまう。闇天竺は平四郎に奇怪な催眠術をかけて操り、明世寺へと向かわせて繭姫の誘拐に成功する。まんまと姫の身柄と紅秘帳を手にした夜叉王たちだったが、紅秘帳は赤影のすり変えた偽物。赤影は本物の紅秘帳と繭姫を交換するため、夜叉王に指定された場所へと向かった。その途中、闇天竺の催眠術が伝染してしまった仲間たちに取り囲まれ…。
「悪が正義になることなどありえん。いや、あってはならぬ！」（赤影） ついに紅秘帳が幻妖斎の手に渡ってしまった。だが青影はあきらめようとせず、勇吉の拾ってきた犬の源太を使って幻妖斎の後を追う。彼の行く手に夜叉王が立ちはだかる。駆けつけた赤影が夜叉王と戦いを始めた時、魔童子が現れて仲裁に入る。幻妖斎に命じられ、話し合いのために赤影を幻魔城へと招待するために来たというのだ。罠だと知りつつ誘いを受ける赤影。紅秘帳の謎を解いて余裕たっぷりの幻妖斎は、抵抗をやめて仲間になれと赤影を誘惑するが…。
「妖刀龍幻を抜いた今、私が求めるのは貴様の血のみ！」（露丸） 繭姫と赤影たちは平家の財宝が眠る場所の手がかりをつかむため、平賀の里へと戻ってきた。長老は心当たりの場所である剣山のことを教えるが、潜り込んでいた幻妖斎の手の者によってあえなく殺されてしまう。幻妖斎の目的は平家の財宝を軍資金として、織田信長に戦いを挑むこと。そのためにも、邪魔となる赤影は抹殺する以外にない。彼は再び露丸を仲間として加え、妖刀“龍幻”を手渡す。人の血を吸う呪われた刃が、赤影の身に迫る！
「お前たちも赤影の後をおって冥土へ行くがよい」（夜叉王） 赤影は露丸との勝負に敗れ、奈落の底へと突き落とされてしまった。白影は哀しむ青影と繭姫に忍者の厳しさと使命の重さを説き、夜叉王の後を追って剣山へと向かうことを決める。一方の夜叉王は、目的地である龍神の滝へと到着したものの、侵入者用の罠にかかったせいで遅々として進めないでいた。彼の後からやって来た繭姫たちが清盛の財宝を発見。喜ぶ繭姫たちだが、罠を抜けた夜叉王によって捕らえられてしまう。
「幻妖斎を倒し、千姫様を救い出せる人物が一人だけおり申す」（宗厳） 完成した雷神砲の一撃で、安土城下の町は壊滅的な打撃を受けてしまう。幻妖斎は信長に安土城の引渡しを要求、そのうえ信長の愛娘である千姫を人質として連れ去ってしまう。この危機を救うため、柳生宗厳は赤影を呼び寄せる。赤影が信長から託された使命は、幻妖斎を倒して千姫を救い出すこと。幻魔城に向かう赤影。勇吉たちの行方を探す青影。その頃、城の奥深くに捕らわれた千姫は、露丸との数奇な再会を果たしていた…。
「かつて私を誰よりも愛してくれた女子がいた…」（露丸） 幻魔城の周囲には新型鉄砲の弾幕が張り巡らされている。何とか突破した赤影たちは城内に侵入するため湖に潜るが、湖底には怪獣・岩龍が待ちうけていた。岩龍は幻魔城へ侵入しようとする者を容赦なく襲う強敵。苦戦の末に何とか岩龍を倒し、赤影たちは幻魔城に忍び込む。訳もわからず潜り込んで下忍に負われていた勇吉たちを救い出した時、魔童子が今までの決着をつけようと勝負を挑んでくる！
「この赤い仮面にかけて、幻妖斎は私が斬る！」（赤影） 太陽が昇り、運命の日が訪れた。安土城を空け渡す約束の刻限までは残りわずか。幻妖斎は己の勝利を確信してほくそ笑む。その頃、赤影は何とか魔童子を倒したものの、受けた傷に苦しんでいた。そんな赤影の前に露丸が現れるが、千姫とのふれあいによって過ちに気付かされていた彼は手を出そうとしなかった。幻妖斎はそれを裏切りとみなし、露丸を抹殺すべく動き出す。お菊を人質に取られて苦戦していた青影と白影の前には、謎の忍者が助けに現れ…。
