「次界を救うには聖なる宝石セント・ジュエルを得ることじゃ」（スーパーゼウス） お守りのピア・マルコは、お供え物のまんじゅうが欲しくて時の城へと潜りこんだ。それを見つけたガード天使のベリー・オズはマルコを追いかけ、２人は城の奥深くへと入り込んでしまう。そこで見つけたのは、次界の未来の時間が入っているセント・ボックスだった。ふたを開けたマルコは、箱の中から現れたスーパーゼウスに次界の最後を見せられる。次界を救うためにセント・ジュエルを探すように、マルコとオズは命じられるのだが…。

「私は正しい、私は時の城のガード天使だ！」(オズ) お気楽なお守りのマルコと、正義感あふれる天使オズ、そしてお宝目当ての悪魔ディオ・コッキー。ワープスライダーＰに乗り込んだ３人は不思議な少女プッチー・オリンに導かれ、神秘の宝石セント・ジュエルを捜す旅に出ることになった。しかし考え方も立場も違う3人がすぐに団結できるわけもなく、ささいなきっかけで大ゲンカを始めてしまう。目の前に危険が迫っていることも知らず…。

「俺にも多少の血や涙はある、死ぬ前に一度だけチャンスをやろう」（ゴル胡魔１９３） マルコたちはワッＰに導かれ、町全体が機械化されたダイヤメーションへとやって来た。さっそくセント・ジュエルを探そうとするが、曼聖羅からの殺し屋であるゴル胡魔１９３が現れて邪魔をする。自信満々に銃の腕前を見せつけたゴル胡魔１９３は、勝負の前に自分の出したナゾナゾが解ければ命を助けてやると余裕を見せる。しかし自慢の問題をマルコによって簡単に解かれ、彼はすっかり自信をなくしてしまい…。

「諸君！大切なセント・ジュエルが食われてしまう前に奪うのだ！」(オズ) マルコたちはタカイトーで、悪魔・雨の邪鬼に追いかけられている天使のフラッシュ光后とお守りのてるてる雲助を助けた。フラッシュ光后から事情を聞くと、どうやら雨の邪鬼が一方的に悪いらしい。雨の邪鬼が持っている光る石がセント・ジュエルだと思ったオズとコッキーは、フラッシュ光后に協力することにする。納得できないマルコだったが、ゴル胡魔１９３が雨の邪鬼を使ってプッチーを人質にしたことで、騒動に巻き込まれてしまい…。

「見え透いたウソをつくよな、金持ちがお宝を隠すときによく使う手じゃないか」（コッキー） ダイヤリーに到着したマルコたちは、いきなり大きな城で丁重なもてなしを受ける。だがそれは、城の主であるダイヤグレー公の罠だった。オズの昔の知り合いである彼は、秘かにマトウォリアーと連絡を取り、一行を捕らえて次界の都に戻ろうと画策していたのだ。しかしオズに気を取られるあまり、コッキーは取り逃してしまう。そのコッキーはお宝があると信じて、凶暴な超ダイ石獣が眠る塔に侵入した！

「この人だジョ、一目で好きになったジョ！」（絵本ダ助） ワッＰことワープスライダーＰが、エメラジェンスと呼ばれる砂漠に不時着した。マルコたちはそこで、エメラジェンスを緑あふれる地に戻したいと願うお守り・絵本ダ助と出会う。マルコは食べても減らない果物の木を、オズとコッキーはエメラルド様の持つというエメラルド・ジュエルを求め、意気揚々とシャベルの塔へ向かう。しかし、塔には予想もしなかったほど厳しい試練が待ち受けていた…。

「試練に意味なんかあるかってんだぃ！意味があるのはお宝だけ…」(コッキー) シャベルの塔に入ったマルコたちは、何とか１階の試練をクリアした。しかし続く２階の試練を前にして、コッキーが意見の相違から仲間を離脱してしまう。オズを追ってきたベイギャルズを言葉巧みにだまし、塔の頂上に一番乗りしようとするコッキー。一方、マルコたちは何とか試練をくぐり抜け、ついに４階までたどり着く。そんな彼らを、さらに厳しい試練と、コッキーに案内されたベイギャルズも待ち構えていた！

「自分の欲望のために、お前は友も正義も夢も捨てた…」（マハジャテレス） ついにマルコたちはシャベルの塔の最上階に到達した。そこで待ち受けていた最後の試練は、なんとスゴロク！駒を進める途中で、絵本ダ助は友達のコミック画王と出会う。コミック画王もまたエメラルド様を復活させようとしていたが、エメラジェスを救った英雄になりたいがために卑怯な手を使っていた。コッキーもサイコロの目に細工をするイカサマがばれて失格となり、最後の試練の問題は絵本ダ助が１人で解かねばならなくなってしまう…。

「中々カッコいいじゃん……怪獣かと思ったけど、アンタ正義の味方？」（マルコ） 旅の途中、ワッＰは異次元にあるパールディメンションに迷い込んでしまった。この地を治めるアントロイメには悪い評判ばかりがつきまとい、しかもセント・ジュエルの手がかりは一切ない。オズとコッキーは立ち去ろうとするが、２つの太陽が重ならなければパールディメンションからの脱出は不可能。一行が途方に暮れる中、マルコはアントロイメの正体が怪獣だと聞いて興味を覚え、一人で城に会いに向かった！

「仲間？ガハハハ…冗談はやめて欲しいな」（コッキー） アントロイメは怒っていた。スーパーデビルの策略で、マルコが自分の悪口を言い触らしていると思い込んでいたのだ。貝老与はアントロイメのためにマルコたちを一網打尽にしようと決意。裏切ったコッキーの協力によって、巨大な貝の中にマルコたちを閉じ込めてしまう。コッキーはそうして自分一人難を逃れようとするが、追いかけてきたベイギャルズに捕まってしまった。そして囚われのオズたちの目の前で、無情にも２つの太陽が重なる瞬間が訪れる…。

「お前もボクのように醜く膨れるイモ、悲しく海へ沈むイモ…」（芋丁止） 逃げ回っていても何の解決にもならないと考えたオズは、直接会って誤解を解こうとアントロイメのもとに向かう。しかしそれぞれの勝手な行動から、一同はバラバラになってしまう。そこにアントロイメの部下である芋丁止が現れる。自分の醜い姿に劣等感を持つ芋丁止は、プッチーを人質にしてマルコに芋を食べさせ、膨らませて海に突き落としてしまう。一方、曼聖羅からの刺客である聖ピカギリが、マルコたちを狙ってついにその姿を現す！

「怒れ、怒れ、お前が怒りに燃えるほど世界は破滅に近づく…」（聖ピカギリ） 部下たちの度重なる失敗にアントロイメの怒りは頂点に達し、そのエネルギーでパールディメンションは崩壊の危機を迎えてしまう。耐えかねた住民たちは、オズたちと共に直談判のためにアントロイメの城へ向かうが、突然の攻撃を受けて住民たちが怪我を負ってしまった。アントロイメとの亀裂が決定的となったこの事件、実はパールディメンションごとマルコたちを葬り去ろうとする聖ピカギリの陰謀だった…。

「風が泣いている……心を持たぬお前たちに生きる者の涙はわかるまい」（アッシラ王） 理想都市ルビコンエリアでは、すべてがコンピューターによって管理されている。しかし理想都市とは名ばかりで、実態は住民の個性すら許さないコンピューターによる超管理社会だった。訪れたオズたちはコンボットフォースたちに追われていたパソンを助けるが、囲まれて逃げ場を失ってしまう。彼らの危機を救ったのは、謎の天使アッシラだった。はたして彼は敵か？味方か？

「昼間から働きもせんで遊びおって。だからみんな、あんな腑抜けの顔になってしまうのだ」（男キホーテ王） パソンたちはマグネの里のファミーごんからルビコン城へ入るための鍵をもらって、再びルビコンエリアへと向かう。その途中で遊べ遊べの地に寄ったマルコたちは、オズのかつての師匠だった男キホーテ王と出会う。遊べ遊べの地は一日中遊ぶことが住人の役目とされ、望めば食べ物がテーブルから出てくる理想郷。しかし男キホーテ王は、このままではみんな堕落してしまうと憂いていた。彼はマルコの協力を得てメインコンピューターを破壊しようとするが…。

「醜い欲は風をかき乱す。さらば！……また風が巡り会うときに…」（アッシラ王） ルビコンの大臣ハッカニアンと、その息子ニューロビンの協力を得て、ベイギャルズはオズたちを捕まえるために追跡を開始する。ワッＰは猛攻を受けて航行不能に陥るが、マルコ、オズ、コッキー専用の３体の小型のバイオバイザを生み出した。バイオバイザでルビコン城を目指すオズたちの前に、またしてもアッシラ王が助けに現れる。だが、アッシラ王は何故かパソンの持つ城の鍵を奪って去ってしまった…。

「行こう！おいらも爺っちゃんのことなら心配だし」（マルコ） パソンはルビコンの王である卯帝の娘だった。驚くオズたち。ニューロビンによると、現在のルビコンは死んだと思われていた卯帝の命令によって管理されているらしい。それを聞いたパソンは、自らの目で真実を確かめようとルビコン城を目指す。一方のニューロビンも、本当に父のハッカニアンが悪事を働いているのか確かめるために卯帝に会おうとしていた。それぞれの父を信じるがゆえ行動するパソンとニューロビン。真実はどこにあるのか？

「父上、貴方は間違っている！」（ニューロビン） ハッカニアンは卯帝を操って、ルビコンを思うままに支配していた。ニューロビンはそんな父親を止めようと、オズたちと共にハッカニアンの隠れている塔へと向かう。駆けつけたファミーごんとマルコの活躍で、囚われていた卯帝の救出に成功。しかし問題を起こした張本人であるハッカニアンは、ふとした油断からコンピューターに消去されていた。コンピューターはルビコンから生きとし生けるものを葬り去ろうと、際限のない暴走を始める！

「恋ってのはな、お互いが好きあわなくっちゃ成立しねぇんだ」（コッキー） ようやく平和を取り戻したルビコンエリアで、卯帝はコンピューターを修理して次界を滅亡から救う方法を探そうとしていた。コッキーはというと、ガラにもなくため息をついていた。本人も気付かないうちにパソンに恋をしていたが、パソンはニューロビンと仲良くしているために告白もできず、一人で悶々としていたのだ。そのパソンが、秘かに潜伏していたハッカニアンの部下・おデジんにさらわれてしまった。目的は何と、無理やり結婚を迫ること？

「ホホホホ…ほんに殿方の友情とは美しいものじゃ」（真因如） 「これは私たちの青春のすべてをかけた戦いだ！覚悟はいいな！」（オズ）

「自分の勇気のなさが物凄くつらかったのん」（のりのん） 辰統一世にセント・ボックスを奪われたマルコたちは、一路、ヘリンポスの山頂に向かう。しかし、途中の町でカーニボンと再会したのりのんは、英雄になることをあきらめてこの町に留まると言いだす。のりのんと別れて先へと進むマルコたちに、辰統一世の手下・フェスティバーが襲いかかる。のりのんはプッチーから一行の危機を知らされると、自分が過去に犯した過ちをつぐなうためにも、勇気を振り絞ってもう一度フェスティバーに挑む！

「…そこまで知られているなら生かしては返せん！」（辰統一世） のりのんは辰統一世に英雄として認められた代償に、エネルギーを奪われて石になってしまった。カーニボンはのりのんを元に戻すため、マルコたちの協力を得て辰統一世のもとへと向かう。その途中で改心したと言うフェスティバーと出会い、のりのんを元に戻せる場所へと向かうカーニボン。だが、それはセント・ボックスを奪おうとする真因如の策略だった。辰統一世も真因如の動きに気付き、驚くべき正体を現す！

「願いが叶うのはギブアップしない本当のチャンピオンだけだ！」（ドームンク） マルコたちはセント・ジュエルへ導く光に従って、サファイアンシップへとやって来た。だが、上空に充満している毒ガスの影響でプッチーが倒れてしまう。さらにドームンクが現れ、一向に格闘技大会への参加を強要する。優勝者に与えられる賞品は、何でも望みが叶うという宝石サファイアエンジェル。マルコたちはサファイアエンジェルでプッチーを助けるために、大会への参加を決める。ところが参加者の中には、聖ピカギリたち創聖童鬼もいた！

「マルコわかってるな、我々は絶対優勝しなければならないのだ！」（オズ） マルコ、オズ、コッキーは、創聖童鬼たちやベイギャルズと同様に、格闘技大会の予選第一回戦を無事に勝ち抜くことが出来た。続く第二回戦は、日が落ちるまでに山の頂上へとたどり着くというサバイバトル。行く手には数々の罠や試練が待ち受けていたが、マルコたちは何とか先へ進んでゆく。しかしベイギャルズとのトラブルから、全員が川に落ちて流されてしまう。一方の創聖童鬼たちは、既に山頂に到着していた。太陽が今、沈んでゆこうとしている…。

「ここでさ、アンタがちょっと助けてくれれば…」（コッキー） 格闘技大会も準決勝を迎え、各チームごとに１対１で戦うタッグマッチが開始された。まずは創聖童鬼チームとベイギャルズが戦うが、血気にはやるベイギャルズは全員で余尾銀を倒してしまい反則負けになってしまう。そして次の試合、マルコたちはサファイアンシップの精鋭たちと戦うことになった。しかし自分に勝ち目がないと感じたコッキーは、ドームンクを呼び出してプッチーの命を救うためにも負けてほしいと懇願する…。

「戦いに男女の区別はない、正々堂々美しく渡り合おう」（オズ） ついに格闘技大会も大詰めを迎えた。決勝戦はマルコたちと創聖童鬼チームの対決。１対１で戦って、どちらかのチームが２勝すれば優勝という団体戦だ。初戦はコッキーが武器を持たないアッシラ王に挑むが、簡単に敗北を喫してしまう。続く２戦目のオズ対真因如の試合は、余尾銀の乱入でオズの勝ち。そして１対１で迎えた３戦目、空腹のため元気のないマルコは聖ピカギリに挑むが、相撃ちでダブルノックダウンになってしまう！

「何故か急に強くなったようだな！」（始祖ジュラ）「何故かお前は急に弱くなったようだぞ！」（スーパーゼウス） 曼聖羅からの洪水の影響で、オパザードにあったオパジュエルが過去へと落ちてしまった。過去の時間を管理しているオパジュエルがなくなると、その影響で過去が変わって現在の時間にも大きな影響を与えてしまう。マルコたちはオパザードのヘッド・午ノフ王に頼まれ、オパジュエルを求めて過去へと向かった。そして着いたのは第一次聖魔大戦のあった時代、スーパーゼウスと始祖ジュラの一騎打ちの真っ只中だった。

「私はこれまで、あまりに多くの天使たちの血を流してきた…」（ワンダーマリア） マルコたちはコカパンの用意した次元潜水艦で、新たにオパジュエルの反応があった時代へと向かった。聖魔和合がなされようとしていた時代だ。次元潜水艦から落ちて迷子になったマルコは、今までの自分の行動を悔いているワンダーマリアと出会う。マルコは初めて会ったはずのワンダーマリアに妙な懐かしさを感じる。その時、裏切り者のワンダーマリアを抹殺しようと、魔スタリオスとフュジョンキッドスが襲ってくる！

「マルコ、私はもういい…しかし約束してくれ、必ず次界を救うと！」（オズ） マルコたちはオパジュエルのかすかな反応をたどって、過去へとやって来た。そのころ現在の時間では、歴史が変わってしまったために、消えてしまった者たちや滅茶苦茶になってしまった建物など大きな被害が出ていた。過去のマルコたちは情報を得て、強大な力を持つ宝石があるという城へ向かう。そこには宝石を守護する一人の天使・一角キングがいた。一角キングの顔はオズと瓜二つ。それもそのはず、彼こそオズのご先祖さまだったのだ！

「私たち二人はあの方からこの地を託されて、ずーっと仲良くやってきたのに…」（ナーディ） 事態が一行に好転しないことから、ヤマトウォーリアもオパジュエルを探すために行動を開始した。それを追いかけたマルコたちは、見たこともない世界にたどり着く。そこでは命の実を守る少女・ナーディと、一つのつぼみを大事そうに守る少女・メーディがいた。しかし急に聖火山が噴火し、命の実が全滅の危機に襲われる。ナーディは命の実を守るため、メーディの管理する水を求める。だがナーディは理由も言わずに拒否する…。

「このままご先祖様が聖動源にいることにでもなれば、我が栄光の一族の歴史が変わってしまうぞ！」（ヤマトウォーリア） オパジュエルを追って、新天紀の聖動源へとやって来たマルコたち。しかし到着した次元潜水艦は、巨大悪魔・八魔オロチの攻撃を受けてしまう。危機を救いに現れたのは、次界へ旅立つ前のヤマト王子だった。次元潜水艦はヤマト王子の活躍で救われる。しかし見つかったオパジュエルを額のネコが飲みこんでしまったせいで、王子は急速にやる気を失ってしまう。八魔オロチはそれとは正反対により強力な力を得て、再び暴れ始める！

「このままでは戦いになってしまう…なんとしても話し合いが必要だ」（Pアンノ） マルコたちはセントジュエルを求め、音楽の国トパズランドへとやって来た。しかし、いきなり音符たちに攻撃されてしまう。トパズランドでは曼聖羅からの洪水に備えて、音符などをすべて武器に作り変えていたのだ。そんな中、Ｐアンノだけは話し合いで事態を解決できるのではと考え、音楽を武器に変えることに否定的だった。マルコたちはPアンノからトパズランドに伝わる伝説を聞き、危機を救うためにトパジュエルを探すが…。

「好きな人を守るためだったら、それはきっと良いことなんでちゅぴー」（ベスタニヤ） 曼聖羅はトパズランドの武装化を警戒し、破壊活動を開始した。それを知ったPアンノは、話し合いのために一人で曼聖羅の後を追う。しかし彼の船の中には、Pアンノを心配するベスタニヤが潜りこんでいた。追跡に気付いた真因如は、Pアンノを砂漠に誘い込み、話し合いの呼びかけに耳を貸さずに一方的に攻撃を仕掛ける。あくまで対話による和平を望むＰアンノは、戦おうとするベスタニャを制止してひたすら攻撃に耐えるが…。

「Lクトン公は俺がもらった！」（聖ピカギリ） 曼聖羅からの攻撃に対抗するため、Oルガンはバイオボット“Lクトン公”の封印を解こうとする。しかしLクトン公はすでに聖ピカギリによって復活していた。攻撃を受けたマルコたちはピンチに。だが、急に聖ピカギリが倒れ、Lクトン公が動きを止める。Lクトン公を動かすということは、自分の生命エネルギーを与えることに他ならなかったのだ。だが、それでも聖ピカギリは、今までの失敗を返上するために命を削りながら戦いを挑んでくる！

「わたくし思いますに恥も外聞もありません！命の方が大切でございます！」（ミネルンバ） 刻一刻とトパズランドに近づく大洪水。確実にトパズランドをその餌食とするため、メディアは創聖童鬼たちに命じて破壊活動を続けさせていた。マルコたちはトパジュエルの在処を知るというコンスタン未を探して、彼が眠りについているという湖に潜る。コンスタン未は無事に見つかり、トパズランドを自在に動かすという移動マシーンも出現。だがそこに、突如ブラックゼウスが現れ、頼みの綱の移動マシーンを破壊してしまう！

「邪魔のモノは壊ぁーす！…この世は力が支配する！」（ブラックゼウス） 見渡すかぎり食べ物でいっぱいのエリア・ラピスードにやって来て、一人はしゃぐマルコ。しかし木々に水を与えるシャワーホールが隕石によってふさがれて、食べ物の木は枯れかかっていた。枯れる前に食べようとするマルコに、貴重な木を守ろうとするウオッ珍が戦いを挑む。だがそれを止めようと、こげ面公は二人をリングでつないでしまう。やむを得ず一緒に行動することになった二人の前に、ブラックゼウスがマルコを倒そうと現れる！

「誰が何と言おうと、この野郎はただのバカタリアンだぜ！」（コッキー） ブラックゼウスが曼聖羅と手を結んだことが判明し、源層界に衝撃が走る。事態を重く見た新界王（カーネルダース）の一人、ラピスードを治める申る伯は、マルコたちに自分たちの存在を明かし、ブラックゼウスに対抗するためにマルコをパワーアップさせようとする。しかしマルコは、力を与えられているのに何故かパワーアップできない。一同に絶望感がただよう中、強い力の存在をキャッチしたブラックゼウスが申る伯を狙ってやって来る。

「ラピジュエルを手に入れれば、ボクは次界一の名コックだっち！」（こげ面公） ラピジュエルを求めて七輪城へ向かうマルコたちは、途中でこげ面公とレンタンぴんに出会う。饅頭を焦がしてレンタンぴんに見放されたこげ面公から、ラピジュエルは真実の料理の中にあると聞き、一緒に七輪城を目指すことに。一方のレンタンぴんはスーパーデビルとブラックゼウスに捕まり、ラピジュエルを探す手伝いをさせられることになる。マルコたち一行は七輪城に入るが、そこに待っていたのは料理に関する様々な出来事だった。

「あれが爺ちゃんの言っていたブラックゼウスなのか…」（コッキー） ヘラクライストを復活させながらラピジュエルを奪われてしまい、ヤマトウォーリアは怒り心頭に発していた。その頃、コッキーは祖父によく聞かされていたお話を思い出していた。ディオ家を救ったというブラックゼウスのエピソードだ。創聖童鬼と戦うブラックゼウスを見つけたコッキーは、自分から近づいて憧れの想いを語る。それを耳にしたスーパーデビルは言葉巧みにコッキーを仲間に引き入れ、マルコたちを抹殺するための手伝いをさせようとする。

「俺は戦いのために作られた聖ボット、戦う以外に生きる道はない」（ヘラクライスト） 航行中に流星群に襲われたマルコたち。ヘラクライストが盾となってみんなをかばうが、そのために大きなダメージを受けてしまった。そこでヤマトウォーリアは芸術や科学、学問が盛んなエリア・ガーネメントへと進路を変える。ヘラクライストを修理するためだ。エリア一の技術者・シャパンが修理作業に取りかかるが、コッキーの情報によってそのことを知ったブラックゼウスは、好機到来とばかりに修理工場を襲撃する！

「やはり私の心の中にあったのは正義…」（辰統一世） ガーネメントに迫る曼聖羅からの大洪水を止めるため、ついに新界王の全員が力を合わせて事態に立ち向かうことになった。しかしその一人であるペルセ酉主は、自らの占いによって新界王の中に裏切り者がいることを知り、マルコたちに探し出すよう頼むのだった。その頃、新界王の一人である辰統一世は、聖神ナディアから預かった聖ミーヤと異聖神メディアから預かった魔デストンを見つめて、自分の進むべき道を選びかねて悩んでいた…。

「俺は国を作るため、まずお宝を集めようと…」（コッキー） ガーネジュエルは見つかったものの、まだ宝石として成熟していなかったため、次の行く先へ導いてはくれなかった。曼聖羅からの洪水に備えて民衆に避難勧告が出される中、プッチーは一人抜け出し、自分のエネルギーを使ってガーネジュエルを成熟させる。しかしそこに、コッキーがブラックゼウスのためにガーネジュエルを奪おうと現れる。激しく抵抗するプッチーに反応してワッＰが輝いたかと思うと、コッキーはいつの間にか曼聖羅へと飛んでいた…。

「コッキー、長い間苦労を共にしてきた友情はどこへいった！」（オズ） ホーサフィンとオーストルーザーが旅の途中で勝手に動き始めた。マルコたちは後を追いかけ、生きた機械が暮らす場所・アメジアンスへとやって来る。この地のヘッド・戌ドリヒ大王によると、聖なる宝石・アメジュエルを持つ眠れる美女が光る山にいるとのこと。マルコたちは山へと向かう。しかし、眠れる美女との結婚を望むビャクドンと彼を慕って尽くしているラベライムも、光る山を目指していた…。

「自分の欲望のためなら仲間も平気で捨て駒にする、悪魔ヘッドらしい冷酷さじゃねえか」（コッキー） 旅を続けるマルコたちの元にコッキーが戻ってきた。コッキーは手放しで喜ぶマルコたちをセントジュエルの在処まで案内すると、迷路のような場所へ連れて行く。そこは巨大悪魔・鬼ＤＯの体内で、コッキーはプッチー以外の仲間を誘い込むようブラックゼウスに命令されていたのだ。ブラックゼウスは冷酷にも、用済みになったコッキーを鬼ＤＯの体内へと落とす。コッキーははたしてマルコたちと共に脱出できるのだろうか？

「俺は自分の悪魔帝国を作って、あの娘を后に迎えるぞ！」（ブラックゼウス） コッキーの策によって闇の異次元へと落ちたブラックゼウスは、超聖神に反旗を翻し、メディアに味方したために封印されたカーネルダークと出会う。ブラックゼウスはカーネルダークの封印を解くと、言葉巧みに自分の配下に加える。一方、カーネルダークの復活を感知した戌ドリヒ大王が、マルコたちの前に姿を現す。さらにマルコに助太刀するため、のりのんも駆けつける。そして一行は異次元の出口とへと向かう！

「お前に協力するために、蝶子良と二人でお前を探していたのだ」（エリースター） マルコの活躍で、カーネルダークたちは再び閉じ込められた。しかしブラックゼウスは偽の映像を使ってナディアへの不審を植え付け、カーネルダークの心を完全に掌握してしまう。唯一人難を逃れた蚤ノフ王を従え、ブラックゼウスはアメジュエル奪取のため、マルコたちに攻撃を仕掛ける。異空間へと飛ばされるマルコだったが、旅の途中で出会った蝶子良とエリースターによって助け出される。さらに新たな力を得たマルコは…。

「憎しみからは何も生まれません、それはお母さまが一番ご存知のはず！」（オリン姫） 大洪水によって壊滅したアメジアンス。次界を救える最後のセントジュエルの存在を耳にしたブラックゼウスは、それを手に入れてやる条件として、メディアに娘のオリン姫を花嫁として差し出すよう要求する。一方、マルコたちの前には新界王の一人ムガール亥が現れ、最後の聖なる宝石・アクアジュエルについて語る。マルコたちは希望を抱いて次の目的地へと向かうが、その途中でワッＰと共にプッチーが何処かに消えてしまう…。

「オリン姫のもう一つの姿…それは我々に歯向かい続ける次界のマルコ一味の一人、プッチーでございます！」（スーパーデビル） ブラックゼウスはカーネルダークを解放し、新たな戦力に加えた。自由の身となった蚤ノフ王から聞いた昔の噂話をヒントに、スーパーデビルが曼聖羅を内部から崩壊させる計略を思いつく。その頃、オリン姫はナディアを止めるため、曼聖羅へと帰ってきていた。大洪水は次界のすぐそこへと迫っている。必死にナディアの説得を試みるオリン姫だが、そこにスーパーデビルが現れ、ナディアに対して思わぬ一言を投げつける。

「ブラックゼウス！いくら悪魔でもやり方が汚すぎるぜ！」（コッキー） マルコは次代ＶＡＮたちの理力を得て、パワーアップを果たした。その力はブラックゼウスに勝るとも劣らない。状況を不利と悟ったブラックゼウスは、カーネルダークたちの力で水柱を破壊。アクアマービィを滅亡の危機に陥れることによって、アクアジュエルを強引に出現させようと試みる。思惑通りにアクアジュエルが出現。しかし、隙を窺っていた創聖童鬼も姿を現し、ブラックゼウス、マルコとの三つ巴の戦いが始まる！

「メディア様！曼聖羅の恩人を傷つけてはなりません！」（聖梵ミロク） アクアマービィはアクアジュエルを失い、極寒の氷に包まれてしまった。それを見た聖梵ムガルは曼聖羅の成り立ちに疑問を感じ、聖梵ミロクと共に古文書を調べる。その頃、マルコたちはオリン姫とぺガ・アリババに再会し、洪水を止めるようメディアを説得するために曼聖羅を訪れていた。しかし、メディアは全く聞く耳を持たない。そればかりかカーネルダークがメディアに恭順の意思を示すため、聖神ナディアを連行してきた！

「異聖メディアの心を説くのはプッチーしかいない！」（オズ） メディアに倒されたはずのブラックゼウスが、創聖使によって更なる強化を施されてよみがえった。次界や曼聖羅など総ての世界を手に入れるため、ブラックゼウスはメディアの持つアクアジュエルを奪おうと攻撃を開始する。メディアは攻撃を防ぐため、マルコたちを異空間へと逃がす。いきなり見知らぬ場所に飛ばされて途惑うオズだったが、マルコやコッキーとの出会いや今までの冒険を思い出し、闘志を新たに困難に立ち向かってゆく。

「お前の力はお前の心。戦おうと思うな、仲良く調和するのじゃ…」（スーパーゼウス） これまでの行いを悔いたメディアは、たった一人でブラックゼウスに立ち向かってゆく。12個すべてのセントジュエルは、今やマルコ一人に託された。マルコたちは大洪水を止めるため、次界へとワッＰを飛ばす。だが、ブラックゼウスの力を得て巨大化したスーパーデビルが行く手に立ちふさがる。仲間にその場を任せて先へ進み、マルコは一人で大洪水に向かい合う。セントジュエルの輝きが奇跡を起こしてくれるのを信じながら…。

「どうなるかわからん…セントジュエルの力さえ及ばない恐ろしい世界だろう」（ヤマトウォーリア） 曼聖羅との争いも終わり、次界は平和を取り戻した。しかしお宝に目がくらんだコッキーが、またしても時の塔に潜り込んでしまう。そしてひときわ異彩を放つ箱の蓋を開けると、付近にいたマルコ、オズ、プッチーやベイギャルズ共々、箱の中に吸い込まれてしまった。その箱こそ、時間と空間、過去と未来が混在している禁断の世界への入り口だったのだ。禁断の世界に降り立ったマルコたちは、なぜかビックリ学園という学校に通う生徒になっていた。

「悪い子ちゃんはいけませんの！よい子ちゃんになるですの！」（十字架天使） ビックリ学園に転校生がやって来た。その名はサイキュロス。ワガママなお金持ちのお坊ちゃんで、これまでは執事のトジックバラを従えてやりたい放題だった。しかしビックリ学園では、一筋縄でいかないメンバーに振り回されて自分が思ったように行動できない。腹を立てたサイキュロスは、おかわり玉という不思議な玉を召喚した。おかわり玉には願いを叶える度に欲望を吸収して大きくなり、最後に爆発するという恐ろしい力を秘められていた！

「心の中を憎しみでいっぱいにするんだ、そしたら僕が憎しみの力を何倍にもしてやる」（サイキュロス） 他愛もないことからマルコたちにバカにされたと怒るサイキュロス。仕返しを考えていると、悪魔・魔次郎べが現れた。彼もバランス勝負で次代・バランサンに負けたことを口惜しがっていた。魔次郎べの力に目をつけたサイキュロスは、言葉巧みに憎しみをあおってパワーアップさせる。大きくなりすぎた魔次郎べのパワーによって、ビックリ村はバランスを崩して傾いてしまう。しかしスケボーで遊ぶマルコたちにとっては、騒動はむしろ好都合だった。

「光と影、表と裏、今に面白いことが起こるキュロ」（サイキュロス） 今日はビックリ学園のスケッチ大会。ベイギャルズから絵が下手だと笑われたサイキュロスは、封印されていた悪魔・縄飛忍鬼Ｘを復活させる。縄飛忍鬼Ｘの持つ縄跳びを跳ぶと、本来のものとは反対の性格を持った裏人格キャラが現れてしまうのだ。そんなことなど露知らず、お弁当を作って写生会に遅れていたマルコは縄跳びを跳んでしまう。そして生まれた裏マルコは、ベイギャルズのお弁当をかっぱらったりスカートめくりをしたりと、大暴れを始める！

「コラーッ!!何で私がヘッドロココ様と結婚せねばならんのだ！」（オズ） サイキュロスは、ビックリ村の平和を守るヘッドロココが気に入らない。そこで彼は、悪魔・綾取魔ＣＨＯを呼び出してヘッドロココを狙わせる。さっそく悪事を働き、ヘッドロココを誘い出した綾取魔ＣＨＯ。こっそりと後をつけ、異空間にある英雄の森に入り込んでしまう。ヘッドロココに弟子入りしようと考えたオズと、面白そうだと後を追うみんなも英雄の森へと入ってきた。森の中では何故か、ヘッドロココは神帝たちと楽しそうに遊んでいて…。

「ワシも小さいころはバカッチョ遊びをよくやったもんだ」（スーパーゼウス） バカッチョを付け合うバカッチョ遊びで、サイキュロスはベイギャルズに集中攻撃を受けた。仕返しにベイギャルズを仲違いさせようと、サイキュロスは悪魔・花貧５僧を呼び出して悪口を流させる。いつもは仲良しだが、陰ではそれぞれが悪口を言っているのかもしれない…疑心暗鬼に陥ったベイギャルズは大ゲンカを始める。ワンダーマリアに注意されて誤解は解けるのだが、ベスタニヤが火薬ダンゴを食べてしまい、生命の危機に陥ってしまう。

「俺はな、ずっと前から有名な大ドロボーになろうって心に決めてたんだ！」（コッキー） ビックリ村で話題の怪盗もの魔ねは、誰にでも瞬時に化けることができるため、警察ですら手も足も出せないでいた。そのもの魔ねが、サイキュロスの持つネックレス“悪魔の涙”を盗むという予告状を送ってきた。サイキュロスは切り絵を実体化できる天使・キリエ様を雇い、もの魔ねを捕まえようと待ちかまえる。だが屋敷には大ドロボーの意地をかけたコッキーと、面白そうだとついてきたマルコが、“悪魔の涙”を横取りしようと潜んでいた！

「食べ物の恨み…いや、正義のマヤセッ剣受けてみよ！」（オズ） サイキュロスは空腹で倒れている大食らいの悪魔・綿破メフィストを見つけ、村中のまんじゅうを盗んで食べさせた。マルコに復讐するためだ。思惑通り、マルコは大好きなまんじゅうがなくなったせいで元気をなくしてしまう。さらに綿破メフィストは学園の給食や村中の食物まで食べ尽くし、ビックリ村を食糧危機に陥れてしまう。みんなは一致団結して綿破メフィストを退治しようとするが、サイキュロスの力を受けた綿破メフィストは巨大化してしまう！

「フン、俺様を仲間はずれにする気だな、だったらこんな学園に用はない」(ドラキュロス) 自慢のマジックショーをマルコに邪魔されたサイキュロスは、超能力を身につけようと思い立ち、ネロン魔球館を訪ねて自分のルーツを探ることにした。トジックバラの言葉に従ってイタズラを繰り返していると、ついにダークマターが姿を現し、サイキュロスをドラキュロスへとパワーアップさせる。ドラキュロスは手に入れた超能力で、学園の校舎を地中深くへと埋めてしまう。校舎の中に取り残されたマルコたちの運命は!?

「なんで最強の悪魔であるこのドラキュロス様が、学校なんかに行かなきゃいけないんだキュロ」（ドラキュロス） サイキュロスがもう一週間も学校を休み続けていた。心配して屋敷を訪ねたマルコたちは、サイキュロスがドラキュロスへとパワーアップを果たし、凶暴な悪魔に変わってしまったことを知る。それを知ったワンダーマリアは、ドラキュロスの心を癒すために課外授業を開くことを思いつく。しかし嫌がるドラキュロスは、すべて紙でできている草原に住む悪魔・折噛Ｐｅを脅迫して学校のみんなを襲わせて…。

「前にも、こんなことが…」（マルコ） 次界に異変が起き始めていた。不安を覚えたヤマトウォーリアは、偶然の機会を得てヘッドロココと連絡を取ることに成功。すぐに戻って来るようにと、マルコへの伝言を頼む。その頃ダークマターは、ついに自らの意思でビックリ村への進行を開始していた。闇の物質に覆われるビックリ村。ブラックゼウスとスーパーデビルも闇に取り込まれ、ダークマターの尖兵と化してしまう。マルコたちはその光景を見て、何かを思い出しかけていた…。

「よみがえってきたのだ、失われた俺の力が、俺の思い出が…」（ブラックゼウス） マルコたちは奪われた記憶と時間を取り戻すため、ダークマターの本拠へと向かった。だが、ブラックゼウスが行く手に立ちふさがって彼らを捕らえてしまう。勝ち誇るダークマターは黒宝石の力でハートタンクを闇に変え、部下になるようオズたちを脅迫する。その頃、ドラキュロスに追いつめられたマルコは縄飛忍鬼Ｘと出会っていた。彼の縄跳びによって大量の裏マルコの集団が現れ、一路ダークマターの本拠へと向かってゆく！

「喜ぶのです魔子クレオクフ、ついに我がエズフィト王になる人が見つかりました」（魔妃クレオクス） ようやく次界に戻ったマルコたち。しかしまだダークマターの脅威は去ってはいなかった。ダークマターは魔漆黒船を始動させると、今度こそ次界を闇の世界にしようと再び姿を現す。一方、魔妃クレオクスは、強大な力を秘めたドラキュロスをエズフィトの王とするべく、弟の魔子クレオクフに指令を与えた！

「ドラキュロスが笑った、私たちの友情が通じた証だ」（オズ） 魔子クレオクフは魔漆黒船を奪い、ドラキュロスをエズフィトへと導く。そうとは知らないマルコたちは、ドラキュロスの身を案じて魔漆黒船に乗り込んだ。しかしドラキュロスは、マルコたちをだまして自分の部下に変えてしまう。そこにダークマターが出現。魔漆黒船は大破し、操縦不能のままエズフィトに突入してしまう。

「あのロココ様のお子様のマルコ様、どーんなハンサムなお方かしら？」（聖ビーナシス） 聖ランドで傷を癒していたメディアは、源Ｐ７にマルコを聖ランドまで連れてくるよう命じた。源Ｐ７の一人・聖ビーナシスは、命令に従ってエズフィトへ向かう。そのエズフィトでは、内裏クレオクス妃の占いによって界にもう一つの太陽が生まれつつあることが判明する。太陽となるべき者、それはピア・マルコだった。

「暗黒と悪に満ちた素晴らしい世界だ！」（ダークマター） ダークマターは次界に黒い雪を降らし、住民を凶暴な悪魔へと変えてゆく。エズフィトから戻って戦うマルコも、手も足も出ずに敗北してしまう。住民たちはヤマトウォーリアが聖火光を守るように作った三重のバリアーの中に逃げ込むが、ダークマターはブラックゼウスとスーパーデビルを復活させてしまう。

「許されるものと許さざれるもの、この二つの区別に目覚める時…」（聖神ナディア＆異聖メディア） ナディアとメディアに呼ばれたマルコは、新世界を築くための試練に挑むことになった。まずは欲望を捨て去るための、食べ物への執着を無くす試練だ。マルコが何とか耐え抜こうと頑張っている頃、次界ではブラックゼウスとスーパーデビルの攻撃によって第二のバリアーまで破壊されていた。マルコは果たして間に合うのか？

「俺は偉い、お辞儀をしろ！」（サン・マルコ） サン・マルコの活躍によってダークマターの脅威は去った。ところが、ようやく平和を取り戻した次界に魔漆黒船が現れる。和平の品を手にして降りてきた内裏ネイロスを、マルコだけは信じて招待を受けた。彼は歓待を受けて何事もなく戻ってきたかに見えたが、口を開くと意に反する言葉が次々と飛び出し始め…。

「おいらと君は、まんじゅうを分け合って食べた友達じゃないか」（サン・マルコ） ダークマターを封印したために影がなくなり、次界は暑熱に苦しめられていた。サン・マルコが新たな世界を創造する以外に打開策はない。同じ現象に襲われていたエズフィトでは、内裏ネイロスが自らが新世界の王になろうと動き出していた。情に弱いマルコの弱点を突くため、魔子クレオクフに彼の抹殺を命じたのだ。

「しょせんそなたも、自分たちだけが生きのびるために戦っているのではないのか？」（内裏ネイロス） 聖コアポイントに向かう次界の前にエズフィトが現れた。オズたちは次界を動かすサン・マルコを残してエズフィト軍と戦うが、猛攻の前に苦戦を強いられる。エズフィトの無法に耐え切れなくなったサン・マルコも、ついに参戦。内裏ネイロスとの直接対決に挑む。一方、サン・マルコ抹殺に失敗した魔子クレオクフは…。

「ホントは少しずつみんな大切なんだ。そしてぼくらが作る新世界は、みんなが生き残れる世界だ！」（サン・マルコ） サン・マルコはダークマターの罠に落ち、すべての記憶を失った。次界は動きを止め、ダークマターは聖コアポイントに向けて源層大魔テーションを動かす。スーパーデビルによって復活した天魔界も聖コアポイントに向かう。オズは動けないサン・マルコに代わって次界を動かそうと試み、コッキーは一人で戦い続ける。