2012年、遺伝子の汚染により全ての男性が死に絶えた世界。残された女性は新宿に集まり自衛国家を設立し、滅びの道を歩んでいた。そんな時、片眼の戦士・ヒトミ率いる衛士隊は、バイオテロ鎮圧の任務を受ける。そこで、人類の希望と言われる「ICE」を発見。激闘の末、廃墟で目覚めたヒトミは、少女・ユキと出会う。

死さえも運命として受け入れ、肉体的なふれあいが人との結びつきだと考えていたキサラギ家の娘・ユキ。彼女はヒトミとの出会いにより、その気持ちにも変化が現れていた。そんなユキを連れ帰ったヒトミは、自衛国家の長・ジュリア率いる衛士団とキサラギ家の宴に出ることになる。そこで語られる「ICE」の真実とは…!?

「ICE」をめぐる最後の戦いが始まった。銃を使うジュリアの衛士隊の前に、キサラギの僧兵たちはなす術がなく殺されてゆく。そんな中、傷つき倒れるヒトミの前に、真のツインタワーが姿を現す。わずかな力を振り絞り、戦闘機ナイトウォーカーで出撃するヒトミたち。果たして、ヒトミとユキの最後の決断とは…!?