イカダを作る材料を探すため、展望台の頂上に向かうブルックリンたち。だがそこには思わぬ危険が待ち受けていた。バンピーを置いていきたくないベン。

ミッチとティフが置いていったヨットを発見し、大よろこびの仲間たち。ヨットの上でパーティーを開くが、楽しい時間はそう長くは続かなかった。

物資を調達するため、仲間たちを父親のペントハウスへと案内するケンジ。だがそこには招かれざる客がいた。帰った後のことを思い、悩み始めるサミー。

小さな恐竜を追いかけて、ジュラシックパークのビジターセンターにたどり着くダリウスたち。一方ブルックリンとサミーは、秘密の研究所を発見する。

大きな危機が迫っていることを伝えるため、仲間のもとに急ぐサミーとブルックリン。そうとは知らないダリウスは、父のお気に入りの恐竜を探しに行く。

毒におかされた仲間を救うただ一つの方法は、解毒剤を見つけること。みんなの中で一番足が速いヤズが、大きな危険を冒して解毒剤を取りに行く。

島を脱出するため、船に向けて出発しようとする仲間たち。だが島をはなれたくないベンがいなくなってしまう。ダリウスはベンを説得できるのか。

敵が1頭だけではないことを知ったダリウスとベンは、決着をつけるためある行動に出る。それは、恐竜好きなダリウスにとって辛い決断を意味していた。

思いがけない事態が発生し、島に引き返したダリウスたちは、重要な人物が島に戻ってきたことを知る。そしてそれをきっかけに、新たな任務に乗り出す。

ブルックリンと離れ離れになった仲間たちは、ブルックリンを救いだすための作戦を練る。予定外の出来事にも負けず、無事に計画を実行できるのか。