1999年、母星を失ったイデリア星人は新天地として地球に標的を定め、侵略攻撃を開始しようとしていた。しかしイデリア星人の襲撃に備え、地球防衛軍の高城大佐は特殊部隊・ドルバック隊を結成していた。

真人たちの戦闘結果を目にした高城大佐は、地球防衛軍のビーン長官へバリアブルマシンの量産化を勧めるべく、本部へと向かった。しかし強化戦闘服の性能を主張するジョナサン副官と意見が対立してしまう。

イデリア軍のカングライド編隊が防衛軍を襲撃した。そんな中、フレッド長官の下で正式な部隊として任命されたドルバック隊は、ユニゾン村の住民避難を任される。だが隊の存在はまだ防衛軍全体に知られておらず…。

イデリア軍はモンブランで、資源確保のためダム建設を推し進めていた。彼らの行動を察知した防衛軍は、ドルバック隊に出撃を命令する。そこで真人とピエールは偵察に出向くのだが、ルイは留守番を命じられていた。

イデルはゼラーに対し、穏健派のアモフは司令官に不向きであると主張した。その結果、ゼラーは総司令官の座をイデルに託すことを決める。アモフの娘・アロマは父の失脚に何か理由があると睨んでいた。

東南アジアのメルデス地方が、イデリア軍の攻撃によって甚大な被害を受けた。その場所で、5年前に失踪したはずの科学者・ボラーナの姿が確認されており、高城大佐はドルバック隊に彼の保護を命令する。

オリベアの前線ミサイル基地が、イデリア軍の攻撃を受けているとの情報が入った。ジャッキーはまず、市民を安全な場所へ避難させようと提案する。そして市民の誘導は問題なく完了したのだが…。

ドルバック隊に新たな指令が下った。それはイデリア軍のアルプス基地へ潜入し、敵の情報を掴んで破壊することだ。ジャッキーはこの作戦に同行したいと志願するが、真人たちから「まだ無理だ」と却下されてしまう。

イデリア軍の前線補給基地が、パリのルーブル美術館に設置されている。この基地を叩けばイデリア軍に大きなダメージを与えられると考え、真人たちはパリ出身のピエールに、良い作戦はないかと問い掛ける。

イデリア軍の指揮官・ゲリーは、前線基地建設のために邪魔となる地球人の村を焼き払おうと企んでいた。そこで新型のPKN爆弾を使おうと準備を進めていたところ、現場にドルバック隊が現れて装置を破壊してしまう。

アラスカでバリアブルマシンの量産型が開発されていた。高城大佐にとって、地球防衛軍にバリアブルマシンが認められたことは喜ばしいことこの上なく、製造工場では意気揚々と陣頭指揮を執っていた。

モアイ像がイデリア星に似ていることから、イデルとゼラーはイデリア人の先祖が地球に生息していたものの、地球人によって滅ぼされたと誤解してしまう。そこで先祖の慰霊として、イースター島への攻撃を開始した。

特等刑務所へ真人が護送されることになった。その理由は、特等刑務所は南太平洋における通信基地でもあり、そこにスパイが潜んでいるとの疑惑が生じているためだ。真人は調査のため、囚人に変装して潜入する。

アフリカのケニアで、イデリア軍が前線基地の建設を予定していた。そこでドルバック隊は、現地のボルグ隊長と合流してその計画を阻止しようと出動する。ところがこの基地建設は、イデリア側でも問題視されていた。

地球側の新兵器・コロナビーム砲の建造工場を捜索し、破壊するため、コニーは自ら偵察任務に入った。ドルバック隊は彼女の接近を察知して迎撃するが、コニーは自分を囮にして、別の部隊を偵察に向かわせる。

考古学者の津村博士が発見した碑文には、イデリアも地球もゼラーによって滅ぼされてしまうとの恐ろしい内容が記されていた。博士はこの碑文の続きを確認しようとさらに調査を進めるが、ザンダー編隊の襲撃を受ける。

モアイの目が光る時、イデリアの大地が生まれ、命ある物が滅ぶ。この予言が、地球防衛軍内で専ら議論の的となっていた。津村博士はレーニア神殿の再調査を主張するが、神殿は既に敵の手に渡ってしまっていた。

真人を乗せた輸送艇は、トラブルに巻き込まれつつも何とか誤解を解き、無事受け入れられることになった。そしてアモフの口からイデリアの謎が明かされ、思いもよらないゼラーの正体が暴かれていく。

アロマからの通信がスリムへ届き、スリムはイデルがゼラーの不可解な命令に疑問を抱いていることに注目した。そこでまずはアモフ親子との会談を成立させ、親子はイデリアと地球の争いを止めようと行動に出る。

イデルとの停戦交渉が失敗したことで、地球防衛軍はゼラーの企みを阻止することが最優先事項だと考えていた。一方のイデルはカムチャッカの拠点の建設現場へと急ぐが、現場では身に覚えのない命令が下されていた。

カムチャッカ基地攻撃作戦で、フレッドはドルバック隊を指揮官として、量産型バリアブルマシンによる総攻撃を仕掛けようとする。この作戦はフレッドの鶴の一声で決定したのだが、一部では不満も漏れていた。

ピエールの死を受けて沈痛な面持ちのドルバック隊。しかし地球防衛軍では、ゼラーと何百万人ものイデリア人が接近していることを察知していた。さらに突然の地震で火山が噴火し、ドルバック隊も出動を迫られる。

荒れ狂う波が町を飲み込み、海底から現れた大陸にゼラーの戦艦が着艦した。するとゼラーはイデルに対し、お前は用済みであると冷酷に告げ、自分の目的は古代イデリア大陸の力を入手することだと語り始める。

ドルバック隊ではこれまで以上に戦いのシミレーションに励んでいた。そして高城大佐は、パワードアーマー部隊の訓練を指揮している。戦いが終わったかに見える中でも、ドルバック隊は気を抜くことはなかったのだ。

海中から現れた謎のゼラノイドが、津村博士率いる調査隊を襲った。その後津村博士は、古代イデリア大陸で別のゼラノイドとカングライド編隊を目の当たりにする。対抗するべくドルバック軍がついに出撃する。

カングライド編隊が、平和な町を恐怖のどん底に叩き落とした。その結果、フレッドを失ったドルバック隊は、今後は津村博士の力が必要になると考え、彼の捜索を開始する。一方真人は、フレッドの葬儀に出席していた。

コマンドベースの改造が完了し、ジョナサンは市民に対してその性能をアピールしていた。しかしそれでも市民の不安は収まらない。そんな中、コマンドベース内に新しい個室を与えられた真人は喜びを隠せないでいた。

意識が混濁する中、高城大佐は妻子と共に過ごした時代を振り返っていた。再び目覚めた大佐はとある民家に匿われており、そこで暮らすジュンという少年が、父が連邦軍のエンジニアだと誇らしげに語り始めた。

古代イデリア大陸へ向かうコマンドベースだが、イデリア軍の攻撃が激しさを増し苦境に立たされる。敵の迎撃と古代イデリア大陸への到着、どちらを優先するかで意見が分かれる中、高城大佐が方針を決定した。

防衛軍ではイデリア大陸の謎を解明すべく、ミサイル・アイを開発、発射する津村博士の提案が採用されていた。その頃コマンドベースは謎の通信を捕らえ、ドルバック隊は調査のため、廃墟と化した基地へ潜入する。

ミサイル・アイを発射したものの、深海からの謎の力によって爆破されてしまい、地球開発軍は別の方法での大陸調査を余儀なくされていた。追い詰められた状況下でも、津村博士は次々と謎を解明していくのだが…。

イデリア大陸への上陸作戦が始まった。ガゼット隊、タルカス隊、キャリバー隊が敵を引きつけている間にコマンドベースが着艦する流れなのだが、キャリバー隊隊長のアルバートは、何か不安を隠せない様子だった。

上陸作戦の準備が進む間、津村博士はイデリア大陸の調査を行うべきだと主張する。しかし高城大佐は、命懸けの作戦下で調査をする余裕があるなら、敵を一気に叩くと明言し、両者の意見は平行線を辿っていた。

ドルバック隊はガゼット隊と共に、隆起物への突入を開始した。ところがエアロ・ガゼットが何者かに引き寄せられてしまい、作戦は一時中断する。そこで高城大佐は、隆起物調査のため無人調査機を起用した。

真人たちはゴードンを追い、島の中心部へ向かった。しかしそこでは、アロマが朦朧とした意識の中で「謎の箱を開けてはならない」と叫び続けている。もし謎の箱を開いてしまえば、地球に大惨事が起こると言うが…。

イデリア大陸へ向けて謎の光の玉が宇宙から降下する中、ついに最終作戦が始まった。バリアブルマシンとパワードアーマー編隊は敵に必死に抵抗し、コマンドベースは隆起物に対して総攻撃を仕掛ける。