銀河のはずれに存在する惑星・S-1星は、放射能汚染によって破滅へと向かっていた。治安が乱れ、軍部と科学者たちのいさかいが続く中、軍部代表のガットラーは新たなる居住地を探し、武力制圧すべきだと主張する。

パルサバーンは地球のマシンであるバルディ・プライズと、キャタレンジャーにより回収された。しかしパイロットの3人は、パルサバーンが木星基地を襲撃したと誤解しており、マリンへ厳しい態度で接する。

透明円盤による世界各国への攻撃はなおも続いていた。出撃したオリバーと雷太からは、これ以上は歯が立たないとの消極的な意見が述べられる。さらに雷太は、マリンに対して皮肉めいた言葉も発していた。

アフロディアはマリンを誘き寄せようと、ビッグオクトに世界の主要都市を襲わせていた。この危機に対し、マリンは改造したパルサバーンで出撃するつもりでいたのだが、クインシュタイン博士の反対を受けてしまう。

アルデバロンメカ・メガドーザーが世界の主要都市を破壊し続けている。そこでマリンはパルサバーンでの出撃を試みるが、技師担当のアランから「自分をパルサバーンに乗せてほしい」と頼まれる。

デルス隊長はアルデバロンメカ・モグサーで、地底へと移動した。その影響で火山帯が刺激された結果、各地で火山噴火や地震が相次いでいる。これ以上の被害を防ぐべく、フィクサーチームがモグサーの追跡を開始した。

都市の爆発が各地で頻発していた。その爆発には真空爆弾、ロスト・スペースボムが絡んでいる。空間の波動を利用して爆発させるものなのだが、クインシュタイン博士はその波動の発信元がシルベリアだと突き止めた。

ヒマラー山脈にアルデバロンが要塞を建造しようと、水面下で動いている。この要塞を崩壊させるには、内部から亜空間移動装置を破壊する必要があると睨んだクインシュタイン博士は、マリンにある物を託した。

ベニヤ国で発見された強力なエネルギー鉱石・ガウラーX。この鉱石を狙うアルデバロンは総攻撃を仕掛け、バード国王はとうとう降伏してしまう。しかしこの事態に納得できないオリバーたちは、国に乗り込もうと…。

アルデバロンが木星や土星を次々と支配下に置く中、敵の一兵士からの怪電波により、アルデバロンの侵略目標が地球へ伝えられた。当初は全く信頼されなかったこの情報だが、二度も的中したならば信用せざるを得ない。

アルデバロンがバルディオスを倒せない理由について、敵を打倒する意志が弱いからだと考えたアフロディアは、情無用の戒律を制定したと発表する。その内容は、裏切り者には容赦をしないという痛烈なものだった。

アルデバロンメカ・ベムロイドとの戦闘でバルディオスはエンジンを損傷し、敵の亜空間撤退を見逃してしまった。作戦失敗を悔やむマリンたちだが、月影長官は彼らに労いの言葉を掛けるなどフォローを欠かさない。

月面の支配を目論むアルデバロンの侵略に対し、世界連盟は月面のM129に防衛拠点を建設することを決定した。M129には、20年前に人類が捨てた植民都市・リトルジャパンの廃墟が残されているらしい。

月影長官はアルデバロンとの戦闘が長期に渡ると予想し、世界連盟では軍備再編成会議が開催されることになった。フィクサーチームには、会議のために集められた世界各国の軍事資料の管理が託されているのだが…。

アルデバロンとの戦いが続く中、一般市民の間では、世界連盟とフィクサー・チームの勝利に疑問を抱く者も少なからず存在した。さらに世界放送のニュースではこの戦いを批判するような声が上がり始める。

ある夜、マリンは悪夢に苛まれていた。父から、月影長官から、ガットラーから、アフロディアから、そしてジェミーやクインシュタインから「なぜ殺したのか」と責められ、そしてミランの亡霊が姿を現した。

バルディオスが健在な限り、アルデバロンは地球を支配下に置くことができない。そこでマリンを始末するか、味方につけなければと勝機がないと判断したデグラスは、ガットラーにある計画を提案する。

デグラスの説得により、マリンはアルデバロンへ寝返ることを決めた。彼の裏切りによって、占領地区の1／4が解放されるはずだったのだが、何とデグラスは要求を無視して、カナディアンへの攻撃を開始する。

スイスラー国にアルデバロン軍が侵攻し、亜空間の権威であるクラン博士のほか、多くの人々が誘拐された。彼らが太陽系10番目の惑星に囚われていると睨んだフィクサー・チームは、バルディオスで急行する。

世界連盟の設立により、二大勢力の対立は終結を迎え、核基地も相次いで撤去された。しかしベリシア原野の核基地は未だ発見されておらず、その核基地を巡りアルデバロンと世界連盟が真っ向から衝突してしまう。

アフロディアはマリンに二度も命を救われたことに納得がいかず、マリンへ銃口を向けた。アフロディアにとってマリンは弟の仇だが、マリンにとって彼女は父の仇でもある。そこでアフロディアはある質問をぶつけた。

世界連盟との戦いを優勢に進めるアルデバロンだが、その一方で犠牲者の数も少なくはなかった。そこでアフロディアは兵力の増強が必要であると考え、冷凍睡眠中の兵士を目覚めさせようとガットラーに提案する。

アルデバロンはとうとう、日本の工業地帯へも進攻を始めた。しかし世界連盟の部隊が出撃するとの情報が入り、バルディオスの日本への出動は見合わせとなってしまう。日本には月影長官の妻子がいるのだが…。

バルディオス打倒のため、ジョリロ隊長は亜空間への誘導を行った。最初こそ破竹の勢いで透明円盤を撃墜するバルディオスだが、アルデバロンメカ・ミラジャガーによるスーパースペースシャワーを受けてしまう。

アルデバロンと世界連盟の戦いは未だ終わりが見えない。長期化する戦いに苛立ちを隠せない雷太に対し、マリンはガットラーがクーデターで権力を握ったことから、いずれ組織が崩壊するのではないかと予想していた。

ブルー・フィクサーの設立10周年パーティーが開催されることになり、雷太が準備を進めていたところ、同期だったジル・オブラインのペンダントを発見した。そこへ突如、謎の飛行物体が接近したとの情報が入る。

バード国王との久しぶりの再会を果たし、ジェミーはバルコプターで帰路に就いていた。そんな中、別の場所ではアルデバロンメカ・アクーダイカンがバルディオスに立ちはだかり、透明円盤編隊が市街地を襲い始める。

ブルー･フィクサー内でコンサートが開催されることになり、ジェミーはマリンを誘うことにした。しかし当日、マリンはオリバーと雷太も連れて来てしまい、デートと思っていたジェミーは切なさから飛び出してしまう。

木星の衛星・ガニメドが消滅したとの情報を受け、世界連盟の戦いに新たな暗雲が立ち込めていた。一方、ブルー・フィクサーにはパルサバーン候補生のデビット・ウェインが派遣されたのだが、性格に難があるようで…。

アルデバロンが食糧地帯に不毛剤を散布したことで、食糧地帯は不毛地帯と化し、食糧不足から市民の暴動が相次いでいた。残された食料は約1年分、少しでも早くアルデバロンを討伐しなければ、地球人は滅びてしまう。

度重なる戦闘で亜空間エネルギーが不足し、アルデバロン側ではこれ以上の戦闘は難しいとの声が聞こえ始めた。そしてガットラーもとうとうアフロディアを見限り、今後の作戦は1人で考えると宣言してしまう。

亜空間エネルギーが不足した影響で、アルゴルの崩壊が進んでいた。その結果、アルデバロンでは早期決戦を主張する者が増え始め、中には核兵器の使用によって人類の大半を抹殺しようと唱える者もいる。

ガットラーの非情な作戦に、アフロディアは戸惑いを覚えていた。そして地球側では、エミリーの安否が分からないことでオリバーが不安に陥り、隊員の中にはバルディオスで家族を救ってほしいと訴える者も現れていた。

ガットラーは津波により水位が上がった地球の姿を見て、故郷のS-1星に瓜二つであることに気付いた。マリンもその光景に驚きを隠せないが、一方で敵の総攻撃が始まったことを確信し、作戦を練り始める。