エミリア博士の居場所をさがしながら、夢である人間とミュートの友情同盟を実現しようとするキポ。そんな中、友達の何人かが姿を消してしまい...。

逆変異の薬を求めてミュートをゆうかいするエミリア。そのアジトにしのびこみ、冷静さを保ちながらラボをさがすキポたちは美しい歌声に助けられる。

キポが同盟のためにスカールメインを説得する一方、マーゴから助けを求められるウルフ。かつて自分を苦しめた相手を再び信用することはできるのか?

ウルフ、ベンソン、デイブを助けるため、腕力(わんりょく)ではなく頭を使ってエミリア博士の裏をかこうとするキポ。スカールメインの協力を得るソング。

動物にもどされた仲間と再会したキポに、夢にまで見たときが訪れる。みんなでワクチンづくりを急ぐ中、キポがダブステップ・ビーにさされて大さわぎ。

死のツタの壁(かべ)を破ろうとするエミリア博士たちを見た仲間たちはワナをしかけることに。キポは、待ち受ける運命に必死でさからおうとするが...。

自分のせいで大変な事態になってしまったと思い、ある場所へと急ぐキポ。そんなキポに、せん風機をめぐる激しい戦いについて話して聞かせるデイブ。

戦いを終わらせるために"プロム"を計画したキポは、ミュートたちの説得にあたる。笑顔で招待を受けたエミリア博士は、あることをたくらんでいた。

プロムの準備が進む中、エミリアを消すために力を合わせるスカールメインとウルフ。一方ソングの口からは、エミリアのおそろしい秘密が明かされる。

エミリアの作戦がいよいよ発動! メガ・ミュート同士の激しい戦いがくり広げられる中、たくさんのヒーローたちが正義のために立ち上がる。