他のスカイランダーたちのように自分にもスーパーパワーがあることを証明したいスパイロは、あえて自らを危険にさらしパワーを目覚めさせようとする。
ステルスエルフは、大忍者ニンジニから修行を受けるようマスター・イオンに言われる。でもニンジニは、かつての自信をすっかり失っていた。
新しいスカイランダーの候補生としてシンダーがやってくる。スパイロとすぐに仲良くなったシンダーだけど、実はヒーローになれる自信がなかった。
祝日で連休の週末。みんながうちに帰っている間、スパイロとステルスエルフはうっかりマスター・イオンの金庫の中に閉じこめられてしまう。
イラプターは、悪いことをした犯人探しに関しては、自分がシャーロック・ホームズばりの天才的な推理能力の持ち主であることに気づき。
スカルはヘックスとのパートナー関係を一方的に解消する。するとヘックスは悪と化し、アカデミーのみんなを次々とゾンビのように変身させようとする。
ごうとう犯としてたいほされたポップフィズ。スカイランド中のごうとう犯にされてしまう前に、スカイランダーの仲間たちは真犯人をつき止められる!?
イオンはスカイランダーたちを訪れ訓練を開始しようとする。でも流行の伝染病が原因で、スカイランダーたちと共にそこに留まることになり。
ファイアー・バイパーとの戦いで食べられてしまったスカイランダーたち。おなかの中からにげ出すために、ケンカをやめて協力しなければならない!
自分の卵から赤ちゃんがうまれたジェットバックは、よい父親になろうとする。一方、カオスとグラムシャンクスは自分たちが親子かもしれないと考える。
ドリームキャッチャーがきおくそうしつになる。そこでスカイランダーズはドリームキャッチャーをアカデミーにもどし、悪から立ち返らせようとする。
スプロケットが様々な機械のトラブルを解決するために招かれる。だがジェットバックは、そのことで自分の居場所を失ったように感じてしまい。
自分の祖先について知りたいスパイロは、ドラゴンの王を探す。そのころカオスは、スカイランドを支配できる悪の存在を解き放とうとしていた!
スカイランダーズの仲間たちが、団結して邪悪な敵との戦いをくり広げる。アクション満載のアニメでいっしょにスカイランドの広大な宇宙を旅しよう。