チズ、キツネ、ゲンは、どういうわけか気石から新しい武器をさずけられる。3人が武器の使い方を修行するにあたり、うさぎは自ら先生となることを買って出る。

うさぎと仲間は、ゲームセンターで新しいバトルゲームにチャレンジ。二度と妖怪とは戦わないとちかったうさぎの前に、妖怪に取りつかれたがしゃどくろが姿を現し、おそいかかってくる。

ネコ忍者団のリーダーの座をかけ、チズがフワ様に戦いをいどむ。一度も誕生日を祝ったことがないというキツネのために、うさぎとゲンがパーティーを計画する。

忍者道場で育った子供たちに道場以外の世界も知ってもらおうと、うさぎとゲンが小さな忍者たちを外に連れ出す。そんななか、コウモリ戦隊が寺に攻撃をしかけてくる。

マッキネが大軍を連れて来ると影人から警告を受け、うさぎと仲間は忍者やモグラたちにも協力を求め、共に戦う準備を進める。その一方、フワ様はチズへの仕返しをたくらむ。

大切な球体を取りもどすため、影人はうさぎたちの力を借りる。マッキネのウォーボットが町中に出現。だが、これほど多くのウォーボットは一体どこからやってくるのか...?

がしゃどくろが、大昔に戦場となった地へうさぎたちを導く。そこでうさぎは、せまりくる侵略(しんりゃく)を食い止めることのできるパワフルな先祖の刀をさがす。

テツジンが防衛ボットを披露(ひろう)するが、その操縦は難しく、適任者を見つけるのに一苦労する。ネコ忍者団の在り方をめぐり、チズはフワ様に最後の戦いをいどむ。

キツネがペットとしてかわいがっている卵がかえって、その正体が明らかになる。コウモリ戦隊の攻撃は、マッキネの侵略を許すことになりうる最悪の事態を招くのか?

開かれた入り口から、マッキネがきょだいなモンスターとウォーボット軍団を送りこんでくるなか、町のみんなが力を合わせて戦いにのぞむ。果たして、ネオ江戸を救うことはできるのか?