2000年に起きた大災害セカンドインパクトにより首都東京は消滅、現在の箱根に第三新東京市を使徒迎撃専用要塞都市として設立した世界。主人
公碇シンジは都市に襲い掛かる謎の敵である「使徒」を倒すために汎用人型決戦兵器エヴァンゲリオンのパイロットとなる。碇シンジの父 碇ゲンドウは、人間の魂を身体という殻から解放しみんな一つに溶け合う世界を実現するために人類補完計画を発動する。他者に嫌われることを極端に嫌うシンジは自己の内面世界に閉じこもる。シンジは内面世界で、「自分が孤独であるのは自分が閉じこもっているからであり自分の行動次第で世界はどうとでもなるのだ」と気づき、現実を生きてゆく決心をする。
「僕はここにいたい！ここにいてもいいんだ！」と叫びシンジの殻が破け現実の世界に戻る。エヴァに乗っていない自分（アイデンティティのない自分）を肯定し現実を生きる決心をする。それに対しての「おめでとう」。
