1838年、ペンシルバニア州ローレンスヴィル。名医の父フレディ、看護師の母アンジェラと幸せに暮らすジェニー。ある日家族で外出の直前に急病で苦しむ黒人の老婆リバーが運び込まれてきた。

フレディの手術により無事に回復したリバー。やがて町は草競馬の季節を迎えた。子供たちのレースを見守る中、アンジェラは胸を押さえ倒れてしまう。

アンジェラの心臓は衰弱し、きわめて危険な状態であった。ところが数日後アンジェラは白衣に着替え診察室で働いていた。母が回復したと喜ぶジェニーだったが。

アンジェラの葬儀の後もジェニーの悲しみが癒えることはなく、みんなの励ましもジェニーの心に届かなかった。ジェニーは母の病状を隠していた父を責め立てる。

スチーブンたちのおかげでジョニーは快活さを取り戻しつつあった。そんなある日のこと、街に到着した列車から急病人が出た。

秋になり、学校の創立記念祭が近づいてきた。ジョニーはシェークスピアの朗読を行うことになり、フレディも当日見学に来る予定だ。

実業家ジョンソンの娘ダイアナが再びローレンスヴィルを訪れた。彼女はジェニーの誕生日を覚えていて、プレゼントを届けてくれたのだった。

ジェニーの誕生日祝いをきっかけにダイアナは街で暮らすことになった。放課後、家に帰ってきたジェニーが見たものは看護師としてフレディを手伝うダイアナだった。

ポーラの家、ハロルド雑貨店は全焼した。店のストーブの前で紙屑を見過ごしたジェニーは自分が火事の原因ではないかと心を痛めてしまう。

魚を食べたい父のためにジェニーは川に釣りに出かけた。苦労の末に大物を釣り上げたもののジェニーは川に落ちて風邪をひいてしまう。

フレディの再婚話を聞き、ショックを受けるジェニー。再婚相手のダイアナは自分の気持ちがジェニーを追い詰めたことを知り、身を引く決意をするつもりでいた。

スチーブンとトーマスは、ジェニーをめぐって何かといがみあっていた。しかしある日作曲とピアノ演奏というお互いの才能を認め合うことになる。そしてスチーブンは今までの非礼を詫びてある決意を固める。

ダイアナが継母となり、彼女に作法を教わるジョニーは少し窮屈な毎日を過ごしていた。またスチーブンの進学を受けて、ビルにもビッグジョーのような大人になるという目標ができた。

卒業の2週間ほど前、ジョニーたちはヘレンとジミーの姉弟と友達になる。ヘレン一家は西部を目指す途中で綿花畑の収穫作業のため、ジェニーの街を訪れたところだった。

夏のある日、ジェニーたちは罠にかかった子ぎつねを助けた。しかしケガが治ったキツネは、野生の習性から鶏を襲ってしまう。

ジェニー達の元に、フレディが医科留学生に選抜されたとの手紙が届く。急な話に困惑するダイアナだが、ジェニーの懇願も有り留学を認めることにする。

ある晩ビルはジェニーを元気づけようと彼女の部屋を訪ねるがその場をダイアナに見とがめられる。ビルに罰を与えようとするダイアナを止めるビッグジョー。だがそれは使用人の仕事を辞めることを意味していた。

1839年9月。ジェニーはニューヨークに到着し、編入先のセント・マリア女学院を訪ねる。そこで出会った学年主任のガーランド先生はたいへん厳格な人物だった。

地下室で反省を促されてもジェニーは自らの信念を曲げない。外出日にあたる日曜日のこと、ガーランド先生は同級生のベティのリボンが派手だという理由で外出を禁止しようとする。

生徒の自主性を重んじ、信頼もあついアンナマリー先生。孤児院での奉仕活動中、彼女の計らいでジェニーは久々にスチーブンと再会する。

学院評議会の会長、ウェイン大佐が訪ねてきた。大佐は生徒たちの勉学の成果を見るために発表会を開き、優秀な演目に商品を贈ると提案する。

ジェニーのルームメイトのモーラは生徒宛の郵便にあった金時計を偶然目撃してしまう。盗難の疑いをおそれるモーラを見て、カンナはジェニーへ濡れ衣を着せようとする。

休暇を目前に控えた試験の2日前、数学の試験問題が盗まれ、ジェニーを除く生徒全員の机に入れられるという事件が起きた。不在だったジェニーは真っ先に疑いをかけられてしまう。

スチーブンの病気がおたふく風邪とわかり、安心するジェニー。だが学院に戻った彼女を見る周囲の目は敵意に満ちていた。

ジョンソン邸のホームパーティに招かれたジェニーだが、足をねん挫して次のパーティには参加できなくなる。広い屋敷でひとり留守番をするジェニー、そこに2人組の泥棒が侵入してきた。

ジェニーを捜すトレイは、スチーブンの元を抜け出し学院へ向かう。一方その頃、学院では調理室の食料が何者かに食い荒らされるという事件が起きる。

ジェニーたちがピクニックに出かけた際、不注意から同級生のローザがケガを負った。それを知ったガーランド先生はジェニーに退学処分を宣告する。

ジョニーのクラスに時期外れの転校生が編入してくる、2歳年上のジュリアと名乗る彼女とジェニーたちはすぐに打ち解けて仲良くなるが、ジュリアの編入には複雑な事情があるようだった。

ジェニーたちは、ニューヨークでジュリアを狙う2人組の男に追いかけられた。追ってから逃れて飛び乗ったボートでジュリアはパニックを起こしてしまうが、スチーブンに叱られ落ち着きを取り戻す。

先日ジュリアを襲った2人組の正体はなんとジュリアの実家の執事だった。ジュリアが突然学院に編入してきたのは父が決めた婚約を嫌って家出したためだった。

待望の夏休み。ジェニーはスチーブンやビルと故郷に帰る予定だ。ニューヨークの駅でジェニーは去年の冬に捕まった泥棒の2人組に出会ってしまう。

ジェニーとはぐれた翌朝。スチーブンとビルは森でジェニーの行方を探す。運よくジェニーは無事だったものの、今度は牛泥棒達に捕まってしまう。

ジェニーの機転でクリスとハッチを保安官であると牛泥棒達に信じ込ませたが、逆に捕まるまいと反撃をしてきた。多勢に無勢とみたクリスとハッチはジェニー達と洞窟へと避難する。

旅費を稼ぐため、駅馬車の町で歌を披露するジェニー達。その様子を見た薬売りのバーナードが、行商の客寄せにとジェニー達をスカウトするが・・

ジェニーたちはとある町でベンという老人と出会う。ベンは食事代の御礼とジェニーたちに財宝の地図を渡す。

サンディ医師と再会したジェニー達。その日ジェニー達は駅馬車の町で子どもが馬車にはねられたのを目撃する。しかし町の医者が一向に助けに来る様子がない。

故郷を目の前にして大切な旅費を落としてしまったスチーブン。しかたなく3人は、街の開墾地で働いて旅費を稼ぐことにする。

ビルは恩人のベンとバーで再会を果たす。突然バーのステージに立たされ、緊張するビルだったが、演奏を続け大喝采を浴びる。

故郷への最後の旅で、ジェニーとスチーブンはジョーンズタウンに立ち寄った。そこでスチーブンは作曲家ブライアンの教え子のジェシカから音楽祭への参加をすすめられる。

冒険旅行から2年が経った。４年生へと進級したジェニーは実務実習のためトレドを訪れていたが、そこで出会ったジョンソン医師は、フレディとは正反対の金の亡者だった。

孤児院の子供たちは、ジェニーを警戒して様々なイタズラを仕掛けてきた。対するジェニーは持ち前のおてんばを活かして反撃をする。その姿に孤児院の子供たちもジェニーを少しずつ受け入れていく。

町の住人にミッシェルを探して欲しいと頼むジェニーたち。しかし、孤児院の子供たちのいたずらに悩まされてきた住人の態度は消極的だった。

コンラッドは食料の蓄えがネズミの害で無くなったと聞いて倒れてしまう。ジェイソンの診察の結果、コンラッドが重い心臓病を患っていたことが明らかになった。

閉鎖目前の孤児院でボヤが起きた。煙に巻かれた子供たちを助けたのは、トレドに来たスチーブンだった。ついに子供たちも孤児院を出ていこうとするが、それをジェニーたちが引き止める。

オハイオ州の実業家ダニエルから、孤児院を援助したいという手紙が届いた。多額の寄付とともに孤児院を訪れたダニエルは、突然ベッシーを養子にと申し出る。

父親のターナー町長が多忙で家庭を省みないため、寂しい思いをしてきた娘のサリー。隙を見て屋敷を抜け出したサリーは、孤児院の子供たちに誘われて楽しいひと時を過ごす。

孤児院の閉鎖を叫ぶ父に抗議して、サリーは家出をしてしまう。孤児院の子供たちは湖のボートに隠れるサリーを見つけ出したが、そのとき町が嵐に襲われ、ボートは湖を流されてしまう。

孤児院の土地が突然転売され、立ち退きを迫られることになった。そんなおりコンラッドの元婚約者で実業家のディックがジェニーに言い寄ってくる。

土地の転売はディックが仕組んだ罠だった。その頃ジェイソンは診療所を処分して土地代を用意し、街を去ろうとしていた。

ジェニーの実習も順調に進み始めた冬のある日。エディたちとの巡業を経て、一流の音楽家に成長したビルがジェニー達を訪ねてきた。

ジェニーたちは孤児院の再建資金を得るため、ビルの協力を仰いだチャリティーコンサート開催を思いつく。しかし実はビルはスランプに陥っており、バンジョーを演奏できなくなってしまっていた。

スチーブンもビルも欠いたままコンサートの当日を迎えた。舞台で怯える子供たちにジェニーは「スチーブンの曲が描く心の中の故郷を歌えばいい」と諭すのだった。