宇宙世紀0079、地球連邦とジオン公国が戦った一年戦争の末期。コロニーや撃沈された戦艦の残骸が無数に漂う暗礁宙域は絶えず稲妻が閃き、『サンダーボルト宙域』と呼ばれていた。地球連邦軍ムーア同胞団のモビルスーツパイロット、イオ・フレミングと、過去の戦闘で両足を失い、公国軍リビング・デッド師団でエーススナイパーとして活躍するダリル・ローレンツは、戦場で対峙した時、互いに悟る。ふたりは、殺し合う宿命なのだと…。

サンダーボルト宙域の死守を命じられていたリビング・デッド師団のバロウズ艦長は敵ガンダムに対抗可能な実験機サイコ・ザクの投入を決断。機体に四肢の神経をつなぐリユース・Ｐ・デバイスを搭載したサイコ・ザクのパイロットになるためダリルは右腕切断を受け入れる。一方、ムーア同胞団は、サンダーボルト宙域奪還の総攻撃を開始。フルアーマー・ガンダムのイオは連邦艦隊を殲滅していたダリルのサイコ・ザクに一騎打ちを挑む。

コロニー残骸内で死闘を繰り広げるフルアーマー・ガンダムとサイコ・ザク。相打ちになったかに見えたが、勝利したのはダリルだった。ジオン軍の捕虜となったイオだが、不屈の闘志で脱出を果たす。そして一年戦争が終結して七ヶ月後。サイコ・ザクを失ったダリルは地球に降り、連邦内部の軍閥である南洋同盟を探る諜報任務に就いていた。一方、イオは試作モビルスーツ、アトラスガンダムのパイロットに抜擢されて地球に向かう。