天神林ファミリーが経営しているロボットの開発会社「ぷかりんカンパニー」は、災害によって砂漠化してしまったパラダイス島の緑地化を依頼される。だが緑地化用のロボットを開発して島に向かった一家の前に、ドラゴン型の謎のロボットが立ち塞がる。その危機にゴウ、ケン、ランの三兄弟で編成された「セイバーキッズ」が、出撃した！

ゴウの発明した消防ロボットは自動操縦で街をパトロールし、火事を発見したら即消火という性能の良さですぐに大人気になった。鼻高々になるゴウだったが、一台の消防ロボットがスクラップ団に奪われてしまう。Dr.バグによって改造され現れた消防ロボットは、ビル街に起きた火事を次々に延焼させ……。

海洋牧場で飼育されていたクジラが突然消えてしまった。セイバーキッズは、ダイバーロボを使ってクジラが消えた原因究明に乗り出す。しかし調査に出たケンとランは、クジラ言語学者のラムーア博士と共に、謎の巨大なロボットに飲み込まれてしまう。そこで三人が見たのは、クジラたちを洗脳しようとしているDr.バグの姿だった。

常夏の国に人工スキー場を作るためにやってきたぷかりんカンパニー。スキー場のオーナー、Mr.ゴードンは大枚をはたいて手に入れたという宝石スターライトストーンをスキー場に展示するという。そんな中、最強のデストロイド製造を企むスクラップ団は、搭載するレーザー砲に利用するためにスターライトストーンの奪取を目論んでいた。

世界一美味しい水が流れるデリシャス川が、突然濁ってしまった。川の純化を依頼されたぷかりんカンパニーは、早速ゴウたちに水質汚濁の原因を調査させることに。水中に潜ったゴウは、そこでタコ型のデストロイドを発見。汚濁の元凶を知ったケンは川を沸騰させてデストロイドをユデダコにする作戦を思いつく。

ぷかりんカンパニーが開発を担当していた空中遊園地がとうとう完成した。ランは経営者の息子であるマックスと、開園前の遊園地でデートをすることに。ところが遊園地はスクラップ団に乗っ取られてしまい、ランや経営者たちを乗せたまま飛び上がってしまった。ゴウとケンは人質の救助に飛び立つ！

交通大臣の娘、カリンとドライブをすることになったゴウ。ところが、二人がドライブをしていたハイウェイは、道が奇妙なところで折れ曲がったり、途切れていたりと大混乱になっていた。ハイウェイをコントロールするシステム本部が何者かに占拠されていることを突き止めたゴウは、ケン・ランと共に出動する。

ぷかりんカンパニーの新作、自動買い物ロボットのPRも兼ねて、ケンとママはデパートに買い物に出かけた。無事に買い物が終了し、PRの成果も得られたその頃、デパートは謎の植物によって覆われてしまう。急成長をするその蔦は、スクラップ団が開発した新たなデストロイドだった。ゴウとランは、二人の救助に向かうが……。

新しくお披露目される地底ロボの最終点検に訪れたゴウは、式典でロボットに試乗するモデルのアンナと出会う。合気道を修めた、強く美しいアンナと交流を深めるゴウ。しかし式典当日、地底ロボは市長に化けたDr.バグに乗っ取られてしまった。消息を絶った地底ロボを追うため、ゴウはスカイセイバーで発信する。

古代遺跡の発掘現場に謎の魔神が現れた。考古学者のマリアン博士に依頼され、魔神の正体を調査することになったセイバーキッズ。だが調査の最中、マリアン博士が魔神にさらわれてしまう。救出に向かったゴウとケンは、発掘中のものよりも遥かに巨大な遺跡を発見する。そこには、遺跡を守ろうとする老人の姿があった。

新たに開発したスカイセイバーのエンジンをめぐって、松五郎と喧嘩をしてしまったゴウ。互いに意地を張り合う二人は、なかなか仲直りすることが出来ない。そんな中、フェスタ空港では謎の電波障害が起こっており、飛行機の離着陸が出来なくなっていた。ゴウは早速、新たなエンジンを積んだスカイセイバーで空港に向かう。

100万クレジットの夜景を誇るエレクトロ自治区は、謎の停電に悩まされていた。自治区から依頼を請けたぷかりんカンパニーは、絶対に停電しない自家発電メカを開発する。しかし、完成した自家発電メカはスクラップ団に奪われてしまい、セイバーキッズの前に、雷を操る強敵デストロイドとして立ちふさがったのだった。

宇宙局が開発した最新鋭の人工衛星が墜落、乗組員の救助の要請を受け、セイバーキッズが出動した。救助は無事に成功し、ランは助け出されたパイロット・ニールとプライベートでも会うようになる。徐々に距離を縮めていくランとニールだが、ニールは人工衛星の墜落事故について、何か重要な秘密を隠しているようで……。

ぷかりんカンパニーが開発した車掌ロボが評判になり、天神林家は列車の旅に招待された。単調な旅が退屈でたまらない子供たちは、プールやディスコなどの娯楽施設を完備した列車を探検することに。しかし、乗り合わせていたスクラップ団の策略により、機関部はゴウを乗せたまま、後続の列車と切り離されてしまう。

グリーンフォレスト自治区の湖に生息するという、謎の恐竜を捕獲するためのロボットを依頼されたぷかりんカンパニー。一家総出で作り上げたロボットを自治区に運んだセイバーキッズは、数々の伝説を持つ猛獣ハンターチームと、恐竜捕獲作戦に参加することに。そんな中、またしてもスクラップ団が現れて……。

旧友である脳外科の権威・Dr.ケーシーを訪ねていた松五郎は、ぎっくり腰に見舞われて、急遽入院することになってしまう。その病院には、世界平和の父と呼ばれるピース牧師も脳腫瘍で運び込まれていた。ピース牧師を良く思わないスクラップ団が白アリデストロイドを送り込み、牧師の手術を控えた病院は大混乱に陥る。

松五郎の作ったピザ焼きロボが、スクラップ団に盗まれた。Dr.バグによって改造され、デストロイドにされてしまったピザ焼きロボは、好き勝手に街を破壊し始める。迎撃に向かったセイバーキッズだったが、ピザ焼きデストロイドの予測不能の攻撃に翻弄されてしまう。勝ち誇るスクラップ団に、セイバーキッズは……。

女の子を操るロボをそれぞれ開発したゴウとDr.バグ。自分好みの女の子と仲良くなることを目論むゴウは、Dr.バグが女の子を集めるために開いたバーゲンセールに、家族と一緒に出かけていく。キューピッドロボの性能はいまいちで、落ち込む男性陣。だが、その影でランがDr.バグの作った悪魔ロボの毒牙にかかってしまい……。

プカリンカンパニーが開発したレンタルロボットが強盗事件を起こし、逮捕されたという連絡が入った。早速調査に向かったセイバーキッズは、そのロボットが、ぷかりんカンパニー製に良く似せて作られた偽者だということを突き止める。プカリンの名誉を守るため、ゴウはガードロボットに変装し、敵の本拠地に乗り込んでいく。

南極に設置された観測用ロボから、ぷかりん号にSOSが送られてきた。ゴウと喧嘩をしたことで、一人で調査に向かうことになったランは、現地で太陽が二つに増えているという信じられない光景を目の当たりにする。Dr.バグが作り出した第二の太陽によって南極の氷が溶け始め、世界各地に津波による被害が広がり……。

プカリンカンパニーの代表として、オールスターゲームの始球式のマウンドに立つことになったラン。しかしドームには、Dr.バグが9つの爆弾を仕掛けていた。ロイヤルボックスに閉じ込められたケンとランと連絡を取りながら、ゴウは爆弾の捜索を始める。タイムリミットが迫る中、ドームを駆け回るゴウだが……。

地球連邦会議に特別ゲストとして出席することになったセイバーキッズ。しかし会議の最中、Dr.バグのデストロイドにより、地球連邦本部がハイジャックされてしまう。スクラップ団の目的が秘密裏に保管されている核兵器であることを知ったセイバーキッズは、敵に連れ去られた事務総長の救出と、連邦本部の解放に乗り出す。

ノストラダムスの再来とも騒がれている占い師クローネが、世界の破滅を予言した。それによると、世界を破滅へ導くのは、セイバーキッズだという。テレビを見ていたゴウはいきり立つが、時を同じくしてランセイバーが墜落事故を起こし、けが人を出してしまう。負傷したランによると、無数のカラスに襲われたらしく……。

乗馬型ロボがその性能を競い合うキングダム大障害レース。松五郎を尊敬するという少年から届いたビデオテープを見た松五郎は、怪我をした少年の代わりにホースロボの制作に取り掛かる。一方、ぷかりんカンパニーがレースに出場することを知ったスクラップ団は、ぷかりんカンパニーを陥れるため、自分たちも出場を決める。

サンドストーム自治区で突如、油田の石油が海に流出し、深刻な海洋汚染に発展していた。スクラップ団の仕業だと確信したセイバーキッズは、急ぎ開発した地中レーダーメカを伴って砂漠へと向かう。現地に到着した3機は激しい砂嵐に見舞われ、キャリアセイバーはケンを乗せたまま、アリ地獄の中へと飲み込まれてしまった。

スクラップ団が自社のロボを悪用することに我慢の出来なくなったゴウは、敵の本拠地を探り出して一気にケリをつけようと試みる。囮として作製した宣伝ロボは作戦通りスクラップ団に誘拐され、ゴウは追跡を開始。しかしDr.バグも、宣伝ロボに電波発信機が取り付けられていることに気づく。2人の知恵比べが始まった。

下水道で、点検用ロボが次々に破壊されるという事件が起こった。調査を依頼されたぷかりんカンパニーは、早速偵察用のネズミロボットを作り出し、現場へ向かう。下水道に何かがいることを突き止めたセイバーキッズは、直接下水道に降りて調査を開始。悪臭漂う中を奥へ進んでいくと、何故かワニが飛び出してきて……。

スクラップ団によって大きなビルや橋などが壊される事件が勃発。姿も見えず、レーダーにも映らない敵の攻撃に、連邦軍もなすすべもない。この特殊な敵の特性に、松五郎は物体透明化装置の研究をしていた旧友・桜田博士の存在を思い出した。しかし、桜田博士の研究所はもぬけの殻。更に連邦軍には新しい予告が飛び込んできた。

電気店の倉庫から、大量の真空管が盗まれた。事件の再発を恐れたオーナーからガードロボットの発注を受けた竹男は、久しぶりの大口注文に大喜び。だが、契約書を携えてぷかりん号に戻る途中、変装したイプシロンとぶつかり、鞄を取り違えてしまう。倒産のかかったぷかりんカンパニーの面々は、契約書を取り戻すために奔走する。

モダンアートの巨匠・メカソの全作品を展示した美術館から、最大の目玉である『モダン・モナリザ』が盗まれてしまった。ゴウは、絵画の修復用に作ったペインターロボで、犯人がスクラップ団であることを突き止める。Dr.バグは、盗まれた絵に隠された設計図を使い、最強のデストロイドを作り上げ、破壊活動を開始した。

激しい台風に見舞われ、キャリアセイバーごと山林地区に墜落したケンは、美しい女性さおりに救われる。現地の復興を手伝いながら、次第に絆を深めていくケンとさおり。別れが迫ったある日、再び台風が山林地区に襲った。台風は、資源の枯渇を目論むスクラップ団によって人工的に生み出されたものだったのだ。

街の中に突如として火山が出現した。スクラップ団の仕業だと確信し、早速出動するセイバーキッズ。しかし、原因究明のため単身で地下に潜ったケンは、スクラップ団の襲撃を受け、捕らえられてしまう。ゴウは兄を救い出すため、救助犬ロボのナポを連れて地底に突入し、強力なデストロイドとの対決に挑む。

各界の著名人が行方不明になる事件が多発する中、松五郎が消息を絶った。時を同じくして、Dr.バグから犯行声明が出され、世界連邦が開発しているスーパーエンジンと人質の交換を要求。苦渋の選択を迫られた世界連邦は、人命を最優先し要求に応じる。が、人質は特殊なネットで覆われ、まるで標本のようになっていた。

ウランを多く保有するサンセット島が、突然の独立宣言を発表した。同じ頃、ゴウの部屋の通信機に、サンセット島から救援を求める少女のメッセージが届く。救援メッセージを全く信じてくれない家族にしびれを切らし、ゴウは単身サンセット島へ飛んだ。未完成のステルスシステムを持ち出したゴウを、ケンとランが追う。

大都市ヨークシティでは、増え続けるプラスチックごみが深刻な環境問題に発展していた。そこでぷかりんカンパニーは、プラスチック処理用のロボットを開発する。画期的なこの発明をDr.バグが見過ごすはずもなく、デストロイドを使って破壊工作に乗り出した。翌朝、ヨークシティは謎のバリアによって覆われてしまう。

スクラップ団が新しく開発した＜タイムガン＞によって、セイバーキッズは過去へと飛ばされてしまう。そこは、先に過去へたどりついたDr.バグが支配する、古代エジプトだった。バグたちに捕らえられたセイバーキッズは、ある女性に救出される。なんと彼女は後世にも名を残している絶世の美女、クレオパトラだった。

タイムガンによって過去に飛ばされたセイバーキッズ。古代エジプトを脱出したものの、今度は20世紀初頭のフランスへ飛ばされてしまった。更に、同じ時代へたどりついたDr.バグの策略によって、ケンが大泥棒アルセーヌ・パルンとして逮捕されてしまう。ゴウとランは本物のパルンと共に、ケンの救出に乗り出した。

再びタイムスリップに巻き込まれたセイバーキッズは、ログという科学者に救われる。ログは、真空管と脳の更なる可能性を追求すべく、自分の体で人体実験を行おうとしていた。しかしDr.バグの妨害により、ログは第二のDr.バグへと変貌してしまう。そんな中、未来から帰還用のタイムガンを完成させたとの連絡が入り……。

セイバーキッズはまたしても時空の裂け目に飲み込まれ、禁酒法時代のアメリカへとたどりつく。Dr.バグと出会ったギャング・ロックは、その不思議な力に目をつけ、投獄されている伝説のギャング、アル・カポネの救出を依頼する。一方、セイバーキッズはギャングに襲われているところをジョーという青年に助けられた。

Dr.バグが謎の衛星を宇宙へ打ち上げた。撃墜に向かったセイバーキッズだが、あと一歩のところで衛星は周回軌道に乗ってしまう。Dr.バグの目的は、各自治区が秘密裏に打ち上げていた攻撃用の衛星を利用し、地球を攻撃することだった。各国の代表が責任の擦り付け合いをする中、ゴウは単身宇宙へ飛び出していった。

作っても作ってもセイバーキッズに壊されるデストロイドに痺れを切らし、Dr.バグは最強の最新機を作り出した。自らの思いのままに動くというデストロイドを使い、バグは地底からマグマを噴出させようと試みる。事件を知り、迎撃に向かったセイバーキッズは、あまりにもあっさり撃退できたことに拍子抜けするのだが……。

子供たちにセイバー機やぷかりん号の見学をさせている最中、松五郎がスカイセイバーに乗り込み、飛び去ってしまった。松五郎を激しく憎む少年・ミシェルに脅され、スカイセイバーはプカリンが発明したロボの破壊を開始する。ミシェルは、プカリンのロボは全て、祖父・ランベールの設計を盗作したものだと言うのだが……。

23世紀からやってきたという未来人から、怪物退治を依頼されたセイバーキッズ。要請を受け入れた3人は未来人に導かれ、23世紀にやってきた。早速、未来を脅かしているという怪物ゼロと戦うセイバーキッズだったが、ゼロはあっさりと逃げていってしまった。ケンは、未来だと言われるこの場所に違和感を覚え始める。

クリスマスイブ当日、今まで一度もプレゼントを貰ったことのないゴウは、今年こそはとソワソワ落ち着かない。そんな中、サンライズシティで全てのものにカビが生えるという事件が発生。謎のカビは原子炉をも襲い、世界は放射能汚染の危機にさらされてしまう。それは、Dr.バグからの最悪のクリスマスプレゼントだった。

幻の古代文明アトランティスを発見したDr.バグは、重力を自在に操る装置を手に入れた。向かうところ敵なしと確信したバグは、全世界に向けて宣戦布告をする。だが、通信機の調子が悪く、内容は全く伝わらなかった。そのことに気づかず、誰も攻めてこないことに憤るDr.バグのため、オメガとイプシロンはある行動に出る。

Dr.バグが発明した地殻変動装置の影響で、世界各地で地震や噴火が多発するようになった。調査を進めていくと、地球は地殻変動によって、あと一週間で崩壊し、人類は滅んでしまうという結論が出てしまう。政府からの要請を受けたセイバーキッズは、最初に大規模な地殻変動が起こると予測されるインド北部へと向かった。

連日連夜デストロイドを送り込んでくるようになったスクラップ団。しかし、その攻撃には目的が感じられず、プカリンカンパニーの面々は首を傾げるばかり。そんな中、連邦軍に対スクラップ団用の部隊「平和連邦キッズ」が新設されることが決定する。セイバーキッズは、とうとう戦いから解放されたかに思えたのだが……。

西暦2055年、人類に対して宣戦布告をしたスクラップ団に対抗するため、ぷかりんカンパニーが独自に組織したチーム、＜セイバーキッズ＞。天神林家の三兄弟、ケン・ラン・ゴウの活躍と、Dr.バグが繰り出す奇妙で多彩なデストロイドの数々。スクラップ団との戦いを中心に、セイバーキッズの魅力に迫る総集編。

『緊急発進セイバーキッズ』は、戦いを通じて全編に織り込まれた人間ドラマも大きな魅力の一つ。中でもセイバーキッズの3人は、多くの人々との出会いや触れ合い、そして別れを経験している。今回は、数あるエピソードの中でも、ケン、ラン、ゴウの3人に訪れた、淡い恋の出会いと別れにスポットを当てる。

セイバーキッズの危機を救うため、どこからともなく現れる謎の美女、遥・スタンレー。そして、苛烈になっていくスクラップ団の猛攻。更には、銀河連邦に新設された「平和連邦キッズ」の存在。終盤のエピソードを厳選し、物語のクライマックスをまとめた、セイバーキッズの最後を飾る総集編。