調和の収束によって世界のエネルギーは激変。コーラは人々と精霊との共存を望むも、共和城の市民の不満は高まる。そんな中、ブミが突然、気の技を使えるようになる。

気の国の再建を誓ったコーラは、新たに出現した気のベンダーを集めるため、仲間とともにバーシンセ－に向かう。だが、気のベンダーの勧誘は容易ではなかった。

チーム･アバターは気のベンダーを求め、バーシンセーへ向かう。初めて土の女王に会うコーラ。一方、気の国から連れ立つカイが行方不明に。マコとボーリンは捜索する。

土の王国の女王はバーシンセーの気のベンダーたちを強制的に集めて、軍隊を形成しようとたくらんでいる。それを知ったコーラは、彼らを脱走させる計画を立てることに。

新たな気のベンダーに会うため、コーラは仲間と共にザオフという都市へ向かう。そこで鉄の一族から温かい歓迎を受けるが、ベイフォンは何かを隠しているようだ。

ザオフで鍼治療を受けることになったリン・ベイフォンは、治療を通じて自身のつらい過去と向き合う。一方、気の寺の島から逃げたザヒールは、仲間と合流してコーラを探す。

テンジンは気の国に加わった新人の修行を始めるが、やる気のない彼らへの指導に苦戦する。更に、コーラから助言を受けて協力を仰いだ兄のブミとも衝突してしまう。

ザヒールとその仲間たちによってコーラの誘拐計画が実行される。厳重な警備体制が敷かれるザオフに、ザヒールたちは一体どうやって侵入したのか。

ついにザヒールと直接会う機会を得るコーラだが、そこで彼女は敵対する組織と叔父のウナラクとの知られざる事実を聞かされることになる。

土の王国軍に捕らえられたコーラとアサミ。飛行船でバーシンセーに向かう途中、アサミは脱出計画を試みるが、結果は失敗に終わり、砂漠に立ち往生してしまうのだった。

ザヒールはマコとボーリンにコーラ宛ての伝言を命じる。それはコーラが投降しなければ気の国を滅ぼすという脅迫めいたものだった。

人質の解放を条件に、ザヒールに投降する覚悟を決めたコーラ。しかしチーム･アバターは人質とコーラ、両方を救うべく策を練る。一方、ザヒールにも驚くべき秘策があった。

ザヒール率いる赤蓮会はコーラの体内に毒を投与する。コーラの命が危険にさらされる一方で、気のベンダーたちはパワーを１つに集結させ、ザヒールに立ち向かう。

コーラがザヒールに毒を盛られてから３年が経ち、チーム･アバターは、それぞれの暮らしをしている。カイとオープルは、盗賊に襲われている土の王国の州を助けに向かう。

３年前、毒を盛られて療養のために南極に行くもコーラはアバターの力を発揮できない。力を取り戻すためひとり旅に出たコーラは、精霊に導かれ前世の友トフと再会する。

ウー王子の即位式は、王制廃止を宣言するクヴィラに台無しにされてしまう。コーラは沼地で出会ったトフの助けを得て、失われた力を取り戻そうとする。

ジノラ、イキ、ミーロはテンジンからコーラの捜索を命じられる。しかし兄弟ゲンカばかりで３人の仲は険悪に。果たして無事にコーラを見つけ、連れ戻すことができるのか？

土の帝国の統一のため、クヴィラは指揮下に入るようザオフを脅す。ボーリンはスーの説得を任された。復帰したコーラはクヴィラとの交渉を試みる。

コーラはアバターとして復活するが、クヴィラと戦う準備はできているのか？ボーリンとヴァリックは精霊の蔓の兵器を爆発させ、クヴィラの軍から脱出する。

コーラは３年ぶりにアサミとマコに再会するが、ウー王子が誘拐され、新たな能力で追跡する。ボーリンとヴァリックは森である人々と出会い、共に土の帝国からの脱出を図る。

チーム･アバターが、それぞれの軌跡を振り返る。一方ヴァリックは、過去のある大きな出来事に基づく壮大な物語を語る。

精霊の蔓が、共和上の人々を襲い、誘拐し始めた。ジノラとオープルとともに精霊の森へ調査に向かうコーラ。蔓が人々を襲った理由を突き止める。

スーたちの救出に向かうボーリンたちは、ザオフでトフに遭遇。コーラは精霊に助けを求めるが拒否される。クヴィラが超兵器のテストを行う間、スーたちは無事に救出される。

クヴィラの攻撃が２週間後に迫っていることを知り、コーラとチーム･アバターは対抗策を講じる。ところが、予定より１週間早く共和城に侵入されてしまう。

アバターと仲間たちは共和城でクヴィラと対決。ウー王子はペマや市民たちの避難に尽力する。

戦場と化した共和城で、アバターたちはクヴィラの暴走を止めようと奮闘する。そして土の王国とアバターの命運を分ける、コーラとクヴィラの直接対決が始まる。