一年戦争において最終決戦の地となったア・バオア・クー。 戦争の傷がまだ生々しい戦場で、連邦軍の新米パイロット“ヒデン”は戦後処理のためRB-79「ボール」で調査をしていた。そこへ、ジオンの残党がいるという知らせが入る。怖れながらも静寂に包まれるア・バオア・クーの内部を進む少年パイロット達。その突如、銃声が響きわたり仲間が次々と銃弾に撃破されてゆく。一人生き残ったヒデンは、その敵を見極めるべくさらなる深部にボールを進めると、そこには戦争が引き起こした残酷な現実が・・・。

リック・ディアスの量産型に戦闘データを移すため、リック・ディアスに搭乗して模擬戦をするクワトロ。データーマンの遊び心で、モニターのリック・ディアスは赤色に、そして対戦相手には、かつての自分「赤い彗星」が駆るザクが姿を現す！徐々に赤いザクに追い詰められるクワトロ…果てしてクワトロは赤い彗星に勝利できるのか？！ そして、百式へ乗り換えるきっかけとは…？

エゥーゴのジャブロー降下作戦を阻止するべく、ティターンズのパイロット、ジョナサンはマラサイ部隊の中にいた。ガンダムMk-IIを追うものの、大気圏降下の高度限界によりバリュートが開いてしまう。降下し続けるさなか、モニターに絶縁したはずの父から送られた情報チップが流れ出した。その内容は、父のカンパニーが入手した極秘情報、ティターンズがジャブロー基地を爆破しエゥーゴの一掃を目論んでいるというものだった。自分たちの部隊が囮であると知り愕然としながらも、ティターンズとして任務を遂行する…。

武者七人衆の一人である武者頑駄無は、魔殺駆に奪われた光の巻物を追って敵と戦いながら旅をしていた。ある時、、武者頑駄無は子供たち（頑助、精之進、次武千代）と出会い茶屋でひと時の団欒をすごすのだが、その時突然、茶屋が炎につつまれる。魔殺駆の手下、下塁愚々たちが火を放ったのだ。その下塁愚々たちを瞬く間に倒す武者頑駄無だが、そこへ魔殺駆が現れる。光の鎧を巡る力と力の対決がいよいよ始まろうとしていた……。

ジオン軍の木星船団での活躍からニュータイプとしての素養を見出されたシャリア・ブルは、自らの能力に懐疑的ながら実質的な総司令官のギレンに指示されたとおり、ニュータイプを運用するキシリア麾下、シャア・アズナブルの実戦部隊に配属される。そこで出会うララァ・スンという少女にニュータイプの何かを感じつつも、敵連邦軍のエースパイロットが駆るガンダムとの実戦は、それを確信にかえるほど熾烈なものだった……。