１２歳の少年、茂上駿太はバトスピチャンピオンシップで優勝して、世界に一枚しかないＸレアカード「午の十二神皇エグゼシード」を手に入れる。 その夜、駿太は謎の声に導かれ、バトスピ始まりの世界、スピリッツワールドに呼び込まれた。 そこで出会った司祭の末裔エトは、かつて邪神皇を封じて何処かへ行き眠りについた十二神皇があり、そのひとつ「午の十二神皇エグゼシード」を持つ駿太こそ十二神皇に選ばれた勇者だという。 邪神皇復活阻止のために共に戦ってくれと頼むエトに戸惑う駿太だが、そこに邪神皇復活を目論む暗黒バトラーのイヌイ将軍が現れ、バトルする羽目になる。 駿太はスピリットが本当に召喚されるスピリッツワールドのバトルに驚きながらも、「午の十二神皇エグゼシード」を召喚。十二神皇の持つ効果≪封印≫を使って、【走破】を発揮！イヌイ将軍を打ち破る。 こうして、十二神皇を探す駿太の旅をはじまった。

駿太とエト達は、スピリッツワールドに現れた勇者のひとり、ヨク・アルバトロサと出会う。 国の交渉ごとまで何でもバトスピで決めるというバルガルドから来たヨクに、エトは勇者として邪神皇復活阻止のため力を貸して欲しいと頼む。ヨクは関係ないと断る。だが、スピリッツワールドが崩壊すると、バトスピでつながった世界にも危険が及んでしまう事をエトから知らされる。 そこへ暗黒バトラーの赤騎士カブトーが現れ、イヌイ将軍に勝った駿太にバトルを挑む。 バルガルドも危ないと聞いたヨクは、駿太に代わってバトル相手を買って出る。 ヨクはバルガルドとまったく違うバトルに戸惑い、カブトーに追い込まれる。しかしヨクは「酉の十二神皇ゲイル・フェニックス」を召喚して、反撃に出る。≪封印≫時の効果【飛翔】によって、カブトーを圧倒！カブトーのスピリットとライフを一掃して、勝利するのだった。

十二神皇の一枚、「未の十二神皇グロリアス・シープ」が伝わる村を駿太たちは訪れる。しかし、村は暗黒バトラーの襲撃を受けた後だった。村長から十二神皇をメイという少年に託して逃がした事を聞き、助けに向かう。 逃げるメイだったが、その道中でサンドラットに十二神皇を奪われてしまう。そこへ暗黒バトラーたちを束ねる最強バトラーのタツミが現れる。 タツミにバトルを挑まれたサンドラットは、メイに十二神皇を返してバトルを押しつける。メイはタツミとカードを巡ってバトルする羽目になる。 そこに駿太達も駆けつける。 追い込まれながらもメイは「未の十二神皇グロリアス・シープ」を召喚し、守りを固める。しかしタツミは、異魔神ブレイヴ「龍魔神」を召喚してスピリット２体とブレイヴさせ、アタック。「未の十二神皇グロリアス・シープ」を破壊して、メイのライフを削りきる。敗北したメイは、「未の十二神皇グロリアス・シープ」を奪われてしまう。

タツミが見せた異魔神ブレイヴの戦いぶりは凄かった。十二神皇と一緒に異魔神ブレイヴも探すことにする駿太達。 メイも旅に誘うが、メイは尻込みして断ってしまう。 村長からもらった船で村から出発する駿太達。 だが、双子の暗黒バトラー、ワビーとサビーが立ち塞がる。 駿太とヨクは互いに自分がバトルすると言い張って仲違い。結局、駿太がワビーと、ヨクがサビーとバトルして、どちらが早くバトルに勝つかで勝負することになる。 バトルフィールドの出現を見たメイは気になって駆けつける。 優勢にバトルするワビーとサビー。ライフ残り２個に追いつめられる駿太とヨクだが、「午の十二神皇エグゼシード」と「酉の十二神皇ゲイル・フェニックス」を召喚して、あっという間に形勢逆転。ワビーとサビーに勝利する。 しかし早くライフを削りきった駿太とスピリットを一掃して勝ったヨクは、自分の勝ちだと譲らず、また仲違いを始めてしまうのだった。

メイは奪われた十二神皇を取り戻すため、旅についていく事を決意する。 その道中、荒野のとある町に寄った駿太たちはバトスピで遊ぶ子供達を見かける。駿太は、バトスピチャンピオンシップ決勝戦を思い出す。そこで久し振りに決闘ではないバトスピをメイと楽しむことにする。 そんなメイの様子を見ていたヨクはメイを連れ出し、決闘を申し込む。 十二神皇を取り返すためには、決闘で勝たなければならない。ヨクの叱咤で決意したメイはバトルアーマーを装着、ヨクとの決闘に応じる。 一切容赦せずメイのライフを削るヨク。しかしメイは守るばかりで、ヨクのライフを削れない。 そんなメイにヨクは十二神皇を取り返す覚悟があるのか、と問う。あるに決まっている、メイはヨクのライフを削って、その覚悟を示す。 そこに「未の十二神皇グロリアス・シープ」を託された暗黒バトラー、ケンゴーが現れる。ケンゴーは駿太とヨクに互いの十二神皇をかけた決闘を申し込む。

駿太とヨクは「未の十二神皇グロリアス・シープ」を取り返すため、どちらがケンゴーとバトルするかで揉め、駆けっこで勝負をつけることになった。 一方、イヌイ将軍は、ケンゴーが赤の勇者である駿太に勝つと自分の面子が保てないと悩んでいた。それを聞いたサンドラットは、駿太の足止めを引き受けた。 日の出を合図に駆けっこはスタート。だが、駿太は寝坊し、ヨクに置いて行かれる。 しかし、ヨクはサンドラットに赤の勇者と勘違いされ、足止めされてしまう。そのおかげで駿太は先に決闘の場にたどり着き、ケンゴーとバトルを始める。 ケンゴーが使う「未の十二神皇グロリアス・シープ」の鉄壁の守りを崩せず、駿太は残りライフ１個まで追い詰められる。だが、「午の十二神皇エグゼシード」を召喚して、一気に反撃。ケンゴーのライフを削りきって逆転勝利。 取り戻した「未の十二神皇グロリアス・シープ」を駿太は約束通り、メイに渡すのだった。

新たな十二神皇を探す駿太たちは、古い神殿があるという渓谷へ向かう。しかし、別れ道で駿太とヨクが、またまた喧嘩。二人は譲らず、二手に分かれて進む。だが、すべては暗黒バトラー、ズッチーの罠だった。駿太とヨクは道を塞がれ、エト達の待つ船に戻れなくなってしまう。 二人を分断したズッチーは十二神皇を奪うべくメイにバトルを挑む。メイは「未の十二神皇グロリアス・シープ」を守るため、そのバトルを受けて立つ。 バトルドームの光を見て駿太とヨクはメイの危機に気づいて、船に戻ろうと急ぐ。 バトルは「甲殻剣士ラミニフェンサー」を召喚したズッチーが一気に勝負を決めようとしていた。負けるかも、と弱気になるメイ。 そこに塞がれた道を協力して抜けてきた駿太とヨクが戻ってくる。二人の声援を受けたメイは、「未の十二神皇グロリアス・シープ」を召喚。≪封印≫を使って、ズッチーを撃破。 駿太とヨクは勝利したメイの健闘を褒めまくるのだった。

エトが様々な世界からバトスピカードが集まるソウルスポットを発見する。 異魔神ブレイヴを求める駿太達は、さっそくソウルスポットに向かう。 辿り着いたのは不気味な大神殿。大神殿の奥、カードを手にできる聖域に辿り着くには『厳しい試練』をくぐり抜けなければならない。 大神殿に入った駿太、ヨク、メイの三人は数々の難関を知恵と勇気と気合いでクリアし、最後の大広間に辿り着く。 すると突如、バトスピカードが現れ、スピリットが出現する。『厳しい試練』とはバトルだったのだ。三人は異魔神ブレイヴを手に入れるべく、全員で試練に挑む。だが、次々と繰り出されるＸレアの総攻撃に次第に追いつめられていく。 ヨクとメイの十二神皇までもやられる絶体絶命の状況を駿太が「午の十二神皇エグゼシード」で突破し、試練に打ち勝った。 だが手に入ったのは、緑の異魔神ブレイヴで……駿太ではなく、ヨクの手に渡るのだった。

メイはヨクに故郷のバルガルドのことを聞く。 バルガルドの名門アルバトロサ家に生まれ、幼い頃から厳しいバトスピの特訓を受けてきたヨク。そのヨクの心の支えは優秀な兄ザルクだった。兄のようになりたいと思うヨクは、スピリッツワールドで何かを掴みたい、とメイに語る。 一方、異魔神ブレイヴが欲しい駿太は新たなソウルスポット探しに躍起になっていた。その道中で、一行はキャラバン隊と遭遇、もてなしを受ける。だが、これは罠だった。暗黒バトラーのアザスは、眠り薬を使って駿太たちの十二神皇を奪おうとする。 罠にかからなかったヨクは十二神皇を守るため、アザスと決闘することになる。 ヨクは青属性を巧みに使うアザスに苦戦を強いられる。だが、「酉の十二神皇ゲイル・フェニックス」を召喚、さらに「風魔神」とブレイヴさせて、反撃。見事、アザスを打ち破る。 その活躍に駿太は異魔神ブレイヴがもっと欲しくなるのだった。

駿太は、こっそり船を抜け出して、異魔神ブレイヴを探しに行く。 それを知ったサンドラットは、レアカードが集まるバトスピ市場へと駿太を誘う。 ここなら見つかるかも、と駿太は大興奮するのだが、空振りが続いてしまう。そこに占い師に化けたサンドラットが近づく。 サンドラットは異魔神ブレイヴを餌に、駿太の十二神皇を盗もうとする。 だが、その時、「午の十二神皇エグゼシード」が市場に出るという声を聞く。 十二神皇は世界に１枚しかない、駿太は市場のカードがニセモノばかりだと気づく。 騒ぎになる市場、そこへ市場の主カシラーが現れ、駿太に決闘を挑んだ。 受けて立つ駿太だが、市場のニセカードがデッキに紛れて大苦戦。残りライフ１に追いつめられる。 だが、ニセモノの中に本物の異魔神ブレイヴ、「炎魔神」が紛れていた。 駿太は「炎魔神」と「午の十二神皇エグゼシード」をブレイヴして、反撃。カシラーのライフを一気に削って逆転勝利を決めた。

駿太達は山の前で通行止めに遭う。麓の村で聞くと、ノブシーというバトラーがバトルで勝たなければ通さないと、道を塞いでいるという。 村の少年トワは、山の向こうに出かけて帰れない両親に会う為に駿太のデッキを盗み、ノブシーにバトルを挑もうとする。 事情を知った駿太はトワに替わってバトルを引き受けるが、ノブシーは駿太達を狙う暗黒バトラーだった。道の解放と、十二神皇をかけて駿太はバトルする事になる。 バーストを使うノブシーに駿太は苦戦する。「午の十二神皇エグゼシード」を召喚して駿太は反撃するが、「超覇王ロード・ドラゴン・セイバー」でノブシーにライフを回復されてしまう。しかし駿太は異魔神ブレイヴ「炎魔神」を召喚し、一気に逆転。「午の十二神皇エグゼシード」と「庚獣竜ドラリオン」にブレイヴさせ、【走破】の連続アタックでノブシーのライフを削りきる。 ノブシーを倒したことで、道は解放され、トワは両親と再会したのだった。

新たなソウルスポット、ガイオーの壁。その前で駿太達とイヌイ将軍は鉢合わせした。 そのガイオーの壁の試練に挑む駿太、ヨク、イヌイ将軍。だが、10ターンを耐えるという試練に駿太とヨクは失敗してしまう。 タツミのためにと、精一杯頑張るイヌイ将軍は、堅固な防御でしのいでいくが、スピリットは全て破壊されてしまう。それでも諦めず、「黒天狐ネガ・ナインテイル」を召喚して、最後の10ターン目を迎える。 最後のターン、ガイオーの壁から「黒蟲魔王ディアボリカ・マンティス」が繰り出され、「黒天狐ネガ・ナインテイル」を疲労させられてしまう。 万事休すかと思われたが、イヌイ将軍はマジック「ピュアエリクサー」で「黒天狐ネガ・ナインテイル」を回復させて、ブロック。さらにガイオーの壁が繰り出したスピリットを全て手札に戻し、10ターンを耐えきった。 試練をクリアしたイヌイ将軍は「亥の十二神皇カラミティ・ボア」を手に入れる。

十二神皇を手に入れたイヌイ将軍は、さらなる十二神皇を手に入れようと考える。 一方、ヨクは試練に失敗し、十二神皇がイヌイ将軍に渡ってしまった事を悔やんでいた。そこにサンドラットがやってくる。サンドラットはイヌイ将軍の頼みで、駿太を探していた。それを知ったヨクは駿太の替わりに自分を連れて行け、とサンドラットに迫る。サンドラットもそれを受け入れ、ヨクを連れて行く。 そして、ヨクとイヌイ将軍、互いの十二神皇をかけたバトルが始まった。 イヌイ将軍はデッキ破壊をしかけ、ヨクの「風魔神」を破棄する。ヨクはデッキアウトされる前に勝負を決めようと「酉の十二神皇ゲイル・フェニックス」で攻める。 それを凌いだイヌイ将軍は「亥の十二神皇カラミティ・ボア」で反撃。≪封印≫から【突進】を発揮し、ヨクのスピリットを全滅、さらにデッキまでも削りきる。 デッキアウトでヨクは敗北、「酉の十二神皇ゲイル・フェニックス」を奪われてしまう。

イヌイ将軍が手に入れた「酉の十二神皇ゲイル・フェニックス」はバトルで勝った者に譲られることになり、張り切る暗黒バトラー達。 一方、駿太達はエトからタツミの正体を明かされる。 かつて邪神皇を封印した十二神皇に選ばれし勇者の長、タツミはその末裔だった。平和になったスピリッツワールドで、一族が衰退していく事にタツミは焦っていた。一族の復興と異世界へ流れ出ているソウルコアの力を取り戻すためタツミは十二神皇を探す旅に出る。その中で、シシと出会う。シシは「辰の十二神皇ウロヴォリアス」をタツミに託し、封印されている邪神皇をコントロールすれば、スピリッツワールドを救う事が出来るという、予言を伝える。 一方、十二神皇争奪戦の場にタツミと同じ勇者の末裔のキキが現れる。そのパートナー、ヨロイが争奪戦に参戦。カブトーに勝利して「酉の十二神皇ゲイル・フェニックス」を手に入れる。 更にタツミは駿太達をおびき寄せる罠を張る。

罠と知らず古城に着いた駿太達を待ち受けていたのはヨロイだった。 「酉の十二神皇ゲイル・フェニックス」を取り戻すためヨクがヨロイの相手を引き受け、駿太達は城中へ急ぐ。しかし城内ではキキが待っていた。 駿太にバトルを挑んだキキは黄属性の使い手だった。【聖命】やマジックで、駿太を翻弄し、異魔神ブレイヴ「天魔神」を召喚する。 異魔神ブレイヴの登場に驚く駿太。キキは「天魔神」を「魅惑の覇王クレオパトラス」と「賢獣スピンクス」にブレイヴさせ、アタックする。 一方、ヨクはヨロイが使う「酉の十二神皇ゲイル・フェニックス」に完敗する。 同じ頃、駿太は「炎魔神」を召喚し、「午の十二神皇エグゼシード」と「ドラリオン」にブレイヴさせる。異魔神ブレイヴと十二神皇の力で、駿太は何とかキキに勝利する。敗けたキキは「十二神皇」を手に入れてのリベンジを誓う。 そして、駿太達は、遂にタツミと対面する。

十二神皇を渡せと駿太に迫ったタツミは、勇者一族の栄光と繁栄復活のため、ソウルコアの力も、邪神皇も、全ての十二神皇の力も手に入れるという。バトスピで繋がる全ての世界を滅ぼしかねない危うさに戦慄するエト。 タツミの計画を阻止しようとバトルを挑んだ駿太は「午の十二神皇エグゼシード」と「炎魔神」のブレイヴアタックでタツミのライフを一気に削るが、とどめの瞬間、マジック「ポイズンブレス」に阻まれる。 駿太のアタックを防ぎ切ったタツミは「辰の十二神皇ウロヴォリアス」を召喚する。そして《封印時》効果の【呪縛】で「午の十二神皇エグゼシード」諸共、駿太のスピリットを全て消滅させ、駿太に迫る。その攻撃を駿太は防ぐことができず、負けてしまい、「午の十二神皇エグゼシード」をタツミに奪われる。 ライフのソウルコアを砕かれた衝撃で意識を失った駿太を連れ、エトたちはその場を脱するのだった。

「酉の十二神皇ゲイル・フェニックス」を取り返せず、落ち込んでいたヨクだが、かつて兄ザルクに言われた「どんな時でも、勇気を持って次の一歩を踏み出すんだ！」という言葉を思い出し、勇気を取り戻す。 そして駿太も目を覚まし、「取られたら取り返せばいい」とタツミたちへのリベンジを誓う。 一方、シシは新たな「午の十二神皇エグゼシード」の使い手として、駿太のライバル、大牙和巳をスピリッツワールドに召喚する。駿太が持っていた「午の十二神皇エグゼシード」に執着する和巳は手に入れる為、ケンゴーとのバトルでその実力を示す事になる。 同じ頃、エトシンモリの神官達が駿太とヨクにＸレアカード２枚を届ける。エト達の役に立ちたいとあちこち探して見つけてきたのだ。 一方、和巳は駿太に敗れた怒りと憎しみ、勝利への執念でケンゴーに競り勝ち、「午の十二神皇エグゼシード」を手に入れる。 そんな和巳にタツミは駿太へのリベンジをけしかける。

邪神皇復活の兆しの嵐が吹きすさぶ中、駿太とヨク達の船は落石で止まってしまう。 そこへ、「午の十二神皇エグゼシード」をタツミに与えられた大牙和巳が現れる。 ライバルとの再会に喜んでいた駿太だが、和巳がタツミたちの仲間になっていると知って、戸惑う。そんな駿太に和巳は敵意を剥き出しにしてバトルを挑む。駿太は「午の十二神皇エグゼシード」を取り返すため、受けて立つ。 和巳は「午の十二神皇エグゼシード」を召喚して、【走破】で駿太のライフを一気に削る。 駿太も「庚天獣レディアント・ペガス」と「炎魔神」を召喚して反撃に出る。「炎魔神」に「庚天獣レディアント・ペガス」、「庚獣竜ドラリオン」をブレイヴさせて、和巳に迫る。 だが、和巳は「双光気弾」で「炎魔神」を破壊して、「庚天獣レディアント・ペガス」を返り討ちにする。 駿太に「大嫌いだったんだよ！」と言い放った和巳は、駿太のライフを削りきって勝利してしまうのだった。

エトから『赤き寅の勇者の伝説』を聞いた駿太は、打倒和巳の為にも、と伝説が伝わる『赤轟山』へ向かう。 同じ頃、キキも「申の十二神皇」の気配がある西南西へ出発した。 残されたヨロイはさらなる十二神皇を手に入れようとメイに狙いをつける。だが、その前にヨクが立ちはだかる。 ヨロイは「酉の十二神皇ゲイル・フェニックス」を召喚し圧倒する。だが、ヨクはマジックで「酉の十二神皇ゲイル・フェニックス」の弱点をつき、ヨロイの攻撃を凌ぎきった。 そしてヨクは「丁騎士ウェッジテイル」と「風魔神」を召喚、ブレイヴさせて反撃に出る。ヨクは「風魔神」の力で、ヨロイのカウンターを封じ込め、ライフを砕く。さらに「丁騎士ウェッジテイル」の合体時効果で最後のライフも破壊して、勝利する。 勝利したヨクは遂に「酉の十二神皇ゲイル・フェニックス」を取り戻した。 一方、駿太は赤轟山の山頂で謎の人物と出会っていた。

赤轟山の頂上に着いた駿太の前に現れたのはかつての勇者、セキコ仙人だった。寅の十二神皇を譲ってほしいと頼む駿太に、セキコ仙人は「戦えない理由がある」ので「持っていけ」という。 しかし、岩に刺さったカードの周囲には結界が張ってあり、駿太はたどり着けない。 そこに駿太を追ってきたサンドラットが現れる。そして駿太の目の前で、結界をなんなく通り抜け、カードにたどり着く。しかし、カードを引き抜く事ができず、山から落っこちてしまう。 サンドラットが結界をすり抜けた事を不思議に思う駿太にセキコ仙人は迷いが原因だと告げる。 新たな十二神皇を得れば、勇者の使命で強敵と戦わなければならない。また、再び負けるかも知れない。その恐れに打ち勝てるか否か、駿太は試されていた。 勇気を振り絞って立ち向かう駿太は本当に怖いのは「バトスピが出来ないこと」だと気付き、恐れに打ち勝つ。 そして駿太はついに寅の十二神皇を手に入れる。

寅の十二神皇を手に入れた駿太はヨクたちのもとへ戻ってきた。 一方、駿太に勝った和巳は元の世界に戻ろうとするが、サンドラットから新たな十二神皇を手に入れた駿太からの挑戦を伝言され、今度は十二神皇を持つ者同士の対決で勝つ、と受けて立つ。 しかし、バトルは駿太の優勢で運ぶ。「寅の十二神皇リボル・ティーガ」の《封印時》効果【砲撃】で、駿太は和巳のライフを確実に削っていく。 和巳は「午の十二神皇エグゼシード」の【走破】で「寅の十二神皇リボル・ティーガ」を破壊しようとする。しかし、駿太はマジック「シェルバレット」で「寅の十二神皇リボル・ティーガ」の破壊を阻止する。 そして駿太は「炎魔神」を「寅の十二神皇リボル・ティーガ」にブレイヴして、一気にライフを削って和巳に勝利。「午の十二神皇エグゼシード」を取り戻す。 和巳の実力を知る駿太は、邪神皇の復活阻止のために仲間になって欲しいと誘うが、拒絶されてしまう。

十二神皇の噂を聞いて港町に向かう駿太とヨクの一行だが、船が故障。駿太とヨクは先に港町に向かうが、そこは悪者たちに荒らされたあとだった。 その仲間に間違われた駿太とヨクは、町民たちに捕まってしまう。 町民から、潮の満ち引きで現れる祠の存在を聞き出したサンドラットは、港町を荒らしたゴウラ将軍を呼び寄せた。 その話を聞いたゴウラ将軍は祠へと向かう。 モフモフに救出された駿太とヨクは、ゴウラ将軍を阻止しようとする。しかし、バルガルドではアイドル的存在のカニそっくりなゴウラ将軍にヨクは戦意喪失、仕方なく駿太がバトルを挑む。 ゴウラ将軍は「海将軍カニメデス」で駿太を追い込むが、駿太は「寅の十二神皇リボル・ティーガ」と「午の十二神皇エグゼシード」を召喚して反撃。【走破】と【砲撃】の連続技で勝利する。 祠の中身は、航海の安全祈願のお守りだったが、ゴウラ将軍たちを追い払った駿太とヨクを町民は勇者だと褒め称えるのだった。

シシの予言で砂漠に向かったキキは、黄色の勇者ゆかりのキモン一族の地に辿り着く。長老ビヒは、キキの「ベーレシア」という名を聞き、勇者の末裔と認め、十二神皇を守る三賢者のもとへと案内する。 だが、青猿、白猿、赤猿の三賢者は、キキの中の野心を見抜き、十二神皇は渡せないと拒絶した。引き下がれないキキは十二神皇を手に入れるべく三賢者にバトルを挑む。 一対三のバトルだが、キキは全く動じず、まず赤猿のライフを削りきる。 青猿は「イボイノコング」、白猿は「巨神機スライド・ゲルム」、それぞれキースピリットでキキに対抗する。しかし、キキはマジックやバースト、さらには「天魔神」を繰り出し、圧倒。赤猿に続けて白猿のライフも削りきる。 残った青猿は申の十二神皇を守るべく、奮戦する。しかし、それをもキキは上回り、青猿のライフも削りきって、三賢者に勝利する。 三賢者を倒したキキは申の十二神皇を手に入れ、キモン一族の地を後にする。

太古の昔、十二神皇の勇者が初めて集ったという遺跡に来た駿太とヨク達。 新たな十二神皇の手掛かりを探す中、メイは「未の十二神皇グロリアス・シープ」の石像前で、父から十二神皇を譲られた時のことを思い出す。 そんなメイの前にキキが現れる。キキはメイが白き勇者の末裔である事を告げ、バトルを挑んできた。 キキは邪神皇を復活させ、十二神皇の力で支配することが勇者の一族の誇りを取り戻すことにつながる、だから同じ勇者の末裔として協力するようメイに迫る。しかし、メイは駿太やヨクのように強くなって世界を守る、と協力を拒む。 その答えに失望したキキは「申の十二神皇ハヌマーリン」の効果で「猿導士オンコット」の【アクセル】をノーコストで使い、自分のスピリット全てをダブルシンボルにして連続アタックを仕掛ける。 その怒涛の攻撃を防ぎきれず、メイは敗北。「未の十二神皇グロリアス・シープ」を奪われてしまう。

「未の十二神皇グロリアス・シープ」を失ったメイに、しっかり休むように告げ、駿太とヨクは新たなソウルスポット、ヒャッケツ岬に向かう。 断崖にある無数の穴のどれかがソウルスポットに違いない、と探索を始める二人。そこにサンドラットが現れて駿太とソウルスポット探しを競いだす。 ヨクは最上部の穴が怪しいと睨み、探索。ソウルスポットにたどり着くが、既に和巳に攻略された後だった。 十二神皇を手に入れられなかった和巳は、駿太にリベンジするため、ヨクが持つ十二神皇を奪おうとバトルを挑んだ。 和巳は手に入れた異魔神ブレイヴ「海魔神」でヨクを追い詰める。「海魔神」と十二神皇があれば、駿太に勝てると言い切る和巳だが、ヨクは和巳に駿太は倒せないと断言する。そして「酉の十二神皇ゲイル・フェニックス」を召喚し、【飛翔】で和巳を圧倒、勝利する。 駿太に続き、ヨクにも敗れた和巳はさらなる怒りと憎しみを募らせるのだった。

さらなる十二神皇を奪おうと、駿太とヨク達の前にキキが再び現れる。 「申の十二神皇ハヌマーリン」と「未の十二神皇グロリアス・シープ」を持つキキに対抗できるのは、同じく２枚の十二神皇を持つ駿太しか居ない。 互いに２枚の十二神皇を持つ勇者同士のバトルが始まった。 駿太は「寅の十二神皇リボル・ティーガ」と「午の十二神皇エグゼシード」、赤の十二神皇２体でキキを攻めるが、キキの「未の十二神皇グロリアス・シープ」の守りを崩すことができない。 守るばかりではない、とキキは「申の十二神皇ハヌマーリン」と【アクセル】のコンボで駿太を攻める。だが駿太はマジック「フレイムバリケード」で対抗、《封印時》効果を使って「申の十二神皇ハヌマーリン」を撃破する。 その勢いのまま駿太は「炎魔神」を召喚して、連続アタック。「未の十二神皇グロリアス・シープ」も、キキのライフも、全て破壊して勝利する。

新たなソウルスポットで駿太とヨク達は「卯の十二神皇」のカードを見つける。 しかし、そこにイヌイ将軍が現れた。 イヌイ将軍に敗れた事があるヨクは、リベンジすべく「卯の十二神皇」を賭けたバトルを挑む。 イヌイ将軍は先に「亥の十二神皇カラミティ・ボア」を召喚、ヨクにプレッシャーをかける。ヨクも「酉の十二神皇ゲイル・フェニックス」を召喚するが、BPで「亥の十二神皇カラミティ・ボア」を上回ることができない。 その機を逃さずイヌイ将軍は「亥の十二神皇カラミティ・ボア」の【突進】を発揮、「酉の十二神皇ゲイル・フェニックス」に迫る。しかし、ヨクはマジック「パワーオブウィンド」を2枚使って、BPを上げ、「亥の十二神皇カラミティ・ボア」を返り討ちにする。 カウンターを決めたヨクは「酉の十二神皇ゲイル・フェニックス」の【飛翔】で逆襲。イヌイ将軍のライフを削りきって、勝利。 ヨクは「卯の十二神皇ミストラル・ビット」を手に入れる。

ヨクが手に入れた「卯の十二神皇ミストラル・ビット」の試練が発生し、メイや駿太達がバトスピカードに変えられてしまう。ヨクはみんなを元に戻すべく、試練に挑む。 一つ目のステージはお茶会へ繋がる扉探し。妨害するサンドキャットを利用して正解の扉を開け、お茶会に辿り着くヨクだが、そこには大好きなカニちゃんがいた。ヨクは次のステージに進むため、涙ながらにその場を去る。 次のステージは女王エトの城。バトスピカード兵の大軍に攻撃されるが、「絶甲氷盾」の女王エトで対抗。見事、ステージをクリアする。 最終ステージでは自分自身とバトルすることになる。同じ力の相手に苦戦するヨクだが、相手ターンで自由に召喚可能な《神速封印》で「卯の十二神皇ミストラル・ビット」を召喚。《封印時》効果の【跳躍】を駆使して勝利、試練をクリアする。 試練をクリアして目覚めたヨクは駿太たちと一緒に新たな十二神皇を手に入れた事を祝うのだった。

エトがドーガの里にソウルスポットの反応を捉える。そこはサンドラットの故郷だった。 サンドラットは一行を出し抜いて、ソウルスポットに挑むも断念。そこでサンドラットは駿太とヨクたちに、母親の為に十二神皇を手に入れたい、と協力を求める。手に入れたら少しの間だけ貸す、という条件で駿太とヨクたちは試練に挑む。 試練は、色んなバトルの局面に１枚のカードで勝利するというものだった。 駿太は「午の十二神皇エグゼシード」を、メイは「未の十二神皇グロリアス・シープ」を使って、試練をクリアしていく。 そして最後の試練。相手のアタックステップに勝利せよという難問が出される。 これにヨクが「卯の十二神皇ミストラル・ビット」で挑み、見事クリアする。 試練をクリアした一行は「子の十二神皇マウチュー」を手に入れる。そして、約束通り、サンドラットに貸すのだが、サンドラットは母親の話は嘘と暴露し、その場を逃げ去ってしまう。

逃げたサンドラットは駿太とヨク達に見つかり、バトルを挑まれる。サンドラットは手に入れた十二神皇を取られたくないので、十二神皇を賭けないバトルを提案。駿太とヨク達は仕方なく、それを受け入れる。 しかしサンドラットはインチキをして、いきなり「子の十二神皇マウチュー」を召喚。「子の十二神皇マウチュー」の召喚時効果で《封印》し、マジック「マジシャンズポーション」を使った速攻で駿太とヨク達を倒してしまう。 だが、インチキに気付いた駿太とヨク達はインチキ対策デッキを考案、再戦を挑む。 再戦を受けたサンドラットはまたもインチキで「子の十二神皇マウチュー」で速攻をしかける。だが、駿太はマジック「フレイムバリケード」で反撃。「子の十二神皇マウチュー」を含め、サンドラットのスピリットを全て破壊。そのままサンドラットを一気に攻めて、勝利する。 こうして「子の十二神皇マウチュー」は駿太たちの手に戻ったのだった。

駿太とヨクに負け、悔しい和巳は十二神皇を手に入れようとタツミに挑む。しかし、タツミの圧倒的な強さの前に敗北。勝てない苛立ちに、和巳は駿太への怒りを募らせる。シシはそんな和巳を異世界へと送り込み、十二神皇を超える禁断の力を与えようとする。 一方、駿太とヨクは「子の十二神皇マウチュー」をサンドラットに渡して、暗黒バトラーにも負けないようにサンドラットのデッキを組み直す事にする。その中で、駿太とヨクはスピリッツワールドにアルティメットがないことに気付く。アルティメットはスピリッツワールドでは誰も触れてはいけない禁断のカードだったのだ。 その頃、和巳はアルティメットと対峙していた。 バトスピに勝利する事で認められてきた和巳は、駿太に負けて全てを失ったと思っていた。アルティメット達は「魂を差し出せば望みは叶う」と和巳に自身の魂であるソウルコアを砕くよう迫る。和巳は迷わず砕いて、アルティメットを手に入れる。

シシはタツミに禁断の力、アルティメットを手に入れた和巳を紹介する。 イヌイ将軍はスピリッツワールドで禁じられたアルティメットの力など不要、と和巳を認めず、バトルを挑む。 スピリットを展開するイヌイ将軍に対し、和巳はマジックで手札を増やしていく。そして、アルティメット「邪神像バーゴイル」を召喚する。 対するイヌイ将軍も「亥の十二神皇カラミティ・ボア」を召喚。【突進】で「邪神像バーゴイル」に指定アタック、和巳のデッキも破壊しようする。だが、「邪神像バーゴイル」はアルティメット、スピリットでないため【突進】が通用しない。 暗黒バトラーが驚く中、和巳は「獄炎の四魔卿ブラム・ザンド」を召喚する。そしてソウルコアを破壊してソウルドライブを発揮、「亥の十二神皇カラミティ・ボア」を含めたイヌイ将軍のスピリットを一掃する。さらに和巳はソウルドライブの効果でイヌイ将軍のスピリット召喚を封じて、そのまま勝利する。

駿太とヨク達は非常に強い力を持つソウルスポットの反応を追い、荒野にやってきた。そこで、突然現れた光に飲み込まれてしまう。 光に飲み込まれた駿太とヨク達は『判定の地』へたどり着く。その地を司る者はエトの体を借り、モフモフを通して駿太とヨク達に試練を与える。その試練は２体の強力なスピリットとブレイヴした３体の異魔神ブレイヴを異魔神ブレイヴで打ち砕けというものだった。 駿太とヨクはそれぞれの異魔神ブレイヴと十二神皇で試練に挑むが、あっけなくやられてしまう。何度も挑み、敗れ、ボロボロになる駿太とヨク。 そうしている内に時間が過ぎ、『判定の地』が消えてしまいそうになる。 司る者から次が最後と告げられた駿太とヨクは、二人の力を合わせて試練に挑む。炎魔神と風魔神、そして【走破】と【飛翔】の力を組み合わせ、二人は遂に試練を突破する。 試練をクリアした二人の異魔神ブレイヴは驚きの進化を遂げるのだった。

イヌイ将軍とキキは、アルティメットを手に入れた和巳を危険視するが、タツミは取り合わない。一刻も早く十二神皇を集めるため、手段は選ばないつもりなのだ。 そんな中、巨漢の男イオが時空を超えて、現れる。龍の子の盾として異世界バスチャーナからやってきたイオは「丑の十二神皇アバランシュ・バイソン」を持つ白の勇者だった。イオは龍の子、タツミの力になると約束する。 だが、キキは異世界から来たイオを信用できず、十二神皇をかけたバトルを挑む。 キキは「申の十二神皇ハヌマーリン」のアタックでイオを追い詰めていく。しかし、イオはその猛攻に「丑の十二神皇アバランシュ・バイソン」をバースト召喚して、対抗。さらに《封印時》効果【要塞】で「申の十二神皇ハヌマーリン」の効果を防ぎ、撃破する。そして、その勢いでキキのライフを削りきって、イオが勝利する。 一方、白の勇者の来訪をエトも察知、駿太とヨク達は白の勇者を探しに向かう。

異世界からやってきた白の勇者のもとに急ぐ駿太とヨク達。そこにサンドラットが手に入れた「子の十二神皇マウチュー」を取り上げようとイヌイ将軍がやってくる。その場に居合わせたメイにイヌイ将軍はサンドラットがスパイだとバラすが、メイは信じない。逆にサンドラットは仲間だと言い返され、バトルを挑まれる。 イヌイ将軍は「亥の十二神皇カラミティ・ボア」の【突進】でデッキを破棄し、メイをデッキアウトへと追い込んでいく。 メイも「未の十二神皇グロリアス・シープ」を召喚して、対抗。《封印時》効果で【突進】を封じこめ、マジック「マジックロープ」で「亥の十二神皇カラミティ・ボア」を強制アタックさせ、「未の十二神皇グロリアス・シープ」で撃破する。 まさかの反撃に驚くイヌイ将軍はなんとかメイを抑え込もうとするが、メイはそれをも上回り、イヌイ将軍に勝利する。 サンドラットはそんなメイの成長に感動するのだった。

メイのバトルに感動したサンドラットは、次は俺の番と豪語する。そこに「子の十二神皇マウチュー」を狙って、キキが現れ、バトルを挑まれる。 サンドラットは、「子の十二神皇マウチュー」を使った得意の速攻を仕掛けるが、キキの巧妙な戦法に「子の十二神皇マウチュー」を破壊され、追いつめられてしまう。 このまま負けてはメイの期待を裏切ってしまう。 奮起したサンドラットはキキのアタックをソウルコアで受ける。そして「メロフーリン」の効果で破壊された「子の十二神皇マウチュー」を手札に戻して、再召喚。再びソウルコアをライフに《封印》する、という驚きの戦法を繰り出す。 だが、キキは「申の十二神皇ハヌマーリン」と【アクセル】でサンドラットを圧倒する。なんとか凌ごうとするサンドラットだったが、最後のライフを削られ、「子の十二神皇マウチュー」をキキに奪われてしまう。 しかし、最後まで諦めずに戦ったサンドラットを駿太もヨクも見直すのだった。

駿太は白の勇者イオと出会うが、イオは異世界バスチャーナの白き一族の伝説に従い、タツミの仲間になっていた。そんなイオに十二神皇を渡しておく訳にはいかないと駿太はバトルを挑む。 イオは「丑の十二神皇アバランシュ・バイソン」の【要塞】による鉄壁の防御で駿太を寄せ付けず、逆に駿太を残りライフ２個へと追い込んだ。 しかし、駿太は「炎魔神」が進化した異魔神ブレイヴ「超・炎魔神」を召喚して、対抗。「午の十二神皇エグゼシード」と「寅の十二神皇リボル・ティーガ」をブレイヴさせて新たな力【ダブルドライブ】を解放する。そして駿太は解放した【ダブルドライブ】でイオの防御を突破し、逆転勝利を決める。 「丑の十二神皇アバランシュ・バイソン」を手に入れた駿太は、イオを改めて仲間に誘う。しかし、伝説を信じるイオはその誘いを断り、タツミの元へと戻っていく。 一方、暗黒バトラーを倒したヨクの前にタツミが現れる。

異世界のバトスピはまがい物だと見下すタツミに、ヨクはバルガルドの誇りをかけてバトルを挑む。 そんなヨクをタツミは「辰の十二神皇ウロヴォリアス」の【呪縛】で追い詰めていく。ヨクはスピリットを全て消滅させられてしまうが、すぐさま「卯の十二神皇ミストラル・ビット」を《神速封印》で召喚、【跳躍】でタツミの攻撃を凌ぎきる。それでも「辰の十二神皇ウロヴォリアス」と「龍魔神」を召喚しているタツミの優位は崩せない。 そこでヨクは「酉の十二神皇ゲイル・フェニックス」を召喚、さらに「風魔神」が進化した異魔神ブレイヴ「超・風魔神」を召喚する。そして「超・風魔神」の左右に「酉の十二神皇ゲイル・フェニックス」と「卯の十二神皇ミストラル・ビット」をブレイヴさせ、【ダブルドライブ】を解放、タツミにアタックを仕掛ける。【ダブルドライブ】でタツミのカウンターを全て封じたヨクがタツミのライフを削りきって、勝利する。

イオを倒して「丑の十二神皇アバランシュ・バイソン」を手に入れた駿太と、タツミを倒して「辰の十二神皇ウロヴォリアス」を手に入れたヨクの前に、和巳が現れバトルを挑んできた。 和巳との因縁に決着をつけるべく受けて立つ駿太だったが、スピリットに対するどんな効果も通じないアルティメットに苦戦する。 しかし、アルティメットのある異世界から勇者としてスピリッツワールドに来た意味に気付いたヨクやエト達は、駿太がきっと勝つと信じる。 一方、キキとイヌイ将軍はシシの暗躍を警戒する。 和巳は【ソウルドライブ】を持つアルティメット「獄炎の四魔卿ブラム・ザンド」を召喚し、駿太にプレッシャーをかける。 しかし、駿太は「午の十二神皇エグゼシード」を召喚して、対抗。アルティメットにも有効な【走破】を発揮、「獄炎の四魔卿ブラム・ザンド」を指定アタックで破壊し、和巳を追い詰める。

「午の十二神皇エグゼシード」の【走破】で駿太は勝負を決めようとするが、「リアクティブバリア」を破棄した和巳に凌がれてしまう。 再びめぐってきた自分のターンで、駿太は今度こそと「超・炎魔神」に「午の十二神皇エグゼシード」と「寅の十二神皇リボル・ティーガ」をブレイヴさせ、【ダブルドライブ】を解放。和巳を倒そうとするが、これも和巳のマジック「氷雪サークル」で凌がれてしまう。 駿太の猛攻を耐えきった和巳は、アルティメット「獄風の四魔卿ヴァンディール」を召喚。そして「獄風の四魔卿ヴァンディール」の【ソウルドライブ】を発揮し、アルティメットを一気に３体召喚する。和巳はその３体のアルティメットのアタックで駿太のライフを一気に削りきり、勝利する。 駿太を倒した和巳は「午の十二神皇エグゼシード」と「寅の十二神皇リボル・ティーガ」を奪い取る。さらにシシは既に残りの十二神皇の在り処を突き止めている事をエトたちに明かす。

行方不明だったヨロイが「戌の十二神皇グリードッグ」を手に入れ、キキたちの元へ戻ってくる。ヨロイの帰還を喜ぶキキだが、その様子に違和感を抱く。シシはヨロイに「辰の十二神皇ウロヴォリアス」を取り戻してくるように命じる。 その「辰の十二神皇ウロヴォリアス」だが、なんとサンドラットが持ち逃げしていた。 緑と青の混色デッキを使うヨロイはサンドラットを残りライフ1個まで追い詰める。 駿太とヨク達が駆けつけたところで、サンドラットは「辰の十二神皇ウロヴォリアス」を召喚、反撃に出る。 だが、ヨロイは「戌の十二神皇グリードッグ」を召喚、《封印時》効果【強奪】を発揮する。サンドラットのマジック「クリスタルブレイク」を奪い、サンドラットのスピリットを全滅させたヨロイは、そのままライフを削りきり、「辰の十二神皇ウロヴォリアス」を取り戻す。 同じ頃、タツミは最後の十二神皇「巳の十二神皇ティアマドー」を手に入れる。

最後の十二神皇を手に入れたタツミは、駿太とヨク達に、勝者が全ての十二神皇を手に入れる一対一のバトルを挑んできた。最終決戦の地はレプティールの砦。 スピリッツワールドに来たことで色々な世界のバトスピが全て本物だと知ったヨクは、十二神皇を奪われた駿太の分まで戦うと、タツミとのバトルを引き受ける。 タツミは「辰の十二神皇ウロヴォリアス」の《封印時》効果【呪縛】で、ヨクのターンのステップ毎のコア除去を敢行。 スピリットを失ったヨクは追い詰められるが、バースト「ミストラルフィニッシュ」を発動させ、「卯の十二神皇ミストラル・ビット」を召喚する。そして「辰の十二神皇ウロヴォリアス」を撃破した。 さらにヨクは「酉の十二神皇ゲイル・フェニックス」を召喚して反撃に出る。しかし、タツミは「ポイズンブレス」でヨクの攻撃を防ぎきる。そしてタツミは「巳の十二神皇ティアマドー」を召喚する。

タツミは「巳の十二神皇ティアマドー」に「龍魔神」をブレイヴして、ヨクに迫る。 タツミは「巳の十二神皇ティアマドー」の《封印時》効果、【神軍】で「辰の十二神皇ウロヴォリアス」を復活させる。さらにもう一つの《封印時》効果、【神撃】が発揮され、ヨクはライフを削らなければ十二神皇をブロックができなくなってしまう。 ヨクは何とか耐えきろうとするが、敗北する。 勝利したタツミは全ての十二神皇を手に入れる。そして、邪神皇を支配しようとするが失敗する。 失敗にショックを受けるタツミに、シシが真実を明かす。実は邪神皇とは最強のアルティメット、その使い手となれるのは和巳だった。シシは邪神皇の一部でタツミを騙していたのだ。 邪神皇の目的はスピリッツワールドのソウルコアの力を全ての吸収し、バトスピで繋がる全ての世界の支配することだった。イオとヨロイもシシの部下となり、タツミは大地の裂け目に落ちて行方不明になってしまう。

復活した邪神皇がソウルコアの力を吸い取り、スピリッツワールドの滅亡が近づく。 邪神皇を止める為、駿太とヨクはクリスタルタワーに向かう。そこで二人が目にしたのは石化した十二神皇とスピリッツワールドのソウルコアの力を吸い上げる邪神皇の姿だった。 駿太とヨクは石化した十二神皇を救おうとするが、シシが現れ、二人を異空間に封じてしまう。次々と現れるアルティメット達を倒して、脱出しようとする駿太とヨクだが、次第に追い詰められ、ついに絶体絶命の危機に陥ってしまう。 その危機を察知したエトの祈りが通じ、ヨクの兄ザルクが次元を飛び越え、二人の前に現れる。ザルクは異魔神ブレイヴ「翼魔神」を召喚して、アルティメット達を一掃して、二人を危機から救う。 アルティメットを全て倒した事でシシの異空間から解放された駿太とヨクは、石化した十二神皇に必死で呼びかけ、4枚の十二神皇を取り戻すのだった。

駿太とヨクは、ヨクの兄ザルクを連れてエト達の元に戻ってきた。邪神皇を止めなければ、と焦る駿太をヨクは冷静に策を立てるべきだと諭す。 一方、行方不明のタツミを案じるイヌイ将軍とキキは、世界が滅ぶのを止めるため、駿太とヨクに力を貸してくれと頼みに来る。ふたりは、黒き巫女シシがタツミを騙して邪神皇を復活させ、集められた十二神皇を石化して封印。邪神皇の正体が最強最大のアルティメットだったと伝える。 ソウルコアの力が異世界へと広がっていくことで新たなバトスピ文化が芽吹き、さらなる強い力となってスピリッツワールドに還ってくると信じていたエトはタツミをもっと説得すべきだったと悔やむ。そんなエトに駿太とヨクは、それを証明するのは今だ、とイヌイ将軍、キキと力を合わせ、邪神皇に立ち向かう事を決意する。 その決意を受け、石化した十二神皇たちに異変が現れ始める。 警戒するシシに、和巳は迎撃を宣言する。

駿太とヨク達はイヌイ将軍の手引きで地下から十二神皇の元に急ぐ。しかし、その前に、２枚の青の十二神皇を手にしたヨロイが立ち塞がる。 シシに操られるヨロイを助けたいキキに代わって、駿太がヨロイに立ち向かう。 駿太は「寅の十二神皇リボル・ティーガ」を召喚し、ヨロイを攻める。しかし、ヨロイは「海魔神」と「戌の十二神皇グリードッグ」を召喚して、駿太を圧倒する。 駿太は「超・炎魔神」を召喚し、対抗するが、「亥の十二神皇カラミティ・ボア」まで呼び出したヨロイを止められない。「寅の十二神皇リボル・ティーガ」と「超・炎魔神」を破壊され、駿太は追い詰められてしまう。 しかし、世界を救いたいという駿太の強い思いが「午の十二神皇エグゼシード」を「超・十二神皇エグゼシードF」へと進化させる。駿太は「超・十二神皇エグゼシードF」でアタック、【炎走破】でヨロイのスピリットを一掃し、さらにライフを破壊して、逆転勝利を決める。

駿太とヨク達の前に、白の十二神皇２枚を手にしたイオが立ち塞がる。 白き一族の伝説にこだわるイオは、邪神皇のつくる新たな世界を望んでいた。そんなイオにヨクは怒りを覚え、バトルを挑む。 ヨクは速攻を仕掛け、イオのライフを削っていく。しかし「未の十二神皇グロリアス・シープ」と「丑の十二神皇アバランシュ・バイソン」を召喚したイオの鉄壁の防御に阻まれ、ライフを削れなくなってしまう。そして、イオの反撃により、ヨクは残りライフ１個まで追い詰められてしまう。 イオの鉄壁を破れない、と弱気になるヨクだが、ザルクの叱咤を受け、闘志が蘇る。その闘志に「酉の十二神皇ゲイル・フェニックス」も応え、「超・十二神皇ゲイル・フェニックスZ」に進化する。ヨクは「超・十二神皇ゲイル・フェニックスZ」の《封印時》効果【雷神速】の連続アタックでイオの鉄壁を突破し、見事勝利する。 敗れたイオは落盤を起こし、ヨクと駿太達の行く手を阻む。

駿太とヨク達はイオの起こした落盤により、キキとイヌイ将軍達と分断され、別々に十二神皇の元に向かうことにする。 一方、十二神皇の元に辿りついたタツミは、邪神皇を復活させた責任を取る為、十二神皇に呼びかける。しかし、そこにシシが現れる。 シシは十二神皇を賭けたバトルをタツミに持ちかける。その内容はシシの操る４体の十二神皇を突破し、シシのソウルコア４個を砕くというものだった。 バトルを受けたタツミは全力でシシを攻めるが、シシが使う「辰の十二神皇ウロヴォリアス」「巳の十二神皇ティアマドー」「申の十二神皇ハヌマーリン」「子の十二神皇マウチュー」は圧倒的で追い詰められてしまう。そのピンチにキキとイヌイ将軍が駆けつける。 三人は連携して戦い、タツミは「黒壬龍オブシディアン・ドラゴン」を召喚し、「龍魔神」にブレイヴさせてアタック。シシのソウルコアを破壊する。 勝利したタツミは、十二神皇４体を取り戻す。

十二神皇を取り戻したタツミ達の前に和巳が立ち塞がり、そこに駿太とヨク達も駆けつける。 和巳は復活した「邪神皇デスピアズ」の力で、バトスピで繋がる全ての世界を滅ぼそうとする。 駿太は和巳を止めようとするが、和巳はバトスピで勝ち続けることが幸せな家族を取り戻すという希望を奪った駿太の言葉に耳を貸さない。和巳は世界を滅ぼして、理想の世界を作ろうとしていた。 エトはバトスピで繋がる世界を守ろうと祈りを捧げ、奮闘する。「邪神皇デスピアズ」は邪魔なエトを排除しようとするが、タツミが身を呈してかばう。 駿太とヨク、タツミ達は「邪神皇デスピアズ」を封印する為、再び十二神皇を呼び出す。 駿太とヨクの進化した十二神皇を見たタツミは異世界から来た二人なら、アルティメットである「邪神皇デスピアズ」を止められると気付き、十二神皇を託す。 タツミ達から十二神皇を託された駿太とヨクは和巳に最後の決戦を挑む！

駿太とヨクVS和巳の最終決戦が始まった。２人を相手にする和巳はライフが１０個、対する駿太とヨクはライフへのダメージは二人同時という条件だ。 駿太とヨクは「寅の十二神皇リボル・ティーガ」と「卯の十二神皇ミストラル・ビット」で和巳をライフ２個まで追い込む。しかし、和巳は「獄炎の四魔卿ブラム・ザンド」の【ソウルドライブ】で二人のスピリットを一掃、さらに「獄風の四魔卿ヴァンデール」の【ソウルドライブ】でアルティメットを３体召喚し、一気に形勢を逆転する。 追い込まれる駿太とヨクだが、「超・十二神皇エグゼシードF」と「超・十二神皇ゲイル・フェニックスZ」を召喚し、再び形勢を逆転する。 しかし、和巳は「邪神皇デスピアズ」を召喚し、召喚時効果で二人のスピリットを再び一掃する。さらに和巳は【煌臨】により、「邪神皇デスピアズ」を「邪神皇帝デスピアズ・ゾーク」へと進化させ、二人は絶体絶命の危機に追い込まれる。

和巳は「邪神皇デスピアズ・ゾーク」の効果で、駿太とヨクの《封印》を封じる。追い詰められた駿太とヨクは協力して何とか凌ぎきる。 エトは「邪神皇デスピア・ゾーク」の効果を発揮する度に、和巳の命を削られていることに気づき、駿太とヨクにその事を伝える。 駿太は和巳を止めようとするが、和巳はシシに支配され、止められない。 和巳を救おうとする駿太とヨク。その想いにスピリッツワールドの人々が答え、２人は新たな異魔神ブレイヴ「光魔神」を召喚する。召喚時効果で全ての十二神皇を召喚した２人は「超・十二神皇エグゼシードF」と「超・十二神皇ゲイル・フェニックスZ」を「光魔神」にブレイヴさせ、勝負にでる。 シシは対抗しようとするが、和巳の抵抗により失敗、敗北する。 和巳は封印される邪神皇に引き込まれそうになるが、駿太とヨクが救い出す。 バトスピで繋がる世界を救った駿太とヨクは和巳、ザルクとともに自分たちの世界に帰るのだった。