キラキラ一番街に住むユートは、ちょっぴりグータラな男の子。ある日妹ユイのお迎えを頼まれたユートは、そこで不思議な宇宙犬ワンダと出会う。ワンダは、地球をバグミンの危機から救うためにやってきたのだという。｢オレには関係ない｣と言うユートだったが、ワンダが持ってきたカミワザショットを興味本位で修理したことから、ユートしかバグミンを捕獲することができなくなってしまう……！

ユートの家で暮らすことになったワンダ。ユートの父や母、友達のミライやシュウも、ワンダの存在に戸惑うが、理解を示す。そんな中、地球をバグミンで支配する使命を受けたバグバイツの三人組が『ワザワイプログラム』を街にばらまく。現れたのは、バグカギミン！バグカギミンは、いろんな鍵にイタズラし、街中を混乱させてしまう。ついには、動物園の檻の鍵まで開けてしまって…。

ある日の休日。外は晴天だというのに、ユートは家でゲーム三昧。呆れたワンダは、ユートとのパートナーを解消し、自らバグミンの捕獲に向かう。するとひょんなことから『レールバグミン』と遭遇。レールバグミンに乗って街中を連れ回されているうちに、シュウの家に行き着いた。ユートと違って、優秀なシュウに感動するワンダ。｢次のパートナーになってほしい｣とシュウをスカウトするが……。

5月の第2日曜日は母の日。ユイは似顔絵、シュウはカーネーション、ミライはお手伝い、二コルは手品など、皆さまざまなプレゼントを用意していたが、ユートは何も考えていなかった。そこでママとパパが出かけている間に、家を掃除して驚かせようと思い立つ。しかし、次々にバグミンが現れ、家の中はトラブルの連続！掃除よりもバグミン捕獲に追われてしまう！果たしてママへのプレゼントは成功するのか！？

今日もユートとワンダは、バグミンの捕獲に奮闘！バグチャッカミンを発見するが、どこかで見失ってしまう。翌朝、そんなこともすっかり忘れたユートは、シュウとミライ、シュウの両親と一緒に、河原にバーベキューに行く。プロミンたちと協力して、カマドを組んだり、薪を集めたり、楽しく過ごすユート。だがそのとき、カマドの火がおかしいことに気づく。なんとバグチャッカミンを連れてきてしまっていた！

ミライは『ちびっこのど自慢大会』に出場することになってしまう。ノリ気ではなかったミライだが、大会当日が両親の結婚記念日だと分かり、両親に歌のプレゼントをしようと思い立つ。ユートやワンダも、生演奏をしてくれるガッキミンを召喚して、ミライを応援。だがそのとき、ミライはなぜかマイクが手放せなくなり、ずっと歌い続けるようになってしまう。すべてはバグマイクミンの仕業だった！

キラキラ一番街のグルメフェスに、グルメ評論家の小松デトックスがやってきた！ 小松の毒舌によって、商店街は次々に店じまい。最後の寿司屋に入ると、大将が変なメニューばかりを出し、小松は大激怒。なんと大将の肩にはバグシャリミンがついていた！ バグシャリミンによって、町中は大混乱。バグシャリミンの暴走を止めるため、ユートとワンダはハンバーガーショップで、バーガミンを召喚する！

テストでひどい点数をとってしまったユートは、ミライに連れられ、図書館にやってくる。その様子を影から見ていたバグバイツの三人は、ワザワイプログラムをばらまく。そんなことも知らずに猛勉強するユート。すると次のテストで0点を取ってしまう。すべては本についていたバグジショミンのせいだった！そしてバグジショミンによって、ユートたちvsバグバイツのクイズ対決が繰り広げられる！

なかなか地球を支配できないバグバイツの三人は、ボスのバグデスに怒られてしまう。すべては、ユートとワンダが次々とバグミンをデバッグしてしまうせいだ。するとテララがある恐ろしい作戦を企て、キラキラ一番街にバグハサミンが現れた。これまで集めたプロミンたちと力を合わせ、簡単にバグハサミンをデバッグするユート。しかしそれは、テララの壮大な作戦の序章に過ぎなかった……。

バグバイツに連れ去られたユートのプロミンたちは、再びバグミンに戻されてしまう。一方、最果ての地に飛ばされたワンダは、これまでの記憶を失いかけていた。ユートは、シュウとミライとユイたちにワンダの捜索を任せ、自分は街中に放たれたバグミンを捕獲に向かう。だが数が多すぎてどうにもならない。ユイたちは、ようやくワンダを見つけるが、ワンダはもうユイのことさえも忘れてしまっていた……。

ユートの周りで次々と不思議なことが起こる。テスト用紙が白紙だったり、道案内の看板が真っ白になっていたり……。バグミンの仕業だと気づいたワンダは、ユートとともにバグミンの捕獲に向かう。ワンダがカミワザサーチで『バグケシゴミン』を実体化させたそのとき、バグケシゴミンに襲われ、自分の顔を消されてしまう！のっぺらぼうになったワンダは、顔を取り戻すことができるのか……！

プロミンのカミワザは、何度も使われることで強化(チャージアップ)される。そこでワンダは、プロミンたちを特訓することに。ワンダとターボミンがバグミン役になり、ユートと他のプロミンたちがそれを追いかける。逃げるワンダたちと、捕まえようとするユートたちの息を呑む攻防戦！ついにユートがワンダを追い詰めたと思ったそのとき、吊り橋が崩壊し、ワンダたちが向こう岸に取り残されてしまう！

二日連続でおねしょをしてしまったワンダ。毎晩続けて見ている悪い夢のせいだと思ったワンダは、ユートと一緒に、自分の夢を探索することにする。夢の中では、ワンダは超人気者。女の子たちにキャーキャー言われていた。その光景を見て、呆れるユート。するとそのとき、ワンダはトイレに行きたくなる。だがワンダの夢の中には、どこにもトイレがない！それは『バグユメミン』の仕業だった……！

夏まっさかり。ユートとワンダが、与田じいの駄菓子屋に行くと、レジの横の扇風機が壊れてしまう。それは、おばあさんとの思い出の扇風機だという。与田じいの話に感動した二人は、扇風機を直してあげることにする。だがバグバイツが発生させたバグセンプウミンによって、扇風機が突然大暴れ！強風被害で商店街はパニックに陥ってしまう！与田じいの大切な扇風機は、一体どうなってしまうのか……！？

夏といったら海！ユートたちは、みんなで一緒に海へ行くことになる。ワクワクして出発するが、ユートたちを乗せた車は、銭湯だったり、プールだったり、まったく別の場所に着いてしまう。ちゃんとカーナビで目的地を設定しているのになぜ……？実は『バグマップミン』が、カーナビをバグらせていたのだ。ついには、樹海に閉じ込められてしまうユートたち。果たして無事に海に着けるのか！？

キラキラ商店街では、四年に一度、マラソン大会が開かれる。運動が大の苦手なシュウがうんざりしていると、文武両太・道子という兄妹が、シュウに宣戦布告をしてきた。二人はいつも全国模試でシュウに負けており、マラソン大会でリベンジしようというのだ。仕方なくマラソンの練習をするシュウ。そのとき、シュウの身体が、突然ビョ～ンと高く跳ね始めた。それは『バグバネミン』の仕業だった！

科学技術館にやってくるユートたち。さまざまな展示物に感動していると、突然スプーンが浮かび上がったり、空き缶が自動販売機に引っ付いたり、不思議な現象が起きる。それは『バグマグネミン』の仕業だった！バグマグネミンを追いかけるワンダ。すると自分自身が鉄に引き寄せられてしまう。なんとワンダはバグマグネミンに磁石にされてしまっていた！マグネロボになったワンダの運命は……！？

ユートたちは、ソウマの家のパーティに招待される。ソウマの家はお城のような大豪邸。プロミンたちも招かれて大喜びだ。ユートたちが食事をしていたそのとき、突如謎の悲鳴が轟く！かけつけると、トンカミンが倒れていた！誰がトンカミンをこんな目に遭わせたのか？ワンダは犯人はカギミンだと推理するが、次はそのカギミンまでも被害に遭ってしまう。プロミン連続殺ミン事件の犯人は誰だ！

ニコルがキラキラ一番街の看板娘として、テレビ出演することになった。だが撮影の日、船乗りで普段いないお父さんが、数時間だけ帰ってくることになる。このままじゃニコルはお父さんと会えない……。そこでユートたちは、撮影が早く終わるようにプロミンたちで協力する。順調に撮影していたそのとき、機材に異変が！それは『バグプラグミン』の仕業だった。ニコルは無事お父さんと会えるのか……！？

ひょんなことからダンスレッスンを受けることになったユートたち。皆で練習していると、突然踊りが止まらなくなってしまう！それは『バクダンスミン』の仕業だった。ユートがバクダンスミンをデバッグしようとしたそのとき、何者かに横からデバッグされてしまう。そこにいたのは、黒いカミワザショットを持った少年だった！少年は一体何者なのか！？なぜカミワザショットを持っているのか！？

ユートとワンダは、マサトとマイティの歓迎会を開く。カミワザショットが二台になれば、戦力も二倍！同じ目的を持つ仲間ができて、心から嬉しいワンダ。｢地球を守るために、皆で協力してバグミンを浄化するケン！｣といきごむが、マサトの様子はどこかおかしい。彼の目的は一体何なのか……？一方その頃、ヒナ先生が乗ったスワンボートが暴走するという事件が起きていた……。

ユートたちの周りで悪臭騒ぎが起こる。ヒナ先生の香水やニコルのシャンプー、シュウの店のからあげや、ミライの店の花までも変な匂いになってしまい、絶対にバグミンのせいだと確信するワンダ。だが悪臭のせいで鼻が利かず、バグミンを見つけることができない！するとマサトとマイティもバグミンの捕獲に乗りだした。なぜかマサトたちは、悪臭の中でも平気な顔をしている。その理由とは……！？

キラキラ一番街に『バグレコミン』が現れた。バグレコミンは、消防車のサイレンや雷の音を鳴らして、街中を混乱させていく。ミュートミンを持つマサトは、バグレコミンの音を消してデバッグしようとする。だがそのとき、突然マサトの身体が水たまりの中に沈んでしまう！それは『バグダイブミン』の仕業。バグバイツがマサトに罠を仕掛けていたのだ。マサトは一体どうなってしまうのか……！？

キラキラ一番街でいろんなものが“甘く”なるという事件が起こる。味だけでなく、人までも甘えん坊になったり、甘い言葉をささやき始めるのだ。それは『バグシュガミン』の仕業だった。前回マサトにバグミンをデバッグされてしまったユートは、ワンダと一緒にマサト対策の作戦を立てる。それは｢今マサトが持っている七体のプロミンを封じ込める｣というもの。果たして作戦は成功するのか……！

最近バグミンの捕獲をマサトに先を越されているユート。なにか新しい機能を持ったカミワザガジェットを開発しないと……と考えていると、いちご大福を見てひらめいた！　ユートが作業に熱中していると、ワンダがなんと５体ものバグミンを発見してしまう。５体のバグミンはあちこちで暴れてまくって、大ピンチ！　するとそこに新しいカミワザガジェットを持ったユートがかけつけた！

プロミンを合成させる『カミワザシェイカー』を開発したユートは、さっそくいろんな合成プロミンを試してみることに。すると合成プロミンのアワセワザは、どれもすごいパワー！　盛り上がるユートたちだが、シェイクに失敗するととんでもないプロミンが出ることも……。その矢先、いろんな物が丸くなって転がり出すという不思議な事件が起こる。　それは『バグコロミン』仕業だった……！

ユートとワンダがシュウのパパにからあげをもらうと、なぜかからあげにラップが巻きついている。それは『バグラップミン』の仕業だった！　ゴミ箱や洗濯機、いろんなものにラップをして人々を困らせるバグラップミン。……だがどれも地味。「スケールが小さいねぇ」などとユートたちが話していると、バグラップミンが大激怒！　悪さはエスカレートしていき、街中大混乱になってしまう！

前回ユートが召還した合成ストップミンにジェットミンを封じられてしまったマサトは、次の計画を立てる……。突然ベルの音が鳴り響き、街は大混乱！バグミンの仕業だと思ったユートは合成ストップミンで音を止めるが、なんとそれはプロミンである『ベルミン』の仕業だった。本来人の役に立つはずのプロミンがなぜ悪さをしていたのか！？それはマサトがある目的を果たすためだった！

マジックショーを観に行くユートたち。するとマジックの仕掛けが透明になって丸見えになってしまう。それは『バグスケミン』の仕業だった。このままじゃマジックは台無し！ワンダがバグスケミンを探しに行くと、バグバイツによって脱出イリュージョンの装置に閉じこめられてしまう。しかも制限時間以内に脱出しないと大変なことに……。果たしてワンダは無事脱出できるのか！？

売れない大道芸人『パン田竹蔵』と知り合ったワンダ。彼に惚れこんだワンダは、プロデューサーになってパン田を売り込むが、全然人気が出ない。「もう大道芸人を辞めるよ」とパン田が言ったそのとき、突然彼からモテオーラが！街行く人が次々にパン田の虜になり、動物たちにまで追いかけられる始末。「こんなにモテるのはいやだ～」とヘトヘトになるパン田。それは『バグモテミン』の仕業だった！

最近ユートに召喚してもらえないことが不満なケシゴミン。ユートたちが機嫌を直してもらおうとするが、ケシゴミンは一人でバグミン探しに行ってしまう。その矢先、街中が落書きをされる騒ぎが起こる。それは『バグアートミン』の仕業だった！バグアートミンの落書きを一生懸命消すケシゴミン。だが消せば消すほど、ケシゴミンはすり減っていく……！ケシゴミンは一体どうなってしまうのか！

猫のモモちゃんに恋をしてしまったワンダ。寝ても覚めてもモモちゃんのことで頭がいっぱいだ。するとある日突然、ワンダはモモちゃんの心の声が聞こえるようになる。それは『バグハートミン』の仕業だった。バグミンをデバッグしなきゃいけないが、モモちゃんにかかったバグワザが解けてしまったら、もうお話できなくなってしまう……と激しく葛藤するワンダ。果たしてワンダの恋の行方は……！？

幼稚園にユイのお迎えに行くユートたち。ユイが作った折り紙を見ていると、突然折り紙が巨大化し、動き始めた！それは『バグオリガミン』の仕業だった。バグオリガミンによって巨大化された折り紙たちは、街で大暴れ！騒ぎを聞きつけたマサトたちもかけつける。ジェットミンが巨大折り鶴に乗ったバグオリガミンに向かおうとしたとき、マサトが「やめろ！」と叫んだ。その理由とは……？

街はクリスマスムード。ユートとワンダが商店街を歩いていると、『バグキャッチミン』、『バグリズムミン』、『バグフクミン』が現れ、大混乱になってしまう。ユートが合成プロミンを召喚しようと、カミワザプロカを次々にタッチすると、突然カミワザシェイカーが七色に光り始めた。驚くワンダ。それは特殊な上級プロミンである『ファクトプロミン』の存在を示す反応だった……！

カミワザシェイカーがファクトプロミンの場所を示していることを知ったユートとワンダ。ファクトプロミンを探して、やがてたどりついたのは、宇宙博の会場だった。すると『バグメンテミン』によって、巨大なロボットが暴れ始めてしまう！　危機一髪のそのとき、カミワザシェイカーがすさまじい光を放った。そしてついにノリノリ属性のファクトプロミン『ロケットミン』が登場する！

他の属性のファクトプロミンを発見するには、バグミンをたくさんデバッグしなければならない。そこでワンダたちは、バグミン探しの探検に出る。巨大ガラガラ蛇や、３万年の眠りから目覚めたゾンビ、標高２万メートルの山、ナゾの珍獣など、さまざまな試練がユートたちの前に立ちはだかる！　果たしてバグミンを発見できるのか……！

ソウマの家の庭で、イチゴの苗を植えることになったユートたち。作業をしていると、突然みんなの体が小さくなってしまう！　それは『バグスモルミン』の仕業だった。庭にあるもので仕掛けを作り、見事バグスモルミンをデバッグするユートたち。みんなの体が元に戻り、ほっとしていたそのとき、なぜかワンダの体が巨大化してしまう……！

ファクトプロミンを見つけるには、カミワザシェイカーが必要。バグバイツの三人は、バグデスから、ユートのカミワザシェイカーを奪うように命じられる。しかしプロミンたちが見張っていて、うまくいかない。困っていると、三人の前に謎の宇宙犬グレイトが現れた。なんとグレイトはカミワザシェイカーの作り方を知っているという。そのことを知ったマサトは……！

カミワザシェイカーを手に入れたマサトは、ブルブル属性のファクトプロミンを探して、サーキット場に行く。そこには、ユートたちとバグバイツも来ていた。そしてファクトプロミンをかけたレース対決が行われることに！　みんなが火花を散らしていると、サーキット全体が大きく揺れ始めた。それは『バグヤジロミン』の仕業だった！　レースはどうなってしまうのか！？　ファクトプロミンは無事発見できるのか！？

ついつい自慢話しちゃうことを悩むワンダ。またうっかり自慢話をすると、ワンダの鼻がボンッと伸びてしまう！　それは『バグテングミン』の仕業だった。バグテングミンによって、街中は天狗だらけ。調子にのったバグテングミンがソウマにもバグワザをかけるが、なぜか鼻が伸びない！ その理由とは……！？

思い出の写真を見ているユートたち。するとユートが突然、嫌な記憶を思いだしてしまう。それは『バグメモリミン』の仕業だった。バグメモリミンは、街中の人々に恥ずかしいことや辛いことを思い出させ、混乱させていく。するとバグメモリミンをデバッグしようとしたマサトも、なにやら嫌な記憶が甦ってきた。果たしてマサトが思い出したくない記憶とは……？

キッチリ属性のカミワザプロカを集めたマサトは、三体目のファクトプロミンを探しに行く。その頃、バグデスの前にグレイトが現れる。グレイトは、マサトにファクトプロミンを見つけさせるために、わざとカミワザシェイカーを奪わせたのだという。一体どういうことなのか？やがてマサトが採石場で『ドーザミン』を発見すると、そこにバグデスが現れた……！

街で『バグテモミン』と『バグマクラミン』が発生！ユートがデバッグしようとすると、プロミンたちが大きなタンスに収納され、すべてバグ化されてしまう。それは『バグカタスミン』とバグバイツたちの仕業だった。プロミンを召喚すれば、バグミンになってしまう！ ユートたちが困っていると、そこにグレイトが現れる。その姿に衝撃を受けるワンダ。果たしてグレイトの正体とは！？

新たに仲間になったナイスとアメイジング。ナイスはシュウと、アメイジングはミライとパートナーを組むが、まったく性格が合わない。そこでワンダは、新たなパートナー探しを行うことにする。実はワンダは、このイベントでそれぞれのペアの絆を深めようとしていた。だがそのとき、バグカタスミンが現れ、ターボミンとジェットミンがバグ化されてしまう！

ついにバグデスが究極の進化を遂げる。バグデスを倒すには、すべてのファクトプロミンを呼び出し、最上級プロミン『ワンダープロミン』を解放するしかない。ユートは、マサトと一緒に今まで集めたカミワザプロカを使ってファクトプロミンを呼び出そうとする。だがなぜか一体だけ呼び出すことができない！このまま地球がワンダー星のようになってしまうのか……！

ユートたちはついに六体のファクトプロミンを呼び出した。だがそれでもワンダープロミンが解放されない！｢こうなったら俺たちがやるしかない！｣ユートはプロミンたちと力を合わせて、バグデスに立ち向かう。ユートはバグデスを倒すことができるのか！？地球の運命をかけた決戦の幕が切って落とされた！だがそのとき、ついに……！

無事にワンダープロミンを解放し、バグデスを倒したユートたち。｢この力があればワンダー星を救うことができるかもしれない！｣そう気づいたユートたちは、宇宙へと旅立つ。果たしてワンダー星を救うことができるのか！？まだこのとき、やがてワンダとの辛い別れが待っているとは、思いもしなかった……。