【爆丸アカデミー】 ファウスト学園長から、爆丸の事を学べる学校である爆丸アカデミーへの招待を受けたオーサム・ワン。見学のつもりだったダンたちだったが、ファウストによっていきなり授業に参加させられ、ダンはアカデミーで№1の実力者であるアテナとバトルをすることに。 【ルームメイト】 爆丸アカデミーには寮があって二人で一部屋を使うルールになっていた。ダンはウィントンとルームメイトになったのだが距離が近くなったせいで、お互いの癖や行動が気になりはじめ、とうとう喧嘩にまで発展してしまう。

【生意気なルームメイト】 リアのルームメイトはあのリオット。しかし元気で生意気な事で有名なリオットの様子がなんだかおかしい。そんなリオットをチェットという自信家の男の子がなんどもからかう。リアはチェットを懲らしめるため、リオットとタッグを組んでバトルをすることに。 【自由の為に】 ライトニングが自由気ままに木の下で寝ていると、学園の風紀を取り締まるバーンスタブルに目をつけられ自分の部屋で寝るように命令される。それをライトニングが断ると、バーンスタブルはライトニングを捕まえようと追っかけてくる。

【それぞれの個性】 爆丸アカデミーは、爆丸に関する事ならすべて学べる世界で一つの場所。ただ人には得意と不得意があり、シュンとアジットの二人はそれぞれ苦手な授業があって、どうしたらいいか悩んでいた。 【新しいスタジオD】 爆丸アカデミーでの生活が始まったオーサム・ワンだが、学校は規則が多くてかなり窮屈な思いをしていた。そこでオーサム・ワンは学校内にみんなに内緒でスタジオDを作って、自分たちの遊び場にしようとする。

【マグナス先生】 ある時、爆丸アカデミーに新しい教師が赴任してくる。オーサム・ワンたちの前に現れたその新しい教師とはなんとマグナスだった！！ 【アテナの想い】 マグナスが成功させたスピードモードをマスターするために激しい特訓をするアテナ。そんなアテナに対し、リアはなぜそんなに真剣なのかを聞くと、アテナは自分の使命を打ち明け始める。

【スターはつらいよ】 インフルエンサーとして人気者になったカブーがスタジオDへとやってきた。ただカブーはなんだか怯えている。ダンたちが理由をきくと過激なファンにストーカー行為をうけているという。 【ゲートクラッシャーズ】 地球とヴェストロイアとのありとあらゆる繋がりを断とうとする危ない集団「ゲートクラッシャーズ」がベントンの研究所に現れ、占拠してしまう。オーサム・ワンは急いで研究所へと向かう。

【お願い！アテナ先生】 なかなか思い通りにスピードモードに進化できないダンたちを尻目に、アテナはストレングモードとスピードモードを見事に使いこなしていた。その様子を見たリアはアテナの指導を受ける事を決意する。 【実地訓練】 爆丸アカデミーでダンたちが食事をしていると、ロスヴォルモス市街にエレメントエネルギーで暴走している爆丸が出現したとの報が入る。リアはまだスピードモードを習得していなかったが、アテナと共に出撃することに。

【ファルクロンとの再会】 ヴェストロイアへとやってきたオーサム・ワンの面々。しかし到着したと同時に「怪しい奴らだ」とそこに住む爆丸たちに捕まってしまう。しかもその爆丸たちの中には、かつて共に闘った仲間であるファルクロンがいた。 【ライバル校にご用心！】 ある時、ウィントンとアジットのもとに、エレメント爆丸の使い方を教えるという「ハクスリー学園」という学校から案内が届く。怪しいと思った二人はその学園に潜入して調査を開始することに。

【本当のヒーロー】 爆丸アカデミーにいるダンたちのもとに相談があるとクラビッツが尋ねに来る。最近、ダンたちがいなくなったロスヴォルモスに、自らをヒーローと名乗る困った連中が現れるという。 【マグナスの授業】 なかなかスピードモードをマスターすることが出来ないダンは焦りに焦っていた。そんなダンを見て、マグナスが挑発してくる。ダンはマグナスとバトルするが、案の定、マグナスに対して手も足も出ない。

【姿なき襲撃者】 ある時、シュンは従兄弟のマサトに呼び出され、ゲートカードの生産拠点が何者かの襲撃で壊されたという事実を知らされる。犯人の目星はついており「ヤンセン・テック」という、最近、急成長中の企業だという。 【怪しいハケット】 ある時、街でアジットがゲームをしていると、以前オーサム・ワンの前に敵として立ちはだかったハケットが誰かと電話をしながらアジットの前を通り過ぎる。しかもその会話の内容が何やら物騒で…。

【バクガニスト、再び】 爆丸アカデミーに依頼があり、爆丸フェスで行われるエキシビジョンマッチで3対3のバトルを行う事になったダンたち。バトルを楽しみにしていたダンたちだったが、そこにバクガニスト、ソフィーが現れる。 【トゥロックスの超進化】 進化するために頑張っていたウィントンとトゥロックスだったが、なかなか進化することが出来ない。そこでアテナに教えを乞う事にする。そんなウィントンとトゥロックスのもとに学園バトルというイベントの知らせが入る。

【ナノギアの力】 世間に爆丸のエレメント化の秘密をばらまいているのはマグナスではないか、という疑いを晴らそうとするダンとドラゴ。しかしマグナスは人気のない廃工場で怪しい連中たちと密談をしていた。 【真犯人を追え】 マグナスが残した言葉…「アカデミーが怪しい」という言葉を頼りに、学園内の怪しいと思われる人物たちの調査を開始したオーサム・ワン。そのターゲットには教師陣だけではなくアテナ・モンドも含まれていた。

【ファウストの秘密】 アカデミー内外で起きていた不審な事件の犯人を追っていたオーサム・ワンのメンバーたちだったが、残された証拠を検証していくと思いもよらない人物が容疑者として浮かび上がってくる。その人物の潔白を証明しようとアテナが動き出す。 【仲間と共に】 事件の犯人の動かぬ証拠をつかんだオーサム・ワンのメンバーたち。しかしどうしてもその事実が信じられないアテナは、一人でファウストの所に行って真実を確かめようとする。そんなアテナを止めようとダンはアテナにバトルを挑む。

【ファウストとラース】 毅然とした表情でファウストの前にたつオーサム・ワンとアテナ。彼らを前にしてファウストがすべての真相を語りだす。ファウストの口から告げられたのは、あまりにも衝撃的な事実だった。 【消えない約束】 エレメントの力を我が物としたラースは凄まじいまでの強さを誇り、ファウストは正気を失い完全な悪に染まろうとしていた。この絶体絶命のピンチを爆丸アカデミーの教師、生徒たちが一致団結し、乗り越えようとする。

【新しい学園長】 エレメントエネルギーを悪用しようとするファウストを、力をあわせて止めたオーサム・ワンとアテナ。その結果、学園に平穏が訪れたかと思われたが、傲慢で短気なショート先生が新しい学園長となってしまい、新たな嵐の予感が吹き荒れる！ 【イタズラ大戦争】 新しく学園長になったことを良いことにショートは、今まで以上に生徒たちにえばり散らして大不評を買っていた。そこでダンとウィントンは、いたずらを仕掛けてショートを懲らしめる事にした。

【ピザ屋を救え】 シュンとアジットはルーさんという人が経営するピザ屋のピザが大好き！しかしそんなルーさんの店の土地をヤンセン・テックの傘下の会社が無理やり奪おうとしていた。 【Mr.ジャッジはご勘弁】 ある時、学校の新しい生活指導員としてジャッジという名の男が赴任してくる。しかしこのジャッジという男、ショート校長や前任者のバーンスタブルよりも厳しくて面倒な人物だった！

【ゲートクラッシャーズの狙い】 地球とヴェストロイアとの繋がりを断とうする危険な集団、ゲート・クラッシャーズが再び現れた。彼らの手からエレメントホールを守るため、オーサム・ワンが出動する。 【カブ―が学校にやってきた】 ある時、学校に突然、インターネットの世界で大人気のカブ―が現れる。新しい学園長であるショートはカブ―を追い返そうとするが、アテナはショートに反抗してカブ―を守ろうとする。

【強いぞ！マスター・デザスター】 おっちょこちょいで慌て者のマスター・デザスターの連中が、急に爆丸バトルが強くなっていてビックリするオーサム・ワン。しかしこれにはなんだか裏がありそうで…。 【幻の超古代爆丸】 爆丸アカデミーの授業の一環で採掘現場へとやってきたオーサム・ワン。採掘場にはノッケンハマー博士という責任者がおり、彼の説明によるとこの場所で超古代爆丸が発掘されたというが…。

【真の学園長は誰だ】 爆丸アカデミーにてオーサムワンの連中とアテナがチーム戦の練習をしていると、そこに前学園長であり、地球とヴェストロイアを危機に陥れた張本人であるファウストが現れる。 【激撮エレメンタル】 復帰したファウストに対して、良い感情を抱いていない生徒や先生が爆丸アカデミーから去ってしまうという危機的状況の中、街の中心部で巨大なエレメントストームが発生してしまう。

【ベントン奪還作戦】 ある時、オーサム・ワンの元に、ファウストからベントン・ダスクを乗せたエアシップが突然、姿を消してしまったという報が入る。ダンたちは急いでベントンの行方を捜すことに。 マダムの危険なコレクション ある時、ライトニングは大金持ちで有名なマダム・デジレに気に入られ、婦人の家で飼われることに。住まいは豪華、出てくる料理はご馳走ばかりでウキウキのライトニングだったが…。

【爆丸贋作家】 博物館へと見学へ行ったオーサム・ワン。そこには古代爆丸が展示されていたが、その古代爆丸が偽物だとアジットは気づく。本物は誰かに盗まれたと判断し、オーサム・ワンは犯人を捜すことに。 【クリスタルに恋して】 爆丸アカデミーにブラッケン帝が現れた。相変わらずリアの事が大好きなブラッケン帝だったが、クリスタル・ブルーを目にした途端、クリスタル・ブルーに一目ぼれしてしまう。

【逆襲のワーグナー】 ヴェストロイアと地球を繋いでいるゲートをすべて閉じてしまおうと、ゲート・クラッシャーズの連中がゲートシステムの中枢であるゲートコントロールタワーを乗っ取ろうとする。 【最後のゲート】 ゲート・クラッシャーズのリーダー、ワーグナーの巧みな作戦により、ゲート消滅の危機が間近に迫る。ヴェストロイアに残されたダンとドラゴは、果たして地球に戻ることが出来るのか！？

【ショート爆丸アカデミー】 リフレッシュをする為、海へとやってきたオーサム・ワン。するとそこには学校から去ったショートと彼についていった生徒たちの面々が。彼らは砂浜で軍隊のような特訓を開始し始める。 【師匠はマグナス】 ある時、偶然が重なり、マグナスがゲート・クラッシャーズの連中の手からマスター・デザスターのリッチーを助け出す。するとリッチーはマグナスに「弟子にして下さい」と言いだして…。

【ルームメイト・バトル】 爆丸アカデミーは現在、「ルームメイトの絆強化週間」中。皆がルームメイトと共同で作業する中、アジットのルームメイトだけがいまだに正体不明。そこでアジットはルームメイトを本腰入れて探すことに。 【狙われたアカデミー】 とうとうゲート・クラッシャーズの連中が爆丸アカデミーへと攻め込んできた。彼らの狙いは莫大なエレメントエネルギーを蓄積しているダイヤモンド。ダンたちは必死に抵抗する。

【共に闘う仲間】 ファウストは爆丸アカデミーから去っていった先生と生徒に再び学校へと戻ってきて貰おうとするが、去っていった連中も中々首を縦に振らない。そこで爆丸バトルで勝った方の言う事を聞くという事に。 【ワーグナーとの決戦】 かつて因縁があったグレゴリウス・リードとゲート・クラッシャーズの連中が裏で手を組み、悪事を尽くしていたことを知ったオーサム・ワンは、敵のアジトに直接、乗り込むことにする。

【切り札の完成】 世界を危機に陥れてきたエレメントストーム問題を一気に解決できる機械、エレメントインダクターがとうとう完成した。しかしそのエレメントインダクターを狙って爆丸アカデミーが謎の集団の襲撃を受ける。 【ラースの野望】 エレメントインダクターを守ろうとするオーサム・ワンと爆丸アカデミーの先生や生徒たちの前に現れたのは、なんと行方知れずとなっていたラースだった。ラースの出現により、アカデミーは絶体絶命の大ピンチに。

【絶望の時】 エレメントエネルギーを吸収して凄まじい強さを誇るラースの前になすすべがなくやられてしまうオーサム・ワンと爆丸アカデミーのメンバーたち。しかしこんなピンチでも誰一人諦めてはいなかった。 【ドラゴノイドジェネシス】 皆のエレメントエネルギーを受けて誕生したドラゴノイドジェネシスが、皆の想いを背負ってラースへと立ち向かっていく。その時、信じられない奇跡が起きた…！！