高校入学直前のある日、芦屋花繪は、モジャモジャとした奇妙な妖怪にとり憑かれる。妖怪に憑かれたせいで体調を崩し、入学早々、保健室通いを繰り返していた芦屋は、偶然、妖怪祓いを仕事とする「物怪庵」の連絡先を目にし、電話をしてみることに。そして物怪庵を訪れた芦屋は、そこで無愛想な主・安倍晴齋と出会う。

物怪庵の奉公人として働くことになった芦屋は、主の安倍から、依頼主以外の妖怪を見かけても見えないフリをするようにときつく言い渡される。だが、お人よしの芦屋はその言いつけを守れず、おかげで妖怪からしつこく狙われるようになる。見た目のわりに強い力があり、数も多いことから、安倍は、どこかに彼らの親玉となる強力な妖怪がいると考える。

クラスメイトの嵯峨や伏見と打ち解け、思い描いていた高校生ライフが送れそうだと喜ぶ芦屋。そんな何気ない幸せをかみしめていたのもつかの間、芦屋は安倍から、ひとりでとある寺に行って、妖怪の落し物を見つけて持ち帰るように言われる。早速、安倍に言われた寺にやってきた芦屋は、そこで、藤原禅子という少女と出会うが、どうやら問題の落し物は、禅子の父である住職と関係があるようで……。

安倍が、妖怪たちのすむ「隠世」の薬屋「亀薬堂」に行くことになり、それを聞いた芦屋が自分も行ってみたいと言い出した。　「人間」である芦屋を隠世に連れて行くことに抵抗のある安倍だが、物怪庵からのすすめもあってしぶしぶ連れて行くことにする。　安倍は芦屋の身を案じ、隠世でひとりで行動することを禁じるが、芦屋はまたもやその言いつけを守れず……。

安倍に、隠世を統制する三人の権力者のひとり、立法から、芦屋を連れてすぐ自分のところに来るようにとのルールが与えられた。立法からじかに下されたルールに逆らうことができない安倍は、仕方なく芦屋を連れて立法のもとを訪れる。立法は、安倍が自分への報告なしに雇った奉公人・芦屋が、本当に物怪庵で働くにふさわしいかどうか見極めようとしていた。果たして立法の判断は？

とある妖怪から、人間のおばあさんが落としてしまった指輪を見つけて彼女に返してほしいと依頼を受けた安倍。だが指輪はなかなか見つからず、芦屋の手も借りての指輪探しが始まった。その最中、芦屋が驚くべき才能を発揮。指輪は無事に見つかる。ところが、おばあさんに指輪を返す段階になって、見ず知らずの自分たちがどうやって指輪を返すかで安倍と芦屋の考えが食い違ってしまう。

芦屋と安倍は、学校で再会した禅子から、妖怪のことで相談を受ける。少し前にかわった犬のような動物に噛まれた禅子。だが、噛みキズは普通の人たちには見えず、それまで妖怪が見えないはずの禅子に不思議なものが見えるようになったという。芦屋たちがその話を聞いているとき、突然、背後から狐の妖怪が姿を現した。どうやらこの妖怪は安倍のことを知っているようだが、安倍はまったくおぼえていないようで……。

禅子のはからいで、妖怪のヤヒコが禅子の自宅の寺でしばらくの間、手伝いをすることになった。ほっとする芦屋だが、そんな芦屋がまたしても別の妖怪と遭遇してしまう。鳥のような姿をしたその妖怪ジョウマツは、自分が仕えるアンモ姫が失恋のショックから、自身で作った卵の殻に閉じこもり、長い間、出てこないことを心配していた。ジョウマツは、殻に入ったままのアンモ姫を連れて隠世に戻るため、物怪庵を探していた。

人間の客から妖怪祓いを依頼された安倍は、乗り気のしないまま芦屋やモジャとともに依頼主の家にやってきた。依頼主である女の子は、妖怪を見ることはできないがオカルト好きらしく、妖怪祓いに興味津々の様子。早速お祓いを始めることにした安倍は、邪魔が入らないよう芦屋に部屋の外での見張りを頼むが、超常現象をまったく信じない女の子の母親は、見張りをしていた芦屋にお節介なことを言い始める。

ヤヒコがこっそりつまみ食いしたジャガイモから、妖怪の臭いを感じ取った芦屋と安倍は、ジャガイモが採れた畑へとやってきた。そこにいたのは「ノボウ」と名乗る妖怪。ノボウは何とかしてこの場所から抜け出そうとしていたが、そのたびに奇妙な煙に巻かれ、過去の思い出が走馬灯としてよみがえって、元の場所へと戻ってしまうらしい。ノボウはここから抜け出すため、安倍たちに自分を隠世へと祓ってほしいというのだが、安倍はあることに気づいてしまう。

物怪庵に、今では人間たちに「神」として祀られ、安倍からは｢翁様｣と呼ばれている妖怪が依頼主としてやってきた。翁の依頼は、視力を失った妖怪・トモリを隠世に送り届けることだった。翁から話を聞き、早速、トモリのもとを訪れる安倍と芦屋。だが芦屋は、トモリがかつてはその目で見ることができた現世の風景を懐かしむ様子を見て、隠世に送り届ける前に何かできることはないかと考え……。

安倍が立法のもとを訪れ、芦屋を奉公人から解雇したことを報告した。いつもは自分からやってくることの少ない安倍が、わざわざやってきたことが気になった立法は理由をたずねるが、安倍の話を聞くと……？そんな中、シズクから連絡を受け亀薬堂に立ち寄った安倍は、以前、隠世に送り届けた妖怪・ギギギの親分とその子供たちと再会する。そして、芦屋の一大事（？）を聞いた彼らは？

これまでに芦屋とふたりで隠世に送り届けたたくさんの妖怪たちと再会した安倍は、芦屋が物怪庵にまだ必要な存在であることを知る。安倍は、芦屋を慕い、何とか力になりたいと言う妖怪たちに協力してもらい、思い当たったことを試してみることにする。一方、妖怪祓いの仕事が忙しいのか、しばらくの間、学校に来ていない安倍が気になった芦屋は、ヤヒコが言っていたという山のお社に行ってみようと考える。