「地球最後のバス」には滑稽さと勇敢さ、そして冒険とミステリーの要素が詰まっています。物語は、生徒たちが新しいロボット"ジーニー・オーブ"の発表イベントに向かうところから始まります。オーブは美しい環境を取り戻すために開発された人工知能ロボット。テクノロジー界の大富豪ダルトン・モンクハウス (ロバート・シーアン) の紹介で会場に入ったオーブの集団は、なんとその会場の来場者、そして世界中で同時進行していた数千ものイベント会場の人々を攻撃し、この世から消し去っているようです! 生徒たちは何とか攻撃を逃れておんぼろバスに戻り、訳が分からないまま家に帰りますが、不可解なことにそこには誰もいませんでした。立ち向かうしかないと覚悟を決めた生徒たちは、ダルトン・モンクハウスを探し出し、家族に何が起こったのかを知るため、バスに乗って動き出します。その道中で、そびえ立つ高さの廃品モンスターから個人的とも思える恨みを持った欠陥オーブまで、どんどん手ごわくなる難敵が彼らの前に立ちはだかります。そして彼らは、それぞれの違いや自分の中の葛藤に打ち勝ち、たちまち家族のような存在になっていきます。
あわただしい朝をむかえたブレアローン・アカデミーの生徒たち(と1ぴきのハリネズミ)は、最新技術をほこるモンクハウス・ダイナミックスに向かう。
生き残りをかけた戦いが幕を開け、意外な仲間と協力することになる生徒たち。モンクハウスのオーブからのがれるには、一体どうすればいい?
喜びもつかの間、おそろしい光景を目の当たりにする生徒たち。ナスが機械いじりに夢中になる一方、トムは答えをさがしに外に出ることを提案する。
朝をむかえ、空腹を満たそうとする生徒たち。投げやりな気持ちになるチェルシー。思い切った計画を思いつくトム。1体のオーブが思わぬ展開を招く。
とっさの判断が、仲間たちを限界までおいつめることになる。遊園地でのミッションに向かうトムとソフィーを見て、ふきげんになるミーシャ。
チェルシーがルールを破る楽しみを知る一方、あまいワナにとらわれて動けなくなるトムとソフィー。そんな生徒たちの前に、おそろしい存在が姿を現す。
ふしぎな物体に愛着を覚えるナスをめぐり、意見が分かれる仲間たち。前向きな態度を否定されるベッサン。出発までのタイムリミットを設けるトム。
ボーブの明るさが希望をもたらすものの、おどろきの事実がしんらい関係をこわしてしまう。敵の大群に囲まれた仲間たちは、トムのつらい過去を知る。
何が起こるかわからない不安のなかで、仲間のためにサプライズを計画した一行はその後、モンクハウス博士の屋敷(やしき)で次のミッションにいどむ。
ショッキングな答えが明らかになり、仲間たちの間にきんちょうが走る。ボーブが重大な選たくをした後で、世界を支配しようとする新たな敵が姿を現す。