日蝕の日、ある実験室で二人の少年、南光太郎と秋月信彦の身体に聖なる石が埋め込まれた。 その出来事から数十年後、世界は二つに分断されていた。社会から「怪人」と呼ばれる者達を排除しようとする勢力と「怪人」との共存を望む勢力。そんな喧騒の中、まるで世捨て人のようになってしまった男、南光太郎がいた。 そんな分断された世界を変えるべく国連の壇上で差別をなくそうと訴える一人の少女、和泉葵。彼女と光太郎が出会う時、止まった時が動き始める… 葵の持つネックレスに触れた事で突然、失い掛けていた力を取り戻しブラックサンへと変貌する光太郎。それに呼応するかのように囚われの身であった信彦も姿を現すのだった。

総理大臣、堂波真一は権力を振りかざし、生活困窮者やマイノリティらを利用した怪人ビジネスで私腹を肥やしていた。彼と裏でつながる政党「ゴルゴム党」はキングストーン回収の命を帯びた刺客を光太郎に差し向ける。そして再び動き出した信彦の真の目的とは… 時をさかのぼる事1972年。力で怪人の人権を守る組織「五流護六（ゴルゴム）」。学生運動に身を投じた南光太郎と秋月信彦は、そこで新城ゆかりと出会う。 彼女は、時の総理大臣の孫であった若き日の堂波真一の誘拐計画を企てていた。 交錯する過去と現在、運命の歯車が回り始める。

襲撃事件をきっかけに奇妙な関係となった葵と光太郎。 一方、指名手配中の川本から政府を転覆できる程の証拠映像を入手したビルゲニアは、堂波にそれを伝えようとはしなかった。 そんな中、葵が参加したデモは激しい衝突へと発展し、混乱を極めていた。そこへ突如現れた秋月信彦は、怪人達の権利を主張し、彼らを奮い立たせるのだった。 -1972年- 堂波真一を誘拐した事で、強引に祖父である堂波道之助総理との交渉を始めた「五流護六（ゴルゴム）」は、政党を作るよう提案を受ける。しかし怪人の政治利用を受け入れたダロムによって、組織内部に反対派を生み出してしまう結果となった。「創世王」と呼ばれる存在を秘密裏に運び出す反対派。その内の一人、ビルゲニアの手には、一振りの剣が握られていた。

集う怪人達と共に、かつての五流護六(ゴルゴム)を取り戻さんとする信彦。そこに訪れた旧友から葵の下にキングストーンがあると知らされ、光太郎の元へと向かう… そんな中、父、川本英夫との再会を喜ぶ葵。だが突如、怪人となった父に執拗に追われてしまう。その窮地を救ったのは意外な人物だった。 激しくぶつかり合う光太郎と信彦。しかし、互いの思いは相いれる事はなかった。一方、〝クジラ〟に助けられた葵は、友人ニックが掴んだ情報をもとに、母がいるという、「ある村」へと向かうのだった…

「創世王」を倒すという、ゆかりの言葉を思い出す光太郎。 現れた信彦から葵が二人の故郷にいると知らされる。そこには怪人の実験施設が残されており、ビルゲニアが待ち受けていた。母と共に囚われの身となってしまった葵。それを救い出そうとする光太郎の前に、〝カマキリ〟が立ちはだかる。戦いの中で真実を知り、ビルゲニアへの憎しみが高まった事でブラックサンは新たな力を発現させるのだった。 光太郎を危険視する三神官達に堂波総理が見せたものは、失われたもう一つのキングストーンだった。ビルゲニアが手に入れた葵のものと併せ、ここに二つが揃う。それはかつて光太郎と信彦がゆかりに渡したものだった。

〝誰が次期創世王になるのか？〟 堂波の慟哭に応えるべく、三神官は儀式に臨むも「創世王」に拒絶されてしまう。 時を同じくして、ゴルゴム党への襲撃が実行に移される。混乱のさなか、光太郎と衝突したダロムだったが、〝怪人〟の存在を守るため、「創世王」の継承を懇願するのだった。 一方、葵は再会した幼馴染の小松俊介と共に捕らえられた人々を解放し、脱出をはかるのだった。儀式を強要された事で、葵はキングストーンにまつわる因縁を知ってしまう。それは聖なる石に翻弄され、忘却の彼方に葬られた凄惨な記憶だった…。 そして光太郎は、〝あの日〟と同じく「創世王」の前に立っていた。

再び「創世王」と対峙した光太郎。それは忌まわしき過去の清算を意味しており、全てに決着がつくはずだった…そして王の亡骸を前に信彦は、ゆかりの真実を知らされる。 一方、葵と俊介は様々なものを失いながらも脱出に成功。だがその帰り道、葵と別れた俊介は反怪人団体に囲まれてしまうのだった… 傷ついた光太郎は、またも〝コウモリ〟に窮地を救われ、故郷の村に運び込まれていた。 時を同じく、失意の中で小松家を訪れた信彦は、変わり果てた姿となった俊介を目の当たりにする。その翌日、反怪人団体のリーダーを手にかけた事で、この世界への憎悪を激らせたシャドームーンは、より強大な力を得るのだった。

自らの最後を覚悟した莉乃から託された「鍵」を、彼女の娘である葵に手渡す〝ノミ〟。そして目覚めた光太郎と再会した葵は、キングストーンを守り切ったことを伝え、微笑む。 ダロムのやり方を否定し、ゴルゴムの変革を叫ぶ事で新たに頂点に立った信彦は、愛機ロードセクターを故郷へと向けた。 葵はオリバーが拠点としていた教会で、両親が残した怪人開発に関する資料を入手する。それをもとに向かった施設には、年老いた信彦の父、秋月総一郎がいた。 時同じくして、信彦の襲撃を迎え撃つ光太郎。仲間達の協力も虚しく、緑の石を奪還されてしまう。辛くも逃げ延びた〝クジラ〟は、傷つき倒れたブラックサンを連れ、海へと向かうのだった…

怪人達の頂点にたった信彦は、堂波総理に対し人間が彼らの下につくよう通告した。 一方、〝クジラ〟の懸命なる処置が続く海の洞窟では、合流した葵の力により奇跡が起きた。それにより再生を果たした光太郎は、強い意思でヒートヘブンを口にする。〝怪人〟の開発実験史と創世王誕生にまつわる記憶を語り始める秋月総一郎。その話を聞き終えた葵は、全世界に向けスピーチを始める。その彼女の〝告白〟は、衝撃を伴って拡散していく。 そして再び立ち上がったブラックサンの胸には、〝あのシンボル〟が刻まれていた。

時を超え、空を駆けるブラックサン。己の正義を信じ、この星のためシャドームーン打倒に向かう。二人は運命を賭けた最後の戦いに身を投じる。…激闘の末、キングストーンを光太郎に託し、信彦はゆかりの元へ。 だが、その裏で一部始終を見届けていた影が怪しくうごめいていた…覚醒した葵は、光太郎から授けられた力と王殺しの剣「サタンサーベル」を手に「創世王」との因縁を遂に断ち切った。かくして新たな指導者と共に訪れた新時代。 しかし、若者達にとってはリフレインに過ぎず、彼らは革命の準備を着々と進めていく…〝あのシンボル〟がはためく下で。