テコンドー部の男子部員3人をぶちのめし、退学の身となった“不良”女子高生チャ・ヨンジン。その夜も男仲間たちと集まり、過ごしていたが、事態は急を告げる。居合わせた港が、偶然にも銃器の密輸現場になっていたのだ。見ず知らずの男に次々と惨殺されていく仲間。その場を何とか脱出し、恐怖におびえるヨンジンに「母を捕らえた」という電話が入る。相手が求めているのは彼女がたまたま手にした謎のボトル。唯一の肉親である母親を救うため、ヨンジンは「チャン・セウク」という名前のみを手掛かりに敵陣へと乗り込むが･･･。

目の前で母親を惨殺され、自らの命も失ったはずのチャ・ヨンジンは、キム・ソヨンという名のごく普通の女子高生に生まれ変わっていた。ただ、それは表の顔で、裏の顔は“未来生命研究所”が要する秘密組織“SS1”で武術、銃器の訓練を受けた殺し屋であった。この日もミン室長の命令で男を射殺したソヨンだったが、彼女の頭には母の惨殺シーンと「チャン・セウク」という仇敵の名がまだこびりついていた。「セウク」との接触を回避しようとするミン室長だったが、ソヨンは自ら強靭な意志で「セウク」の隠れ家へと乗り込む･･･。

秘密組織SS1を要する未来研究所は政治家、官僚を取り込み、正式な開設を目前にしていた。だが、その裏側はクォン会長の欲望ゆえにひた走る恐怖の人体実験場であり、その真実を暴こうとする人間は次々と消されていた。一方、母親の敵を討ったキム・ソヨンは秘密組織SS1の殺し屋として仕事を重ねていたが、クラスメートのヨンミンとのデート、彼から告白、母親、自分の殺しの記憶から、ミン室長に殺しをやめたいと告白。最後の殺しの仕事の日、撃ち殺したターゲットから彼女はあるものを手渡される。そして、想像もしない悲劇がソヨンを襲う･･･。