ブルターニュ沖に浮かぶペニック島。別荘もホテルもない平穏な島に、突如として23人の武装集団が現れる。ジャウェン町長をはじめ、島民全員を人質として学校に集めた武装集団のリーダー・アルファは、彼らに対して“48時間の監禁”と、島外に異変が伝わることを避けるため、普段通りの生活を続けることを要求。 その頃、カマレの町からペニック島に戻る連絡船には、看護師クリス、少年ドリアン、老女マド、少女ケリーら、島民4人の他、出航間際に1人の男が乗り込んできた。彼の名はアレックス。10年前にある事件を起こし島を去った人物だった。間もなくして船長を含め6人が乗る船が出航するが、島に近づくと武装集団の銃撃を受け、船長が即死、船は航行不能に陥り炎上してしまう。

“嵐の海”作戦を決行しようとする武装集団によって、老父アルベールが殺された。その事実を知った島民たちが身を寄せ合う学校内では、極度の不安と緊張感で張り詰めた空気が漂っていた。同時刻、難を逃れたクリスたちは、空き家になっていたアレックスの父の家に身を潜める。 その後、島に郵便船が来たことに気づき、島外に住む憲兵隊でもあるドリアンの父に助けを求める手紙を出そうと考える。手紙の投函と、高熱で寝込むマドのために解熱剤を取りにいくクリス。しかし島全体は、郵便配達員に異変を察知されぬよう銃を構えた武装集団によって監視体制に入っていた。

クリスの企みは武装集団によって潰され、拘束されてしまう。その後、人質として学校内に連れて来られたクリスは、息子ジョフロワと再会できたものの、島民の中に武装集団に情報を流す裏切り者がいることを言及。しかし町長には激昂され、逆に島民の間に疑心暗鬼を広げる結果となってしまう。 一方、違和感のある手紙を息子ドリアンから受け取った父で憲兵隊のロドルフは、誕生日プレゼントを直接手渡すべく、急遽ペニック島へ向かうためボートを出航させた。そんな時、予定にないボートの接近に動揺した武装集団のアルファは、ロドルフの妻ジェニファーを港に呼び寄せ、夫をあしらうよう命令を下すのだが…。

武装集団の追跡をかわし、殺されたアルベールの家に逃げ込んだアレックス、マド、ケリー。外に放置されたままのアルベールの遺体を見かね、その亡骸を埋めるため墓を掘り3人で弔った。その後、羊飼いの愛犬ゾークの首輪に隠したメモでやり取りをする元恋人キャンディスからのメモを確認するため、アレックスは牧場へ。そして家に戻った彼は、ケリーからアルベールの家に大量の銃が隠されていたことを知らされる。 武装集団へ反撃するため、待望の武器を手に入れた彼らは、ある計画を企てるのだった。その後、キャンディスのメモの指示通り、人目を避けながら墓地へと向かったアレックス。しかし彼の前に現れたのは、かつての親友で今はキャンディスの恋人であるヤニックだった。

ヤニックの策略により、武装集団に捕まったアレックス。彼が連行されたことで、情報を流す裏切り者がヤニックだったことが島民にも知れ渡る。そんな中、10年ぶりに町長と向き合うアレックス。“父を見殺しにした”と罵るも、町長から身の潔白を訴えられたアレックスは、ヤニックから聞いていた話との食い違いに言葉を失ってしまう。 一方、ヤニックの裏切りにショックを受けるキャンディスだったが、彼女自身もまた、武装集団の協力者ではないかと島民に疑われ孤立していた。その後、武装集団への参加の理由をヤニックに問いただし、彼の理念に理解を示すと、“嵐の海”作戦の計画を確かめるため、2人はある場所へ向かう。

マドが命を賭けて放った希望の炎は、突然の雨によって打ち消されてしまった。落胆する島民たちだったが、それぞれが秘かに武器を手にしたことで、武装集団への反撃の時を待ち構えていた。一方、1人きりになりながらも奮闘を続けるケリー。島の異変を島外へ伝えるため、救難信号の弾を打ち上げることに成功したのち、速やかに投降する。 しかしその努力もむなしく、島外から入った連絡に対して町長は武装集団の脅しに屈し、誤射だったと説明してしまう。その後、島民の反抗を危惧したアルファによって、大人と子供は分けさせられ、さらにアレックスやキャンディスたちは海沿いの地下壕へ連行される。 そしてついに、“嵐の海”作戦決行の時間が迫るのだが…。