小学５年生の髙坂マミは家で、先祖代々から伝わる古いネックレスを見つけた。実は、これは髙坂家の先祖の画家・写楽斉がオバケから譲り受けたもの。だが、このネックレスを構成している108個の水晶玉は「オバケの魂」とでも言うべきものだったため、子孫のオバケ・メダマンがオバケの仲間たちとともに奪還しようとしていた。

マミはメダマンを家に居候させようと考えるが、当然ながら、マミの両親は猛反対。特にパパを説得するのが大変そうだ。そこでマミは一計を案じる。オバケが苦手なパパに、まずは遊園地のオバケ屋敷を体験してもらうことで、少しずつオバケに慣れさせようというのだ。しかし、果たしてそんなにうまくいくものだろうか？

マミは学校に、宿題をやるために必要なノートを忘れてきてしまった。そこで、マミの代わりに、メダマンが学校へ取りに行くことに。だが、学校にはなんと、西洋オバケのフランケンシュタインがいた。しかも、その正体はまさかマミの担任の若林先生!?　フランケンと先生は、同じ背広を着ていたのだ。さぁ、メダマンはどうする？

マミはとても朝が弱い女の子。そのため、常に遅刻との戦いだったが、オバケのメダマンには、なぜ人間がそこまでして遅刻しないように「がんばる」のか、理解できないのだった。そこでメダマンは「ずるやすみ友の会」を発足させ、堂々と会員募集を始める。メダマンとしては、とても良いことをしているつもりだったが……。

墓地にいたミーラ男は、幼い少女から「お父さん」と言われて困惑する。少女・キョウコのお父さんは大火傷を負って亡くなったため、キョウコが最後に見た父の姿が、ミーラ男のような包帯だらけの姿だったのだ。しかし、いつまでも誤解させたままではいけない。キョウコになんとか真実を伝えるべく、オバケたちは奮闘する。

マミのパパは若者たちに絡まれそうになったが、サングラスのおかげで迫力が出て、事無きを得た。このことを知ったメダマンは、気が弱いオバケのウミボウズにサングラスをかけさせれば、強気になれるのではないかと考える。こうして突然、別人（別オバケ？）のように凄味を増したウミボウズは、次々と人間を脅かし始めた。

「恵まれないオバケに愛の手を」という謎の呼びかけに協力したマミはお礼として「ヒトダマシール」をもらう。やがてシールからオバケが抜け出して、マミに不思議なブレスレットを与えた。しかし、同じように「ヒトダマシール」をもらった子どもたちは、なぜか盗みをはたらくようになってしまう。その秘密はブレスレットに!?

アズキアライに、ハワイの清潔オバケ・ピーナッツアライから手紙が届いた。自分と同じく清潔オバケのアズキアライに会いたいので、日本へ行くという。まんざらでもないアズキアライだったが、ピーナッツアライは日本へ着くなり、アズキアライのことはそっちのけで、マミにアプローチを始めた。これに怒ったメダマンは……。

マミは、ママが買い物に行っている間に、友達のサツキやエツコと、ママの化粧品を勝手に使って楽しんでいた。ところが、予想外に早くママが帰ってきたため、大目玉を食らってしまう。しかも、高い香水を使ったことが特にママを怒らせたようで、弁償しなさいとまで言われたマミはしょんぼり。この事態を打開するには――。

マミは、スパナたちが三味線屋に売ろうとした猫を助け、家で飼おうと考えたが、オバケに加えて猫まで飼うつもりなのかと、パパは納得してくれない。しかも、少し猫から目を離した隙に、猫が五百円札を食べてしまった。偶然、メダマンがこれを発見するが、パパたちは真っ先にメダマンを疑う。メダマンの無実は証明されるか!?

スパナは、一日中ずっと遊んで暮らせるオバケが羨ましくて仕方がない。そこで彼はメダマンに弟子入り志願するが、当然ながら、これにはスパナのお母さんが「待った」をかけた。これにて一件落着かと思いきや、諦めきれないスパナは引き続き、アマノジャクに弟子入り志願。この人選（オバケ選？）は正解だったようで……!?

昔々、まだ学校が「寺子屋」という名で呼ばれていたころ、オバケも寺子屋で勉強していた……。そんな絵本を読んだマミが、京都のお寺へ宛てて手紙を書いたところ、和尚さんが、まさにオバケが使っていたという机を送ってくれた。メダマンがこの机を枕にして寝たところ、急にメダマンは勉強好きになり、頭も良くなった!?

牛乳泥棒の正体は、マミのクラスに最近、転校してきたタカシくんだった。タカシには生まれたばかりの弟がいるのだが、父親は事故死し、母親が家出したという状況のために学校どころではなく、日々を生きることだけでギリギリだったのだ。それを知ったメダマンはタカシの代わりに弟・ヒロシの子守りを引き受けるのだが……。

マミは、友達のエツコが兄と仲良しなことが羨ましかった。自分もお兄ちゃんが欲しいと思ったマミは、自分にとっての理想の「お兄ちゃん」像を、写真屋に飾られている写真の中の少年に見出す。その思いは「恋」に近いものだった。メダマンはマミと少年を引き合わせてあげたいと考えたが、少年は引っ越しが決まっていて……。

巨大な「オバケのカンヅメ」の中に入れられていたのはアズキアライ。なんと他のオバケ仲間たちもカンヅメに入れられ、悪人たちによって海外の収集家に売られてしまいそうだという。しかもアズキアライの脱出などで数が足りなくなったため、頭数を揃えようとマミもカンヅメにされたから大変。メダマンはマミたちを救えるか？

運動会の「かけっこ」で去年、ビリに終わったことが悔しかったマミは、今年こそビリを脱出したいと、ひそかに早朝ジョギングを行っていた。このことを知ったメダマンは協力を申し出るが、オバケたちからのアドバイスはマミにとって、ほとんど参考にならない。しかし、そんなとき、ウミボウズが泥棒と出くわして……。

マミ、サツキ、エツコの女子グループとスパナ、ヨウヘイは、「女子が先生に告げ口をした」という原因で対立。これを見かねたメダマンは「カンニンブクロ」を使って、お互いの気持ちをスッキリさせることに成功したが、なんとオバケの仲間たちが「カンニンブクロ」を知らずに開けてしまったため、予想もしなかった事態に！

模型飛行機が引っかかってしまったため、罰当たりにも「御神木」へ登ったスパナ。すると電話が鳴ったので、うっかり取ったら、それは妖怪デブショウからのコールだった。スパナは咄嗟に自分がメダマンだと嘘をつくが、デブショウはメダマンを通じ、スパナの身柄を要求。これをメダマンが断ったことで、デブショウが怒った！

マミたちのクラスは、学芸会でグリム童話の「ヘンゼルとグレーテル」を上演することになった。ところが、グレーテル役に選ばれたマミは最近ずっと人喰い妖婆の夢を見てうなされる日々が続いており、稽古でも失敗してしまう。そこでメダマンはミーラ男の祖母である妖婆とマミを会わせて、役作りに活かしてもらおうと考えた。

パパが一週間、出張することになった。その間、パパの代理をメダマンが務めることになるが、慣れないメダマンゆえ、当然ながら失敗ばかり。セールスマンと名乗る男性の言葉を信用し、髙坂家の自家用車や家電、貴重品などを一式、騙し取られてしまった。ママたちに怒られたメダマンは、急いで男性の行方を追うのだが――。

圭介という少年の誘いに乗って、タクシーに悪戯をしていたメダマンは、タクシーの持ち主である女性ドライバーに見つかって、こっぴどく怒鳴られてしまう。だが、実はこの女性ドライバーこそ、他ならぬ圭介の母であった。なぜ圭介は、わざわざ母を困らせるようなことをしているのだろうか？　それには、複雑な事情があった。

「オバケ銀杏」と呼ばれる巨木が、周辺住民の意見もあり、切られることになった。しかし、これにサブロウ少年が猛反対する。彼の妹で、入院中の少女・ユカリは、オバケ銀杏が自分に命を分け与えてくれていると信じ込んでいたのだ。もしオバケ銀杏が切られたらユカリも希望を失ってしまう。そこでメダマンが考えた対策とは？

やけに機嫌の良いママ。どうやらパパに着物を買ってもらえる約束の日らしい。ところがパパがそのためのお金を会社の同僚との付き合いで使ってしまったことが分かり、当然ながらママは激怒。これはたまらないと思ったメダマンは、薬を使ってママをオウムに変えた。それを知らないマミは、オウムにママと同じ名前を付ける。

マミの誕生日パーティで、ケーキの美味しさを知ったメダマン。人間が羨ましくなったメダマンは急遽、自分の誕生日を勝手に、明日と設定する。だが、これは本当の誕生日ではないし、そもそもオバケに誕生日があるのかと総ツッコミを浴びる始末。しかし、そんなとき、メダマンの赤ん坊時代（？）を知るという老人が現れ……。

クリスマスがやって来た。マミはパパ、ママと外食するという。街は華やかな雰囲気に包まれていたが、それとは対照的に、厳しい状況に置かれている姉弟もいた。ミチルとツトムである。ミチルがマミと瓜二つであることに驚いたメダマンは、マミと協力して、ふたりを入れ替える計画を立てる。パパもママも全く気がつかず……。

メダマンに年賀状が届いた。しかし、差出人は不明。気になったメダマンが差出人の住所と思われるところまで行ってみると、そこは「学問の神様」が祀られているといわれる神社だった。神社の管理人の息子・ショウタは、もし差出人に会いたいのならば、絶食やお百度参りをすれば良いと、メダマンにアドバイスするが……。

今朝の会議は社長以下、役職を持つ社員が全員顔を揃えるとあって、パパもやや緊張気味で出社。それもあってか、忘れ物をしてしまったため、急いでメダマンが届けることに。ところが、パパの会社では異変が起こっていた。そんなところへオバケ一匹が飛び込んだものだから、さぁ大変。すべての異変はメダマンのせいにされた。

今日は、オバケの暦では大晦日。なんと今日中に水晶玉のネックレスを持ち帰らなければメダマンたちは永久にオバケの国から追放されてしまう。そんなときマミが交通事故に遭った。生死の境をさまようマミ。間もなく閻魔大王が、マミが天国行きか地獄行きかを決める。メダマンはマミを生き返らせるため、黄泉の国の入り口へ！