三年前、当時K大学の学生だった江南孝明 (奥智哉) は、まだ作家デビュー前の鹿谷門実 (青木崇高) ･本名島田潔と偶然出会った。あれから三年、大学院を修了し出版社に就職した江南は、久しぶりに鹿谷と再会する。新米編集者の江南は、自身が担当するオカルト雑誌の『鎌倉･時計屋敷の亡霊に挑む』という特別企画の取材のため、副編集長･カメラマン･W**大学の学生らとともに、とある屋敷を訪れるという。そこは『時計館』とも呼ばれている奇妙な館で、あの"中村青司"が設計した建物の一つらしい。江南ら取材チームは、売り出し中の女性霊能者･光明寺美琴を霊媒役に起用した本格的な"交霊会"を開くため、学生らとともに、この『時計館』の旧館に、まる三日間、閉じこもることに。

江南から『時計館』の話を聞いた鹿谷は、あの中村青司が設計したその奇妙な館を一目見ようと、行きすがら偶然出会った遅れてやってきたもう一人の学生･福西涼太と一緒に『時計館』を訪れていた。江南たち取材チームは、予定通り旧館内で"交霊会”を行うも、その翌日、メンバーの一人が忽然と姿を消した。部屋の絨毯には血痕のようなものがあり、扉の鍵も持ち去られていた。その夜、閉ざされた館内では、仮面を被った何者かが、参加者たちに襲いかかる。

「『時計館』の主人が遺した"沈黙の女神"の詩の意味を探って欲しい」、そう依頼された鹿谷は、福西と一緒に『時計館』を再び訪れた。時計塔の内部や、新館内のいくつかの部屋を案内され、先代の主人が使う予定だった書斎に通された二人は、この家で起きた、過去の不幸な出来事について話を聞く。その頃、旧館内では、参加者が何者かの手によって、殺されてしまう。堅牢な扉に阻まれ、密室と化した旧館内に閉じ込められたままの江南たち。そこに、仮面を被った何者かが、再び迫り来る。

"沈黙の女神"の詩の謎を追う二人は、「何か手がかりがつかめるかもしれない」と、先代の主人と交流のあった数少ない関係者に会うため、極楽寺に向かうことに。まともに話は聞けなかったものの、やはり『時計館』は当時の先代主人が懇意にしていた中村青司に設計を依頼して建てられたものらしい。鹿谷と福西は『時計館』に戻り、裏庭にある建物や時計塔についてさらに詳しく話を聞くことに。一方、旧館内では、参加者が、何者かの手によってまたしても殺されてしまう。残されたメンバーたちは、「この中に犯人がいるのでは」と、疑心暗鬼に陥っていく。

旧館内で犯人らしき人影を見た江南たちだったが、その人影は、どこかに消えてしまった。意識が朦朧とする中、「とにかくこれまでのことを一度整理してみよう。」思い立った江南は、取材用にメモしていたノートを頼りに、ことの経緯を見直し始める。さらに、参加者の別の一人は、”過去のとある出来事”について、必死に何かを思い出そうとしていた。『時計館』に戻った鹿谷と福西は、「中村青司が設計した建物ならば、きっと何かしらの”仕掛け”があるはず」と、手がかりを探し続けていた。

残されたメンバーとともに、今、この旧館内でおきている事態の謎に向き合おうとする江南。『十角館』でおきた惨劇を思い返しているうちに、江南もまた鹿谷と同じように"中村青司が設計した建物ならば、何らかの仕掛けが潜んでいるのでは? "と思い至り、必死に手がかりを探していた。しかし、事態は止まず、ついに……。そして、鹿谷と行動を共にしていた福西も、自らの記憶の欠片を頼りに、"過去の出来事"について、答えを見つけようとしていた。