仲野茜（五百城茉央）は、創立以来初となる入試全教科満点で、偏差値78、東大進学率No.1の進学校・清爛学園に入学が決まった天才高校生。その優秀さゆえ、学校からも大きな期待を寄せられるが、本人はそんなことどこ吹く風で、世の中に退屈し、生きる意味を見いだせずにいた。 そんななか迎えた入学式当日の朝、学校近くの公園で左腕が切断された女性の遺体が発見され、公園には多くの人が集まり、茜もまた引き寄せられるように現場へ。すると、人だかりの中に冷たいまなざしを持つ男・黒川悠（山村隆太）を見つけ、なぜか気になってしまう。 一方、日本一の難関校といわれるだけに、少しはおもしろい仲間がいるのではないかと清爛学園を受験した茜だったが、集まったクラスメイトは、中学校全国クイズ大会3連覇の江藤新（樋口幸平）や数学オリンピック優勝の宮内大翔（山下永玖）など、輝かしい経歴を鼻にかけ、世間や大人をどこか見下しているメンバーばかり。そんな彼らのつまらない会話に辟易としながら帰ろうとすると、構内で学校職員と話す一人の男の姿が目に留まる。それは殺人事件の現場にいた黒川で、気になった茜は黒川が働く電気店を訪ねて…。

茜（五百城茉央）の巧みな誘導により、1年A組の有志による石像破壊事件の犯人探しが始まった。しかし、彼らの見解はどれも的外れ。口先ばかりで核心に近づく気配すらない愚かな天才たちに、茜はいら立ちを募らせる。 そんななか、校舎入口の石像だけでなく、美術準備室にあった石こう像も何者かによって破壊されていることが分かる。すると篠崎（吉名莉瑠）が、石像のまわりに散らばっていた破片は、実は石こう像の破片だったのではないかと推測。つまり、石像は元の姿のまま犯人がどこかに隠していると考えたのだ。その言葉に、美術部メンバー4人のうち、ある人物が挙動不審な様子を見せ始め、茜はふと、前日の出来事を思い出す。 なかなか犯人の特定に至らない級友たちに業を煮やした茜は、自ら謎解きのヒントを出すべく、江藤（樋口幸平）に1冊の本を手渡す。と同時に、石像が壊され、騒ぎが起きた際の動画を見ていた篠崎と依原（水野響心）がおかしな点を発見。江藤も茜が渡した本を読んで、ある違和感に気付く。茜は、ようやく真実に近づき始めた一同のため、そして自分が楽しむために、さらなる一手を打つ。 するとしばらくして、校舎内の物置に怪しい人影が。その人物は、破壊されたはずの石像を手にしていて…。

スクールカーストに直結し、進路にも大きな影響を与えるといわれる校内テスト“清爛統一”が、急きょ中止されることに。江藤（樋口幸平）の机には、まるでこの事態を予期したかのような、挑戦状ともいえるクロスワードパズルが入っていて、それを解いた江藤は、清爛統一を中止に追い込んだ犯人を再び自分たちの手で見つけ出そうと息巻く。 そんなクラスメイトを横目に、次なる事件の準備を着々と進める茜（五百城茉央）は、あることを試そうと黒川（山村隆太）の店を訪れ、翌日には主がいなくなった校長室を盗聴する。そこでは、担任の門倉（なすび）と副担任の佐々木（イワクラ）が、清爛統一の中止は試験情報の流出が原因だとほのめかしていて、さらに門倉は、教師たちの間で唯一、試験のペーパーレス化に反対していた古文の箕輪（おかやまはじめ）こそがその犯人に違いないと断言。すると、この会話をドアの向こうで宮内（山下永玖）が盗み聞きしていて、江藤と宮内は試験をめぐって教師の間にいさかいが起きていることに気づく。だが、彼らは次の一手をなかなか思いつかず、じれったくなった茜は箕輪のパソコンの裏にパスワードが貼ってあることを教え、2人が箕輪のパソコンを盗み見るように誘導して…。

茜（五百城茉央）の進言で清爛統一が日を改めて実施されることになり、「人の良心を信じてみたい」茜は、愚かな天才たちの持ち物に1枚のカードを忍ばせる。そこには試験の解答データを閲覧できるリンクが記されていて、茜は彼らが自らの野心と保身のために不正を働く姿に期待するが、そこには意外な結末が待っていた。 一方、学校職員に頼まれて校長室を片付けていた黒川（山村隆太）は、机の下に取りつけられた盗聴器を発見。瞬時に犯人の正体に気づいた黒川は、悪びれるどころか、むしろ犯罪まがいの行為を楽しんでいる茜に、「君がやっているのは、ままごとだよ」と意味深な言葉を投げかける。その言葉に、茜の中に芽生えた黒川への興味はますます膨らんで…。 そんなある日、篠崎（吉名莉瑠）が世間をにぎわせている殺人鬼の話を持ち出し、あたかも正体を知っているかのような口ぶりで江藤（樋口幸平）や宮内（山下永玖）を挑発。茜もその話に興味を抱くが、篠崎はもったいぶるばかりで、決して知っていることを明かそうとはしない。そして、刺激のない退屈な時間を持て余した茜がつい、いつものように折下電気商会へ向かうと、暗い表情の茜を見た黒川は、「気分転換しよう」と軽バンの助手席のドアを開けて…。

屋上のボイラー室で、左腕のないクラスメイトの遺体が発見された。教師や生徒がパニックに陥るなか、茜（五百城茉央）は公園の殺人事件現場と同じように、人だかりの向こうで冷淡な表情を浮かべる黒川（山村隆太）を見つける。 事件を受け、生徒たちは下校を余儀なくされるが、茜は一人、現場検証が終わった屋上へ。するとそこへ、江藤（樋口幸平）や宮内（山下永玖）らがやって来て、犯人は茜だと糾弾する。依原（水野響心）によると、被害者は最近茜に興味を抱いていたらしく、彼らの推理では、茜が自分のことを嗅ぎまわるのが邪魔になったというのが動機らしい。しかし、そのあまりに稚拙な考えに、茜は笑いだしてしまう。 ところが、警視庁の梶谷（武田梨奈）も茜を容疑者候補の一人と考えているようで、茜は事情聴取を受けることに。梶谷によると、遺体の左腕を切断したナイフが見つかり、購入者を調べたところ、店の防犯カメラに茜が映っていたという。茜は素直に自分の所持品だと認めたうえで、学校近くのゴミ箱に捨てたと供述。さらに、まるで最初から用意していたかのような答えで梶谷を論破する。そして早々に警察署を後にすると、なぜかいら立ったような足どりで黒川の元へ向かい…。

黒川（山村隆太）が、切断された2本の腕を持って出頭した。逃亡したと思っていた黒川があっさり自首したことが解せない茜（五百城茉央）は、犯人逮捕にあんどし騒ぎ立てる周囲とは裏腹に、虚無感に襲われる。そんな茜の胸中など知るよしもない宮内（山下永玖）は、茜を犯人扱いしたことを謝罪。一方で、事件以来、茜の動向が気になる江藤（樋口幸平）は、茜を他校のクイズ研究部との交流試合に誘う。 そんななか、亡くなった娘のクラスメイトと話がしたいという篠崎（吉名莉瑠）の父・広大（加賀谷圭）たっての願いで、依原（水野響心）とともに篠崎家を訪れた茜。日本を代表する重工メーカー「篠崎重工」の社長でもある広大は、ここにきて社内の不正が次々と明るみに出て窮地に陥っていたが、それでも、愛する娘の突然の死に悲しみの涙を流す。しかし一方で、茜たちから何かの情報を引き出そうとする節があり、それに気づいた茜は、級友の死を悔やむそぶりを見せて懐に入り込み、篠崎の部屋を見せてほしいと頼む。すると、篠崎のタブレットの中に驚きのデータを発見して…。

黒川（山村隆太）の地元で行われるクイズ研究部の交流試合に参加した茜（五百城茉央）は、ひそかに会場を抜け出し、黒川にゆかりのある古い喫茶店を訪れる。しかし、黒川の名前を出すと店長の顔色が変わり、早々に追い出されてしまう。すると、店の外には茜を追いかけてきた江藤（樋口幸平）の姿が。茜は好都合とばかりに、江藤にあることを頼む。 店長の目を盗んで店の奥へ侵入した茜は、裏返しになった写真立てを発見。そこには、一人の女性と黒川、店長の3人が仲むつまじい様子で写っていて、その瞬間、茜の脳裏にはある考えがよぎる。さらに、奥にしまわれた手紙を目にした茜は…。 一方、そんな茜の大胆な行動を目の当たりにした江藤は、かねてから抱いていた疑惑を茜にぶつける。「お前が犯人なんだろ」——。江藤は、学校の石像を破壊したのも、清爛統一のデータを流出させたのも茜だと考え、独自に調べていたのだ。しかし、証拠はなくあくまでも仮説。犯行を立証することは難しいと弱気な態度を茜がからかうと、江藤は思いもよらない行動に出て…。

2002年、23歳の黒川（山村隆太）は政治家である父・利久（加藤大騎）のもとで秘書見習いを始め、利権や政治的思惑が交錯する建前だらけの世界にへきえきとしていた。そんな息苦しい毎日のなかで唯一、自分を取り戻せる場所が喫茶『りんどん』で、黒川はいつしか店長のめいで、店の手伝いをしている遼子（佐藤みゆき）に会うのが楽しみになり、2人は少しずつ会話を重ねて自然と距離を縮めていく。 ところが1年後、黒川と遼子の交際は利久の知るところとなり、遼子の素性を調べた利久は、家柄も学歴も、将来自分の跡を継ぐはずの息子にはふさわしくないと断固反対。そのうえ、遼子が黒川の子を身ごもっていると知り、勝手に手を回したという。遼子の妊娠を知らなかった黒川はすぐさま『りんどん』へ向かい、父親の無礼な振る舞いを謝罪。家族を捨ててでも一緒にいたいと懇願するが、黒川の立場を知った遼子はすでに決意を固めていて、「この子は私が育てる」と言い残して姿を消す。 『りんどん』から手紙を持ち出し黒川の過去を知った茜（五百城茉央）は、再び店を訪れ、店長にあることを尋ねて…。