東京オリンピックから早4年。防犯カメラの普及で犯罪検挙率が向上した陸地と違い、今なお犯罪の穴場になっている水上対策のため、警視庁は湾岸部に『東京水上警察署』を復活させる。そこに集められたのは、強い個性を持った経歴も性格もバラバラな集団だった。 強行犯係の係長でリーダーの碇拓真（佐藤隆太）は、所轄刑事として20年以上働いてきたが、私生活を顧みなかったせいか、バツ2で3人の子持ち。しかし刑事としての観察眼は鋭く、事件解決のためなら危ない橋も平気で渡る男だ。日下部峻（加藤シゲアキ）は、警視庁本部のエリート集団である捜査一課から望まぬ異動で水上警察署に配属された刑事。手柄をあげて一刻も早く本部に戻ろうと考えている。有馬礼子（山下美月）は、警察官ではなく、船舶免許を持ち、海や川の完全を守る警察の専門職員・海技職員だ。そして水上警察署を束ねる署長は、有馬と同じ海技職員から警察官に鞍替えした異色の経歴を持つ玉虫肇（椎名桔平）だった。 水上警察署発足からまもなく、人間の指らしきものが入っている発泡スチロールの箱が漂流しているとの通報が入る。警備艇『あかつき』でただちに現場へと向かう碇たち。すると箱の中には、黒く変色した指のようなものと、溶けかけたメモが入っていた。メモはほとんど判別できない状態だったが、「次は」という文字が書いてあるように見えた。水上署には捜査一課と合同の捜査班が立ち上がるが……。

東京湾唯一の人工無人島『第六台場』で、銃殺され半ば白骨化した遺体が発見された。遺体は、介護施設『キズナオーシャン豊洲』の入居者で、資産家の服部義光のものだった。水上警察署の碇拓真（佐藤隆太）や日下部峻（加藤シゲアキ）は、容疑者として同施設の介護職員だった三上慎吾（松本怜生）の行方を追い、小型船で逃亡を図ろうとする三上を追い詰めた。だがそこで、三上は小型船に同乗していた田淵響（山崎裕太）に拳銃で撃たれ、海に落ちてしまう。田淵は、薬物の密輸船を狙った強盗グループの主犯格として碇が以前からマークしていた男で、台場周辺で暴れ回っていた暴走族『湾岸ウォリアーズ』の元メンバーでもあった。湾岸ウォリアーズのメンバーは、総長の黒木謙一（柿澤勇人）を崇拝し、舞台を陸から海に移していまも活動を続けているという。 碇と日下部は、一命を取り留めた三上に会いに行く。だが三上は、何も答えようとはしなかった。三上に寄り添い、何とか話を聞こうとする日下部。三上は、そんな日下部を信頼し、服部は自殺だと明かす。田淵の行方を問われた三上は、「観閲式の日……」と言いかけるが、そこに湾岸署の和田毅（谷田歩）たちが現れ、三上の身柄の引き渡しを要求して日下部を病室から追い出してしまう。 日下部から報告を受けた碇は、毎週水曜日にキズナオーシャンの入居者が毒殺されているという事件の捜査にシフトするが……。

東京水上警察署の碇拓真（佐藤隆太）は、日下部峻（加藤シゲアキ）からの報告で、『キズナオーシャン豊洲』の介護職員だった三上慎吾（松本怜生）を拳銃で撃って逃走中の田淵響（山崎裕太）が、警備艇を強奪して水上警察署の観閲式会場に突っ込もうとしていることを知る。碇に目を付けられていた田淵が、薬物の密輸船を狙った強盗を続けられなくなってしまったことが原因らしい。同じころ、田淵は海技職員の有馬礼子（山下美月）を拘束し、警備艇『あかつき』を強奪して観閲式会場へと向かおうとしていた。 一方、水上警察署の細野由起子（山口紗弥加）らは、観閲式に田淵も所属していた暴走族『湾岸ウォリアーズ』の総長・黒木謙一（柿澤勇人）が来賓として参加していることに気づく。 別艇に乗り込んだ碇は、日下部と合流して会場に迫る『あかつき』の後を猛追した。予定とは違う警備艇の姿にざわつく会場。由起子は、これは展示訓練だとアナウンスして来賓客を落ち着かせようとしていた。『あかつき』に追いついた碇は、二隻の船が近づいた瞬間に飛び移り、何とか『あかつき』に乗り込む。碇は、襲いかかってきた田淵を制圧すると、操舵室へと向かい、猛スピードで観閲式会場に衝突しようとしている『あかつき』の操船を試みるが……。

東京水上警察署の碇拓真（佐藤隆太）が38年前に起きた飛行機事故が原因で心に深い傷を負っていることを知った有馬礼子（山下美月）は、彼のために出来ることがあるのではないかと考え、事故当時、救助活動に参加していた海技職員OBの大沢俊夫（小林隆）から話を聞こうとする。だが日下部峻（加藤シゲアキ）は、そこまでする必要なない、と礼子に告げ……。 そんな折、潮風臨海公園の海上でドローンが爆発する事件が起きる。碇たちはただちに現場へと急行するが、先に現着していた湾岸署の面々によって追い返されてしまう。それでも碇は、まだ湾岸署のヤマになったわけではない、と言って、現場近くで釣りの禁止を訴えていた環境保護団体『ヴァードアース』の事務局で話を聞いてみることにする。 同じころ、元鑑識で、現在は碇のチームにいる刑事・藤沢充（中尾明慶）は、休みを利用して妻の麻美（清水葉月）と息子の陸（加藤叶和）を東京水上警察に呼び、職場見学をさせていた。見学担当の舟艇職員・米田航基（宮津侑生）から警備艇への乗船を許可された藤沢たちは、『あかつき』に乗り込もうとする。するとそこに現れた上原修也（小須田康人）という男が、いきなりナイフを取り出して藤沢の脇腹を刺した。上原は、藤沢たちを『あかつき』に押し込むと、自らも艇に乗り込み、「早く船を出せ」と米田に命じて立てこもり、シージャックを図ろうとしていた……。

東京水上警察署の刑事防犯課では、オーディション番組から誕生し、間もなくデビューを迎える5人組女性アイドルグループ『Re Rise』が話題になっていた。だが碇拓真（佐藤隆太）は、『Re Rise』のことなどまったく知らず、オジサン扱いされる。実は細野由起子（山口紗弥加）は、湾岸署時代にメンバーのひとり、北原萌歌（山本奈津美）を補導したことがあり、以来何かと萌歌のことを気にかけていた。その話を聞いた碇は、近々釈放される三上慎吾（松本怜生）のアフターフォローをしなくていいのか、と日下部峻（加藤シゲアキ）に問いかけた。 そんな折、ブルーシートに包まれ、重りを付けて沈められていた水死体があがる。それは萌歌の死体だった。検視の結果、死因は溺死だと思われた。萌歌は生きたまま沈められたのか――碇は、関係者から事情を聞くよう日下部と由起子に指示すると、現場付近の捜索に向かおうとする。するとそこに、有馬礼子（山下美月）から連絡が入る。遺体に括り付けられていた重りに見覚えがあるという。礼子とともにとある倉庫街へと向かった碇は、重りがその倉庫で使われていたものと同じだと確認する。また防犯カメラ映像から、萌歌は深夜にひとりでこの場所に来た可能性も浮上する。 一方、『Re Rise』のメンバーに会いに行った日下部らは、萌歌が最終オーディションで落ちた坂上優愛（糸瀬七葉）から逆恨みされて悩んでいた、という情報を得る。そして世間では、萌歌の死の真相に大きな権力が働いたのではないかという「陰謀論」が過熱し始め……。

東京水上警察署・刑事防犯課の碇拓真（佐藤隆太）たちの元に、男性の水死体に関する検死結果が。被害者は大学生の増田健二で、死亡推定時刻は先週月曜日の深夜1時ごろ。死体は頭部が半分に欠けるほど殴打される、猟奇的な殺人だ。実は先月も工務店勤務の佐藤守が頭を半月状に損壊された事件が起き、犯行があった日が半月だったことから世間では『ハーフムーン殺人事件』と呼ばれていた。今回の事件が発生した夜も半月だったことから、碇たちは同一犯による犯行を疑う。 この事件に関して、本部から警視庁捜査一課の警部で、携わった事件は全て解決してきた殺人犯捜査第10係“篠宮班”の篠宮多江（野波麻帆）が送り込まれる。実は篠宮と碇は同期で、かつて交際していた時期もある関係だった。捜査会議で篠宮は、碇たちに死体がどこから流れ着いたのか探ると同時に被害者たちの共通点を洗うよう指示する。 そんな折、日下部峻（加藤シゲアキ）の元に病院から連絡が。母親の涼子（阿部朋子）が体調を崩して入院していた。担当医は日下部に詳しい検査結果は明日出ると告げた。 あくる日、増田のスマホデータが復元されたと連絡が入る。そこには『Fog talk』というアプリがあった。匿名・流動型犯罪グループ“トクリュウ”の間でよく使われる、メッセージが自動消去されログも履歴も残らない“消えるアプリ”だ。さらに佐藤のタブレット端末からも同じアプリが見つかり……。

東京水上警察署の碇拓真（佐藤隆太）らは、警視庁捜査一課の警部で殺人犯捜査第10係の篠宮多江（野波麻帆）が率いるチームとともに『ハーフムーン殺人事件』の犯人を追っていた。そんな中、日下部峻（加藤シゲアキ）は、殺害された匿名・流動型犯罪グループ“トクリュウ”の2人――佐藤守と増田健二への指示役と思われた不動産業者・泉圭吾（内博貴）を任意同行して強引な取り調べを行ったことが問題視され、謹慎処分を受けてしまう。 一方、篠宮は、5ヵ月前に佐藤、増田とともに蘇我誠（田中幸太朗）という弁護士の自宅に押し入り、蘇我を殺害したと思われる瓜谷雄志（山内昭宏）を『ハームーン殺人事件』の容疑者として逮捕する。佐藤と増田が自首をしようと言い出したため、口封じで殺したというのが本部の見解だった。だが篠宮は、瓜谷にはアリバイがあるため、まだ犯人とは断定していないという。瓜谷のアリバイには、偽装工作の可能性もあった。碇も、口封じで殺したわりには頭部の損傷具合が激しすぎるとの疑念を抱く。 取り調べて瓜谷は、盗みに入ったときにはすでに蘇我は死んでいた、と証言する。蘇我は、検事から弁護士に転向した“ヤメ検”で、闇金や暴力団と組み、法律ギリギリの案件に手を貸していたという。蘇我の事件の捜査に当たった刑事から当時の話を聞いた碇たちは、蘇我が公私ともに面倒を見ていた暴力団組員・千堂太一（島丈明）がいたことを知るが……。

碇拓真（佐藤隆太）は、東京水上警察署署長の玉虫肇（椎名桔平）から、2日前に起きた刺殺体ボート漂流事件の捜査を指示される。一方、日下部峻（加藤シゲアキ）からプロポースされた有馬礼子（山本美月）は、彼の気持ちにどう応えるべきかわからずに苦しんでいた。日下部と礼子の関係に気づいていた細野由起子（山口紗弥加）は、そんな礼子に声をかけ、相談に乗った。礼子は、日下部のことだけでなく、自分自身が揺れやすくなっている、とその胸の内を打ち明ける。 するとそこに、碇から連絡が入る。行き詰まっている刺殺体ボート漂流事件の捜査に礼子も参加してほしいというのだ。被害者は都内の産廃処理業者・桂孝一。発見時、桂の遺体は鎖でぐるぐる巻きにされ、左胸には銛が突き刺さっていた。その姿からこの事件は、魚の命を無駄にした商人が海の神・ソラナギの怒りを買い、最後には鎖で縛られ銛で心臓を突かれるという絵本『ソラナギ物語』になぞられ、『ソラナギ事件』とも呼ばれていた。遺体は、ボートの中に満ちていた海水で冷やされていたため死亡推定時刻はまだ調査中で、犯行現場も分かっていない状況だった。玉虫は、海の専門家である海技職員の知識を駆使して、遺体がどこから流れてきたものなのかを特定するよう礼子に指示する。捜査への参加を承諾した礼子は、ただちに潮流データの分析・計算を行い、遺体を乗せたボートの出発点と時刻を割り出すが……。