麗春（れいしゅん）院ので働く韋小宝（い･しょうほう）は手配書に描かれた茅十八（ぼう･じゅうはち）と偶然出くわす。店内で役人に囲まれてしまった茅十八は、韋小宝の機転により難を逃れる。都へ行くという茅十八に対し、韋小宝の母、韋春花（い･しゅんか）は、息子も一緒に連れて行ってほしいと頼む。都へと向かう道中、食事をするため店に入った韋小宝は、怪しげな太監・海大富（かい･だいふ）と出会う。

海太監付きの太監･小桂子（しょうけいし）を名乗ることになってしまった韋小宝。海太監からの命令で「四十二章経」を捜していると、同じものを捜す女と鉢合わせになり、焦った韋小宝は急いで逃げ帰る。その後、再び南書房で「四十二章経」を捜していると、皇帝陛下と鰲拝（オーバイ）の話し声が聞こえる。そこには友人となったはずの小玄子（しょうげんし）がいて…。

皇帝から鰲拝を始末するよう命を受けた韋小宝は、海太監が所持する薬を使うことを提案する。着々と準備を進め、ついに鰲拝が皇帝のもとにやってくる。皇帝はなんとか鰲拝に茶を飲ませようとするが、警戒する鰲拝はなかなか飲まない。そして鰲拝はわざと茶器を落とす。その音をきっかけに、隠れていた太監たちが鰲拝に襲いかかるが…。

海太監は韋小宝に毒を盛り、解毒薬が欲しければ、ある場所に連れて行けと命じる。韋小宝は命じられるがまま海太監に付き添うと、到着したのは皇太后がいる慈寧宮だった。海太監は皇太后に向かって五台山からの消息を伝える。韋小宝は陰に隠れて二人の会話を聞いていたが、皇太后に呼ばれ海太監を殺すよう命令されてしまう。

韋小宝は鰲拝の残党を捜索するため、変装して市中に出たいと皇帝に願い出る。無事に市中へ出ることに成功した韋小宝のもとへ青木堂（せいぼくどう）の風際中（ふう･さいちゅう）が現れる。風際中に連れられ向かった先には、雲南（うんなん）沐王府の白（はく）兄弟に襲われた徐天川（じょ･てんせん）が虫の息で横たわっていた。天地会と同じ志を持つ沐王府と争いをするわけにはいかず、白家へ向かうが…。

人質となった沐王府の郡主は不意を突いて韋小宝を殴り、逃げようとする。するとそこに幽霊の姿をした建寧（けんねい）公主がやってくる。無事に建寧公主を追い払った韋小宝たちのもとに、今度は幽霊のフリをした皇太后がやってくる。皇太后は、韋小宝が眠る布団に手を伸ばすが…。そして翌日、韋小宝は急いで皇帝のもとへ向かう。

宴の途中で厠のために席を立った韋小宝。すると厠の中で誰かが密談しているのを聞いてしまう。その頃、皇太后は柳燕（りゅう･えん）に韋小宝を殺すよう命じる。一方、郡主の沐剣屏（もく･けんぺい）は、別れの言葉を伝えるため韋小宝の帰りを待っていた。その時、皇宮に刺客が現れる。刺客は韋小宝がかけた罠にひっかかるが、沐剣屏は刺客が持つ剣に見覚えがあった。

皇帝から刺客を遣わしたのは呉三桂（ご･さんけい）ではと問われた韋小宝は、すぐに否定する。そして刺客の尋問を終えた多隆（トルン）総管から、刺客が使っていた武器について報告を受けると、韋小宝は持論を展開し、皇帝の命で呉応熊（ご･おうゆう）に武器と供述書を届ける。部屋へ戻った韋小宝は、刺客の方怡（ほう･い）から、生き残った刺客の中に劉一舟（りゅう･いっしゅう）がいるか調べてほしいと頼まれる。

方怡の依頼を受け、尋問をしに来た韋小宝。刺客たちに劉一舟を捜していると伝えるも、知らないふりをされたため、依頼主は方怡だと告げる。劉一舟の無事を確認した方怡だったが、殺されるのは時間の問題だと言われ、救い出して欲しいと頼む。すると韋小宝はある取り引きを持ちかける。一方、皇太后は韋小宝の暗殺を諦めていなかった。

皇太后に捕まった韋小宝は、柳燕に連れて行かれそうになるが、その瞬間、「四十二章経」と叫ぶ。すると皇太后は「四十二章経」の隠し場所を問い詰める。一方、建寧公主を助けた沐剣屏たちは、宮女だと思っていた女が実は公主だと知り驚く。建寧公主は態度を急変させ、２人に鞭打ちをしようとするが、逆に方怡に捕らわれてしまう。

皇帝とともに慈寧（じねい）宮へ向かった韋小宝は、死んだと思っていた皇太后が生きていることに衝撃を受ける。皇太后から退出するよう言われた皇帝たちは部屋から出るが、韋小宝が何か知っていると察した皇帝は、韋小宝に慈寧宮で見たことを話せと言う。場所を変え、皇帝と２人きりになった韋小宝は、ついに自身の秘密を明かす。

五台（ごだい）山へ向かっていた韋小宝は、雨宿りをするため空き家に入る。するとそこで桂太監を捜す人物と出くわしてしまう。桂太監の行方を聞かれた韋小宝は、知らないふりをするが…。神龍教に捕まってしまった韋小宝は幽霊を装った荘（そう）家の侍女、双児（そうじ）に助けられる。しかし他の仲間たちは、章老三（しょう･ろうさん）に連れて行かれたあとだった。

怪しい男に呼び止められた韋小宝。なんとかその場をやり過ごして解放されるが、分かれたとたんに走ってしまったため、結局また呼び止められてしまう。「四十二章経」を奪われてしまい、焦る韋小宝だったが、そこに和尚たちが現れる。その後、都へ到着した韋小宝は客桟へと向かう。都についてもなお、皇太后を警戒していた。

経典の在りかを探す神龍教の教主 洪安通（こう･あんつう）。陸高軒（りく･こうけん）に連れられてきた韋小宝は、洪安通の妻、蘇荃（そ･せん）から柳燕について色々と聞かれるが、口から出任せを並べ立てる。蘇荃から自害を命じられた黒龍使（こくりゅうし）は、蛇骨を要求するのだが…。なぜか白龍使に封じられてしまった韋小宝は状況が理解できず、その場の流れに身を任せてしまう。

韋小宝は先帝からの言づけを皇帝に伝える。傷心する皇帝の姿を見て、涙を流す韋小宝。それを見た皇帝は、先帝に仕えるため出家しろと韋小宝に迫る。焦った韋小宝は話を変えようとするが話は堂々巡りになってしまう。約束を破られ激怒していた建寧公主は、韋小宝に驚きの提案をする。その時、皇太后がやってくるが…。

軍営に押し入ってきた謎の美女に驚きながらも、思わず頬が緩んでしまう韋小宝。刀を向けられるも、機転を利かせて攻守逆転する。その後、無事に少林寺に到着した韋小宝は、そこで皇帝からの衝撃の勅命が明かされる。そんな中、僧侶が女たちに暴力を振るわれている現場を目撃した韋小宝は、急いで止めに入るのだが…。

先帝に面会を拒否され傷ついた皇帝の代わりに泣き叫ぶ韋小宝。すると部屋の中に入ることを許される。ついに父と再会した皇帝は、一緒に戻るよう説得する。皇太后が原因で父が戻ることを拒否してると思った皇帝は、皇太后の罪を伝えるが…。その頃、部屋の前で皇帝を待っていた韋小宝は、ひげ面の男と父親について語っていた。

謎の尼僧は皇太后の攻撃を見て、神龍教の技だと見抜く。どこで教わったかを問うが、皇太后はしらを切る。陰からその様子を見ていた韋小宝はあきれてしまう。するとそこに「四十二章経」を持った建寧公主が現れる。「四十二章経」を持ち帰った尼僧は、表紙の裏が二層になっていることに気づき、韋小宝に切り開くよう指示をする。

韋小宝に経典を託した九難（きゅうなん）は、この話は陳阿珂（ちん･あか）には漏らさぬようにと念を押す。一方、韋小宝の行方を捜す皇帝は、なかなか見つからないことに激怒していたが、そこに韋小宝が現れる。そして河間府（かかんふ）で殺亀大会が行われていたことを皇帝に伝え、さらに報告したいことがあると話す。一方、韋小宝が戻ったことを知った建寧公主は…。

建寧公主を送り届けた韋小宝の前に偽の皇太后が現れ、建寧公主を江湖に伴うと話す。しかし韋小宝は、建寧公主に真実を明かせるのかと問い詰める。そんな中、久しぶりに棺桶に隠した「四十二章経」を確認しに天地会へやってきた韋小宝。だが部屋の外に陳近南（ちん･きんなん）を捜す馮錫範（ふう･しゃくはん）と鄭克塽（てい･こくそう）が迫っていた。焦った韋小宝は棺桶に身を隠すが…。

雲南（うんなん）へと向かう道中、あちこちでもめ事が起き、振り回される韋小宝は、双児から優しすぎると指摘されて、やり方を変えることにする。一方、建寧公主は乳母を装い同行している九難に対し暴言を吐くが、逆に殴られてしまう。韋小宝に説得され、乳母を受け入れることにした建寧公主は、九難からしつけを受けることになるが…。

保順（ほうじゅん）門の前に置かれた怪しい輿の中をのぞくと、そこには猿と亀が１匹ずつ入っていた。どういう意味か分からず混乱する韋小宝たち。するとそこに呉三桂が現れる。皇帝からの勅令を読もうとする韋小宝だったが、字が読めないため代わりに読んでほしいと呉三桂に頼むことに。その後、宴席に招かれた韋小宝。しかし雲行きは怪しかった。

呉三桂の書房へ案内された韋小宝は、部屋に置かれた高価な品を誉めたたえる。すると呉三桂は、兵器が並ぶ棚から刀を持ち出し振り回す。さらに戦利品だと言って黄色の布に包まれた経典のようなものを見せてくる。その後、酒を飲むことになった呉三桂と韋小宝。すると洪教主から受け取った解毒薬を持った陸高軒が現れる。

呉応熊を罠にはめようとしていた建寧公主は、もみ合ううちに呉応熊を刺してしまう。建寧公主は寝床に押し倒されたと訴え泣き叫んでいたが、演技だと気づいた韋小宝は驚く。このことを知った呉三桂が建寧公主のもとへやってくるが、韋小宝は部屋に入れないように必死に抵抗する。一方、九難は阿珂に呉三桂の暗殺を命じるが…。

夏国相（か･こくしょう）を黒幕にするため、韋小宝は計略を巡らす。無事に沐剣屏を救い出した韋小宝だが、帰りの輿の中で呉三桂にはめられたことに気づく。何としても阿珂を救いたい韋小宝は、天地会に助けを求めるが、はぐらかされてしまう。そんな中、韋小宝のもとに見知らぬ尼が訪ねてくる。阿珂の窮地を知らせる文に、急いで尼のもとに向かう。

建寧公主の本当の父親である劉金（りゅう･きん）が建寧公主をさらうが、韋小宝は建寧公主のためにも、そんなことはやめるべきだと必死に説得する。そんな中、建寧公主の命を狙う鄭克塽と馮錫範に出くわした韋小宝。絶体絶命の韋小宝の前に、謎の男が助けに入る。それを好機とみた韋小宝は、馮錫範を始末するよう仲間たちに指示する。

「四十二章経」に隠されていた地図をついに完成させた双児。韋小宝も完成を喜ぶが、文字が読めず困り果てる。しかし双児の機転により、解決の糸口をつかむ。そんな中、陸高軒と任玉翔（にん･ぎょくしょう）が韋小宝のもとに戻ってくる。経典の在りかを捜すために戻ってきた２人に対し、韋小宝は経典の在りかは分かっていると告げるが…。

神龍教の洪教主から責められた韋小宝は、今回も口から出任せで言い逃れようとする。双児の助けで逃げ出した韋小宝だったが、劉金に捕まってしまう。韋小宝は建寧公主が自分の子を身ごもっていると、またもウソをつく。それを聞いた劉金は、韋小宝を信じて逃がしてくれるが…。皇宮へ戻った韋小宝は、皇帝から奏状の話を聞くが…。

韋小宝の告白を皮切りに、臣下たちが呉三桂に惑わされ金銀財宝を受け取っていたことが判明する。反省した臣下たちは、皇帝の言うとおり廃藩に賛成する。何度も大役を果たした韋小宝に休養が与えられることになるが、その前に呉三桂の伏兵に不意打ちを仕掛けることを命じられる。皇帝の命に応えるため、ひげ面の男を捜すが…。

呉応熊の保管する木材を調べた韋小宝だったが、特に不審な点は見つからず呉応熊に謝罪する。すると部屋の外から配下たちの言い争う声が聞こえる。事情を聞くため部屋に呼び入れると、木材運搬の責任者である雲南提督の張勇（ちょう･ゆう）が、木材を運ぶために滇馬を使ったと言う。滇馬とはどんな馬なのかと韋小宝が張勇に問うと…。

皇帝のもとに泥だらけの顔をした韋小宝が帰還する。皇帝は呉応熊を捕らえたことを喜ぶが、どう処分するべきか悩んでいた。結局、呉三桂のことを考慮して公主府に戻すことにする。皇帝は大功を立てた建寧公主に褒美を与えることにする。そして皇帝との食事の席で酔っ払った建寧公主は、大元帥になりたいと訴えるが…。

久しぶりに揚州（ようしゅう）に帰郷した韋小宝は、母が働く麗春院で鄭克塽と阿珂を偶然見つける。そして部屋の外で盗み聞きをしていると、母に見つかってしまう。久しぶりに再会した親子だったが、韋春花は懸賞金がかかっている息子を心配し、すぐに追い出そうとする。そんな中、韋小宝は母を使って鄭克塽たちの酒にしびれ薬を混入させる。

手違いで蘇荃や阿珂たちを牢に閉じ込めてしまった韋小宝。無礼な対応に憤慨し、暴れ出した蘇荃たちに手枷をはめるよう指示した韋小宝に、曾柔（そう･じゅう）は幻滅して罵る。そんな中、陸高軒が洪教主の使いとして蘇荃を迎えに来る。蘇荃たちが旅立ったその時、揚州の知府、呉之栄（ご･しえい）が軍事機密を報告するために韋小宝のもとへやってくる。

帰京が決まった韋小宝は、一緒に都へ行こうと母を誘うがあっさりと断られる。その代わりに、麗春院を買い上げようと提案するが、息子にそんな金があるはずがないと、母はあきれる。帰京の道中、韋小宝一行は天地会とケンカをする帰（き）夫妻と出くわす。呉三桂にはめられて呉六奇（ご･ろくき）を誤って殺してしまったと言う帰夫妻に対し…。

皇帝が刺客に襲われることを心配した韋小宝は、以前、鰲拝の屋敷からこっそり持ち出していた金糸胴着を皇帝に贈ろうとする。しかし着服したことがバレてしまい、皇帝は韋小宝を優しくたしなめる。一方、偽の皇太后だった毛東珠（もう･とうじゅ）が劉金とともに皇宮に現れる。建寧公主に会いに来た毛東珠はついに本当のことを話すが…。

韋小宝を疑い始めた皇帝は、韋小宝に禁軍の指揮権を与え、取り逃がした３人の刺客を必ず捕らえるよう命じる。韋小宝が屋敷に戻ると、帰夫妻から皇帝の居場所へ案内するよう脅される。一方、天地会の陳近南は皇宮での騒ぎを聞き、韋小宝が心変わりする可能性を示唆する。そして、天地会を裏切れば、この手で殺すと徐天川らに告げる。

身の危険を感じていた韋小宝は、多隆を丸め込んで、なんとか伯爵府へ向かおうとするが、多隆も自身の官職を守るため、なかなか逃がしてくれない。韋小宝は海太監が残していたはずのしびれ薬を捜すも、すでに多隆が片づけたあとだった。そんな中、建寧公主が訪れ、自分の子を身ごもっていると知った韋小宝は驚くが。

天地会の仲間たちを無事に脱出させた韋小宝は妻たちと一緒に逃げるが、追っ手はすぐ近くまでやってきていた。空き家に逃げ込んだ韋小宝たち。しかし兵に見つかってしまう。窮地に立たされた韋小宝だったが、そこに趙良棟（ちょう･りょうとう）が現れ、北以外に逃げるよう告げられる。無事に逃げられると思った矢先、神龍教の洪安通たちが現れる。

施琅（し･ろう）に追い詰められた鄭克塽は、清に投降しろと言われるが抵抗する。そんな中、陳近南は施琅に対し、一緒に明（みん）の復興を成し遂げようと提案する。韋小宝は陳近南を不意打ちで刺した鄭克塽に激怒して銃口を向けると、焦った鄭克塽と馮錫範は跪く。致命傷を負った陳近南に急いで駆け寄る韋小宝。すると陳近南は韋小宝に明の復興を託す。

皇帝から戻ってくるよう勅令を受けた韋小宝。だが天地会を滅ぼせという条件付きだった。韋小宝は、都に戻らなければどうなるのかと王進宝（おう･しんほう）に問う。出産を間近に控えた建寧公主と阿珂は激痛に襲われ大声で叫んでいた。同じく身ごもっている蘇荃は必死に激痛に耐えていた。そんな中、趙良棟が島を訪れ、恩赦が与えられるが…。

皇宮では施琅の奏状について議論されていたが、索額図（ソエト）たちは反対する。それでも韋小宝をかばう索額図たちに、皇帝は苦言を呈す。だが民の心をつかんだ韋小宝は評価され、台湾の中原移住は撤回される。ついに帰還した韋小宝は、到着してすぐに皇帝からの勅命で南書房へ来るようにと言われるが、理由をつけて逃げようとする。

韋小宝が宴を終え屋敷に戻ると、妻たちと団らんする皇帝がいた。驚く韋小宝に対し、皇帝は小玄子と呼ぶように言う。建寧公主とその子供に会いに来た皇帝は、建寧公主に令牌を贈る。そんな中、皇帝は韋小宝に大きな地図を見せ、戦を始めることを伝える。皇帝は韋小宝を一等鹿鼎（ろくてい）公と撫遠（ぶえん）大将軍に封じ、水陸３軍を授ける。

自分が陳近南を殺害したことになっていることに疑問を持った韋小宝。すると蘇荃は、皇帝からの聖旨に聞き漏れがないかと確認する。褒めちぎられ舞い上がっていた韋小宝は、聖旨の後半を聞き逃していた。皇帝に濡れ衣を着せられたことに憤慨するが、茅十八が事実を知らなければ意味がないと困り果て、直接説明しようとするが…。

処刑前日の夜に監斬台にやってきた韋小宝は、事前に茅十八に似た遺体を準備する。そして斬首の執行当日、監斬台に連行された茅十八は韋小宝への暴言を吐き続け、韋小宝に１つだけ要求をする。一方、皇帝は建寧公主の娘たちと遊んでいた。処刑の報告を終えた韋小宝は妻たちと屋敷へ戻ろうとするが、皇帝から呼び止められる。

帰路の途中で輿が急に止まる。韋小宝が外に出ると、そこには天地会の顔ぶれが並んでいた。皇宮へ向かい、皇帝を暗殺すると言う徐天川たちを必死に説得する韋小宝だったが、彼らの気迫に負け、一緒に皇宮へ行くことに。皇宮へ到着した韋小宝は、侍衛が１人もいないことに違和感を覚え、弓で狙われていることに気づくが…。