ゲープ率いるGSG-9「チーム50」はテロリストのハムザ兄弟の確保に向かうが、弟には逃げられ、サブリーダーのアンディは撃たれて重傷を負ってしまう。チーム50には新人のフランクが入隊し、サブリーダーに負傷したアンディに代わってコニーが抜擢される。その矢先、弟のイシャーンはアメリカの水泳選手団を人質に取り、兄の釈放を要求。犯人の裏をかき、チーム50は人質の救出に成功するが…。

WHO（世界保健機関）総会に暗殺予告が届き、チーム50は予告状にかかれていた建物に向かう。そこには天然痘にかかって死にかけている男がおり、彼に近づいたフランクは天然痘に感染してしまう。男が持っていた小包には謎の団体からのビデオレターが入っていて、ＷＨＯが対アフリカ支援を行わなければ、天然痘のウイルス爆弾を爆発させるという。一方隔離されたままのフランクは、チームの活動にも関われず命の危機を感じる…。

テロ容疑がかけられたイスラム過激派の男を尾行していたチーム50は、男を逮捕するもさらなるテロの計画が発覚する。首謀者はオマー・マダーニ。彼には妊娠中のドイツ人の妻がいた。ゲープたちは彼女を監視することに決める。一方、チーム70がオマーの仲間の確保にあたるが、リーダーであるファルクが、オマーの仕掛けた爆弾で亡くなってしまう。

ドイツ大統領夫人の護衛としてベラルーシ外遊に同行したコニーとデミアだが、ドイツ大使館内で女に監禁されてしまう。ヤニナというその女は、体に爆弾を巻き付けていた。彼女の目的は母親と子供のいるドイツへの亡命。夫はベラルーシ政府の武器密売を告発しようとして秘密警察に殺されたのだという。大使館に踏み込んだ秘密警察は、ヤニナの身柄を要求するが…。

内通者がいるという疑いをかけられたチーム50。停職を命じられ、アンホフとともに事情聴取されることに。事情聴取を担当するのは内務省から派遣された調査官のシャフナー。彼女の尋問が進むにつれ、事件が浮き彫りにされていく…。今回の任務とは極右組織の新銃撃隊(ＮＳＳ)に潜入し、テロを未然に防ぐというものだった。

ゲープたちはコソボのドイツ軍駐屯地に出動を命じられる。今回の任務は、民間人虐殺の容疑がかけられているセルビアの元陸軍司令官ザラデビッチを、戦争犯罪人として逮捕し、さらに国際戦犯法廷へと移送するというものだった。ゲープたちはザラデビッチの逮捕には成功。しかしデミアが拉致されてしまい…。ゲープはザラデビッチとデミアの人質交換を要求する。

チーム50は元ドイツ赤軍のテロリスト、ボンガーツ夫妻の逮捕の任務に就く。だが、あと一歩のところで取り逃がしてしまう。ボンガーツ夫妻は、娘とともに次の潜伏場所へと移動していたのだった。しかし、留守の間に妻と娘がいる新しい潜伏場所にGSG-9が踏み込んだと知ったボンガーツは、娘のボーイフレンドが警察に通報したと思いこみ、彼を人質に取って国外逃亡を図る。

テロ組織「アル・タウィード」の不穏な動きを察知したゲープたちは、彼らを逮捕すべく、ベルリン東港のアジトを急襲する。しかし、犯人の一人が自爆し、他のメンバーには逃げられてしまう。テロ組織の暗号メールから、かつて軍用基地だった飛行場に組織のリーダーが到着するという情報を得て、ゲープたちは飛行場へ向かう。しかしそこに現れたのは、CIAに連行された実業家の男だった。

GSG-9の訓練生が、山岳訓練中に射殺される事件が起きる。ゲープたちが残りの訓練生の救助のため山へ向かうと、そこには訓練生全員の殺害を予告する、犯人からのメッセージが…。GSG-9本部では、精神科医のユングが犯人のプロファイリングを行っていた。その結果、犯人はGSG-9に入隊できず、恨んでいる者だと推測され…。

モアビット刑務所で医師と看護師を人質にとった監禁事件が発生。犯人のレーマーは、脱獄のためのヘリコプターと金、仲間の解放を要求してきた。刑務所の構造上、すばやい突入ができないと判断したゲープたちは、同じ構造の部屋を使い人質救出の策を練る。さらに、人質の一人であるクレーバー医師が犯人に協力していることを突き止め、原因をさぐるべく医師の自宅へ向かう。

宝くじ売り場で爆発テロが起きる。テロを警戒していたゲープたちは、犯人が爆弾をペンに仕込んで犯行に及んだと知る。そのころ、警察のパーティーに出席したアンホフも、不審な男からペンを受け取っていた。捜査が始まると、犯人は旧東ドイツの爆弾担当の警官で、東ドイツが消滅後、GSG-9に応募するものの不合格になっていたと判明する…。

BKAの指示で人身売買組織の現場に踏み込んだゲープたち。コニーは、そこで救出した女性のズエラから、同じく人身売買組織に拉致された妹エリラを探し出し、救出してほしいと懇願される。別のコンテナからは窒息した女性たちの遺体が発見されるが、そこにエリラは見つからなかった。ゲープたちは組織のリーダーであるモッタの逮捕に成功するが、拉致されたエリラの居所は掴めず…。

ドイツを訪れたアフガニスタン大統領が、空港で命を狙われた。ゲープらの対応により暗殺事件は水際で食い止められたはずだったのだが…。アバジ大統領の警護中のゲープに電話が入る。妻のマヤが、大統領の暗殺を狙うテロ集団、アル・タウィードに拘束されたという。マヤの命と大統領の命、その選択に迫られるも警備を続けるゲープだが…。