ゲープたちは、テロリストの男女が川岸で旧ソ連の核爆弾を地中から掘り起こすのを目撃する。逮捕すべく追撃するものの取り逃がしてしまった。不発弾を爆発させるために犯人たちはプルトニウムを交換するだろうと考えたゲープらは、取引の情報を得て現場に急行する。しかし、部屋にいた女が手にしていたプルトニウムに銃弾があたり女は被爆、主犯の男は逃走する。

建築家ブラームスには裏の顔があり、実は犯罪組織を束ねる凶悪犯罪者だった。GSG-9は連邦刑事局の捜査に協力し、おとり捜査員のサポートに回るが、ブラームスに感づかれて捜査員は殺害されてしまう。そして、ブラームスの身辺に潜入していた捜査官ユリアにも危険が及ぶ。しかし、ユリアの行動も不審で…。一方、コニーは単独でブラームスと接触する。

ブラームスに連れ去られ、行方不明となったコニー。彼に代わり、ゲープたちはフレディをサブリーダーに迎えて、新しい任務に就く。ロシア軍から奪われたガス弾を追って現場に急行した彼らだったが、その場にいた犯人はガス弾により死亡。しかし、残りのガス弾がすでに別の場所に仕掛けられていた。そして、遊びで偶然ガス弾の起爆に使う携帯番号を入手してしまった少年たちが、犯人の仲間に命を狙われることになり…。

列車のジャック事件が発生する。犯人の要求は姉を連れてくることで、要求が通らない場合は列車を爆破するという。犯人の姉マリアは書類上すでに死亡していることになっていたのだが、調べが進むとマリアの情報は州刑事局によって改ざんされていることが判明する。マリアは犯罪組織"フィルマ"幹部の証人であり、保護プログラムを申請して別人になりすましていたのだった。

ドイツ人とアフガン人によるヘロインの取引現場に乗り込んだゲープたち。しかし、現場でフランクが被弾する。逃げた相手は素人とは思えない動きをしており、彼らはアフガンに駐屯していた陸軍の特殊部隊の兵士だったことが分かる。フランクは軽傷で済んだが、次の任務中に人質に取られてしまう。逃走した犯人を追うGSG-9だったが…。

ガソリンスタンドで人質事件が発生。ゲープが現場に急行するが、犯人が目の前で何者かに射殺されてしまう。犯人は「ヤツを止めろ」と言い残す。捜査によって、その男はナイジェリア解放軍の一員だったことが判明。テロを起こそうとする仲間を止めようとして殺されたようだった。そしてさらに、その男の兄弟が、数万人が集まるライブ会場を標的に選んでおり…。

エグベス率いるテロリスト集団「ナイジェリア解放軍」の次の作戦は、原子力発電所を乗っ取り爆破しようというものだった。容疑者の母親がマヤを誘拐したことを知らないゲープは、チームを率いて発電所に潜入。しかし、デミアとフレディが犯人に拘束されてしまう。ゲープは単身で、爆弾を捜して行動することに。一方拘束されたデミアとフレディは、発電所の従業員と団結して陽動作戦を行うが…。

テロ組織アル・タウィードの裁判がベルリンで開かれる。しかし出廷予定だった証人が、直前に何者かによって殺害されてしまう。GSG-9は残りの証人の警護をすることに。証人の1人であるアトヴィはアル・タウィードに家族を人質に取られていた。人質を救出すると約束し、情報を得ようとしたゲープたちだったが…。

トルコ大使を人質に取り、立てこもり事件が発生する。犯人の要求は「クルド解放戦線の戦士を刑務所から解放せよ」というものだった。しかしゲープたちの捜査により、犯人が情報局の者であることが判明。さらに、彼の息子がマレーシアで麻薬所持のため逮捕され、今にも死刑に処される状態であることが分かる。犯人の本当の目的で息子の解放であることを知ったゲープたちは突入を試みる。

中央アジア共和国の独裁者であるママドフ大統領がドイツを訪れる。大統領を狙ったテロの情報が入り、ゲープたちは警護に当たる。しかり自爆テロが発生し、大統領とデミアががれきの下に埋まってしまう。ゲープたちはテロリストの残党を追うため、デミアの救出を救助隊に任せ現場を離れることに。一方で、ママドフ大統領も秘密警察を使ってテロリストを追っていた。

コニーが行方不明となった事件で、ブラームスの潜入捜査に当たっていたユリアは、実は寝返っていたことをデミアに告白する。自身の裏切りを後悔したユリアは、ブラームス逮捕へつながる決定的物証をノイキルヒ警視に渡すことを決意。しかし何者かの手によって爆殺されてしまう…。そして、その現場にいたのはノイキルヒとコニーだった。コニーに向けられる疑いの目。しかし、コニーもノイキルヒの指示で潜入捜査に入っていた。

初代GSG-9の一員であったブランクの葬儀中に発砲事件が発生。事務次官をかばう形でアンホフが被弾する。狙撃に使われた銃を割り出し持ち主の家に向かったゲープたちだったが、容疑者は彼らの目の前で爆死してしまう。調査が進むにつれ判ってきたのが、事件は事務次官を狙ったものではなく、アンホフを含めＧＳＧ-９の創設メンバーが狙われたものだったということだった。その裏には、30年前の爆破テロ事件が絡んでいた…。