時は戦国時代。戦乱によって親を亡くした獅子丸・沙織・小助の三人は、日本最高の忍者・果心居士によって飛騨の山にて育てられてきた。しかい、日本を戦乱と憎しみの坩堝に陥れようと企む大魔王ゴースンの使者オロチが果心居士を襲う...。

獅子丸の前に一人の女性が、金砂地の太刀を売ってくれと現れた。マシュラ山に棲む怪人ヤマワロ童子がその女の赤ん坊をさらい、脅していたのだ...。

獅子丸たちの行く手を山焼きがふさぐ。それらは彼らを森中へ追いやろうとする怪しい浪人たちの仕業であった。気付かれたとみるや一味は彼らに攻撃を仕掛けるが...。

果心居士の弟子のひとり・久兵衛は強力な火薬を開発し、その製法を獅子丸に託そうと彼の到着を待っていた。だがそこに怪人ムササビアンが突如現れ...。

怪人オボは虚無僧装束に身を包み、怪人ドキと怪人ツララを従えて隣国へ向かう密使を待ち構えていた。その目的は密書を奪い、戦争を起こすことであった...。

子供のころ戦乱に巻き込まれて母を失い、父と生き別れてしまった百合姫。それから10年後、父が鷹取城の城主になっていることを知った姫はお供を引き連れて城へ急いでいた...。

日本最大の黒山金山を占拠した怪人ギンザメは金塊の力で国を乗っ取るべく、周辺の村の男たちをことごとく連れ去り金山で働かせていた。それを知った獅子丸は村人に扮して金山へ紛れ込むが...。

大魔王ゴースンはライオン丸を倒すべく、自らの身体から分身魔王デボノバを生み出した。デボノバは怪人イワゲバを指揮下に置き、ある村に矢文を放った。その内容に村人たちは慌てふためいてしまう...。

吸血怪人ゾンビ-は昼も夜も人を襲い生き血を吸い尽くすと、その死体をどこへともなく運び去っていった。そしてまたひとり、若い娘が怪人に血を吸われてしまう...。

里見村ではイモリが異常発生し、イモリが現れるところでは必ず不吉な事件が起こるという。そんな奇妙な噂を耳にした獅子丸たちはそれがゴースンの企てに違いないと考え...。

獅子丸たちはドクロ忍者に襲われていた笛師・りんとその娘の千恵を助けた。親娘の吹く笛の音を聴いた小助は、同じ年頃の千恵に心惹かれる想いだったが、京へ向かう2人とは別れなければならず...。

3人の伊賀忍者がオニワラシとテングワラシを率いる怪人ギロジー一味に襲われた。そのうち2人あえなく殺害され残ったひとり・彦丸は獅子丸に助けられたものの深手を負っていた...。

ある漁村で何人もの漁師やその家族たちが忽然と姿を消した。怪人ウミカブロが人々を殺し、人食い怪魚フナシドキにそれを食べてさせていたのであった...。

気ままにさすらいの旅を続ける怪人ネズガンダ。彼は他人に指示されることをひどく嫌い、気が向かなければ戦おうともしない。小さなハツカネズミを篭に入れて歩く奇妙な怪人である...。

ゴースンがデボノバの下へ新たに遣わした怪人エレサンダーは、高圧電流を放つ槍を武器に獅子丸たちのいる村を襲撃した。つかの間の休息をとっていた獅子丸はライオン丸に変身する！

ドクロ忍者を率いて荷馬車を襲うデボノバ。ライオン丸は果敢に戦うが、荷物の中身を見た彼らは早々に立ち去った。その行動に疑問を抱いた獅子丸は一味の本当の狙いに気付く...。

ノロシを上げて襲い来る怪人ジェロモとその一味に、ある山村が襲われた。村人たちは砦に逃げ込んだが、このままではみなごろしにされてしまう...。

恵山に棲む魔物のために海の魚が獲れなくなった。そんな噂を聞いて道を急いでいた獅子丸たちは糸市という人間嫌いの少年と出会う...。