島原の乱より12年、妻を娶り静かに暮らしていた十兵衛は、若き日に別れ死んだと聞かされていた母が生きていると知る。
御三家徳川頼宣のもとにいる母に会うため、十兵衛は紀州へ。
道中、敵方で軍師として暗躍していた由比正雪の放った刺客が十兵衛を襲う。
将軍・家光が病に倒れ、幕府転覆の野望を果たさんとする正雪。その黒幕こそが頼宣だった。 
柳生十兵衛の最後の戦いが始まる。
シリーズ完結編。
柳生十兵衛のルーツ、由比正雪と大納言頼宣の天下取りに立ち向かう柳生十兵衛の最後の戦いが、描かれる。