前作、デジタルキャピタル中込とユイの奪還・AI戦争後、打ち解けかけていたボックスとアキラが大げんか、イズムはCIAにスカウトされて渡米(という噂)、ダルマは行方不明、ページ、タイコもそれぞれ別々の道を歩んでアキハバラ@DEEPは散り散りになっていた。そんなある日ページのPCデイスプレイに突如、バンドウイルカが泳ぎ、文字が浮かぶ。「こんばんはページ君、お久しぶり」チャット交信がはじまる。ユイのライフガード、、、しかも進化している!?「いまこそあなたたちの力で、人類を救うような最高のAIを作るべき」とユイはページに訴える。ページは散り散りのメンバーを再結集。しかし、そこに新たな敵、デビッド・ウー率いるメデイアコングラマリッド「Mu」が立ちはだかる。進化形AIサーチエンジンを巡って@DEEP×Muのバトルの幕があける。
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