前作で破れ去ったメカキングギドラの残骸を徹底的に研究し、ゴジラ対策チームGフォースは、超兵器メカゴジラを開発した。一方、北極付近を調査していたグループが古代鳥類の化石と巨大な卵を発見する。卵を持ち帰ろうとすると、巨大な怪鳥が追ってくる。かくて再び上陸したゴジラと対峙するメカゴジラに怪鳥ラドンが加わり、三つ巴の戦いが始まるというお話。
変態になる前の好青年だった高嶋政宏と、今や武豊夫人の佐野量子が共演、CGの出来は中古ビデオゲームさながらの情けなさだが、川北特技監督入魂の壮大なミニチュア大破壊が楽しめる。中でもメカゴジラの発進シーンは出色の出来で、エヴァの出撃シーンに大きく影響を与えているのが分かる。
