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シーザーら猿による革命後、地球では未曾有の核戦争へと発展し、大都市は荒廃。シ―ザ―は生き残った者を集め、緑の地で人間と猿は共存を図っていた。ある日マクドナルド(革命時、知事の側近をしていたマクドナルドの弟)から、シーザーの両親の発言を記録したテープの存在を明かされたシーザーは、猿が支配した地球の未来を知るために、テープがある放射能で汚染された保管所へと向かう。シーザーたちはそこの地下で生活している人間たちに見つかってしまうが、無事テープの証言を聞き、逃げ出すことに成功する。その後、地下人間のコルプ知事は猿を全滅させるためシーザーらが暮らす地へ偵察部隊を送る。その夜、ゴリラたちはアルド―将軍を筆頭に、シーザーへの反乱を企ていた。それを盗み聞きしていたシーザーの息子コーネリアスは、アルド―将軍に見つかり重傷を負わされる。シーザーが看病している間に、アルド―はミュータントの攻撃に備えるため、武器を奪い、人間を牢に閉じ込める。コ―ネリアスが息を引き取り、シーザーはアルド―と対立するが、直後にミュータントが町に襲来する。無事ミュータントを制圧したシーザーはアルド―がコ―ネリアスを殺したことを知り、自らの手で処罰する。そして、マクドナルドから人間の完全なる自由を求められたシーザーは要求に応え、猿と人間の平等社会を再建しようと試みる。シーザー死後から600年が経ち、猿と人間は平和に共存し、希望を抱いて未来を迎えるのであった。 スクールバスで戦場に向かうミュータントは滑稽。
