G対策センターではメカゴジラに代わる新兵器MOGERAの開発をするMプロジェクトと、三枝未希(小高恵美)のテレパシーでゴジラを操るTプロジェクトの2つのプロジェクトが進められていた。Gフォースの新城(橋爪淳)と佐藤(米山善吉)は、南太平洋に浮かぶバース島へ派遣されるが、そこには、リトルゴジラとGフォースの一員で打倒ゴジラに執念を燃やす結城(柄本明)がいた。一方その頃、宇宙ではG細胞から生まれた宇宙怪獣スペースゴジラが凄まじい勢いで地球へと迫っていた。
【第21作目】【平成シリーズ6作目】スペースゴジラ新城と佐藤の性格が分かりにくい。孤島に左遷させられていた結城が過酷な訓練があるはずのモゲラのパイロットになる程の人物とは思えない。｢スペゴジめ～｣とか劇中の人物に言わせちゃ駄目だと思う。未希と新城の無駄な恋愛もいらなかった。未希の突然のテレキネシスは驚いた。
