0点の答案用紙をママから隠そうと、のび太はドラえもんに頼んでひみつ道具“どこでもホール”で地下の空洞に行く。ところが、そこで偶然、広い地下洞窟を発見し、みんなを呼んで地底探検をすることに。が、その最中にスネ夫が行方不明になってしまった。慌ててスネ夫を探しに出かけるが、なんと肝心のドラえもんたちが人を食べる竜人“ナンジャ族”につかまってしまう。危機一髪というところを助けてくれたのは、竜の騎士バンホーだった。バンホーに連れられ地底人たちの首都を訪れたのび太たちは、そこでスネ夫に再会する。しかし、親切そうに見えた地底人たちは、実は地上征服を企んでいた。それを知ったドラえもんたちはなんとか地上に脱出しようとするが、再びナンジャ族に襲われてしまう。またもや地底人に救われたドラえもんたちはそのままバンホーたちが乗る巨大な船で地上に出る。しかし、そこはなんと6500万年前の世界だった！ 地底人たちの真の企みとはいったい…？
