IMFの諜報員ハナウェイはブダペストで核兵器の専門家「コバルト」が買おうとしている情報を奪う任務中、一度は情報を手に入れたが、殺し屋サビーヌ・モローに殺害され、情報も持ち去られてしまう。
「コバルト」の正体を突き止め、情報を手に入れることを阻止するため、IMFはモスクワ刑務所に服役中だったイーサン・ハントを脱獄させチームに加える。イーサンは任務外の殺人、妻ジュリアを殺された報復により投獄されていたという。
チームは「コバルト」の資料を求めクレムリンに侵入するが、何者かに直前に奪われ、さらにクレムリンの爆破犯に仕立て上げられる。この失敗により、IMFは解体が決定してしまう。
組織のためではなく、正義と平和のために核戦争を阻止しようとするイーサンたち。
ドバイでのシーンはまさに手に汗握る。
前作で内勤だったベンジーが現場の諜報員として活躍。
コメディ要素のあるキャラクターが加わって、また面白い。
