20XX年。度重なる戦争により世界各地に怪獣が出現するようになっていた。これに対抗するため人類は地球防衛軍を結成すると同時に特殊能力を持つ超人類ミュータント兵により編成された"M機関"を設立する。そんなある日、世界各地で怪獣たちが一斉に暴れ出す。地球防衛軍と特殊部隊M機関がこれを迎え撃つが、事態を収拾したのはX星人と名乗る宇宙人だった。地球は一時的に歓迎ムードとなるが、M機関の尾崎(松岡昌宏)たちはX星人の真の目的を知ってしまう。
【第28作目】28作目にして究極の異色作。これまでの作品のどれとも似ていない。舞台は地球だが、どこか遠い星のような雰囲気を感じた。メジャーな者からマイナーな者まで歴代怪獣が多数登場するがそれらもどこか違う雰囲気を持つ。X星人と地球人はゴジラと怪獣が戦うのをただ見ているだけであまり絡んで来ないのは残念だった。
○○がまばたきをしないなんて言おうものなら気になって仕方がない。
