仏像や古美術専門の盗賊団“源氏蛍”のメンバーが次々に殺害されるという事件が発生。同じ頃、コナンは山能寺の僧侶・竜円からの依頼で、8年前に盗まれた秘仏捜索のため、小五郎や蘭らと共に京都を訪れていた。仏像を盗んだ犯人が源氏蛍だと直感したコナンは、西の高校生探偵・服部平次と協力して調査を開始。
犯人による調査の妨害や、更なる殺人事件が起こる中、遂に5日前に寺に届けられていた仏像の在処を示す絵の謎を解く鍵が、古くから伝わる手毬唄に歌われた京都の通りの名にあることに気づき、今は廃寺になっている鞍馬山の玉龍寺に仏像が隠されていること、犯人は山能寺の檀家で、源氏蛍のメンバーの西条大河であったことを突き止める。
義経流武術の道場開設のために金が必要だった西条。
彼は、隠し場所を言わずして死んだ盗賊団のボスが残した絵をコナン達に解読させ、仏像を独り占めしようと他のメンバーを殺害したのだ。
阿笠博士と哀が開発した薬で一時的に工藤新一の体に戻ったコナンは、西条を捕らえることに成功。
仏像も無事に山能寺に戻され、事件を解決したコナン達は東京へ帰っていくのだった。
源義経に絡んだ歴史ミステリーに挑戦した名探偵コナンのアニメ映画。
源義経にまつわる宝仏のありかを示す絵図の謎解き、京都の山道を疾走するバイクチェイスや平次と犯人の剣道バトル、京都の土地柄や歴史を生かしたミステリーアクション映画として楽しめる。
