旅客機墜落や化学工場の火災など、世界中で起こる事故を裏で引き起こしているとされる正体不明の組織「シンジケード」の存在を暴くため、IMFの諜報員イーサン・ハントは世界中を飛び回っていた。指令を受けるためIMFのロンドン支部を訪れたイーサンは、シンジケードが仕組んでいた罠にはまり、捕えられてしまう。拷問されそうになるが、組織の一員イルサの手助けにより脱出する。
イーサンは捕えられている時に見た顔の中に、死亡したとされている男がいることに気づき、シンジケードは行方不明や死亡したとされている各国の元諜報員たちで構成された組織なのではと考え始める。
一方アメリカでは、シンジケードは存在せず、イーサンによる自作自演だと、CIA長官アラン・ハンリーがIMFの解体を訴え、委員会で承認されてしまう。イーサンは帰国を命じられるが拒否し、CIAからも追われる身になる。
正体不明の犯罪組織のボス、侵入不可能な銀行の金庫、わくわくする要素が盛りだくさん。
それにしてもイーサン身内から追われすぎ。
確かに愛想つかして裏切ってもおかしくない。
