迷路を抜けた彼らが、連れて行かれた先には、同じように迷路から脱出した少年や少女たちが集められた施設だった。そこでトーマスたちはその施設の「秘密」を知り、施設からの脱出を試みる。
外に広がる砂漠と、彼らを迷路に送り込んだ組織「WCKD」、そして「フレア」ウイルスに侵されゾンビ化した「グリーバー」達から逃げるトーマスたち。
こういう少年を主人公としたアドベンチャー系の映画で気になってしまうのは、どうしてみんな主人公についていくのか。特に、トーマスにはリーダー性はあるもののいつも無計画なように見えてしまう。
