先導者は魔法少女！？歪んでしまった世界を元通りにするため、未来へと時間旅行させられた伊吹は同じ目的を持つ２人の少女エミとシュカ、そして自分の偽物に出会う！

歴史を歪める存在、ジャマーはユニットに変身！しかも、カードファイトしてくれない！絶対絶命の伊吹を横目に、魔法少女に変身したエミはカードからユニットを召喚する！

伊吹とスイコ、そして魔法少女達の歪んだ世界を元に戻す旅が始まる！歪みの中心「サンクチュアリ」から敗走した伊吹達は、不人気アイドルのウルトラレアと出会う。

伊吹達が次に時間旅行したその先では、テツがフーファイターではなく高校生実業家としてVFグローブを健康器具として売り出し、セレブになっていた！？

福原高校を訪れた伊吹達。なんとヴァンガード部の部長がレンではなく川並になっていた！真相を突き止めるため部室に潜入した一行は、衝撃の光景を目撃する！

アカシックブックに吸い込まれた先は無法都市！？そして早々にモヒカンの悪漢達に捕まってしまう伊吹達。鉄仮面を被った悪漢達のリーダーは、落ちぶれたあの男だった。

体調を崩してしまったスイコを看病する伊吹。一方、エミとシュカは2人の出会いを回想していた。エミがなぜ魔法少女になったのか、その謎が今、解き明かされる。

エミ達は、おしとやかなミサキと出会う。伊吹はそんなミサキを倒すべきジャマーだと決めつけるが、エミはキャピタルのために努力して勉強するミサキに心を打たれていた。

ボヤージュでは、豪快なファイターであるゴウキが、まるで乙女のような性格になっていた。カムイ打倒を目指すゴウキに、伊吹はファイトのコーチングを申し出る。

宮地学園を訪れた魔法少女一行は、アイチが創立し、所属していたカードファイト部の痕跡を探す。だが、そこにいたのは、フードファイト部を名乗る那嘉神達だった！

ヴァンガード普及協会準備室では、リューズ、神崎、大山の3人がマスコットキャラのコンペを行っていた！エミ達は、その助っ人として巻き込まれてしまう。

ブラスター・ダークを持つファイター、かつての力に溺れたレンの元を訪れたエミとシュカは思わぬピンチに。しかしマスク・ザ・ダークに助けられ、難を逃れるのだった。

正体を明かしたマスク・ザ・ダークは、ifの世界が創られた原因に気付いていた。それはカードの妖精としてのシュカのとある行動だった。物語は真実に向かって動き出す。

小学生の櫂にブラスター・ブレードのカードを渡すため、過去へと向かったエミ達だが、介入はできなかった。現代の櫂の様子を確かめるために櫂の家へと向かった一行は……。

三和の襲撃によって伊吹達と分断された櫂は立凪タクトと出会い、自身の真実の歴史を知らされる。困惑する櫂の前に現れたのはサンクチュアリの主、アイチだった。

本来の歴史の真相を確かめるため放浪する櫂は、カムイと出会い、歪みが修正されたカードキャピタルへ。櫂はかげろうのデッキを借りて、初めてのカードファイトに挑む。

ヴァンガード甲子園で再び巡り合った櫂とエミ達。そこに現れたナオキは、櫂ではなく自分がアイチを救うと語り、シュカからブラスター・ブレードのカードを奪っていった。

ナオキと同じく本来の歴史の記憶を取り戻していたシンゴは、偶然にも弟のシンジと再会してしまう。兄とヴァンガードがしたい、そんなシンジの願いを聞いたシンゴは……。

残るSK4は2人。だが、行方不明になっていた伊吹はコーリンによって過去の世界に送られ、かつて自分が犯した罪と向き合うことになる。

５人目のSK4シルバージャグラーとして襲い掛かる伊吹から櫂とエミを救ったのは、三和だった。櫂、三和、伊吹。「始まりの場所」に再び集った３人は……。

コーリンに囚われてしまったスイコ。異なる歴史の中で、彼女もまたSK4に変えられようとしていた。そんな中、櫂達の元に別行動していたレンが合流する。

過去への介入を阻むシールドは、マジェスティ・ロードブラスターの力で作り出されたものだった。歪んだ歴史との最終決戦に臨む一行は、シュカの「秘策」に全てを委ねる。

過去に訪れたエミたちの前にマジェスティロード・ブラスターにライドしたアイチが立ちはだかる。ブラスターペア、伊吹、櫂、レン、ウルトラレアの最後の戦いが幕を開ける。

世界から失われていくヴァンガード。戦う力を無くしてしまったエミたち。絶体絶命のピンチを乗り越える希望のイメージを掴むことはできるのか。

アイチにブラスター・ブレードを渡そうとする櫂を引き留めたエミ。修正された歪んだ歴史、魔法少女たちの旅の終わり。そして最終回でもカードファイトじゃ戦えないのか！？