ヴァンガード甲子園の出場を目指す先導アイチ達宮地学園カードファイト部。しかし、所属する部員の人数が足りず、生徒会から廃部を通告されてしまう。

部の存続をかけ対抗戦を行うことになったCF部と生徒会。ファイトの練習をする生徒会だが上手くいかず、その様子を見かねたアイチは生徒会へのコーチ役を自ら買って出る。

CF部と生徒会の対抗戦が始まる。書記、長代マキがその胸の内に秘めるナオキへの思いとは。そしてシンゴには再び超能力研究会の那嘉神エルの恐るべき異能が牙を剥く……？

対抗戦もいよいよ最終戦。生徒会長の内藤タテワキは、言葉巧みになんとアイチをアドバイザーにつけさせる。思わぬ強敵を前にミサキは部を存続させることができるのか。

謎の不調に苛まれるファイター達がいた。キョウはカムイに連れられ訪れたヴォヤージュでレッカと出会う。一方その頃、テツはキョウを追いかけ、櫂は光定と再会していた。

ヴォヤージュで櫂を待ち受けていたのは、安城マモルと、新たなるオーバーロードのカードだった。幾度となく敗北を重ねながら、櫂はオーバーロードとの出会いを想起する。

遊星ブラントとの戦いで得た安らぎを失い、魂に刻まれた罪の意識に苦しめられる伊吹。立凪邸へと招かれた伊吹の前に現れたのは、立凪の新当主である立凪ノームだった。

根絶者の力を使うことを恐怖し、拒否する伊吹の心。デッキを捨て、ヴァンガードをやめることを決意した伊吹。だが、それを偶然立凪邸を訪れていたレオンが制止する。

新たな力を得た伊吹は贖罪の為、自らがデリートしたテツの前に姿を現す。そして福原高校VG部への所属と甲子園での大将確約をかけてアサカとファイトをすることに。

時は経ち、ヴァンガード甲子園準決勝まで駒を進めた宮地、後江、福原、晴見の４校。準決勝第一試合は、福原VS晴見。名門校勝負を制し、決勝へと進むのはどちらの高校か。

宮地VS後江の準決勝第二試合。しかし、試合当日に櫂が行方不明となってしまう。デリートから完全に立ち直れてはいないという櫂は、皆が待つ会場に姿を現すのか。

宮地VS福原の決勝戦。大将戦をナオキに託し、副将戦でぶつかり合うアイチとレン。全力のファイトを楽しむレンはそのPSYクオリアで失われたハズの運命を見る。

ナオキと伊吹の大将戦にして、ヴァンガード甲子園最終戦！全ての決着が託されたファイト。熱くなり前のめりになりすぎるナオキに激を飛ばしたのは、なんとコーリンだった。

どんなに遠く離れようと、魂の導きによって運命の路は再び交差する。ヴァンガード甲子園優勝を果たした宮地学園に、コーリンはエキシビジョンマッチを申し込む。